Table 2.

Molecular analysis of potentially functional VH genes in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL)

DLBCL No. Biopsy TissueMost Similar Germline VH GenePercent VH Gene Homology FR/CDRObserved Mutations RfP Value
R S
1  LN  1-69  100.0 FR  0  0  0.750  NA  
    CDR 0  0  0.778  NA  
2  LN  1-69  89.5 FR  10  10  0.750  0.002  
    CDR  8 3  0.778  NS  
3  LN  1-69  85.4  FR 16  9  0.750  0.003  
    CDR  13  5 0.778  0.021  
4  Thyroid  1-03  88.8  FR  19 5  0.750  NS  
    CDR  7  2 0.812  NS  
5  Small intestine  1-03  80.9 FR  24  19  0.750  0.008  
    CDR  10 3  0.812  NS  
6  Lung  1-f  81.1  FR 27  12  0.755  NS  
    CDR  13 3  0.797  NS  
7  LN  1-f  92.4  FR 7  12  0.755  0.006  
    CDR  2  1 0.797  NS  
8  NP  2-05  93.9  FR  6 5  0.743  0.009  
    CDR  7  2  0.802 0.042  
9  AT  2-05  98.3  FR  1  2  0.743 NS  
    CDR  2  0  0.802 NS  
10  LN  2-05  90.0  FR  15  4 0.743  NS  
    CDR  8  3  0.802 NS  
11  LN  2-05  98.9  FR  1  1 0.743  NS  
    CDR  1  0  0.802 NS  
12  LN  2-70  92.6  FR  8  9 0.738  0.030  
    CDR  4  1  0.802 NS  
13  MD  2-70  92.9  FR  6  7 0.738  0.005  
    CDR  5  3  0.802 NS  
14  Parotid  3-23  76.1  FR  24 23  0.744  <0.001  
    CDR  14  10 0.778  NS  
15  LN  3-23  97.0  FR  3 3  0.744  NS  
    CDR  3  0 0.778  NS  
16  LN  3-23  87.9  FR  17 9  0.744  NS  
    CDR  7  3 0.778  NS  
17  Lung  3-23  95.6  FR  4 6  0.744  0.030  
    CDR  3  0  0.778 NS  
18  MD  3-23  95.2  FR  2  6 0.744  0.001  
    CDR  2  4  0.778 NS  
19  LN  3-23  89.8  FR  9  6 0.744  0.001  
    CDR  11  4  0.778 0.006  
20  Stomach  3-33  96.9  FR  3  3 0.739  NS  
    CDR  2  1  0.811 NS  
21  Tonsil  3-33  97.6  FR  5  0 0.739  NS  
    CDR  1  1  0.811 NS  
8  NP  3-33  90.1  FR  11  8 0.739  0.020  
    CDR  9  1  0.811 0.048  
22  LN  3-33  83.3  FR  18  13 0.739  0.002  
    CDR  16  2  0.811 0.008  
23  Tonsil  3-33  95.9  FR  3  6 0.739  0.015  
    CDR  3  0  0.811 NS  
24  LN  3-48  87.6  FR  9  12 0.742  <0.001  
    CDR  9  5  0.825 NS  
25  AT  3-48  87.1  FR  6  10 0.742  <0.001  
    CDR  19  3  0.825 <0.001  
26  LN  3-48  90.4  FR  8  12 0.742  0.001  
    CDR  4  4  0.825 NS  
27  LN  3-48  90.1  FR  6  7 0.742  <0.001  
    CDR  10  6  0.825 0.021  
28  LN  3-49  93.0  FR  12  3  0.746 NS  
    CDR  4  2  0.754 NS  
29  LN  3-49  95.3  FR  6  5 0.746  NS  
    CDR  2  1  0.754 NS 
30  Spleen  3-30  87.4  FR  11  7 0.744  <0.001  
    CDR  15  4  0.796 0.001 
R S 
31  LN  3-30  83.0 FR  21  12  0.744  0.015  
    CDR  14 3  0.796  0.038  
32  LN  3-11  89.8  FR  14 6  0.740  NS  
    CDR  7  3 0.813  NS  
33  Spleen  3-11  92.2  FR 4  8  0.740  <0.001  
    CDR  8  3 0.813  0.029  
34  ST  3-07  96.3  FR  2  6 0.737  0.006  
    CDR  2  1  0.831 NS  
35  Testis  3-07  84.7  FR  21  13 0.737  NS  
    CDR  6  4  0.831 NS  
13  MD  3-07  96.3  FR  4  1 0.737  NS  
    CDR  5  1  0.831 0.023  
36† LN  3-66  73.4  FR  37  21 0.741  0.030  
    CDR  18  3  0.794 NS  
37  MD  3-73  97.0  FR  2  2 0.747  0.023  
    CDR  5  0  0.755 0.007  
38  LN  4-34  99.0  FR  1  2  0.732 NS  
    CDR  0  0  0.818 NS  
9  AT  4-34  100.0  FR  0  0 0.732  NA  
    CDR  0  0  0.818 NA  
39  LN  4-34  91.4  FR  3  16 0.732  <0.001  
    CDR  1  5  0.818 NS 
40  LN  4-34  83.7  FR  8  6 0.732  NS  
    CDR  5  1  0.818 NS  
41  Skin  4-34  97.3  FR  4  2 0.732  NS  
    CDR  2  0  0.818 NS  
42  Skin  4-61  94.3  FR  4  4 0.722  0.005  
    CDR  5  4  0.818 NS  
43  LN  4-30-4  92.3  FR  10  4 0.728  NS  
    CDR  7  2  0.805 NS  
44  LN  4-59  88.0  FR  14  10 0.722  0.025  
    CDR  9  2  0.821 NS  
45  ST  4-59  75.5  FR  44  21 0.722  NS  
    CDR  6  2  0.821 NS  
46  Testis  4-39  93.3  FR  4  6 0.725  0.001  
    CDR  8  2  0.818 0.016  
47  LN  4-39  89.2  FR  8  13  0.725 <0.001  
    CDR  7  4  0.818 NS  
48  LN  4-39  74.7  FR  27  18 0.725  <0.001  
    CDR  19  11  0.818 NS  
49* Stomach  4-39  75.8  FR 22  27  0.725  <0.001  
    CDR  15 8  0.818  NS  
50  NN  4-39  87.5  FR 14  14  0.725  0.016  
    CDR  6  3 0.818  NS  
51* LN  4-30-1  96.2 FR  5  3  0.728  NS  
    CDR 2  1  0.805  NS  
12* LN  5-51 92.2  FR  12  4  0.767  NS 
    CDR  6  1  0.778  NS  
52 LN  5-51  93.1  FR  13  2  0.767  NS 
    CDR  4  1  0.778  NS  
27 LN  5-51  100.0  FR  0  0  0.767  NA 
    CDR  0  0  0.778  NA  
53 LN  7-04-1  86.1  FR  13  19  0.746  <0.001 
    CDR  6  3  0.784  NS 
DLBCL No. Biopsy TissueMost Similar Germline VH GenePercent VH Gene Homology FR/CDRObserved Mutations RfP Value
R S
1  LN  1-69  100.0 FR  0  0  0.750  NA  
    CDR 0  0  0.778  NA  
2  LN  1-69  89.5 FR  10  10  0.750  0.002  
    CDR  8 3  0.778  NS  
3  LN  1-69  85.4  FR 16  9  0.750  0.003  
    CDR  13  5 0.778  0.021  
4  Thyroid  1-03  88.8  FR  19 5  0.750  NS  
    CDR  7  2 0.812  NS  
5  Small intestine  1-03  80.9 FR  24  19  0.750  0.008  
    CDR  10 3  0.812  NS  
6  Lung  1-f  81.1  FR 27  12  0.755  NS  
    CDR  13 3  0.797  NS  
7  LN  1-f  92.4  FR 7  12  0.755  0.006  
    CDR  2  1 0.797  NS  
8  NP  2-05  93.9  FR  6 5  0.743  0.009  
    CDR  7  2  0.802 0.042  
9  AT  2-05  98.3  FR  1  2  0.743 NS  
    CDR  2  0  0.802 NS  
10  LN  2-05  90.0  FR  15  4 0.743  NS  
    CDR  8  3  0.802 NS  
11  LN  2-05  98.9  FR  1  1 0.743  NS  
    CDR  1  0  0.802 NS  
12  LN  2-70  92.6  FR  8  9 0.738  0.030  
    CDR  4  1  0.802 NS  
13  MD  2-70  92.9  FR  6  7 0.738  0.005  
    CDR  5  3  0.802 NS  
14  Parotid  3-23  76.1  FR  24 23  0.744  <0.001  
    CDR  14  10 0.778  NS  
15  LN  3-23  97.0  FR  3 3  0.744  NS  
    CDR  3  0 0.778  NS  
16  LN  3-23  87.9  FR  17 9  0.744  NS  
    CDR  7  3 0.778  NS  
17  Lung  3-23  95.6  FR  4 6  0.744  0.030  
    CDR  3  0  0.778 NS  
18  MD  3-23  95.2  FR  2  6 0.744  0.001  
    CDR  2  4  0.778 NS  
19  LN  3-23  89.8  FR  9  6 0.744  0.001  
    CDR  11  4  0.778 0.006  
20  Stomach  3-33  96.9  FR  3  3 0.739  NS  
    CDR  2  1  0.811 NS  
21  Tonsil  3-33  97.6  FR  5  0 0.739  NS  
    CDR  1  1  0.811 NS  
8  NP  3-33  90.1  FR  11  8 0.739  0.020  
    CDR  9  1  0.811 0.048  
22  LN  3-33  83.3  FR  18  13 0.739  0.002  
    CDR  16  2  0.811 0.008  
23  Tonsil  3-33  95.9  FR  3  6 0.739  0.015  
    CDR  3  0  0.811 NS  
24  LN  3-48  87.6  FR  9  12 0.742  <0.001  
    CDR  9  5  0.825 NS  
25  AT  3-48  87.1  FR  6  10 0.742  <0.001  
    CDR  19  3  0.825 <0.001  
26  LN  3-48  90.4  FR  8  12 0.742  0.001  
    CDR  4  4  0.825 NS  
27  LN  3-48  90.1  FR  6  7 0.742  <0.001  
    CDR  10  6  0.825 0.021  
28  LN  3-49  93.0  FR  12  3  0.746 NS  
    CDR  4  2  0.754 NS  
29  LN  3-49  95.3  FR  6  5 0.746  NS  
    CDR  2  1  0.754 NS 
30  Spleen  3-30  87.4  FR  11  7 0.744  <0.001  
    CDR  15  4  0.796 0.001 
R S 
31  LN  3-30  83.0 FR  21  12  0.744  0.015  
    CDR  14 3  0.796  0.038  
32  LN  3-11  89.8  FR  14 6  0.740  NS  
    CDR  7  3 0.813  NS  
33  Spleen  3-11  92.2  FR 4  8  0.740  <0.001  
    CDR  8  3 0.813  0.029  
34  ST  3-07  96.3  FR  2  6 0.737  0.006  
    CDR  2  1  0.831 NS  
35  Testis  3-07  84.7  FR  21  13 0.737  NS  
    CDR  6  4  0.831 NS  
13  MD  3-07  96.3  FR  4  1 0.737  NS  
    CDR  5  1  0.831 0.023  
36† LN  3-66  73.4  FR  37  21 0.741  0.030  
    CDR  18  3  0.794 NS  
37  MD  3-73  97.0  FR  2  2 0.747  0.023  
    CDR  5  0  0.755 0.007  
38  LN  4-34  99.0  FR  1  2  0.732 NS  
    CDR  0  0  0.818 NS  
9  AT  4-34  100.0  FR  0  0 0.732  NA  
    CDR  0  0  0.818 NA  
39  LN  4-34  91.4  FR  3  16 0.732  <0.001  
    CDR  1  5  0.818 NS 
40  LN  4-34  83.7  FR  8  6 0.732  NS  
    CDR  5  1  0.818 NS  
41  Skin  4-34  97.3  FR  4  2 0.732  NS  
    CDR  2  0  0.818 NS  
42  Skin  4-61  94.3  FR  4  4 0.722  0.005  
    CDR  5  4  0.818 NS  
43  LN  4-30-4  92.3  FR  10  4 0.728  NS  
    CDR  7  2  0.805 NS  
44  LN  4-59  88.0  FR  14  10 0.722  0.025  
    CDR  9  2  0.821 NS  
45  ST  4-59  75.5  FR  44  21 0.722  NS  
    CDR  6  2  0.821 NS  
46  Testis  4-39  93.3  FR  4  6 0.725  0.001  
    CDR  8  2  0.818 0.016  
47  LN  4-39  89.2  FR  8  13  0.725 <0.001  
    CDR  7  4  0.818 NS  
48  LN  4-39  74.7  FR  27  18 0.725  <0.001  
    CDR  19  11  0.818 NS  
49* Stomach  4-39  75.8  FR 22  27  0.725  <0.001  
    CDR  15 8  0.818  NS  
50  NN  4-39  87.5  FR 14  14  0.725  0.016  
    CDR  6  3 0.818  NS  
51* LN  4-30-1  96.2 FR  5  3  0.728  NS  
    CDR 2  1  0.805  NS  
12* LN  5-51 92.2  FR  12  4  0.767  NS 
    CDR  6  1  0.778  NS  
52 LN  5-51  93.1  FR  13  2  0.767  NS 
    CDR  4  1  0.778  NS  
27 LN  5-51  100.0  FR  0  0  0.767  NA 
    CDR  0  0  0.778  NA  
53 LN  7-04-1  86.1  FR  13  19  0.746  <0.001 
    CDR  6  3  0.784  NS 
*

Cases in which an additional nonfunctional VH gene sequence was detected.

†

In this case nucleotide insertions and deletions were detected.

The P value is the probability that excess (for CDR) or scarcity (for FR) of mutations occurred by chance. Statistically nonsignificant values (P > 0.05) are marked as NS. AT indicates abdominal tumor; CDR, complementary determining region; FR, framework region; LN, lymph node; MD, mediastinal tumor; NA, not applicable; NN, tissue not known; NP, nasopharynx; Rf, inherent susceptibility to R mutations of the FR or CDR; ST, soft tissue.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal