Primers used for PCR, RT-PCR, sequencing, SSCP, and SNP analysis
. | Forward primer . | Reverse primer . | Exons and Introns . |
|---|---|---|---|
| PCR/sequencing | |||
| 1. | 5′-gctgtttgcagggtcctaa-3′ | 5′-cctgtcctcccaccaccctc-3′ | Exon 3 |
| 2. | 5′-cattgctattcctctgcaacc-3′ | 5′-tgccatgaaacgtgtttcaagc-3′ | Exon 4 |
| 3. | 5′-tcaggccaccaacctcattctg-3′ | 5′-ccagccccaagtggatgcac-3′ | Exon 5 |
| 4. | 5′-agccccagttttaggaaatccac-3′ | 5′-gagcatcaaggggaaacccc-3′ | Exon 6 |
| 5. | 5′-cccaccccactttacatataattg-3′ | 5′-ccagctcagctgcaaagaatgtg-3′ | Exon 7b |
| 6. | 5′-cgcaacctcctactcacttccg-3′ | 5′-gggcttgtcgcgaacaggagg-3′ | Exon 8 |
| PCR/SSCP | |||
| 1. | 5′-caatcggcttgttgtgatgcg-3′ | 5′-cctgtcctcccaccaccctc-3′ | Exon 3 |
| 2. | 5′-gtggccctaggggatgttc-3′ | 5′-tgccatgaaacgtgtttcaagc-3′ | Exon 4 |
| 3. | 5′-tcaggccaccaacctcattctg-3′ | 5′-ccagccccaagtggatgcac-3′ | Exon 5 |
| 4. | 5′-ccctccctgctccccacaa-3′ | 5′-ggcagtgggctccatctggtac-3′ | Exon 6 |
| 5. | 5′-cccaccccactttacatataattg-3′ | 5′-ccagctcagctgcaaagaatgtg-3′ | Exon 7b |
| 6. | 5′-cgcaacctcctactcacttccg-3′ | 5′-gggcgagctggcttggaac-3′ | Exon 8 |
| RT-PCR/sequencing and RT-PCR/SSCP | |||
| 1. | 5′-cggcgaccgcagcatggt-3′ | 5′-gtttgtgaagacagtgatggtc-3′ | Exons 3 + 4 |
| 2. | 5′-gtggccctaggggatgttc-3′ | 5′-gtttgtgaagacagtgatggtc-3′ | Exon 4 |
| 3. | 5′-actctgaccatcactgtcttca-3′ | 5′-ggatggttggatctgccttg-3′ | Exons 5 + 6 |
| 4. | 5′-gatgggccccgagaacctc-3′ | 5′-ggatggttggatctgccttg-3′ | Exon 6 |
| SNP analysis | |||
| 1. | 5′-caatcggcttgttgtgatgcg-3′ | 5′-gatcaagacccagctgaggcttg-3′ | Exon 3 + intron 3 |
| 2. | 5′-tctgcatttgtcctttgactggtg-3′ | 5′-gttatccaagagagaatcctcattgt-3′ | Exon 4 + intron 4 |
| 3. | 5′-gcatgtaaccatcttcctggtaag-3′ | 5′-ccagccccaagtggatgcac-3′ | Intron 5 + exon 5 |
| 4. | 5′-cccctccctgctccccacaa-3′ | 5′-cagtcattgacgtcactggtctac-3′ | Exon 6 + intron 6 |
| 5. | 5′-gccggtttcccagccagacc-3′ | 5′-ccagctcagctgcaaagaatgtg-3′ | Intron 7b + exon 7b |
| SNP1 | 5′-ttaagactgatttggaacatgca-3′ | 5′-gttatccaagagagaatcctcattgt-3′ | Intron 4 |
| SNP2 | 5′-atggatgtcatcacatcaaggg-3′ | 5′-gagcgctttagtaattgccagc-3′ | Intron 6 |
. | Forward primer . | Reverse primer . | Exons and Introns . |
|---|---|---|---|
| PCR/sequencing | |||
| 1. | 5′-gctgtttgcagggtcctaa-3′ | 5′-cctgtcctcccaccaccctc-3′ | Exon 3 |
| 2. | 5′-cattgctattcctctgcaacc-3′ | 5′-tgccatgaaacgtgtttcaagc-3′ | Exon 4 |
| 3. | 5′-tcaggccaccaacctcattctg-3′ | 5′-ccagccccaagtggatgcac-3′ | Exon 5 |
| 4. | 5′-agccccagttttaggaaatccac-3′ | 5′-gagcatcaaggggaaacccc-3′ | Exon 6 |
| 5. | 5′-cccaccccactttacatataattg-3′ | 5′-ccagctcagctgcaaagaatgtg-3′ | Exon 7b |
| 6. | 5′-cgcaacctcctactcacttccg-3′ | 5′-gggcttgtcgcgaacaggagg-3′ | Exon 8 |
| PCR/SSCP | |||
| 1. | 5′-caatcggcttgttgtgatgcg-3′ | 5′-cctgtcctcccaccaccctc-3′ | Exon 3 |
| 2. | 5′-gtggccctaggggatgttc-3′ | 5′-tgccatgaaacgtgtttcaagc-3′ | Exon 4 |
| 3. | 5′-tcaggccaccaacctcattctg-3′ | 5′-ccagccccaagtggatgcac-3′ | Exon 5 |
| 4. | 5′-ccctccctgctccccacaa-3′ | 5′-ggcagtgggctccatctggtac-3′ | Exon 6 |
| 5. | 5′-cccaccccactttacatataattg-3′ | 5′-ccagctcagctgcaaagaatgtg-3′ | Exon 7b |
| 6. | 5′-cgcaacctcctactcacttccg-3′ | 5′-gggcgagctggcttggaac-3′ | Exon 8 |
| RT-PCR/sequencing and RT-PCR/SSCP | |||
| 1. | 5′-cggcgaccgcagcatggt-3′ | 5′-gtttgtgaagacagtgatggtc-3′ | Exons 3 + 4 |
| 2. | 5′-gtggccctaggggatgttc-3′ | 5′-gtttgtgaagacagtgatggtc-3′ | Exon 4 |
| 3. | 5′-actctgaccatcactgtcttca-3′ | 5′-ggatggttggatctgccttg-3′ | Exons 5 + 6 |
| 4. | 5′-gatgggccccgagaacctc-3′ | 5′-ggatggttggatctgccttg-3′ | Exon 6 |
| SNP analysis | |||
| 1. | 5′-caatcggcttgttgtgatgcg-3′ | 5′-gatcaagacccagctgaggcttg-3′ | Exon 3 + intron 3 |
| 2. | 5′-tctgcatttgtcctttgactggtg-3′ | 5′-gttatccaagagagaatcctcattgt-3′ | Exon 4 + intron 4 |
| 3. | 5′-gcatgtaaccatcttcctggtaag-3′ | 5′-ccagccccaagtggatgcac-3′ | Intron 5 + exon 5 |
| 4. | 5′-cccctccctgctccccacaa-3′ | 5′-cagtcattgacgtcactggtctac-3′ | Exon 6 + intron 6 |
| 5. | 5′-gccggtttcccagccagacc-3′ | 5′-ccagctcagctgcaaagaatgtg-3′ | Intron 7b + exon 7b |
| SNP1 | 5′-ttaagactgatttggaacatgca-3′ | 5′-gttatccaagagagaatcctcattgt-3′ | Intron 4 |
| SNP2 | 5′-atggatgtcatcacatcaaggg-3′ | 5′-gagcgctttagtaattgccagc-3′ | Intron 6 |