Table 4.

Predicted amino acid sequences of the CDR3 loops of the BV2+ CD8+ peripheral blood mononuclear cells s of patient T19

SampleBVBJCDR3FrequencyLength (aa)
T19/M0 2S1 VLRGGGEQ 1/18 
T19/M0 2S2 EGGSGNTI 1/18 
T19/M0 1S1 VRDRGNTEA 1/18 
T19/M0 2S1 RRASSYNEQ 1/18 
T19/M0 2S1 IPRFADYEQ 1/18 
T19/M0 2S2 LEGTNTGEL 1/18 
T19/M0 1S2 PRQVLNYGY 1/18 
T19/M0 1S1 RDLKGLNTEA 4/18 10 
T19/M0 2S1 PSFTGRRDGY 1/18 10 
T19/M0 2S5 GAGGPHGETQ 1/18 10 
T19/M0 2S5 GRGGRNGRAQ 1/18 10 
T19/M0 1S1 RDSDRDNTEA 2/18 10 
T19/M0 1S1 NPGDSGYSPLH 2/18 11 
 
 T19/M12 1S2 RTGGYGY 1/9 
T19/M12 1S2 SVPGNGY 1/9 
T19/M12 1S1 RDWDSEEA 6/9 8 
T19/M12 1S1 RDLKGLNTEA 1/9 10 
 
 T19/M20 1S1 RGGIRA 1/21 
T19/M20 1S1 KQGNTEA 1/21 
T19/M20 1S1 RDWDSEEA 11/21 8 
T19/M20 2S3 RDLGQASW 1/21 
T19/M20 1S2 RKTGGAQN 1/21 
T19/M20 2S6 RDTDRANVL 1/21 
T19/M20 1S5 RDRQSNQPQ 1/21 
T19/M20 1S1 RDPPTASWYN 1/21 10 
T19/M20 1S1 TYRAISNQPQ 1/21 10 
T19/M20 2S7 RDGGFSTDTQ 1/21 10 
T19/M20 1S1 RETGGWGYTEA 1/21 11 
 
 T19/M0 2S3 QDSGSEQ 2/5 7 
T19/M0 1S1 QAGGMRTEA 3/5 9 
 
 T19/M1 1S5 LAAVSYEQ 1/6 
T19/M1 2S5 QGRSSYNEQ 4/6 
T19/M1 1S1 QAGGMRTEA 1/6 
 
 T19/M3 2S3 QVQETQ 1/8 
T19/M3 1S2 HLTGAGGY 1/8 
T19/M3 2S5 QGRSSYNEQ 6/8 
 
 T19/M6 2S3 QGTAINEQ 1/9 
T19/M6 2S5 QGRSSYNEQ 6/9 
T19/M6 2S3 QLYQFTYEQ 1/9 
T19/M6 1S5 QDGTGRRTPQ 1/9 10 
 
 T19/M12 2S5 QGRSSYNEQ 10/10 9 
 
 T19/M20 2S5 QGRSSYNEQ 5/5 9 
 
 T19/M0 1S1 LWNTEA 1/20 
T19/M0 1S1 AGPGTEA 1/20 
T19/M0 2S1 LPGGSEQ 1/20 
T19/M0 2S3 LFWEYEQ 1/20 
T19/M0 2S3 LEEVYEQ 1/20 
T19/M0 2S3 SGPIYEQ 1/20 
T19/M0 2S3 LASGQETQ 1/20 
T19/M0 2S1 LTSAYNEQ 1/20 
T19/M0 2S3 FGGGADTQ 1/20 
T19/M0 2S1 GLLVLGDEQ 5/20 9 
T19/M0 2S3 LGQGTTYEQ 1/20 
T19/M0 1S3 RPRGSGNTI 1/20 
T19/M0 2S3 PSRDDSNTGEL 1/20 11 
T19/M0 1S1 LEDRDPRNTEA 2/20 11 
T19/M0 1S2 LLIGGQPFNYGY 1/20 12 
 
 T19/M20 2S3 LFWEYEQ 2/3 7 
T19/M20 2S1 TQAGGDTQ 1/13 
T19/M20 2S1 LTTSAYEQ 1/13 
T19/M20 2S1 LGRGGNEQ 1/13 
T19/M20 2S1 GLLVLGDEQ 4/13 9 
T19/M20 2S5 LGQGTTYEQ 1/13 
T19/M20 1S1 LEDRDPRNTEA 2/13 11 
T19/M20 1S2 LLIGGQPFNYGY 1/13 12 
SampleBVBJCDR3FrequencyLength (aa)
T19/M0 2S1 VLRGGGEQ 1/18 
T19/M0 2S2 EGGSGNTI 1/18 
T19/M0 1S1 VRDRGNTEA 1/18 
T19/M0 2S1 RRASSYNEQ 1/18 
T19/M0 2S1 IPRFADYEQ 1/18 
T19/M0 2S2 LEGTNTGEL 1/18 
T19/M0 1S2 PRQVLNYGY 1/18 
T19/M0 1S1 RDLKGLNTEA 4/18 10 
T19/M0 2S1 PSFTGRRDGY 1/18 10 
T19/M0 2S5 GAGGPHGETQ 1/18 10 
T19/M0 2S5 GRGGRNGRAQ 1/18 10 
T19/M0 1S1 RDSDRDNTEA 2/18 10 
T19/M0 1S1 NPGDSGYSPLH 2/18 11 
 
 T19/M12 1S2 RTGGYGY 1/9 
T19/M12 1S2 SVPGNGY 1/9 
T19/M12 1S1 RDWDSEEA 6/9 8 
T19/M12 1S1 RDLKGLNTEA 1/9 10 
 
 T19/M20 1S1 RGGIRA 1/21 
T19/M20 1S1 KQGNTEA 1/21 
T19/M20 1S1 RDWDSEEA 11/21 8 
T19/M20 2S3 RDLGQASW 1/21 
T19/M20 1S2 RKTGGAQN 1/21 
T19/M20 2S6 RDTDRANVL 1/21 
T19/M20 1S5 RDRQSNQPQ 1/21 
T19/M20 1S1 RDPPTASWYN 1/21 10 
T19/M20 1S1 TYRAISNQPQ 1/21 10 
T19/M20 2S7 RDGGFSTDTQ 1/21 10 
T19/M20 1S1 RETGGWGYTEA 1/21 11 
 
 T19/M0 2S3 QDSGSEQ 2/5 7 
T19/M0 1S1 QAGGMRTEA 3/5 9 
 
 T19/M1 1S5 LAAVSYEQ 1/6 
T19/M1 2S5 QGRSSYNEQ 4/6 
T19/M1 1S1 QAGGMRTEA 1/6 
 
 T19/M3 2S3 QVQETQ 1/8 
T19/M3 1S2 HLTGAGGY 1/8 
T19/M3 2S5 QGRSSYNEQ 6/8 
 
 T19/M6 2S3 QGTAINEQ 1/9 
T19/M6 2S5 QGRSSYNEQ 6/9 
T19/M6 2S3 QLYQFTYEQ 1/9 
T19/M6 1S5 QDGTGRRTPQ 1/9 10 
 
 T19/M12 2S5 QGRSSYNEQ 10/10 9 
 
 T19/M20 2S5 QGRSSYNEQ 5/5 9 
 
 T19/M0 1S1 LWNTEA 1/20 
T19/M0 1S1 AGPGTEA 1/20 
T19/M0 2S1 LPGGSEQ 1/20 
T19/M0 2S3 LFWEYEQ 1/20 
T19/M0 2S3 LEEVYEQ 1/20 
T19/M0 2S3 SGPIYEQ 1/20 
T19/M0 2S3 LASGQETQ 1/20 
T19/M0 2S1 LTSAYNEQ 1/20 
T19/M0 2S3 FGGGADTQ 1/20 
T19/M0 2S1 GLLVLGDEQ 5/20 9 
T19/M0 2S3 LGQGTTYEQ 1/20 
T19/M0 1S3 RPRGSGNTI 1/20 
T19/M0 2S3 PSRDDSNTGEL 1/20 11 
T19/M0 1S1 LEDRDPRNTEA 2/20 11 
T19/M0 1S2 LLIGGQPFNYGY 1/20 12 
 
 T19/M20 2S3 LFWEYEQ 2/3 7 
T19/M20 2S1 TQAGGDTQ 1/13 
T19/M20 2S1 LTTSAYEQ 1/13 
T19/M20 2S1 LGRGGNEQ 1/13 
T19/M20 2S1 GLLVLGDEQ 4/13 9 
T19/M20 2S5 LGQGTTYEQ 1/13 
T19/M20 1S1 LEDRDPRNTEA 2/13 11 
T19/M20 1S2 LLIGGQPFNYGY 1/13 12 

Sequences were deduced after DNA sequencing of the polymerase chain reaction products previously used for Immunoscope analysis (Figure 5). Redundant amino acid sequences, corresponding to identical DNA sequences and, thus, to clonal expansions, are in boldface.

aa indicates amino acid.

or Create an Account

Close Modal
Close Modal