Table 2.

Vβ-Jβ-Cβ gene rearrangement, CDR3 amino acid sequence, and CDR3 length in TCRβ chains used by β2GPI-reactive T cells

Vβ familyDonorGene segment*Amino acid sequenceCDR3 length (amino acids)
N-Dβ-N-Jβ
Vβ7 APS2 7.1 1.5 CASS QAGRTGGDQPQHF GDGTRLSIL 13 
 APS2 7.2 1.2 CASS HDTGASNYGYTF GSGTRLTVV 12 
 APS3 7.1 1.2 CASS QFWTGRNGGYTF GSGTRLTVV 12 
 APS4 7.2 1.2 CASS HDTGASNYGYTF GSGTRLTVV 12 
 APS12 7.2 1.2 CASS HDTGASNYGYTF GSGTRLTVV 12 
 HD4 7.2 1.6 CASS QDLETGGSNYNSPLHF GNGTRLTVT 16 
 HD11 7.1 1.2 CASS QDTGGSNYGYTF GSGTRLTVV 12 
Vβ8 APS12 8.1 2.3 CAS RPSAGADTQYF GPGTRLTVL 11 
 HD2 8.2 2.7 CASS PRADYEQYF GPGTRLTVT 
 HD4 8.1 2.3 CAS GPSAGADTQYF GPGTRLTVL 11 
Vβ13.1 APS3 13.1 1.2 CAS ISSWTGSYGYTF GSGTRLTVV 12 
 HD4 13.1 1.5 CASS PGTGSNQPQHF GDGTRLSIL 11 
Vβ familyDonorGene segment*Amino acid sequenceCDR3 length (amino acids)
N-Dβ-N-Jβ
Vβ7 APS2 7.1 1.5 CASS QAGRTGGDQPQHF GDGTRLSIL 13 
 APS2 7.2 1.2 CASS HDTGASNYGYTF GSGTRLTVV 12 
 APS3 7.1 1.2 CASS QFWTGRNGGYTF GSGTRLTVV 12 
 APS4 7.2 1.2 CASS HDTGASNYGYTF GSGTRLTVV 12 
 APS12 7.2 1.2 CASS HDTGASNYGYTF GSGTRLTVV 12 
 HD4 7.2 1.6 CASS QDLETGGSNYNSPLHF GNGTRLTVT 16 
 HD11 7.1 1.2 CASS QDTGGSNYGYTF GSGTRLTVV 12 
Vβ8 APS12 8.1 2.3 CAS RPSAGADTQYF GPGTRLTVL 11 
 HD2 8.2 2.7 CASS PRADYEQYF GPGTRLTVT 
 HD4 8.1 2.3 CAS GPSAGADTQYF GPGTRLTVL 11 
Vβ13.1 APS3 13.1 1.2 CAS ISSWTGSYGYTF GSGTRLTVV 12 
 HD4 13.1 1.5 CASS PGTGSNQPQHF GDGTRLSIL 11 
*

Determined based on the nucleotide sequence of the TCRβ PCR products.

The TGxxN/Q motif in Vβ7+ and Vβ13.1+ TCRs and the PxAxxD/E motif in Vβ8+TCRs are underlined and double-underlined, respectively. Original nucleotide sequences can be obtained from GenBank database (accession number AF428125-AF428134).

The gene rearrangement and the CDR3 amino acid sequence are identical in these TCRβ chains.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal