Table 3

B6.SJL congenic interval contains at least 45 genes with or one or more SNPs between the B6 and SJL strains

Gene symbolGene startGene stopSNPSNP positionB6 genotypeSJL genotype
1 Rnf152 107 176 508 107 253 247 rs3707424 107 216 898 CC TT 
    rs3696200 107 241 903 TT AA 
2 Pign 107 417 716 107 560 239 CEL-1_105566001 107 541 004 AA GG 
3 Serpinb8 109 486 648 109 505 486 rs13476039 109 503 687 CC TT 
4 Cdh19 112 785 772 112 873 949 rs3710646 112 847 342 AA CC 
5 Cntnap5a 117 581 714 118 477 251 mCV24201027 117 626 679 CC TT 
    rs3725409 118 309 925 GG AA 
6 Clasp1 120 285 635 120 506 039 rs3679459 120 341 734 AA GG 
    rs6216134 120 379 270 CC TT 
7 Sctr 121 903 555 121 960 115 rs3723088 121 957 599 AA GG 
8 Dbi 122 009 857 122 017 656 rs6302966 122 017 145 GG AA 
9 En1 122 499 258 122 504 548 rs3678634 122 503 972 TT AA 
10 Ccdc93 123 327 644 123 398 170 rs13476083 123 358 415 TT CC 
11 Dpp10 125 228 719 125 942 129 gnf01.123.653 125 888 571 TT CC 
12 E030049G20Rik 127 810 213 128 727 209 rs13476098 128 464 682 TT GG 
    gnf01.126.387 128 625 610 CC TT 
13 Cxcr4 130 484 776 130 488 876 rs8256196 130 485 574 CC TT 
14 Thsd7b 131 170 051 132 115 855 rs6281838 131 841 777 TT CC 
15 Zp3r 132 473 290 132 526 172 rs6355835 132 515 586 TT AA 
16 Pigr 132 723 328 132 748 548 rs13459051 132 747 429 TT CC 
17 Mapkapk2 132 950 281 132 994 120 rs3699561 132 988 657 GG AA 
18 Srgap2 133 181 828 133 423 938 rs6308228 133 189 078 CC TT 
    rs6329578 133 313 859 TT CC 
    rs3724826 133 401 871 AA GG 
19 Ctse 133 534 891 133 572 080 rs6250833 133 558 414 GG AA 
    rs4222623 133 564 393 GG CC 
20 Slc26a9 133 640 599 133 666 982 rs13476111 133 649 413 TT CC 
    rs3718090 133 662 206 TT CC 
21 Slc45a3 133 867 186 133 879 541 rs13459052 133 878 180 CC TT 
22 Klhdc8a 134 195 203 134 203 934 rs13476112 134 201 085 CC TT 
23 Rbbp5 134 373 957 134 401 467 rs6350018 134 394 446 CC GG 
24 Pik3c2b 134 962 877 135 004 025 rs6241653 134 993 149 CC TT 
25 LOC100038824 135 247 143 135 256 900 rs3022833 135 256 658 GG CC 
26 Ren1 135 247 251 135 256 894 rs3164478 135 283 762 TT CC 
27 Sox13 135 278 877 135 320 789 rs3164478 135 283 762 TT CC 
28 Adora1 136 095 799 136 132 008 rs13476119 136 107 190 AA GG 
29 Jarid1b 136 456 772 136 529 454 UT_1_137.539742 136 529 119 GG CC 
30 Syt2 136 543 258 136 645 994 rs3664806 136 549 781 AA CC 
    UT_1_137.66161 136 644 400 AA TT 
31 Ppp1r12b 136 662 520 136 852 517 rs13476122 136 766 629 AA TT 
32 Lgr6 136 882 930 137 001 853 rs6290558 136 955 914 TT CC 
33 Arl8a 137 043 411 137 052 845 rs8250053 137 052 420 AA TT 
34 Rnpep 137 159 289 137 180 606 rs8270851 137 179 674 AA TT 
35 Ipo9 137 278 892 137 327 068 rs4222666 137 279 078 TT CC 
36 Nav1 137 335 450 137 482 286 rs3667307 137 411 836 AA GG 
37 Tnni1 137 696 410 137 707 553 rs8260536 137 702 249 CC AA 
    rs8236489 137 706 366 GG AA 
38 Tnnt2 137 732 982 137 748 837 rs3674857 137 733 097 CC TT 
39 Cacna1s 137 949 478 138 016 399 rs13476125 138 014 096 CC AA 
40 Camsap1l1 138 164 700 138 242 681 rs3691222 138 214 393 TT CC 
41 LOC100042567 138 982 190 139 267 341 rs13476129 139 032 215 AA GG 
42 Crb1 141 094 920 141 273 618 rs13476137 141 128 063 CC TT 
43 F13b 141 398 304 141 420 333 rs13476138 141 417 567 GG TT 
44 Kcnt2 142 142 834 142 506 838 CEL-1_140236219 142 191 594 TT CC 
    rs13476140 142 246 107 AA GG 
    rs13476141 142 430 268 TT CC 
45 LOC667877 146 771 868 146 801 392 rs13476155 146 800 236 TT GG 
Gene symbolGene startGene stopSNPSNP positionB6 genotypeSJL genotype
1 Rnf152 107 176 508 107 253 247 rs3707424 107 216 898 CC TT 
    rs3696200 107 241 903 TT AA 
2 Pign 107 417 716 107 560 239 CEL-1_105566001 107 541 004 AA GG 
3 Serpinb8 109 486 648 109 505 486 rs13476039 109 503 687 CC TT 
4 Cdh19 112 785 772 112 873 949 rs3710646 112 847 342 AA CC 
5 Cntnap5a 117 581 714 118 477 251 mCV24201027 117 626 679 CC TT 
    rs3725409 118 309 925 GG AA 
6 Clasp1 120 285 635 120 506 039 rs3679459 120 341 734 AA GG 
    rs6216134 120 379 270 CC TT 
7 Sctr 121 903 555 121 960 115 rs3723088 121 957 599 AA GG 
8 Dbi 122 009 857 122 017 656 rs6302966 122 017 145 GG AA 
9 En1 122 499 258 122 504 548 rs3678634 122 503 972 TT AA 
10 Ccdc93 123 327 644 123 398 170 rs13476083 123 358 415 TT CC 
11 Dpp10 125 228 719 125 942 129 gnf01.123.653 125 888 571 TT CC 
12 E030049G20Rik 127 810 213 128 727 209 rs13476098 128 464 682 TT GG 
    gnf01.126.387 128 625 610 CC TT 
13 Cxcr4 130 484 776 130 488 876 rs8256196 130 485 574 CC TT 
14 Thsd7b 131 170 051 132 115 855 rs6281838 131 841 777 TT CC 
15 Zp3r 132 473 290 132 526 172 rs6355835 132 515 586 TT AA 
16 Pigr 132 723 328 132 748 548 rs13459051 132 747 429 TT CC 
17 Mapkapk2 132 950 281 132 994 120 rs3699561 132 988 657 GG AA 
18 Srgap2 133 181 828 133 423 938 rs6308228 133 189 078 CC TT 
    rs6329578 133 313 859 TT CC 
    rs3724826 133 401 871 AA GG 
19 Ctse 133 534 891 133 572 080 rs6250833 133 558 414 GG AA 
    rs4222623 133 564 393 GG CC 
20 Slc26a9 133 640 599 133 666 982 rs13476111 133 649 413 TT CC 
    rs3718090 133 662 206 TT CC 
21 Slc45a3 133 867 186 133 879 541 rs13459052 133 878 180 CC TT 
22 Klhdc8a 134 195 203 134 203 934 rs13476112 134 201 085 CC TT 
23 Rbbp5 134 373 957 134 401 467 rs6350018 134 394 446 CC GG 
24 Pik3c2b 134 962 877 135 004 025 rs6241653 134 993 149 CC TT 
25 LOC100038824 135 247 143 135 256 900 rs3022833 135 256 658 GG CC 
26 Ren1 135 247 251 135 256 894 rs3164478 135 283 762 TT CC 
27 Sox13 135 278 877 135 320 789 rs3164478 135 283 762 TT CC 
28 Adora1 136 095 799 136 132 008 rs13476119 136 107 190 AA GG 
29 Jarid1b 136 456 772 136 529 454 UT_1_137.539742 136 529 119 GG CC 
30 Syt2 136 543 258 136 645 994 rs3664806 136 549 781 AA CC 
    UT_1_137.66161 136 644 400 AA TT 
31 Ppp1r12b 136 662 520 136 852 517 rs13476122 136 766 629 AA TT 
32 Lgr6 136 882 930 137 001 853 rs6290558 136 955 914 TT CC 
33 Arl8a 137 043 411 137 052 845 rs8250053 137 052 420 AA TT 
34 Rnpep 137 159 289 137 180 606 rs8270851 137 179 674 AA TT 
35 Ipo9 137 278 892 137 327 068 rs4222666 137 279 078 TT CC 
36 Nav1 137 335 450 137 482 286 rs3667307 137 411 836 AA GG 
37 Tnni1 137 696 410 137 707 553 rs8260536 137 702 249 CC AA 
    rs8236489 137 706 366 GG AA 
38 Tnnt2 137 732 982 137 748 837 rs3674857 137 733 097 CC TT 
39 Cacna1s 137 949 478 138 016 399 rs13476125 138 014 096 CC AA 
40 Camsap1l1 138 164 700 138 242 681 rs3691222 138 214 393 TT CC 
41 LOC100042567 138 982 190 139 267 341 rs13476129 139 032 215 AA GG 
42 Crb1 141 094 920 141 273 618 rs13476137 141 128 063 CC TT 
43 F13b 141 398 304 141 420 333 rs13476138 141 417 567 GG TT 
44 Kcnt2 142 142 834 142 506 838 CEL-1_140236219 142 191 594 TT CC 
    rs13476140 142 246 107 AA GG 
    rs13476141 142 430 268 TT CC 
45 LOC667877 146 771 868 146 801 392 rs13476155 146 800 236 TT GG 

A query of the NCBI Build 37 of the mouse genome in January 2008 identified 306 genes within the congenic interval of B6.SJL mice (107-148 mbp). Using the mouse SNP Selector from the Wellcome Trust Centre for Human Genetics, we identified 124 SNPs between B6 and SJL in the same region. A comparison of gene location and SNP location revealed that at least 45 of the genes in this interval contain 1 or more SNPs between the 2 strains.

SNP indicates single nucleotide polymorphism.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal