Table 2.

Analysis of VH gene rearrangements from IRTA1+ cells

IRTA1+ cell
V gene family
VH gene
JH gene
Potentially functional
Mutation frequency (%)
R/S mutations in FWRs 2 and 3
Donor 1       
5.24   VH3   V3-19P   6   −   0   NA  
5.24   VH4   V4-39 (DP79)   3b   +   0   NA  
5.32   VH3   V3-30.5 (DP49)   6   +   4.8   3/3  
5.39   VH3   V3-8   4   −   0.5   0/1  
5.43   VH3   V3-33   3   +   0   NA  
5.43   VH3   V3-22P   3/6   −   0   NA  
5.45   VH3   V3-9   4   +   0.9   1/1  
5.63   VH3   V3-33 (DP50)   4   +   3   1/2  
5.71   VH3   V3-48 (DP51)   6   +   9.4   4/4  
5.77   VH3   V3-33   6   +   2.6   1/1  
5.100   VH3   V3-30   4   +   0   NA  
5.104   VH3   V3-7   6   +   8.8   7/5  
5.114   VH3   V3-49 (Rm)   ni   +   4.0   2/0  
5.120   VH3   V3-33 (DP50)   6   +   8.5   5/3  
5.122   VH4   V4-39   2   +   3.5   3/2  
5.130   VH3   V3-15   6   +   0   NA  
5.133   VH1   V1-2   5   +   0   NA  
Donor 2       
3.6   VH3   V3-53   6   +   1.0   1/0  
3.9   VH1   DP-7   3   +   7.6   3/3  
3.11   VH3   V3-23   5   +   10.5   8/1  
3.13   VH3   V3-30   1   +   9.4   7/5  
3.18   VH3   DP-46   6   +   1.0   10/0  
3.23   VH3   V3-30   4   −   0.5   NA  
3.23   VH4   DP-79   5b   +   12.2   10/6  
3.29   VH3   DP-50   6   +   5.8   2/3  
3.30   VH4   DP-64   6   +   4.2   2/2  
3.37   VH3   DP-53   3b   +   11.6   8/7  
3.42   VH3   V3-9P   6   +   12.7   11/5  
3.43   VH3   V3-7   6   +   0   NA  
3.45   VH3   DP-50   1   +   3.8   2/2  
3.46   VH4   DP-64   6   +   15.9   9/10  
3.50   VH1   DP-7   5b   +   0   NA  
3.50   VH3   V3-30   4   −   0   NA  
3.60   VH4   DP-71/66   2   +   2.8   4/0  
3.72   VH3   V3-9P   3b   +   3.0   1/2  
3.86   VH4   V4-34   ni   ni   13.0   NA  
3.98   VH3   8-1B   6   +   10.9   7/4  
3.100   VH3   LSG4.1   ni   +   11.7   5/8  
3.108   VH3   V3-9P   6   +   2.1   1/2  
3.112
 		 VH3
 		 V3-9P
 		 4
 		 +
 		 10.4
 		 7/7
 
IRTA1+ cell
V gene family
VH gene
JH gene
Potentially functional
Mutation frequency (%)
R/S mutations in FWRs 2 and 3
Donor 1       
5.24   VH3   V3-19P   6   −   0   NA  
5.24   VH4   V4-39 (DP79)   3b   +   0   NA  
5.32   VH3   V3-30.5 (DP49)   6   +   4.8   3/3  
5.39   VH3   V3-8   4   −   0.5   0/1  
5.43   VH3   V3-33   3   +   0   NA  
5.43   VH3   V3-22P   3/6   −   0   NA  
5.45   VH3   V3-9   4   +   0.9   1/1  
5.63   VH3   V3-33 (DP50)   4   +   3   1/2  
5.71   VH3   V3-48 (DP51)   6   +   9.4   4/4  
5.77   VH3   V3-33   6   +   2.6   1/1  
5.100   VH3   V3-30   4   +   0   NA  
5.104   VH3   V3-7   6   +   8.8   7/5  
5.114   VH3   V3-49 (Rm)   ni   +   4.0   2/0  
5.120   VH3   V3-33 (DP50)   6   +   8.5   5/3  
5.122   VH4   V4-39   2   +   3.5   3/2  
5.130   VH3   V3-15   6   +   0   NA  
5.133   VH1   V1-2   5   +   0   NA  
Donor 2       
3.6   VH3   V3-53   6   +   1.0   1/0  
3.9   VH1   DP-7   3   +   7.6   3/3  
3.11   VH3   V3-23   5   +   10.5   8/1  
3.13   VH3   V3-30   1   +   9.4   7/5  
3.18   VH3   DP-46   6   +   1.0   10/0  
3.23   VH3   V3-30   4   −   0.5   NA  
3.23   VH4   DP-79   5b   +   12.2   10/6  
3.29   VH3   DP-50   6   +   5.8   2/3  
3.30   VH4   DP-64   6   +   4.2   2/2  
3.37   VH3   DP-53   3b   +   11.6   8/7  
3.42   VH3   V3-9P   6   +   12.7   11/5  
3.43   VH3   V3-7   6   +   0   NA  
3.45   VH3   DP-50   1   +   3.8   2/2  
3.46   VH4   DP-64   6   +   15.9   9/10  
3.50   VH1   DP-7   5b   +   0   NA  
3.50   VH3   V3-30   4   −   0   NA  
3.60   VH4   DP-71/66   2   +   2.8   4/0  
3.72   VH3   V3-9P   3b   +   3.0   1/2  
3.86   VH4   V4-34   ni   ni   13.0   NA  
3.98   VH3   8-1B   6   +   10.9   7/4  
3.100   VH3   LSG4.1   ni   +   11.7   5/8  
3.108   VH3   V3-9P   6   +   2.1   1/2  
3.112
 		 VH3
 		 V3-9P
 		 4
 		 +
 		 10.4
 		 7/7
 

NA indicates not applicable; ni, not identifiable; +, productive sequence; −, nonproductive sequence (V3-22P and V3-19P are pseudogenes, the V3-8 gene of cell 5.39, the V3-30 genes of cell 3.23 and 3.50 are rearranged out of frame).

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal