Table 2.

Clonotypic IgH CDR3 Sequences and Primers Used for PSA

....CDR2 PRIMER .................FR3 CDR3............................. JH 
01.  CACCAAGGACTCCTCCAAAA//TGTGCTCAC  ... AAACTTATCACTGGTTGGGACGGTAGTAGTTACTTTGACCAG.TGGGGC 
02.  TGGGAGTCATCTATCCTGGTG//TGTGCGACA ...  CAACACTACTATGATAGTTATATTGACTTC.TGGGGC 
03.  AGACTCAATGAAGGGCCGAT//TGTGCGAGA  ... GATACCTATTATTATGGTTCAGGGAGTTATTCATACTGGTACTTCGATCTC.TGGGGC  
04. ACTTCTACGACAATGGCGAAAC//TGTGCGGGT  ... GGCACCACGTCCTCCCAGGGTCAGAGGTTGGAACTC.TGGGGC 
05.  CACCATTCAGATTCCGTGAAG//TGTGCGAAG  ... CTCGTGGTTGTGGCGGTGGAAGCTCTAACCCAT GATAATCTTGATATT.TGGGGC  
06. ACCAACATACAATCCCTCCCTC//TGTGCGAGG  ... GTCCCCATGAACTATGCTATAAGGGGAAACTTAGGT TCCATTGACTAC.TGGGGC  
07. AGTGGGGACAGCAGTGAAAT//TGTGCGAGA ... GAATGGTCGTACTTCTATGAAAGTTATTGGTTA TTACCCTTTGACTTC.TGGGGC  
08. CTTATGTCATATGATGAAGGC//TGTGCGAGA  ... GACGGAAGCAGAGATGGCTACAACTCG GGTGTTTTTGATATC.TGGGGC  
09. ACCATCTCCAGAGACAACGC//TGTGCGAGA  ... GGGGATGGTTCGGGAGAGATCTTT CCTTACTACTACTATCACATGGACGTC.TGGGGC  
10. ATGAGCGCTACAACCCATCT//TGTTCACAC  ... ACGCGTTTCATGCCTGCGGATGTGAACAACTTCTTTGACTAC.TGGGGC 
11.  TGGCACTTATTTCAGATGATGG//TGTGCGCCA  ... GTTCTTGCCAACTGGTTTCGCCCCTTTGACCAC.TGGGGC 
12.  GTGGTGGGACAACAGACTCC//TGTACCACA ... GCGTTCAGTGAGCCCTCCAGCGACTACTACACGATGGACTTC.TGGGGC 
13.  AGTACTGGCGCTGTCACAAA//TGTGCGACA  ... GATCAAGATGACTACGGTGACTACGGGACCTTTAACTCC.TGGGGC 
14.  TGGAGTGGGTGGCTTCTTAT//TGTACGAGA  ... GTAAATCCTTTCTATGAAGGTAGTCGTTATCCCATA TACTACTTTGGCTAC.TGGGGC  
15. TCCTCCAGTGGAAGCACCTA//TGCGCCAGA ... GATCCCTCTGACTACTTTGACCTC.TGGGGC  
16. TCATCCCTATCTTTGGCACA//TGTGCGACA  ... GTAAATCCTTTCTATGAAGGTAGTCGTTATCCCATA TACTACTTTGGCTAC.TGGGGC  
17. GCTGGAGTGGGTAGGTTTCA//TGTACTAGA  ... GATAGGGAGGATACTGTAGTAGGAACAGTTACTATGGGCCGAATACCCACGGTT   AAATACTACTACTCCACCACATGGACGTC.TGGGGC 
18.  TGGGTGGGAATCATCTATCC//TGTGCGAGA  ... CATTATCACGGTTACCGATCGGACGTC.TGGGGC 
19.  CCATCAACTACATTGCTGACA//TGTGCGAAG  ... GGCCATCGCCATTGTAATGGAGGTGGCTGCGCCGTCCTGGACCTC.TGGGGC 
....CDR2 PRIMER .................FR3 CDR3............................. JH 
01.  CACCAAGGACTCCTCCAAAA//TGTGCTCAC  ... AAACTTATCACTGGTTGGGACGGTAGTAGTTACTTTGACCAG.TGGGGC 
02.  TGGGAGTCATCTATCCTGGTG//TGTGCGACA ...  CAACACTACTATGATAGTTATATTGACTTC.TGGGGC 
03.  AGACTCAATGAAGGGCCGAT//TGTGCGAGA  ... GATACCTATTATTATGGTTCAGGGAGTTATTCATACTGGTACTTCGATCTC.TGGGGC  
04. ACTTCTACGACAATGGCGAAAC//TGTGCGGGT  ... GGCACCACGTCCTCCCAGGGTCAGAGGTTGGAACTC.TGGGGC 
05.  CACCATTCAGATTCCGTGAAG//TGTGCGAAG  ... CTCGTGGTTGTGGCGGTGGAAGCTCTAACCCAT GATAATCTTGATATT.TGGGGC  
06. ACCAACATACAATCCCTCCCTC//TGTGCGAGG  ... GTCCCCATGAACTATGCTATAAGGGGAAACTTAGGT TCCATTGACTAC.TGGGGC  
07. AGTGGGGACAGCAGTGAAAT//TGTGCGAGA ... GAATGGTCGTACTTCTATGAAAGTTATTGGTTA TTACCCTTTGACTTC.TGGGGC  
08. CTTATGTCATATGATGAAGGC//TGTGCGAGA  ... GACGGAAGCAGAGATGGCTACAACTCG GGTGTTTTTGATATC.TGGGGC  
09. ACCATCTCCAGAGACAACGC//TGTGCGAGA  ... GGGGATGGTTCGGGAGAGATCTTT CCTTACTACTACTATCACATGGACGTC.TGGGGC  
10. ATGAGCGCTACAACCCATCT//TGTTCACAC  ... ACGCGTTTCATGCCTGCGGATGTGAACAACTTCTTTGACTAC.TGGGGC 
11.  TGGCACTTATTTCAGATGATGG//TGTGCGCCA  ... GTTCTTGCCAACTGGTTTCGCCCCTTTGACCAC.TGGGGC 
12.  GTGGTGGGACAACAGACTCC//TGTACCACA ... GCGTTCAGTGAGCCCTCCAGCGACTACTACACGATGGACTTC.TGGGGC 
13.  AGTACTGGCGCTGTCACAAA//TGTGCGACA  ... GATCAAGATGACTACGGTGACTACGGGACCTTTAACTCC.TGGGGC 
14.  TGGAGTGGGTGGCTTCTTAT//TGTACGAGA  ... GTAAATCCTTTCTATGAAGGTAGTCGTTATCCCATA TACTACTTTGGCTAC.TGGGGC  
15. TCCTCCAGTGGAAGCACCTA//TGCGCCAGA ... GATCCCTCTGACTACTTTGACCTC.TGGGGC  
16. TCATCCCTATCTTTGGCACA//TGTGCGACA  ... GTAAATCCTTTCTATGAAGGTAGTCGTTATCCCATA TACTACTTTGGCTAC.TGGGGC  
17. GCTGGAGTGGGTAGGTTTCA//TGTACTAGA  ... GATAGGGAGGATACTGTAGTAGGAACAGTTACTATGGGCCGAATACCCACGGTT   AAATACTACTACTCCACCACATGGACGTC.TGGGGC 
18.  TGGGTGGGAATCATCTATCC//TGTGCGAGA  ... CATTATCACGGTTACCGATCGGACGTC.TGGGGC 
19.  CCATCAACTACATTGCTGACA//TGTGCGAAG  ... GGCCATCGCCATTGTAATGGAGGTGGCTGCGCCGTCCTGGACCTC.TGGGGC 

The sequence of CDR2 chosen for PSA priming is indicated, followed by a break in the continuous VDJ sequence and then by the complete CDR3 sequence. Regions used as patient-specific CDR3 primers are highlighted in bold italics.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal