Table 1.

Genetic variants in FAS and CASP10 genes identified in the patient cohort

Affected geneHGVS RNAHGVS amino acid changeMechanismACMGPatients, % (n = 86)MAF in general populationProveanSIFTMetaSVMGrantham scoreHSF (splice)Previously published in ALPSDiagnosisNon evaluableStudy conclusion
DefiniteSuspectedUnlikely
FAS c.76C>T p.Gln26Ter Nonsense Pathogenic 1.16 0 — — — — — No 1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.219C>A p.Cys73Ter Nonsense pathogenic 1.16 0 — — — — — Yes ALPS1,2  1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.715_721delGTCATGA p.Val239HisfsTer2 Frameshift Pathogenic 1.16 0 — — — — — No 1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.719_722delinsAGTTA p.Met240LysfsTer7 Frameshift Pathogenic 1.16 0 — — — — — No 1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.742T>G p.Phe248Val Missense Likely pathogenic 3.49 0 Damaging Damaging Damaging 50 — No 3 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.749G>A p.Arg250Gln Missense Likely pathogenic 5.81 0 Damaging Damaging Damaging 43  Yes ALPS2,3  3 1 0 1 Pathogenic 
FAS c.776T>G p.Ile259Arg Missense Likely pathogenic 1.163 0 Damaging Damaging Damaging 97  Yes ALPS4  0 0 0 1 Pathogenic 
FAS c.794A>G p.Asp265Gly Missense Likely pathogenic 1.16% 0 Damaging Damaging Damaging 94  No 1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.826C>A p.Gln276Lys Missense Likely pathogenic 2.33 0 Neutral Tolerated/ damaging Damaging 53  No 1 1 0 0 Pathogenic 
FAS c.335-9_335-6delATTT Intronic Splice possible VUS 1.16 0 — — — — Alteration of WT acceptor site No 1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.136A>C p.Thr46Pro Missense VUS 1.16 0.00003 Neutral Tolerated Tolerated 38 Potential No 0 0 1 0 VUS, Benign 
FAS c.642T>C p.Thr214 = Synonymous SNP Benign 3.49 0.766 — — — — No impact NA 2 1 0 0 Benign 
FAS c.196+176C>T Intronic Intronic SNP Benign 1.16 0.394 — — — — No impact NA 0 1 0 0 Benign 
FAS c.334+46C>T Intronic Intronic SNP Benign 1.16 0.165 — — — — No impact NA 1t 0 0 0 Benign 
FAS c.505+82C>G Intronic Intronic SNP Benign 1.16 0.387 — — — — No impact NA 0 1 0 0 Benign 
FAS c.506-71C>G Intronic Intronic SNP Benign 1.16 0.387 — — — — No impact NA 0 1 0 0 Benign 
FAS c.677-95T>C Intronic Intronic SNP Benign 1.16 0.0392 — — — — — NA 1 0 0 0 Benign 
CASP10 c.1216A>T p.Ile406Leu Missense Likely benign 4.65 0.00456 Neutral Tolerated Tolerated 5 Potential Yes ALPS 1 1 0 2 VUS 
CASP10 c.1228G>A p.Val410Ile Missense Benign 1.16 0.0445 Neutral Tolerated Tolerated 29 NA Yes controversial 0 1 0 0 Likely benign 
CASP10 c.295A>G p.Lys99Glu Missense Likely benign 1.16 0.00039 Neutral/damaging Tolerated/damaging Tolerated 56 Potential NO 1 0 0 0 VUS 
Affected geneHGVS RNAHGVS amino acid changeMechanismACMGPatients, % (n = 86)MAF in general populationProveanSIFTMetaSVMGrantham scoreHSF (splice)Previously published in ALPSDiagnosisNon evaluableStudy conclusion
DefiniteSuspectedUnlikely
FAS c.76C>T p.Gln26Ter Nonsense Pathogenic 1.16 0 — — — — — No 1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.219C>A p.Cys73Ter Nonsense pathogenic 1.16 0 — — — — — Yes ALPS1,2  1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.715_721delGTCATGA p.Val239HisfsTer2 Frameshift Pathogenic 1.16 0 — — — — — No 1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.719_722delinsAGTTA p.Met240LysfsTer7 Frameshift Pathogenic 1.16 0 — — — — — No 1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.742T>G p.Phe248Val Missense Likely pathogenic 3.49 0 Damaging Damaging Damaging 50 — No 3 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.749G>A p.Arg250Gln Missense Likely pathogenic 5.81 0 Damaging Damaging Damaging 43  Yes ALPS2,3  3 1 0 1 Pathogenic 
FAS c.776T>G p.Ile259Arg Missense Likely pathogenic 1.163 0 Damaging Damaging Damaging 97  Yes ALPS4  0 0 0 1 Pathogenic 
FAS c.794A>G p.Asp265Gly Missense Likely pathogenic 1.16% 0 Damaging Damaging Damaging 94  No 1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.826C>A p.Gln276Lys Missense Likely pathogenic 2.33 0 Neutral Tolerated/ damaging Damaging 53  No 1 1 0 0 Pathogenic 
FAS c.335-9_335-6delATTT Intronic Splice possible VUS 1.16 0 — — — — Alteration of WT acceptor site No 1 0 0 0 Pathogenic 
FAS c.136A>C p.Thr46Pro Missense VUS 1.16 0.00003 Neutral Tolerated Tolerated 38 Potential No 0 0 1 0 VUS, Benign 
FAS c.642T>C p.Thr214 = Synonymous SNP Benign 3.49 0.766 — — — — No impact NA 2 1 0 0 Benign 
FAS c.196+176C>T Intronic Intronic SNP Benign 1.16 0.394 — — — — No impact NA 0 1 0 0 Benign 
FAS c.334+46C>T Intronic Intronic SNP Benign 1.16 0.165 — — — — No impact NA 1t 0 0 0 Benign 
FAS c.505+82C>G Intronic Intronic SNP Benign 1.16 0.387 — — — — No impact NA 0 1 0 0 Benign 
FAS c.506-71C>G Intronic Intronic SNP Benign 1.16 0.387 — — — — No impact NA 0 1 0 0 Benign 
FAS c.677-95T>C Intronic Intronic SNP Benign 1.16 0.0392 — — — — — NA 1 0 0 0 Benign 
CASP10 c.1216A>T p.Ile406Leu Missense Likely benign 4.65 0.00456 Neutral Tolerated Tolerated 5 Potential Yes ALPS 1 1 0 2 VUS 
CASP10 c.1228G>A p.Val410Ile Missense Benign 1.16 0.0445 Neutral Tolerated Tolerated 29 NA Yes controversial 0 1 0 0 Likely benign 
CASP10 c.295A>G p.Lys99Glu Missense Likely benign 1.16 0.00039 Neutral/damaging Tolerated/damaging Tolerated 56 Potential NO 1 0 0 0 VUS 

Genetic variants (coding sequence and protein changes) are listed according to the recommendations of the Human Genome Variation Society (HGVS) nomenclature. Classification by ACMG is shown according to populational frequencies, previous literature data, and in silico predictions, such as Provean, SIFT, MetaSVM.

HSF, Human Splicing Finder (Web-based splice site prediction); MAF, minor allele frequency; NA, not applicable; SNP, single-nucleotide polymorphism.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal