Table 1.

PCR primers and conditions for amplification of ABC7 sequences

Amplified regionSize (bp)ABC7 sequence*Primer coord†Primer no.Temp (°C)Oligonucleotides‡
Exon 1 484 gABC7-B1 UP(−)154 908 48 5′ GCTCTGCCCTAAGGAAAAA 3′  
   LP(+)134 909  5′ TTCACTTACTGCTGCTCC 3′  
Exon 1 116 cABC7-A UP3 852 53 5′ TCAAGAGGCGCTGCTCG 3′ 
partial   LP119 854  5′ CGAGCAGCGCCATCTTGA 3′ 
Exon 1 NA cABC7-A UP102 933 68 5′ CGGACCTGAGCCGCTAACAGAGAC 3′  
5′ Race   LP144 934  5′ TCGAGCGGTTCCCAAGGCGCCGAG 3′ 
Exon 2 455 gABC7-B1 UP(−)186 911 62 5′ CAGGATTATAGGCGTGAG 3′  
   LP(+)189 913  5′ CCAGGGGTAGAAAACATC 3′  
Exon 3 353 gABC7-B1 UP(−)154 914 48 5′ GTGGAGGTGTTTTGCTTT 3′  
   LP(+)115 917  5′ GTCCGAGAAAATATCATC 3′ 
Exon 4 454 gABC7-B1 UP(−)236 918 52 5′ GTGGCTAAAATTGAAAGT 3′  
   LP(+)99 920  5′ ATGCTACCCCAAAAGTGA 3′  
Exon 5 486 AC002417 UP17186 778 42 5′ AAGCAGAAGCATTTGACT 3′  
   LP17671 779  5′ ACGCTAAGTTGTGTTTGT 3′ 
Exon 6 651 AC002417 UP18166 780 50 5′ GCACATTTATCCACAGTA 3′  
   LP18816 781  5′ CATGCAACAGTACAACAG 3′ 
Exons 601 AC002417 UP19900 782 45 5′ CCTATTAGTATTTGATGG 3′  
7 + 8   LP20500 783  5′ AACCTGAAGCTCTAATTT 3′  
Exon 9 711 AC002417 UP22068 774 51 5′ GGCATAATGTTGTGAGGG 3′  
   LP22778 775  5′ GGCAGTGCTAAACAAAAG 3′ 
Exon 10 501 AC002417 UP23319 786 47 5′ CCTCACTTAAACCATTCT 3′  
   LP23819 787  5′ GTTTGCTAATGTGGTGAT 3′ 
Exons 838 AC002417 UP24376 788 50 5′ CATTATCCCTTCTCCCTC 3′  
11 + 12   LP25213 789  5′ GAATTTCACTGGTAGGGT 3′  
Exon 13 569 AC002417 UP28581 790 45 5′ GACCATACTTGTGTTAGG 3′  
   LP29149 791  5′ GTAACCCAATCAAATGTG 3′ 
Exon 14 494 AC002417 UP31408 792 40 5′ GCCTCATTCTCATTCTTC 3′  
   LP31901 793  5′ TGGAAAAAGGGGGATAGG 3′  
Exon 15 468 AC002417 UP33505 794 47 5′ GGAGAAATGTTGCCTAAG 3′  
   LP33972 795  5′ CAGGATTCAGTCTCAACC 3′ 
Exon 16 644 AC002417 UP40261 796 45 5′ GGTGTTTATGGTATTAGA 3′  
   LP40904 797  5′ TTGGGGATAATACAGATG 3′  
Intron 2 2000 cABC7-A UP206 857 60 5′ GCAGAGATTGGGAAAAGG 3′ 
   LP321 858  5′ TTCTTTTGGGTCTGTGTG 3′ 
Intron 10 175 AC002417 UP23588 925 44 5′ GTAATGGTGAATGGACTG 3′  
partial   LP23762 926  5′ GTTCACATACTTTTGAAAAGGTACTATCTA 3′ 
PRS424 249 AC002417 UP22443 844 48 5′ GCCGCCGGATCCGGATTTTTGAAGACGTATGAGA 3′  
construct   In vector 851  5′ TTGTCTAGTCTCTCTATATAGAG 3′ 
PRS424 231 AC002417 In vector 850 48 5′ CTGTATATAGAAAGACTAGACAA 3′ 
construct   UP24752 845  5′ GCCGCCGAGCTCCCACTTTCTTTCCTGCAGGG 3′ 
Amplified regionSize (bp)ABC7 sequence*Primer coord†Primer no.Temp (°C)Oligonucleotides‡
Exon 1 484 gABC7-B1 UP(−)154 908 48 5′ GCTCTGCCCTAAGGAAAAA 3′  
   LP(+)134 909  5′ TTCACTTACTGCTGCTCC 3′  
Exon 1 116 cABC7-A UP3 852 53 5′ TCAAGAGGCGCTGCTCG 3′ 
partial   LP119 854  5′ CGAGCAGCGCCATCTTGA 3′ 
Exon 1 NA cABC7-A UP102 933 68 5′ CGGACCTGAGCCGCTAACAGAGAC 3′  
5′ Race   LP144 934  5′ TCGAGCGGTTCCCAAGGCGCCGAG 3′ 
Exon 2 455 gABC7-B1 UP(−)186 911 62 5′ CAGGATTATAGGCGTGAG 3′  
   LP(+)189 913  5′ CCAGGGGTAGAAAACATC 3′  
Exon 3 353 gABC7-B1 UP(−)154 914 48 5′ GTGGAGGTGTTTTGCTTT 3′  
   LP(+)115 917  5′ GTCCGAGAAAATATCATC 3′ 
Exon 4 454 gABC7-B1 UP(−)236 918 52 5′ GTGGCTAAAATTGAAAGT 3′  
   LP(+)99 920  5′ ATGCTACCCCAAAAGTGA 3′  
Exon 5 486 AC002417 UP17186 778 42 5′ AAGCAGAAGCATTTGACT 3′  
   LP17671 779  5′ ACGCTAAGTTGTGTTTGT 3′ 
Exon 6 651 AC002417 UP18166 780 50 5′ GCACATTTATCCACAGTA 3′  
   LP18816 781  5′ CATGCAACAGTACAACAG 3′ 
Exons 601 AC002417 UP19900 782 45 5′ CCTATTAGTATTTGATGG 3′  
7 + 8   LP20500 783  5′ AACCTGAAGCTCTAATTT 3′  
Exon 9 711 AC002417 UP22068 774 51 5′ GGCATAATGTTGTGAGGG 3′  
   LP22778 775  5′ GGCAGTGCTAAACAAAAG 3′ 
Exon 10 501 AC002417 UP23319 786 47 5′ CCTCACTTAAACCATTCT 3′  
   LP23819 787  5′ GTTTGCTAATGTGGTGAT 3′ 
Exons 838 AC002417 UP24376 788 50 5′ CATTATCCCTTCTCCCTC 3′  
11 + 12   LP25213 789  5′ GAATTTCACTGGTAGGGT 3′  
Exon 13 569 AC002417 UP28581 790 45 5′ GACCATACTTGTGTTAGG 3′  
   LP29149 791  5′ GTAACCCAATCAAATGTG 3′ 
Exon 14 494 AC002417 UP31408 792 40 5′ GCCTCATTCTCATTCTTC 3′  
   LP31901 793  5′ TGGAAAAAGGGGGATAGG 3′  
Exon 15 468 AC002417 UP33505 794 47 5′ GGAGAAATGTTGCCTAAG 3′  
   LP33972 795  5′ CAGGATTCAGTCTCAACC 3′ 
Exon 16 644 AC002417 UP40261 796 45 5′ GGTGTTTATGGTATTAGA 3′  
   LP40904 797  5′ TTGGGGATAATACAGATG 3′  
Intron 2 2000 cABC7-A UP206 857 60 5′ GCAGAGATTGGGAAAAGG 3′ 
   LP321 858  5′ TTCTTTTGGGTCTGTGTG 3′ 
Intron 10 175 AC002417 UP23588 925 44 5′ GTAATGGTGAATGGACTG 3′  
partial   LP23762 926  5′ GTTCACATACTTTTGAAAAGGTACTATCTA 3′ 
PRS424 249 AC002417 UP22443 844 48 5′ GCCGCCGGATCCGGATTTTTGAAGACGTATGAGA 3′  
construct   In vector 851  5′ TTGTCTAGTCTCTCTATATAGAG 3′ 
PRS424 231 AC002417 In vector 850 48 5′ CTGTATATAGAAAGACTAGACAA 3′ 
construct   UP24752 845  5′ GCCGCCGAGCTCCCACTTTCTTTCCTGCAGGG 3′ 
*

cABC7 conceptual cDNA, GB:AF241872-AF241887. AC clone is from GenBank.

†

UP, upper primer; LP, lower primer. Numbers correspond to the 5′ ends of the primers; coordinates identify the nucleotide in the cDNA or genomic sequences except for gABC7-B1 where coordinates indicate the distance from the ends of the exons.

‡

Mismatch nucleotide is underlined.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal