Table 1

Clinical, cytogenetic, and genomic alterations in the ALL cohorts

Full ALL cohort (n = 1061)
NCI HR (n = 499)
NCI SR (n = 562)
P (log-rank)
No. of positive casesNo. of evaluable casesNot determined%No. of positive casesNo. of evaluable casesNot determined%No. of positive casesNo. of evaluable casesNot determined%
Clinical feature              
    P9905 trial 896 1061 0 84.4 344 499 0 68.9 552 562 0 98.2 < .001 
    P9906 trial 165 1061 0 15.6 155 499 0 31.1 10 572 0 1.7 < .001 
    Age ≥ 10 y 298 1061 0 28.1 298 499 0 59.7 0 562 0 0 < .001 
    WBC ≥ 50 000/μL 256 1061 0 24.1 256 499 0 51.3 0 562 0 0 < .001 
    Male 548 1061 0 51.6 245 499 0 49.1 303 562 0 53.9 .124 
    MRD ≥ 0.01% 220 964 97 22.8 119 453 46 26.3 101 511 51 19.8 .017 
    Relapsed 264 1061 0 24.9 169 499 0 33.9 95 562 0 16.9 < .001 
Chromosomal abnormalities              
    t(1;19) 81 1059 2 7.6 39 498 1 7.8 42 561 1 7.5 .908 
    t(12;21) 84 1057 4 7.9 83 498 1 16.7 1 559 3 0.2 < .001 
    MLL-R 19 1061 0 1.8 16 499 0 3.2 3 562 0 0.5 .002 
    Trisomy 4 and 10 101 1044 18 9.7 97 494 5 19.6 3 549 13 0.5 < .001 
    DS 48 1027 34 4.7 13 468 31 2.8 35 559 3 6.3 .011 
CRLF2 expression and genomic aberrations              
    High expression 186 1061 0 17.5 95 499 0 19.0 91 562 0 16.2 .226 
    IGH@-CRLF2 31 301 760 10.3 22 140 359 15.7 9 161 401 5.6 .004 
    P2RY8-CRLF2 65 315 746 20.6 24 142 357 16.9 41 172 389 23.8 .162 
    Either lesion* 93 304 757 30.6 44 141 358 31.2 49 163 389 30.1 .901 
    F232C mutation 3 152 909 2.0 0 53 446 0 3 99 463 3.0 .552 
    Gain of locus† 256 709 352 36.1 98 306 193 32.0 158 403 159 39.2 .058 
JAK mutations              
    JAK1 6 890 171 0.7 4 448 51 0.9 2 442 120 0.5 .687 
    JAK2 33 892 169 3.7 20 447 52 4.5 13 445 117 2.9 .287 
    JAK3 1 893 168 0.1 1 448 51 0.2 0 445 117 0 > .999 
    Any JAK 39 889 172 4.4 25 447 52 5.6 14 442 120 3.2 .101 
IKZF1 deletions or mutations              
    IKZF1 deletion 157 866 195 18.1 81 436 63 18.6 76 430 132 17.7 .791 
    IKZF1 mutation 9 774 287 1.2 6 392 107 1.5 3 382 180 0.8 .506 
    Either 163 680 381 24.0 85 361 138 23.5 78 319 243 24.5 .788 
    IL7R mutations 5 335 726 1.5 2 164 335 1.2 3 171 391 1.8 > .999 
Full ALL cohort (n = 1061)
NCI HR (n = 499)
NCI SR (n = 562)
P (log-rank)
No. of positive casesNo. of evaluable casesNot determined%No. of positive casesNo. of evaluable casesNot determined%No. of positive casesNo. of evaluable casesNot determined%
Clinical feature              
    P9905 trial 896 1061 0 84.4 344 499 0 68.9 552 562 0 98.2 < .001 
    P9906 trial 165 1061 0 15.6 155 499 0 31.1 10 572 0 1.7 < .001 
    Age ≥ 10 y 298 1061 0 28.1 298 499 0 59.7 0 562 0 0 < .001 
    WBC ≥ 50 000/μL 256 1061 0 24.1 256 499 0 51.3 0 562 0 0 < .001 
    Male 548 1061 0 51.6 245 499 0 49.1 303 562 0 53.9 .124 
    MRD ≥ 0.01% 220 964 97 22.8 119 453 46 26.3 101 511 51 19.8 .017 
    Relapsed 264 1061 0 24.9 169 499 0 33.9 95 562 0 16.9 < .001 
Chromosomal abnormalities              
    t(1;19) 81 1059 2 7.6 39 498 1 7.8 42 561 1 7.5 .908 
    t(12;21) 84 1057 4 7.9 83 498 1 16.7 1 559 3 0.2 < .001 
    MLL-R 19 1061 0 1.8 16 499 0 3.2 3 562 0 0.5 .002 
    Trisomy 4 and 10 101 1044 18 9.7 97 494 5 19.6 3 549 13 0.5 < .001 
    DS 48 1027 34 4.7 13 468 31 2.8 35 559 3 6.3 .011 
CRLF2 expression and genomic aberrations              
    High expression 186 1061 0 17.5 95 499 0 19.0 91 562 0 16.2 .226 
    IGH@-CRLF2 31 301 760 10.3 22 140 359 15.7 9 161 401 5.6 .004 
    P2RY8-CRLF2 65 315 746 20.6 24 142 357 16.9 41 172 389 23.8 .162 
    Either lesion* 93 304 757 30.6 44 141 358 31.2 49 163 389 30.1 .901 
    F232C mutation 3 152 909 2.0 0 53 446 0 3 99 463 3.0 .552 
    Gain of locus† 256 709 352 36.1 98 306 193 32.0 158 403 159 39.2 .058 
JAK mutations              
    JAK1 6 890 171 0.7 4 448 51 0.9 2 442 120 0.5 .687 
    JAK2 33 892 169 3.7 20 447 52 4.5 13 445 117 2.9 .287 
    JAK3 1 893 168 0.1 1 448 51 0.2 0 445 117 0 > .999 
    Any JAK 39 889 172 4.4 25 447 52 5.6 14 442 120 3.2 .101 
IKZF1 deletions or mutations              
    IKZF1 deletion 157 866 195 18.1 81 436 63 18.6 76 430 132 17.7 .791 
    IKZF1 mutation 9 774 287 1.2 6 392 107 1.5 3 382 180 0.8 .506 
    Either 163 680 381 24.0 85 361 138 23.5 78 319 243 24.5 .788 
    IL7R mutations 5 335 726 1.5 2 164 335 1.2 3 171 391 1.8 > .999 
*

Either IGH@-CRLF2 or P2RY8-CRLF2.

†

Gain of CRLF2 locus determined by cytogenetics (+X or +Y) or FISH (extra copies of RP11-309M23).

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal