Table 1.

Primers and Conditions for All Amplification Reactions Described in This Study

Locus/Amplimer S/T 1°/2° M/U Forward PrimerReverse Primer N °C P
ABL1island  S  —  —  acttctaaaataaaataaaacaaa ttttttttggatttgtagtttatt  3  50  D  
ABL1-I MSP S  —  M  cgcgtttcggttaggcggagacgcggtcgc aaacaaccccttcttaaatttacaa  3  58  A 
ABL1-I MSP  S  —  U tgtgttttggttaggtggagatgtggttgt  aaacaaccccttcttaaatttacaa  3 58  A  
MSH2-I MSP  S  —  M cgtcgtggtcggacgtcgttc  cactaaaaaaactactcac  2  48  A 
MSH2-I MSP  S  —  U  tgttgtggttggatgttgttt cactaaaaaaactactcac  2  48  A  
MSH2-II MSP S  —  M  aggacgcgttgttggtcgttc  cactaaaaaaactactcac 2  48  A  
MSH2-II MSP  S  — U  aggatgtgttgttggttgttt  cactaaaaaaactactcac  2  48 A  
MSH6-I MSP  S  —  M ttcgcgcggggtttaggcgtc  aaccttattaacatcactcaa  3  49.5 A  
MSH6-I MSP  S  —  U tttgtgtggggtttaggtgtt  aaccttattaacatcactcaa  3  49.5 A  
MSH6-II MSP  S  —  M cgcgtatcgttcgcgtacggc  aaccttattaacatcactcaa  3  49.5 A  
MSH6-II MSP  S  —  U tgtgtattgtttgtgtatggt  aaccttattaacatcactcaa  3  49.5 A  
MLH1 island  T  1°  — tttatgtattggtatataaagttt  ttctcaactctataaattactaaa  2  50 B  
MLH1-I MSP  T  2°  M acgtagacgttttattagggtcgc  ttctcaactctataaattactaaa  2  50 C  
MLH1-I MSP  T  2°  U atgtagatgttttattagggttgt  ttctcaactctataaattactaaa  2  50 C  
ATM island  T  1°  — taagatttaggttaaagtaaatat  atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50 B  
ATM-I MSP  T  2°  M gtggcggtattgaattcgc  atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C 
ATM-I MSP  T  2°  U  gtggtggtattgaatttgt atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-II MSP T  2°  M  cgattcgtaaacgttaagtc atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-II MSP T  2°  U  tgatttgtaaatgttaagtt atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-III MSP T  2°  M  cgttttcgttcgttttcggaattgtc atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-III MSP T  2°  U  tgtttttgtttgtttttggaattgtt atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-IV MSP T  2°  M  cgggatttgcgttgtaattatcgtcgc atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-IV MSP T  2°  U  tgggatttgtgttgtaattattgttgt atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C 
Locus/Amplimer S/T 1°/2° M/U Forward PrimerReverse Primer N °C P
ABL1island  S  —  —  acttctaaaataaaataaaacaaa ttttttttggatttgtagtttatt  3  50  D  
ABL1-I MSP S  —  M  cgcgtttcggttaggcggagacgcggtcgc aaacaaccccttcttaaatttacaa  3  58  A 
ABL1-I MSP  S  —  U tgtgttttggttaggtggagatgtggttgt  aaacaaccccttcttaaatttacaa  3 58  A  
MSH2-I MSP  S  —  M cgtcgtggtcggacgtcgttc  cactaaaaaaactactcac  2  48  A 
MSH2-I MSP  S  —  U  tgttgtggttggatgttgttt cactaaaaaaactactcac  2  48  A  
MSH2-II MSP S  —  M  aggacgcgttgttggtcgttc  cactaaaaaaactactcac 2  48  A  
MSH2-II MSP  S  — U  aggatgtgttgttggttgttt  cactaaaaaaactactcac  2  48 A  
MSH6-I MSP  S  —  M ttcgcgcggggtttaggcgtc  aaccttattaacatcactcaa  3  49.5 A  
MSH6-I MSP  S  —  U tttgtgtggggtttaggtgtt  aaccttattaacatcactcaa  3  49.5 A  
MSH6-II MSP  S  —  M cgcgtatcgttcgcgtacggc  aaccttattaacatcactcaa  3  49.5 A  
MSH6-II MSP  S  —  U tgtgtattgtttgtgtatggt  aaccttattaacatcactcaa  3  49.5 A  
MLH1 island  T  1°  — tttatgtattggtatataaagttt  ttctcaactctataaattactaaa  2  50 B  
MLH1-I MSP  T  2°  M acgtagacgttttattagggtcgc  ttctcaactctataaattactaaa  2  50 C  
MLH1-I MSP  T  2°  U atgtagatgttttattagggttgt  ttctcaactctataaattactaaa  2  50 C  
ATM island  T  1°  — taagatttaggttaaagtaaatat  atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50 B  
ATM-I MSP  T  2°  M gtggcggtattgaattcgc  atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C 
ATM-I MSP  T  2°  U  gtggtggtattgaatttgt atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-II MSP T  2°  M  cgattcgtaaacgttaagtc atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-II MSP T  2°  U  tgatttgtaaatgttaagtt atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-III MSP T  2°  M  cgttttcgttcgttttcggaattgtc atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-III MSP T  2°  U  tgtttttgtttgtttttggaattgtt atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-IV MSP T  2°  M  cgggatttgcgttgtaattatcgtcgc atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C  
ATM-IV MSP T  2°  U  tgggatttgtgttgtaattattgttgt atctaaaaaaaaaacaaactaaa  2  50  C 

Primers for amplification of the ABL1 CpG island correspond to the antisense strand (see Materials and Methods). All other amplifications correspond to the sense strand. Primers for first-round PCR of ATM and MLH1 loci are insensitive to methylation. For each gene, a common reverse primer was used.

Abbreviations: S, single-step MSP; T, 2-step MSP; 1°, first round of 2-step MSP; 2°, second round of 2-step MSP; M, primer specific for methylated DNA; U, primer specific for unmethylated DNA; N, amount of added microliters of a standard dNTP solution (10 mmol/L of each nucleotide) per 100 μL total PCR volume; °C, annealing temperature in centrigrade; P, cycling parameters: A, 1 cycle of denaturation for 1 minute, annealing for 1 minute 30 seconds, extension for 1 minute 30 seconds followed by 39 cycles of denaturation for 1 minute, annealing for 1 minute, extension for 1 minute; B, 5 cycles of denaturation for 1 minute, annealing for 2 minutes 30 seconds, extension for 4 minutes followed by 50 cycles of denaturation for 1 minute, annealing for 2 minutes, extension for 2 minutes 30 seconds; C, 10 cycles of denaturation for 1 minute, annealing for 1 minute, extension for 1 minute; D, 5 cycles of denaturation for 1 minute, annealing for 1 minute 30 seconds, extension for 4 minutes followed by 50 cycles of denaturation for 1 minute, annealing for 1 minute, extension for 2 minutes 30 seconds.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal