Table 3.

Primers Used in the Multiplex PCR

Multiplex No. Split-Out ReactionPrimers 1. PCR Primers 2. PCR
Name Sequence 5′ to 3′ Name Sequence 5′ to 3′
R1 AB  CBFB:267U22  TTTGAAGGCTCCCATGATTCTG  CBFBMYH:344U21 TGGGCTGTCTGGAGTTTGATG  
 A  MYH11:2198L22 AGGTCCCCTTCCAGCTTCTTCT  MYH11:2041L19  TGAGCGCCTGCATGTTGAC 
 B  MYH11:1438L24  GAGCTGGATGTTGAGAGTGGAGAT MYH11:1387L20  TCCTCGTCCAGCTGGTCTTG  
 CDE  MLL:3730U20 CCGCCTCAGCCACCTACTAC  MLL:3751U20  GGACCGCCAAGAAAAGAAGT 
 CDE  MLL:3955U24  AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT MLL:3996U24  AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 C  AFX1:29L20 GGGTGACTGGCAGCACAGAT  AFX1:5L24  GGTTTCTTCTTGGGGGCTTTAACT 
 D  AF6:279L21  CCGCTGACATGCACTTCATAG  AF6:242L22 GAGGACAGCATTCGCATATCAG  
 E  ELL:351L23 ACACCGTGATCTTGTCCTGTATG  ELL:306L22  TTCCCCATGACTGGAGACATAC 
 ABCDE  E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCDE  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R2  ABCDEF  MLL:3730U20  CCGCCTCAGCCACCTACTAC MLL:3751U20  GGACCGCCAAGAAAAGAAGT  
 ABCDEF  MLL:3955U24 AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT  MLL:3996U24 AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 A  AF1P:273L22 GGATACCTTTGCCATCTGTGTC  AF1P:255L22  TGTCGGCTAAATCCCAAATCT 
 B  AF17:1937L21  CCTCCAGGTCTGGCTCTGTGT  AF17:1834L23 GTAGAGCCAGCCAGAGAAAACAC  
 C  AF10:2363L23 CTGTTCTATGCTGGCTGCTACTG  AF10:2327L21  AACTGCTGTTGCCTGGTTGAT 
 D  AF10:1109L22  TTGCCCTCTGACCCTCTAGTCT  AF10:1074L23 TTCCACTAGAGGTGTGTGCAGAG  
 E  AF10:728L22 TGGACATTATCGGCACCATTAC  AF10:685L21  GGCAAACTGAGCGCATGTTAC 
 F  MLL:391L23  TTTAGAGGGGAAAACACAGATGG  MLL:333L22 TCTAGGTCTCCCACGAGGTTTT  
 ABCDEF  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDEF  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1884L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R3  A  PBX1:459L18* GCCACGCCTTCCGCTAAC  PBX1:436L21  CATGTTGTCCAGCCGCATCAG 
 D  SIL:24U19  CGACCCCAACGTCCCAGAG  SIL:83U20 CCCGCTCCTACCCTGCAAAC  
 D  TAL1:203L21 CGGTCATCCTGGGGCATATTT  TAL1:179L20  AGACCGGCCCCTCTGAATAG 
 B  HLF:1140L20  GCCCAGCTCCTTCCTCAAGT  HLF:998L20 CGCCTTGCCCAGTACTTGTC  
 C  TEL:871U23 CACTCCGTGGATTTCAAACAGTC  TEL:944U23  CTCATCGGGAAGACCTGGCTTAC 
 C  AML1A:1891L23  AGCCGAGTAGTTTTCATCATTGC AML1A:1772L21  AGCACGGAGCAGAGGAAGTTG  
 ABCD E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCD  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R4  AB  AML1A:1863U21  GATGGCACTCTGGTCACTGTG AML1A:1885U20  TGGCTGGCAATGATGAAAAC  
 B AMLMDSEVI:2375L24  CGATCTTCCTTTTGGTCCATATTC AMLMDSEVI:2345L21  CCCCAGGCATATTTGACTCTC  
 D† HOX11:590U20  GGGCGTCAACAACCTCACTG  HOX11:617U22 CTTCCCCTGGATGGAGAGTAAC  
 D† HOX11:857L21 GTCTGCCGTCTCCACTTTGTC  HOX11:810L19  GCGCATCGGTCATTTTGAG 
 A  ETO:327L23  TCTCCTATCTCGGGTGAAATGTC  ETO:116L22 CGTTGTCGGTGTAAATGAACTG  
 C  TLS:649U19 GGTGGCGGTTATGGCAATC  TLS:690U19  CAGCGGTGGCTATGGACAG 
 C  ERG:908L22  GTTCATGTTGGGTTTGCTCTTC  ERG:833L19 GGTGCCTTCCCAGGTGATG  
 ABCD  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCD  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R5  ABCDE MLL:3730U20  CCGCCTCAGCCACCTACTAC  MLL:3751U20 GGACCGCCAAGAAAAGAAGT  
 ABCDE  MLL:3955U24 AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT  MLL:3996U24 AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 A  AF4:1636L29 GAATTTGAGTGAGTTTTTGAAGATGTATC  AF4:1606L25 GTTTTTGGTTTGGGTTACAGAACT  
 D  AF9:1869L24  AF9:1818L24  GAGCAAAGATCAAAATCAAATGTT  
 C AF9:1498L22  CCAGATGTTTCCAGGTAACTCTGT  AF9:1466L26 CTCCATTTCAGAGTCATTGTCGTTAT  
 E  AF1Q:660L22 TTCGGCTGCCTCCTCTATTTAC  AF1Q:580L20  TGCTGGCAATGGGAGCTCTC 
 B  ENL:81L22  GCTTGAGAGGGAAGACAATGAG  ENL:30L19 GCGATGCCCCAGCTCTAAC  
 ABCDE  E2A:1075U21 CACCATCCAGTCGTGAGTGAAC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDE  E2A:1883L22  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1844L19 AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
   TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  
R6  A BCR:1698U19  CGCTCTCCCTCGCAGAACT  BCR:1777U19 ACTGCCCGGTTGTCGTGTC  
 B  BCR:3060U23 GAGTCACTGCTGCTGCTTATGTC  BCR:3128U22  CACGTTCCTGATCTCCTCTGAC 
 ABC  ABL:661L20  TTTTGGTTTGGGCTTCACAC  ABL:642L23 ACACCATTCCCCATTGTGATTAT  
 CD  TEL:309U21 GCTGCTGACCAAAGAGGACTT  TEL:343U24  CCTCATTCAGGTGATGTGCTCTAT 
 D  PDGFR:2282L22  CATAAGGGCTTGCTTCTCACTG PDGFR:2090L22  CATGGGGTCCACGTAGATGTAC  
 ABCD E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCD  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R7  A  DEK:870U24  TGCCAATGTTAAGAAAGCAGATAG  DEK:892U21 AGCAGCACCACCAAGAAGAAT  
 AB  CAN:2872L21 GGCAAGGATTTGGTGTGAGAT  CAN:2642L20  GTCTCTCGCTCTGGCACAAG 
 B  SET:468U23  CACCCGAAATCAAATGGAAATCTG  SET:552U24 TGAGGAACCAGAGAGCTTCTTTAC 
 C† AMLMDSEVI:4331U23 CCACTAAGCGAAAGGATGAGAAG  AMLMDSEVI:4509U21 CGTCGAATCAAGACCTGCTTC  
 C† AMLMDSEVI:4866L21 TGCCGTGTTAGGTTTGCAGAC  AMLMDSEVI:4746L25 GAACATAGAGGGCACTGACTGTAAG  
 ABC  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABC  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1884L19 AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R8  A  PLZF:1092U21 CCACAAGGCTGACGCTGTATT  PLZF:1252U21  GTGGGCATGAAGTCAGAGAGC 
 B  PML3:1211U19  CAAGAAAGCCAGCCCAGAG  PML3:1370U21 GCCAGTGTACGCCTTCTCCAT  
 C  PML3:861U19 GTGCGCCAGGTGGTAGCTC  PML3:930U20  CAGCGCGACTACGAGGAGAT 
 ABCE  RARA:540L19  AAGCCCTTGCAGCCCTCAC  RARA:508L22 CCCATAGTGGTAGCCTGAGGAC  
 DEF  NPM:290U25 ACGAAGGCAGTCCAATTAAAGTAAC  NPM:403U21  GGTTCAGGGCCAGTGCATATT 
 D  NPMALK:627L21  CACACTTCAGGCAGCGTCTTC NPMALK:590L19  CTTGGGTCGTTGGGCATTC  
 F MLF1:235L27  AGCTCTCCCTCTACCATCAGAGATACT  MLF1:192L28 AAAGGGTTCAGAAAAACTTCTTATCATC  
 ABCDEF  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDEF  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
Multiplex No. Split-Out ReactionPrimers 1. PCR Primers 2. PCR
Name Sequence 5′ to 3′ Name Sequence 5′ to 3′
R1 AB  CBFB:267U22  TTTGAAGGCTCCCATGATTCTG  CBFBMYH:344U21 TGGGCTGTCTGGAGTTTGATG  
 A  MYH11:2198L22 AGGTCCCCTTCCAGCTTCTTCT  MYH11:2041L19  TGAGCGCCTGCATGTTGAC 
 B  MYH11:1438L24  GAGCTGGATGTTGAGAGTGGAGAT MYH11:1387L20  TCCTCGTCCAGCTGGTCTTG  
 CDE  MLL:3730U20 CCGCCTCAGCCACCTACTAC  MLL:3751U20  GGACCGCCAAGAAAAGAAGT 
 CDE  MLL:3955U24  AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT MLL:3996U24  AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 C  AFX1:29L20 GGGTGACTGGCAGCACAGAT  AFX1:5L24  GGTTTCTTCTTGGGGGCTTTAACT 
 D  AF6:279L21  CCGCTGACATGCACTTCATAG  AF6:242L22 GAGGACAGCATTCGCATATCAG  
 E  ELL:351L23 ACACCGTGATCTTGTCCTGTATG  ELL:306L22  TTCCCCATGACTGGAGACATAC 
 ABCDE  E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCDE  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R2  ABCDEF  MLL:3730U20  CCGCCTCAGCCACCTACTAC MLL:3751U20  GGACCGCCAAGAAAAGAAGT  
 ABCDEF  MLL:3955U24 AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT  MLL:3996U24 AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 A  AF1P:273L22 GGATACCTTTGCCATCTGTGTC  AF1P:255L22  TGTCGGCTAAATCCCAAATCT 
 B  AF17:1937L21  CCTCCAGGTCTGGCTCTGTGT  AF17:1834L23 GTAGAGCCAGCCAGAGAAAACAC  
 C  AF10:2363L23 CTGTTCTATGCTGGCTGCTACTG  AF10:2327L21  AACTGCTGTTGCCTGGTTGAT 
 D  AF10:1109L22  TTGCCCTCTGACCCTCTAGTCT  AF10:1074L23 TTCCACTAGAGGTGTGTGCAGAG  
 E  AF10:728L22 TGGACATTATCGGCACCATTAC  AF10:685L21  GGCAAACTGAGCGCATGTTAC 
 F  MLL:391L23  TTTAGAGGGGAAAACACAGATGG  MLL:333L22 TCTAGGTCTCCCACGAGGTTTT  
 ABCDEF  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDEF  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1884L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R3  A  PBX1:459L18* GCCACGCCTTCCGCTAAC  PBX1:436L21  CATGTTGTCCAGCCGCATCAG 
 D  SIL:24U19  CGACCCCAACGTCCCAGAG  SIL:83U20 CCCGCTCCTACCCTGCAAAC  
 D  TAL1:203L21 CGGTCATCCTGGGGCATATTT  TAL1:179L20  AGACCGGCCCCTCTGAATAG 
 B  HLF:1140L20  GCCCAGCTCCTTCCTCAAGT  HLF:998L20 CGCCTTGCCCAGTACTTGTC  
 C  TEL:871U23 CACTCCGTGGATTTCAAACAGTC  TEL:944U23  CTCATCGGGAAGACCTGGCTTAC 
 C  AML1A:1891L23  AGCCGAGTAGTTTTCATCATTGC AML1A:1772L21  AGCACGGAGCAGAGGAAGTTG  
 ABCD E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCD  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R4  AB  AML1A:1863U21  GATGGCACTCTGGTCACTGTG AML1A:1885U20  TGGCTGGCAATGATGAAAAC  
 B AMLMDSEVI:2375L24  CGATCTTCCTTTTGGTCCATATTC AMLMDSEVI:2345L21  CCCCAGGCATATTTGACTCTC  
 D† HOX11:590U20  GGGCGTCAACAACCTCACTG  HOX11:617U22 CTTCCCCTGGATGGAGAGTAAC  
 D† HOX11:857L21 GTCTGCCGTCTCCACTTTGTC  HOX11:810L19  GCGCATCGGTCATTTTGAG 
 A  ETO:327L23  TCTCCTATCTCGGGTGAAATGTC  ETO:116L22 CGTTGTCGGTGTAAATGAACTG  
 C  TLS:649U19 GGTGGCGGTTATGGCAATC  TLS:690U19  CAGCGGTGGCTATGGACAG 
 C  ERG:908L22  GTTCATGTTGGGTTTGCTCTTC  ERG:833L19 GGTGCCTTCCCAGGTGATG  
 ABCD  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCD  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R5  ABCDE MLL:3730U20  CCGCCTCAGCCACCTACTAC  MLL:3751U20 GGACCGCCAAGAAAAGAAGT  
 ABCDE  MLL:3955U24 AGCACTCTCTCCAATGGCAATAGT  MLL:3996U24 AGCAGATGGAGTCCACAGGATCAG  
 A  AF4:1636L29 GAATTTGAGTGAGTTTTTGAAGATGTATC  AF4:1606L25 GTTTTTGGTTTGGGTTACAGAACT  
 D  AF9:1869L24  AF9:1818L24  GAGCAAAGATCAAAATCAAATGTT  
 C AF9:1498L22  CCAGATGTTTCCAGGTAACTCTGT  AF9:1466L26 CTCCATTTCAGAGTCATTGTCGTTAT  
 E  AF1Q:660L22 TTCGGCTGCCTCCTCTATTTAC  AF1Q:580L20  TGCTGGCAATGGGAGCTCTC 
 B  ENL:81L22  GCTTGAGAGGGAAGACAATGAG  ENL:30L19 GCGATGCCCCAGCTCTAAC  
 ABCDE  E2A:1075U21 CACCATCCAGTCGTGAGTGAAC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDE  E2A:1883L22  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1844L19 AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
   TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  
R6  A BCR:1698U19  CGCTCTCCCTCGCAGAACT  BCR:1777U19 ACTGCCCGGTTGTCGTGTC  
 B  BCR:3060U23 GAGTCACTGCTGCTGCTTATGTC  BCR:3128U22  CACGTTCCTGATCTCCTCTGAC 
 ABC  ABL:661L20  TTTTGGTTTGGGCTTCACAC  ABL:642L23 ACACCATTCCCCATTGTGATTAT  
 CD  TEL:309U21 GCTGCTGACCAAAGAGGACTT  TEL:343U24  CCTCATTCAGGTGATGTGCTCTAT 
 D  PDGFR:2282L22  CATAAGGGCTTGCTTCTCACTG PDGFR:2090L22  CATGGGGTCCACGTAGATGTAC  
 ABCD E2A:1075U21  TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19 CTACGACGGGGGTCTCCAC  
 ABCD  E2A:1883L22 TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 
R7  A  DEK:870U24  TGCCAATGTTAAGAAAGCAGATAG  DEK:892U21 AGCAGCACCACCAAGAAGAAT  
 AB  CAN:2872L21 GGCAAGGATTTGGTGTGAGAT  CAN:2642L20  GTCTCTCGCTCTGGCACAAG 
 B  SET:468U23  CACCCGAAATCAAATGGAAATCTG  SET:552U24 TGAGGAACCAGAGAGCTTCTTTAC 
 C† AMLMDSEVI:4331U23 CCACTAAGCGAAAGGATGAGAAG  AMLMDSEVI:4509U21 CGTCGAATCAAGACCTGCTTC  
 C† AMLMDSEVI:4866L21 TGCCGTGTTAGGTTTGCAGAC  AMLMDSEVI:4746L25 GAACATAGAGGGCACTGACTGTAAG  
 ABC  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABC  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA  E2A:1884L19 AGGTTCCGCTCTCGCACTT  
R8  A  PLZF:1092U21 CCACAAGGCTGACGCTGTATT  PLZF:1252U21  GTGGGCATGAAGTCAGAGAGC 
 B  PML3:1211U19  CAAGAAAGCCAGCCCAGAG  PML3:1370U21 GCCAGTGTACGCCTTCTCCAT  
 C  PML3:861U19 GTGCGCCAGGTGGTAGCTC  PML3:930U20  CAGCGCGACTACGAGGAGAT 
 ABCE  RARA:540L19  AAGCCCTTGCAGCCCTCAC  RARA:508L22 CCCATAGTGGTAGCCTGAGGAC  
 DEF  NPM:290U25 ACGAAGGCAGTCCAATTAAAGTAAC  NPM:403U21  GGTTCAGGGCCAGTGCATATT 
 D  NPMALK:627L21  CACACTTCAGGCAGCGTCTTC NPMALK:590L19  CTTGGGTCGTTGGGCATTC  
 F MLF1:235L27  AGCTCTCCCTCTACCATCAGAGATACT  MLF1:192L28 AAAGGGTTCAGAAAAACTTCTTATCATC  
 ABCDEF  E2A:1075U21 TTCTCGTCCAGCCCTTCTACC  E2A:1173U19  CTACGACGGGGGTCTCCAC 
 ABCDEF  E2A:1883L22  TTTTCCTCTTCTCGCCGTTTCA E2A:1844L19  AGGTTCCGCTCTCGCACTT 

The nomenclature of the primers is as in Table 2.

*

PBX = PML.

†

Primers used for detection of HOX11 and EVI1expression. The use of these primers is not discussed further in this presentation.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal