Table 1.

Primers for DGGE analysis of the ATM gene

Forward primer sequence (5′ → 3′)Reverse primer sequence (5′ → 3′)Product length, bp
Primers for mutation analysis (exons)    
 4 TGATGTGTGTTCTGAAATTGT [40GC]-CAAGGAAAAATTGAATTTAAGTA 170 
 5 [8GC]-CCCATTATTATTTCCTTTTTA [40GC]-ACAGTAAAATAAATTTGAATAGAAT 213 
 6 [40GC]-AAGTATTCAACGAGTTTCTGA [11GC]-TTTATTTATAATTTATAACATCACTT 269 
 7 [40GC]-TTTTCTTTATTTGTTTATTTTGA AAACAACAACCTTCAAAACA 256 
 8 [40GC]-TGACTAATAATTTTgTTTTTTT ACAAAAGAAAAAGAGATTAGATT 259 
 9I AGTTGAGCTTGTTTGTTTCTT [40GC]-TGAAATAATTCAATAATGACTTCT 255 
 9II [40GC]-AACATAGGCTTAATGATTCTTTA CTATGTTTGAATGAAGAAGCA 195 
 10 [40GC]-ATTACATTTTAATTTTTTGGAT TGTGACATGACCTACTTACTGT 255 
 11 [40GC]-AAAAAAAGAAAAAAGTGGATT GAATGAGAAAATGGTAACAC 271 
 12I [40GC]-TCAAATTATCCTTTTTTgTTTTTT ACACATATGGTGTACGTTCCC 200 
 12II GATGATACTATCTCAGCTTCTACCC [40GC]-CCAAATTTTATTCCAGAGTTTT 200 
 12III [40GC]-CCTAGAAAGCTCACAAAAGTC ACATAATGCATGCTGAACTT 257 
 13I CAATTGTCCTTTGTTTTGT [40GC]-TAGAATAAGAGCCATTTCATT 205 
 13II [13GC]-CTTTTCTTTAAAGGAATCAAT [40GC]-aaaaATAAAACAAACAAAAAAAACA 198 
 14 [5GC]-GTGAAGCTTTTTGTTTTTCTT [40GC]-ATAGCTTAAAATGATAAAGAGCA 206 
 15I [40GC]-TTTATATATTAAAGATCTTACTTTCT GGACAGAGAAGCCAATAC 220 
 15II ATAGAAAAGCACCAGTCCA [40GC]-TAAGCTTAGTTCTTTTTTTAAAA 185 
 16I [40GC]-AATATATATATTTTTATTTGTGGTT ACCAAAAGACGTGAACAC 118 
 16II CAAATTCAGAAACTCTTGTCC [40GC]-CGAAACTTTATTAGTATAAATTCTC 190 
 17 [40GC]-ATTTTAACTGGAATTTGCATT [5GC]-ACAAAACAAGAAGAAGAAAATCT 238 
 18 TTGGTTCTTTGTTTGTCTTAA [40GC]-AATTATGCCTATTAGAATCAAAA 209 
 19 AACATCTTTGTTTCTCTTCCT [40GC]-AAGAAGTAAAAGAAATCCCAA 278 
 20 [40GC]-TTAGTGTTAATGAGTGCTTTTT GCTTCTTCATTTAACGTAACT 294 
 21 [40GC]-ATTTTTTTCCCTCCTACCA [10GC]-ACATAACATAAGGTTTTAATTTCTT 185 
 22 [40GC]-ttttttttAGTTGAACTTTTTTTgTTTTTTTAC GACCACAAAATAGACTGTACC 263 
 23 [40GC]-ATCAGAATGATTATTTAACTTTG ACTAAAAAAATGCAAAAACTC 182 
 24 [40GC]-TTTTTCTCTATTTCATATTTAACC [7GC]-TCATGAATATTTGACCCATT 242 
 25 [5GC]-TGTTTGTTTGCTTGCTTGT [40GC]-CAGCAAATACATGTTACTTAAAAT 215 
 26 [40GC]-CATTTTgTTTTTAATTTCTTT [8GC]-TCTAATAAAATACTCATCCATAT 275 
 27 CACATTGACTTTTTGGTTC [40GC]-TCACATATGTCATGTATAAACTT 259 
 28I [40GC]-ACCTGTATTTTAAATTccgcTTTCTATT [6GC]-GGCAAAATAAGGAAGAATAT 230 
 28II CTTTCCAAAGATTCTTGTAA [40GC]-TACATAAAAATTGAAGCCAT 198 
 29 [40GC]-TATATTTTAATTTTGTGCCCT [10GC]-TAGTTCTCTAAGTTTAAAATGTACA 218 
 30 CTGTATTTTTTCCCTTAACTC [40GC]-ATTATTAAACTCATCATGTATACTT 221 
 31I [9GC]-AAGTTTTTACTAAATCTGTTTATT [40GC]-GCCACTTTTTATATCTTTCA 211 
 31II [11GC]-TCACCTGTTTGTTAGTTTATT [40GC]-ATATATTGGTCTAcccAATATGTTATTT 195 
 32 [13GC]-TTGTTTTTTTTTCTCCCTAT [40GC]-TTTTAAATACCATTTTGAAGAT 280 
 33 [40GC]-CCTTATAATTTTTTCTTTTTAAA AATAGTAGATGATGAAATTTTTAT 275 
 34 [40GC]-AAAGCAAGTTACATTTTCTC CCATGTCATTTAAAATTAGC 221 
 35 [40GC]-AAACTAATTTTTAAAAAATTATT AGCGCATGACTGTAGTTT 200 
 36 [7GC]-ACCTATGACTCTACTGAAATAGA [40GC]-TACATATAAGGTATCAATAAATACT 284 
 37 ATAGGCATTTGAATTGTTTTT [40GC]-CTGGGTATTCAATAAACATTTAT 243 
 38 [8GC]-ACATTTTCTAATCCCTTTCT [40GC]-TTATATCAGACTAATTAATCTTCTT 278 
 39I [40GC]-TGGGTGGATTTGTTTGTATAT TCGTTTGCGAGAAGTGTC 211 
 39II [10GC]-TCTACACATGTTCAGGGAT [40GC]-TAATAGAATACCTGAATCCAA 149 
 39III GATCCACAACCCCTGCAA [40GC]-CATCTTTCTCTAGAACTGAGTTTACA 125 
 40 [5GC]-TGAGGGGAGATATTTTTGTT [40GC]-AAGAAGCAACACTCATTACATT 183 
 41 [40GC]-AAAGTGAATGACATTATATCTCA [10GC]-CCAAAAATTCTAAATTCCAT 263 
 42 CCAAATAGTATGTTCTCATTAAA [40GC]-TGTCATAAATAATAGAGCCTCTA 204 
 43 [40GC]-AATTTTTGTTGTTTCCATGTT [7GC]-GTTGTTTAGAAAAATGCAATTT 186 
 44 [40GC]-AGCTATTTTCACAATCTTTTC [7GC]-CTTTACCAAATCTGGGAAA 204 
 45 [40GC]-aaaaaaTTAAAAACAAAATAACTCCTG AAAAATCAAGTCAAATTTCTT 244 
 46 GTATATTTTTTTCTTTGACTTATCT [40GC]-CAGTAACTTTGTCTTTTCATAAT 200 
 47 [40GC]-GAGTGTCTTTTCTTTTTTGCT [10GC]-GGATAACAAAGTCATACGAATTAC 224 
 48 [4GC]-CATGAACTCTATGTCGTGGC [40GC]-CAAGAGGTAAGATGACATAGTTTTA 340 
 49I [10GC]-TTATTCCCATATGTCATTTTC [40GC]-AGACTCCACAGCTAACTGAA 146 
 49II [40GC]-AATATTTCAAATTAAACAGTACAA CAGCCAATAAAAAAAACAA 215 
 50 [40GC]-TATTTTAAGATTTTGCCTTTC [7GC]-GGTTGCTCCAAAAATCTT 210 
 51 [40GC]-GTAAATATAATTTAAATTGGTTGT [5GC]-TTGTAGAAACCTAGTT 315 
 52I [40GC]-TTGTGTTTTACCTTAATTATTCTAT [11GC]-TATAATTTTCAACTGCTTTACA 185 
 52II [40GC]-AGAGGATCGTAAACGCTTCTT AGAATATTGGGCTGAGTAACACT 214 
 53 [40GC]-CTTAATTTTGTGTCTTTTTTTTAAT [5GC]-GGTTTGATTTTCAGGTTTACT 213 
 54 [40GC]-TGCATAAATCTAATAGTTCTTTTCT [4GC]-GGTACGTATGTTTAATCCAAA 257 
 55 [40GC]-TTGGGTAGTTCCTTATGTAA [8GC]-TTTCTTCTTTAAAAAAAACAT 253 
 56 [10GC]-TTTGTCACTAAAATCTCTTCAT [40GC]-AATCAAGAGTTAATTGCAAATT 191 
 57 [40GC]-TATTATCAATCATGTTTATACTTTT CAGAGAAGGGAAGGCTC 230 
 58 CTTGTTTATTCATGCTTAATTATT [40GC]-GTGAACTAACAGAAGTACAAATAGT 223 
 59 TAATGGCCTTTTAAAATTAAAA [40GC]-CTTTAATTTTGGGTGTCACTC 262 
 60I [40GC]-GAAAAATAATTATATATATTCTCTATT GATCCAAGAATTTTTCCA 178 
 60II [5GC]-GTTTTCCGTTACTTCTGC [40GC]-CAATCTACTATATGTACAAGAAGAT 170 
 61 [3GC]-CAGATTGTTTGTTTCTTTTTT [40GC]-AAAGAATAGATACATAGATTTTATTA 186 
 62 [40GC]-CTCCTAACTTCACTGTATTCTTT [5GC]-CCCTCCTTTACTTCATATCACT 215 
 63 AAATCCGTATTTATAATGTGTTTGA [40GC]-CCTGGTAAGAAAAAAAATAAAGTCT 139 
 64 [40GC]-TCTTTTAATACATATGTTCTCTCTG AGGACCTTCTTAAAATACTGC 232 
 65 [40GC]-CACCTCACTGAAACCTTTGTGT AAGGCTGAATGAAAGGGTAATT 293 
Primers for deletion analysis (introns)    
 4 [40GC]-TGATAGAGCTACAGAACGAAA TTTCAGGATCTCGAATCAG 184 
 7 [40GC]-AGTCATGAATAATATATCAGGTGC GAACTCTGGTTTACTTGGGTT 157 
 17 [40GC]-GTTATTATAACTCTAAGAAAAGATGTG TAACAATCGCAGGAAAAAG 250 
 22 TTTGGCAAGGTGAGTATGTTG [40GC]-GCAATTTACTAGGGCCATTCT 250 
 48 TTGGAATTAGATCTGACTTTT [40GC]-ATGTATGTGTATCTGTGTGTACAT 200 
 62 [40GC]-ATGCTATTTTGAGATACAGATATGT AGAGTTTCTCATCACTTCCATGGTTT 212 
 63 [40GC]-AGACTTTATTTTTTTTCTTACCAG TAAGTGCACAATCTCCTCCT 169 
Forward primer sequence (5′ → 3′)Reverse primer sequence (5′ → 3′)Product length, bp
Primers for mutation analysis (exons)    
 4 TGATGTGTGTTCTGAAATTGT [40GC]-CAAGGAAAAATTGAATTTAAGTA 170 
 5 [8GC]-CCCATTATTATTTCCTTTTTA [40GC]-ACAGTAAAATAAATTTGAATAGAAT 213 
 6 [40GC]-AAGTATTCAACGAGTTTCTGA [11GC]-TTTATTTATAATTTATAACATCACTT 269 
 7 [40GC]-TTTTCTTTATTTGTTTATTTTGA AAACAACAACCTTCAAAACA 256 
 8 [40GC]-TGACTAATAATTTTgTTTTTTT ACAAAAGAAAAAGAGATTAGATT 259 
 9I AGTTGAGCTTGTTTGTTTCTT [40GC]-TGAAATAATTCAATAATGACTTCT 255 
 9II [40GC]-AACATAGGCTTAATGATTCTTTA CTATGTTTGAATGAAGAAGCA 195 
 10 [40GC]-ATTACATTTTAATTTTTTGGAT TGTGACATGACCTACTTACTGT 255 
 11 [40GC]-AAAAAAAGAAAAAAGTGGATT GAATGAGAAAATGGTAACAC 271 
 12I [40GC]-TCAAATTATCCTTTTTTgTTTTTT ACACATATGGTGTACGTTCCC 200 
 12II GATGATACTATCTCAGCTTCTACCC [40GC]-CCAAATTTTATTCCAGAGTTTT 200 
 12III [40GC]-CCTAGAAAGCTCACAAAAGTC ACATAATGCATGCTGAACTT 257 
 13I CAATTGTCCTTTGTTTTGT [40GC]-TAGAATAAGAGCCATTTCATT 205 
 13II [13GC]-CTTTTCTTTAAAGGAATCAAT [40GC]-aaaaATAAAACAAACAAAAAAAACA 198 
 14 [5GC]-GTGAAGCTTTTTGTTTTTCTT [40GC]-ATAGCTTAAAATGATAAAGAGCA 206 
 15I [40GC]-TTTATATATTAAAGATCTTACTTTCT GGACAGAGAAGCCAATAC 220 
 15II ATAGAAAAGCACCAGTCCA [40GC]-TAAGCTTAGTTCTTTTTTTAAAA 185 
 16I [40GC]-AATATATATATTTTTATTTGTGGTT ACCAAAAGACGTGAACAC 118 
 16II CAAATTCAGAAACTCTTGTCC [40GC]-CGAAACTTTATTAGTATAAATTCTC 190 
 17 [40GC]-ATTTTAACTGGAATTTGCATT [5GC]-ACAAAACAAGAAGAAGAAAATCT 238 
 18 TTGGTTCTTTGTTTGTCTTAA [40GC]-AATTATGCCTATTAGAATCAAAA 209 
 19 AACATCTTTGTTTCTCTTCCT [40GC]-AAGAAGTAAAAGAAATCCCAA 278 
 20 [40GC]-TTAGTGTTAATGAGTGCTTTTT GCTTCTTCATTTAACGTAACT 294 
 21 [40GC]-ATTTTTTTCCCTCCTACCA [10GC]-ACATAACATAAGGTTTTAATTTCTT 185 
 22 [40GC]-ttttttttAGTTGAACTTTTTTTgTTTTTTTAC GACCACAAAATAGACTGTACC 263 
 23 [40GC]-ATCAGAATGATTATTTAACTTTG ACTAAAAAAATGCAAAAACTC 182 
 24 [40GC]-TTTTTCTCTATTTCATATTTAACC [7GC]-TCATGAATATTTGACCCATT 242 
 25 [5GC]-TGTTTGTTTGCTTGCTTGT [40GC]-CAGCAAATACATGTTACTTAAAAT 215 
 26 [40GC]-CATTTTgTTTTTAATTTCTTT [8GC]-TCTAATAAAATACTCATCCATAT 275 
 27 CACATTGACTTTTTGGTTC [40GC]-TCACATATGTCATGTATAAACTT 259 
 28I [40GC]-ACCTGTATTTTAAATTccgcTTTCTATT [6GC]-GGCAAAATAAGGAAGAATAT 230 
 28II CTTTCCAAAGATTCTTGTAA [40GC]-TACATAAAAATTGAAGCCAT 198 
 29 [40GC]-TATATTTTAATTTTGTGCCCT [10GC]-TAGTTCTCTAAGTTTAAAATGTACA 218 
 30 CTGTATTTTTTCCCTTAACTC [40GC]-ATTATTAAACTCATCATGTATACTT 221 
 31I [9GC]-AAGTTTTTACTAAATCTGTTTATT [40GC]-GCCACTTTTTATATCTTTCA 211 
 31II [11GC]-TCACCTGTTTGTTAGTTTATT [40GC]-ATATATTGGTCTAcccAATATGTTATTT 195 
 32 [13GC]-TTGTTTTTTTTTCTCCCTAT [40GC]-TTTTAAATACCATTTTGAAGAT 280 
 33 [40GC]-CCTTATAATTTTTTCTTTTTAAA AATAGTAGATGATGAAATTTTTAT 275 
 34 [40GC]-AAAGCAAGTTACATTTTCTC CCATGTCATTTAAAATTAGC 221 
 35 [40GC]-AAACTAATTTTTAAAAAATTATT AGCGCATGACTGTAGTTT 200 
 36 [7GC]-ACCTATGACTCTACTGAAATAGA [40GC]-TACATATAAGGTATCAATAAATACT 284 
 37 ATAGGCATTTGAATTGTTTTT [40GC]-CTGGGTATTCAATAAACATTTAT 243 
 38 [8GC]-ACATTTTCTAATCCCTTTCT [40GC]-TTATATCAGACTAATTAATCTTCTT 278 
 39I [40GC]-TGGGTGGATTTGTTTGTATAT TCGTTTGCGAGAAGTGTC 211 
 39II [10GC]-TCTACACATGTTCAGGGAT [40GC]-TAATAGAATACCTGAATCCAA 149 
 39III GATCCACAACCCCTGCAA [40GC]-CATCTTTCTCTAGAACTGAGTTTACA 125 
 40 [5GC]-TGAGGGGAGATATTTTTGTT [40GC]-AAGAAGCAACACTCATTACATT 183 
 41 [40GC]-AAAGTGAATGACATTATATCTCA [10GC]-CCAAAAATTCTAAATTCCAT 263 
 42 CCAAATAGTATGTTCTCATTAAA [40GC]-TGTCATAAATAATAGAGCCTCTA 204 
 43 [40GC]-AATTTTTGTTGTTTCCATGTT [7GC]-GTTGTTTAGAAAAATGCAATTT 186 
 44 [40GC]-AGCTATTTTCACAATCTTTTC [7GC]-CTTTACCAAATCTGGGAAA 204 
 45 [40GC]-aaaaaaTTAAAAACAAAATAACTCCTG AAAAATCAAGTCAAATTTCTT 244 
 46 GTATATTTTTTTCTTTGACTTATCT [40GC]-CAGTAACTTTGTCTTTTCATAAT 200 
 47 [40GC]-GAGTGTCTTTTCTTTTTTGCT [10GC]-GGATAACAAAGTCATACGAATTAC 224 
 48 [4GC]-CATGAACTCTATGTCGTGGC [40GC]-CAAGAGGTAAGATGACATAGTTTTA 340 
 49I [10GC]-TTATTCCCATATGTCATTTTC [40GC]-AGACTCCACAGCTAACTGAA 146 
 49II [40GC]-AATATTTCAAATTAAACAGTACAA CAGCCAATAAAAAAAACAA 215 
 50 [40GC]-TATTTTAAGATTTTGCCTTTC [7GC]-GGTTGCTCCAAAAATCTT 210 
 51 [40GC]-GTAAATATAATTTAAATTGGTTGT [5GC]-TTGTAGAAACCTAGTT 315 
 52I [40GC]-TTGTGTTTTACCTTAATTATTCTAT [11GC]-TATAATTTTCAACTGCTTTACA 185 
 52II [40GC]-AGAGGATCGTAAACGCTTCTT AGAATATTGGGCTGAGTAACACT 214 
 53 [40GC]-CTTAATTTTGTGTCTTTTTTTTAAT [5GC]-GGTTTGATTTTCAGGTTTACT 213 
 54 [40GC]-TGCATAAATCTAATAGTTCTTTTCT [4GC]-GGTACGTATGTTTAATCCAAA 257 
 55 [40GC]-TTGGGTAGTTCCTTATGTAA [8GC]-TTTCTTCTTTAAAAAAAACAT 253 
 56 [10GC]-TTTGTCACTAAAATCTCTTCAT [40GC]-AATCAAGAGTTAATTGCAAATT 191 
 57 [40GC]-TATTATCAATCATGTTTATACTTTT CAGAGAAGGGAAGGCTC 230 
 58 CTTGTTTATTCATGCTTAATTATT [40GC]-GTGAACTAACAGAAGTACAAATAGT 223 
 59 TAATGGCCTTTTAAAATTAAAA [40GC]-CTTTAATTTTGGGTGTCACTC 262 
 60I [40GC]-GAAAAATAATTATATATATTCTCTATT GATCCAAGAATTTTTCCA 178 
 60II [5GC]-GTTTTCCGTTACTTCTGC [40GC]-CAATCTACTATATGTACAAGAAGAT 170 
 61 [3GC]-CAGATTGTTTGTTTCTTTTTT [40GC]-AAAGAATAGATACATAGATTTTATTA 186 
 62 [40GC]-CTCCTAACTTCACTGTATTCTTT [5GC]-CCCTCCTTTACTTCATATCACT 215 
 63 AAATCCGTATTTATAATGTGTTTGA [40GC]-CCTGGTAAGAAAAAAAATAAAGTCT 139 
 64 [40GC]-TCTTTTAATACATATGTTCTCTCTG AGGACCTTCTTAAAATACTGC 232 
 65 [40GC]-CACCTCACTGAAACCTTTGTGT AAGGCTGAATGAAAGGGTAATT 293 
Primers for deletion analysis (introns)    
 4 [40GC]-TGATAGAGCTACAGAACGAAA TTTCAGGATCTCGAATCAG 184 
 7 [40GC]-AGTCATGAATAATATATCAGGTGC GAACTCTGGTTTACTTGGGTT 157 
 17 [40GC]-GTTATTATAACTCTAAGAAAAGATGTG TAACAATCGCAGGAAAAAG 250 
 22 TTTGGCAAGGTGAGTATGTTG [40GC]-GCAATTTACTAGGGCCATTCT 250 
 48 TTGGAATTAGATCTGACTTTT [40GC]-ATGTATGTGTATCTGTGTGTACAT 200 
 62 [40GC]-ATGCTATTTTGAGATACAGATATGT AGAGTTTCTCATCACTTCCATGGTTT 212 
 63 [40GC]-AGACTTTATTTTTTTTCTTACCAG TAAGTGCACAATCTCCTCCT 169 

[40GC] indicates CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG. Lowercase characters represent nucleotides incorporated into the primer to modulate the melting characteristics of the amplified segment.

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