Table 3.

Primers Used in the Multiplex PCR

Multiplex No. Split-Out ReactionPrimers 1. PCR Primers 2. PCR
Name Sequence 5′ to 3′ Name Sequence 5′ to 3′
R1 AB  CBFB:267U22  TTTGAAGGCTCCCATGATTCTG  CBFBMYH:344U21 TGGGCTGTCTGGAGTTTGATG  
 A  MYH11:2198L22 AGGTCCCCTTCCAGCTTCTTCT  MYH11:2041L19  TGAGCGCCTGCATGTTGAC 
 B  MYH11:1438L24  GAGCTGGATGTTGAGAGTGGAGAT MYH11:1387L20  TCCTCGTCCAGCTGGTCTTG  
 CDE  MLL:3730U20 CCGCCTCAGCCACCTACTAC  MLL:3751U20  GGACCGCCAAGAAAAGAAGT 
 CDE  MLL:3955U24  AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT MLL:3996U24  AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 C  AFX1:29L20 GGGTGACTGGCAGCACAGAT  AFX1:5L24  GGTTTCTTCTTGGGGGCTTTAACT 
 D  AF6:279L21  CCGCTGACATGCACTTCATAG  AF6:242L22 GAGGACAGCATTCGCATATCAG  
 E  ELL:351L23 ACACCGTGATCTTGTCCTGTATG  ELL:306L22  TTCCCCATGACTGGAGACATAC 
 ABCDE  E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCDE  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R2  ABCDEF  MLL:3730U20  CCGCCTCAGCCACCTACTAC MLL:3751U20  GGACCGCCAAGAAAAGAAGT  
 ABCDEF  MLL:3955U24 AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT  MLL:3996U24 AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 A  AF1P:273L22 GGATACCTTTGCCATCTGTGTC  AF1P:255L22  TGTCGGCTAAATCCCAAATCT 
 B  AF17:1937L21  CCTCCAGGTCTGGCTCTGTGT  AF17:1834L23 GTAGAGCCAGCCAGAGAAAACAC  
 C  AF10:2363L23 CTGTTCTATGCTGGCTGCTACTG  AF10:2327L21  AACTGCTGTTGCCTGGTTGAT 
 D  AF10:1109L22  TTGCCCTCTGACCCTCTAGTCT  AF10:1074L23 TTCCACTAGAGGTGTGTGCAGAG  
 E  AF10:728L22 TGGACATTATCGGCACCATTAC  AF10:685L21  GGCAAACTGAGCGCATGTTAC 
 F  MLL:391L23  TTTAGAGGGGAAAACACAGATGG  MLL:333L22 TCTAGGTCTCCCACGAGGTTTT  
 ABCDEF  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDEF  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1884L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R3  A  PBX1:459L18* GCCACGCCTTCCGCTAAC  PBX1:436L21  CATGTTGTCCAGCCGCATCAG 
 D  SIL:24U19  CGACCCCAACGTCCCAGAG  SIL:83U20 CCCGCTCCTACCCTGCAAAC  
 D  TAL1:203L21 CGGTCATCCTGGGGCATATTT  TAL1:179L20  AGACCGGCCCCTCTGAATAG 
 B  HLF:1140L20  GCCCAGCTCCTTCCTCAAGT  HLF:998L20 CGCCTTGCCCAGTACTTGTC  
 C  TEL:871U23 CACTCCGTGGATTTCAAACAGTC  TEL:944U23  CTCATCGGGAAGACCTGGCTTAC 
 C  AML1A:1891L23  AGCCGAGTAGTTTTCATCATTGC AML1A:1772L21  AGCACGGAGCAGAGGAAGTTG  
 ABCD E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCD  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R4  AB  AML1A:1863U21  GATGGCACTCTGGTCACTGTG AML1A:1885U20  TGGCTGGCAATGATGAAAAC  
 B AMLMDSEVI:2375L24  CGATCTTCCTTTTGGTCCATATTC AMLMDSEVI:2345L21  CCCCAGGCATATTTGACTCTC  
 D† HOX11:590U20  GGGCGTCAACAACCTCACTG  HOX11:617U22 CTTCCCCTGGATGGAGAGTAAC  
 D† HOX11:857L21 GTCTGCCGTCTCCACTTTGTC  HOX11:810L19  GCGCATCGGTCATTTTGAG 
 A  ETO:327L23  TCTCCTATCTCGGGTGAAATGTC  ETO:116L22 CGTTGTCGGTGTAAATGAACTG  
 C  TLS:649U19 GGTGGCGGTTATGGCAATC  TLS:690U19  CAGCGGTGGCTATGGACAG 
 C  ERG:908L22  GTTCATGTTGGGTTTGCTCTTC  ERG:833L19 GGTGCCTTCCCAGGTGATG  
 ABCD  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCD  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R5  ABCDE MLL:3730U20  CCGCCTCAGCCACCTACTAC  MLL:3751U20 GGACCGCCAAGAAAAGAAGT  
 ABCDE  MLL:3955U24 AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT  MLL:3996U24 AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 A  AF4:1636L29 GAATTTGAGTGAGTTTTTGAAGATGTATC  AF4:1606L25 GTTTTTGGTTTGGGTTACAGAACT  
 D  AF9:1869L24  AF9:1818L24  GAGCAAAGATCAAAATCAAATGTT  
 C AF9:1498L22  CCAGATGTTTCCAGGTAACTCTGT  AF9:1466L26 CTCCATTTCAGAGTCATTGTCGTTAT  
 E  AF1Q:660L22 TTCGGCTGCCTCCTCTATTTAC  AF1Q:580L20  TGCTGGCAATGGGAGCTCTC 
 B  ENL:81L22  GCTTGAGAGGGAAGACAATGAG  ENL:30L19 GCGATGCCCCAGCTCTAAC  
 ABCDE  E2A:1075U21 CACCATCCAGTCGTGAGTGAAC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDE  E2A:1883L22  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1844L19 AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
   TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  
R6  A BCR:1698U19  CGCTCTCCCTCGCAGAACT  BCR:1777U19 ACTGCCCGGTTGTCGTGTC  
 B  BCR:3060U23 GAGTCACTGCTGCTGCTTATGTC  BCR:3128U22  CACGTTCCTGATCTCCTCTGAC 
 ABC  ABL:661L20  TTTTGGTTTGGGCTTCACAC  ABL:642L23 ACACCATTCCCCATTGTGATTAT  
 CD  TEL:309U21 GCTGCTGACCAAAGAGGACTT  TEL:343U24  CCTCATTCAGGTGATGTGCTCTAT 
 D  PDGFR:2282L22  CATAAGGGCTTGCTTCTCACTG PDGFR:2090L22  CATGGGGTCCACGTAGATGTAC  
 ABCD E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCD  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R7  A  DEK:870U24  TGCCAATGTTAAGAAAGCAGATAG  DEK:892U21 AGCAGCACCACCAAGAAGAAT  
 AB  CAN:2872L21 GGCAAGGATTTGGTGTGAGAT  CAN:2642L20  GTCTCTCGCTCTGGCACAAG 
 B  SET:468U23  CACCCGAAATCAAATGGAAATCTG  SET:552U24 TGAGGAACCAGAGAGCTTCTTTAC 
 C† AMLMDSEVI:4331U23 CCACTAAGCGAAAGGATGAGAAG  AMLMDSEVI:4509U21 CGTCGAATCAAGACCTGCTTC  
 C† AMLMDSEVI:4866L21 TGCCGTGTTAGGTTTGCAGAC  AMLMDSEVI:4746L25 GAACATAGAGGGCACTGACTGTAAG  
 ABC  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABC  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1884L19 AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R8  A  PLZF:1092U21 CCACAAGGCTGACGCTGTATT  PLZF:1252U21  GTGGGCATGAAGTCAGAGAGC 
 B  PML3:1211U19  CAAGAAAGCCAGCCCAGAG  PML3:1370U21 GCCAGTGTACGCCTTCTCCAT  
 C  PML3:861U19 GTGCGCCAGGTGGTAGCTC  PML3:930U20  CAGCGCGACTACGAGGAGAT 
 ABCE  RARA:540L19  AAGCCCTTGCAGCCCTCAC  RARA:508L22 CCCATAGTGGTAGCCTGAGGAC  
 DEF  NPM:290U25 ACGAAGGCAGTCCAATTAAAGTAAC  NPM:403U21  GGTTCAGGGCCAGTGCATATT 
 D  NPMALK:627L21  CACACTTCAGGCAGCGTCTTC NPMALK:590L19  CTTGGGTCGTTGGGCATTC  
 F MLF1:235L27  AGCTCTCCCTCTACCATCAGAGATACT  MLF1:192L28 AAAGGGTTCAGAAAAACTTCTTATCATC  
 ABCDEF  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDEF  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
Multiplex No. Split-Out ReactionPrimers 1. PCR Primers 2. PCR
Name Sequence 5′ to 3′ Name Sequence 5′ to 3′
R1 AB  CBFB:267U22  TTTGAAGGCTCCCATGATTCTG  CBFBMYH:344U21 TGGGCTGTCTGGAGTTTGATG  
 A  MYH11:2198L22 AGGTCCCCTTCCAGCTTCTTCT  MYH11:2041L19  TGAGCGCCTGCATGTTGAC 
 B  MYH11:1438L24  GAGCTGGATGTTGAGAGTGGAGAT MYH11:1387L20  TCCTCGTCCAGCTGGTCTTG  
 CDE  MLL:3730U20 CCGCCTCAGCCACCTACTAC  MLL:3751U20  GGACCGCCAAGAAAAGAAGT 
 CDE  MLL:3955U24  AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT MLL:3996U24  AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 C  AFX1:29L20 GGGTGACTGGCAGCACAGAT  AFX1:5L24  GGTTTCTTCTTGGGGGCTTTAACT 
 D  AF6:279L21  CCGCTGACATGCACTTCATAG  AF6:242L22 GAGGACAGCATTCGCATATCAG  
 E  ELL:351L23 ACACCGTGATCTTGTCCTGTATG  ELL:306L22  TTCCCCATGACTGGAGACATAC 
 ABCDE  E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCDE  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R2  ABCDEF  MLL:3730U20  CCGCCTCAGCCACCTACTAC MLL:3751U20  GGACCGCCAAGAAAAGAAGT  
 ABCDEF  MLL:3955U24 AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT  MLL:3996U24 AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 A  AF1P:273L22 GGATACCTTTGCCATCTGTGTC  AF1P:255L22  TGTCGGCTAAATCCCAAATCT 
 B  AF17:1937L21  CCTCCAGGTCTGGCTCTGTGT  AF17:1834L23 GTAGAGCCAGCCAGAGAAAACAC  
 C  AF10:2363L23 CTGTTCTATGCTGGCTGCTACTG  AF10:2327L21  AACTGCTGTTGCCTGGTTGAT 
 D  AF10:1109L22  TTGCCCTCTGACCCTCTAGTCT  AF10:1074L23 TTCCACTAGAGGTGTGTGCAGAG  
 E  AF10:728L22 TGGACATTATCGGCACCATTAC  AF10:685L21  GGCAAACTGAGCGCATGTTAC 
 F  MLL:391L23  TTTAGAGGGGAAAACACAGATGG  MLL:333L22 TCTAGGTCTCCCACGAGGTTTT  
 ABCDEF  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDEF  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1884L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R3  A  PBX1:459L18* GCCACGCCTTCCGCTAAC  PBX1:436L21  CATGTTGTCCAGCCGCATCAG 
 D  SIL:24U19  CGACCCCAACGTCCCAGAG  SIL:83U20 CCCGCTCCTACCCTGCAAAC  
 D  TAL1:203L21 CGGTCATCCTGGGGCATATTT  TAL1:179L20  AGACCGGCCCCTCTGAATAG 
 B  HLF:1140L20  GCCCAGCTCCTTCCTCAAGT  HLF:998L20 CGCCTTGCCCAGTACTTGTC  
 C  TEL:871U23 CACTCCGTGGATTTCAAACAGTC  TEL:944U23  CTCATCGGGAAGACCTGGCTTAC 
 C  AML1A:1891L23  AGCCGAGTAGTTTTCATCATTGC AML1A:1772L21  AGCACGGAGCAGAGGAAGTTG  
 ABCD E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCD  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R4  AB  AML1A:1863U21  GATGGCACTCTGGTCACTGTG AML1A:1885U20  TGGCTGGCAATGATGAAAAC  
 B AMLMDSEVI:2375L24  CGATCTTCCTTTTGGTCCATATTC AMLMDSEVI:2345L21  CCCCAGGCATATTTGACTCTC  
 D† HOX11:590U20  GGGCGTCAACAACCTCACTG  HOX11:617U22 CTTCCCCTGGATGGAGAGTAAC  
 D† HOX11:857L21 GTCTGCCGTCTCCACTTTGTC  HOX11:810L19  GCGCATCGGTCATTTTGAG 
 A  ETO:327L23  TCTCCTATCTCGGGTGAAATGTC  ETO:116L22 CGTTGTCGGTGTAAATGAACTG  
 C  TLS:649U19 GGTGGCGGTTATGGCAATC  TLS:690U19  CAGCGGTGGCTATGGACAG 
 C  ERG:908L22  GTTCATGTTGGGTTTGCTCTTC  ERG:833L19 GGTGCCTTCCCAGGTGATG  
 ABCD  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCD  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R5  ABCDE MLL:3730U20  CCGCCTCAGCCACCTACTAC  MLL:3751U20 GGACCGCCAAGAAAAGAAGT  
 ABCDE  MLL:3955U24 AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT  MLL:3996U24 AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 A  AF4:1636L29 GAATTTGAGTGAGTTTTTGAAGATGTATC  AF4:1606L25 GTTTTTGGTTTGGGTTACAGAACT  
 D  AF9:1869L24  AF9:1818L24  GAGCAAAGATCAAAATCAAATGTT  
 C AF9:1498L22  CCAGATGTTTCCAGGTAACTCTGT  AF9:1466L26 CTCCATTTCAGAGTCATTGTCGTTAT  
 E  AF1Q:660L22 TTCGGCTGCCTCCTCTATTTAC  AF1Q:580L20  TGCTGGCAATGGGAGCTCTC 
 B  ENL:81L22  GCTTGAGAGGGAAGACAATGAG  ENL:30L19 GCGATGCCCCAGCTCTAAC  
 ABCDE  E2A:1075U21 CACCATCCAGTCGTGAGTGAAC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDE  E2A:1883L22  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1844L19 AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
   TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  
R6  A BCR:1698U19  CGCTCTCCCTCGCAGAACT  BCR:1777U19 ACTGCCCGGTTGTCGTGTC  
 B  BCR:3060U23 GAGTCACTGCTGCTGCTTATGTC  BCR:3128U22  CACGTTCCTGATCTCCTCTGAC 
 ABC  ABL:661L20  TTTTGGTTTGGGCTTCACAC  ABL:642L23 ACACCATTCCCCATTGTGATTAT  
 CD  TEL:309U21 GCTGCTGACCAAAGAGGACTT  TEL:343U24  CCTCATTCAGGTGATGTGCTCTAT 
 D  PDGFR:2282L22  CATAAGGGCTTGCTTCTCACTG PDGFR:2090L22  CATGGGGTCCACGTAGATGTAC  
 ABCD E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCD  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R7  A  DEK:870U24  TGCCAATGTTAAGAAAGCAGATAG  DEK:892U21 AGCAGCACCACCAAGAAGAAT  
 AB  CAN:2872L21 GGCAAGGATTTGGTGTGAGAT  CAN:2642L20  GTCTCTCGCTCTGGCACAAG 
 B  SET:468U23  CACCCGAAATCAAATGGAAATCTG  SET:552U24 TGAGGAACCAGAGAGCTTCTTTAC 
 C† AMLMDSEVI:4331U23 CCACTAAGCGAAAGGATGAGAAG  AMLMDSEVI:4509U21 CGTCGAATCAAGACCTGCTTC  
 C† AMLMDSEVI:4866L21 TGCCGTGTTAGGTTTGCAGAC  AMLMDSEVI:4746L25 GAACATAGAGGGCACTGACTGTAAG  
 ABC  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABC  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1884L19 AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R8  A  PLZF:1092U21 CCACAAGGCTGACGCTGTATT  PLZF:1252U21  GTGGGCATGAAGTCAGAGAGC 
 B  PML3:1211U19  CAAGAAAGCCAGCCCAGAG  PML3:1370U21 GCCAGTGTACGCCTTCTCCAT  
 C  PML3:861U19 GTGCGCCAGGTGGTAGCTC  PML3:930U20  CAGCGCGACTACGAGGAGAT 
 ABCE  RARA:540L19  AAGCCCTTGCAGCCCTCAC  RARA:508L22 CCCATAGTGGTAGCCTGAGGAC  
 DEF  NPM:290U25 ACGAAGGCAGTCCAATTAAAGTAAC  NPM:403U21  GGTTCAGGGCCAGTGCATATT 
 D  NPMALK:627L21  CACACTTCAGGCAGCGTCTTC NPMALK:590L19  CTTGGGTCGTTGGGCATTC  
 F MLF1:235L27  AGCTCTCCCTCTACCATCAGAGATACT  MLF1:192L28 AAAGGGTTCAGAAAAACTTCTTATCATC  
 ABCDEF  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDEF  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 

The nomenclature of the primers is as in Table 2.

*

PBX = PML.

†

Primers used for detection of HOX11 and EVI1expression. The use of these primers is not discussed further in this presentation.

[ViewLarge]
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal