Table 2

SNP markers associated with t-AML at P < .005

RankSNPChromPhysical positionMAF
Fisher exact POdds ratio (95% CI)Gene*
CEUControlsCases
1 rs953509 9q21.31 81560347 0.217 0.172 0.357 2.88E−05 2.68 (1.70-4.24) TLE4† 
2 rs719293 2p16.3 50516523 0.100 0.085 0.000 3.36E−05 NA NRXN1‡ 
3 rs1394384 17q12 28813156 0.200 0.250 0.089 3.79E−05 0.29 (0.16-0.55) ACCN1‡ 
4 rs1609772 1q31.1 186820222 0.250 0.355 0.180 8.76E−05 0.40 (0.25-0.64)  
5 rs556831 18p11.31 4379879 0.050 0.025 0.118 1.48E−04 5.20 (2.12-12.76)  
6 rs1381392 3p24.1 28724318 0.175 0.128 0.282 1.54E−04 2.68 (1.62-4.45)  
7 rs2375990 4p14 36289759 0.092 0.075 0.000 2.22E−04 NA  
8 rs1374284 2q13 113470054 0.467 0.395 0.577 2.44E−04 2.09 (1.41-3.09) IL1F6†/IL1F9† 
9 rs1335546 10p12.1 26683539 0.483 0.378 0.558 3.24E−04 2.07 (1.40-3.07) GAD2† 
10 rs1394605 5q33.3 155692365 0.150 0.151 0.040 3.55E−04 0.23 (0.10-0.56) SGCD‡ 
11 rs2133508 4p15.2 24779283 0.058 0.068 0.000 3.68E−04 NA SEPSECS† 
12 rs957553 1q31.1 186692232 0.300 0.356 0.195 4.79E−04 0.44 (0.27-0.70)  
13 rs1394606 5q33.3 155692424 0.150 0.155 0.047 5.62E−04 0.27 (0.12-0.60) SGCD‡ 
14 rs1199098 10q21.1 59619742 0.192 0.269 0.128 6.37E−04 0.40 (0.23-0.69) IPMK† 
15 rs666282 1q31.1 186162828 NA 0.226 0.092 6.88E−04 0.34 (0.34-0.65)  
16 rs996725 1p31.1 82534997 0.392 0.297 0.455 1.16E−03 1.98 (1.32-2.97)  
17 rs2320289 4p15.32 17771202 0.233 0.223 0.103 1.31E−03 0.40 (0.22-0.72)  
18 rs2187987 11q23.2 114491510 0.250 0.192 0.333 1.42E−03 2.10 (1.34-3.29)  
19 rs1378094 15q12 25039127 0.050 0.017 0.083 1.55E−03 5.15 (1.80-14.72) GABRG3‡ 
20 rs722575 5p13.1 41033992 0.425 0.327 0.481 1.56E−03 1.91 (1.28-2.84) FLJ40243§ 
21 rs718220 6q15 88606514 0.300 0.267 0.136 1.78E−03 0.43 (0.26-0.73) AY927641‡ 
22 rs217190 10q25.3 116451412 0.058 0.170 0.066 1.84E−03 0.34 (0.17-0.70) ABLIM1‡ 
23 rs1938684 11q13.2 68986287 0.183 0.166 0.064 1.94E−03 0.35 (0.17-0.70)  
24 rs2255408 15q24.2 74290350 0.142 0.142 0.263 2.11E−03 2.16 (1.33-3.50) C15orf27†/ETFA† 
25 rs925261 11q23.3 118921537 0.108 0.075 0.007 2.12E−03 0.09 (0.01-0.65)  
26 rs2046733 11p11.2 45404666 NA 0.307 0.173 2.13E−03 0.47 (0.29-0.77)  
27 rs1394999 4q31.22 145544980 0.442 0.459 0.307 2.16E−03 0.52 (0.34-0.79)  
28 rs2416733 9q33.1 121784551 0.492 0.538 0.380 2.18E−03 0.53 (0.35-0.79)  
29 rs1595752 2p25.2 4863708 0.117 0.139 0.260 2.31E−03 2.19 (1.33-3.59)  
30 rs35000 5q14.1 80312992 0.375 0.257 0.401 2.35E−03 1.94 (1.28-2.94) RASGRF2‡ 
31 rs1326251 10q11.23 52918572 0.133 0.068 0.162 2.52E−03 2.67 (1.43-4.99) PRKG1‡ 
32 rs723147 4p13 44241768 NA 0.098 0.021 2.59E−03 0.19 (0.06-0.65)  
33 rs1017002 7p21.3 8717957 0.397 0.372 0.519 2.72E−03 1.83 (1.23-2.71) NXPH1‡ 
34 rs1351865 3p26.3 653347 0.475 0.500 0.351 2.73E−03 0.54 (0.36-0.81) AK126307‡ 
35 rs1116180 5p12 44478700 0.133 0.153 0.056 2.93E−03 0.33 (0.15-0.72)  
36 rs728676 5q23.1 118087433 0.483 0.429 0.577 3.01E−03 1.82 (1.23-2.69)  
37 rs951848 4q31.22 145544797 0.442 0.459 0.314 3.43E−03 0.54 (0.36-0.81)  
38 rs1878275 4p16.1 9386499 NA 0.051 0.000 3.56E−03 NA DRD5† 
39 rs34999 5q14.1 80312801 0.375 0.260 0.397 3.70E−03 1.88 (1.24-2.83) RASGRF2‡ 
40 rs1390669 5p14.3 21667361 0.050 0.038 0.112 3.77E−03 3.17 (1.45-6.96) BC038535‡ 
41 rs564367 1p32.1 60891519 0.408 0.503 0.359 3.92E−03 0.55 (0.37-0.82) AK097193† 
42 rs1980888 9q22.2 91090376 0.100 0.080 0.173 4.35E−03 2.41 (1.33-4.37)  
43 rs1961495 13q34 109679374 0.142 0.153 0.061 4.77E−03 0.36 (0.17-0.76) COL4A1‡ 
44 rs1343700 3q21.1 125054444 0.308 0.309 0.449 4.81E−03 1.82 (1.21-2.73) MYLK‡ 
45 rs959100 2q36.1 224162196 0.242 0.284 0.160 4.82E−03 0.48 (0.29-0.80) SCG2† 
46 rs1603681 8q11.1 47400858 0.367 0.346 0.218 4.99E−03 0.53 (0.34-0.83)  
RankSNPChromPhysical positionMAF
Fisher exact POdds ratio (95% CI)Gene*
CEUControlsCases
1 rs953509 9q21.31 81560347 0.217 0.172 0.357 2.88E−05 2.68 (1.70-4.24) TLE4† 
2 rs719293 2p16.3 50516523 0.100 0.085 0.000 3.36E−05 NA NRXN1‡ 
3 rs1394384 17q12 28813156 0.200 0.250 0.089 3.79E−05 0.29 (0.16-0.55) ACCN1‡ 
4 rs1609772 1q31.1 186820222 0.250 0.355 0.180 8.76E−05 0.40 (0.25-0.64)  
5 rs556831 18p11.31 4379879 0.050 0.025 0.118 1.48E−04 5.20 (2.12-12.76)  
6 rs1381392 3p24.1 28724318 0.175 0.128 0.282 1.54E−04 2.68 (1.62-4.45)  
7 rs2375990 4p14 36289759 0.092 0.075 0.000 2.22E−04 NA  
8 rs1374284 2q13 113470054 0.467 0.395 0.577 2.44E−04 2.09 (1.41-3.09) IL1F6†/IL1F9† 
9 rs1335546 10p12.1 26683539 0.483 0.378 0.558 3.24E−04 2.07 (1.40-3.07) GAD2† 
10 rs1394605 5q33.3 155692365 0.150 0.151 0.040 3.55E−04 0.23 (0.10-0.56) SGCD‡ 
11 rs2133508 4p15.2 24779283 0.058 0.068 0.000 3.68E−04 NA SEPSECS† 
12 rs957553 1q31.1 186692232 0.300 0.356 0.195 4.79E−04 0.44 (0.27-0.70)  
13 rs1394606 5q33.3 155692424 0.150 0.155 0.047 5.62E−04 0.27 (0.12-0.60) SGCD‡ 
14 rs1199098 10q21.1 59619742 0.192 0.269 0.128 6.37E−04 0.40 (0.23-0.69) IPMK† 
15 rs666282 1q31.1 186162828 NA 0.226 0.092 6.88E−04 0.34 (0.34-0.65)  
16 rs996725 1p31.1 82534997 0.392 0.297 0.455 1.16E−03 1.98 (1.32-2.97)  
17 rs2320289 4p15.32 17771202 0.233 0.223 0.103 1.31E−03 0.40 (0.22-0.72)  
18 rs2187987 11q23.2 114491510 0.250 0.192 0.333 1.42E−03 2.10 (1.34-3.29)  
19 rs1378094 15q12 25039127 0.050 0.017 0.083 1.55E−03 5.15 (1.80-14.72) GABRG3‡ 
20 rs722575 5p13.1 41033992 0.425 0.327 0.481 1.56E−03 1.91 (1.28-2.84) FLJ40243§ 
21 rs718220 6q15 88606514 0.300 0.267 0.136 1.78E−03 0.43 (0.26-0.73) AY927641‡ 
22 rs217190 10q25.3 116451412 0.058 0.170 0.066 1.84E−03 0.34 (0.17-0.70) ABLIM1‡ 
23 rs1938684 11q13.2 68986287 0.183 0.166 0.064 1.94E−03 0.35 (0.17-0.70)  
24 rs2255408 15q24.2 74290350 0.142 0.142 0.263 2.11E−03 2.16 (1.33-3.50) C15orf27†/ETFA† 
25 rs925261 11q23.3 118921537 0.108 0.075 0.007 2.12E−03 0.09 (0.01-0.65)  
26 rs2046733 11p11.2 45404666 NA 0.307 0.173 2.13E−03 0.47 (0.29-0.77)  
27 rs1394999 4q31.22 145544980 0.442 0.459 0.307 2.16E−03 0.52 (0.34-0.79)  
28 rs2416733 9q33.1 121784551 0.492 0.538 0.380 2.18E−03 0.53 (0.35-0.79)  
29 rs1595752 2p25.2 4863708 0.117 0.139 0.260 2.31E−03 2.19 (1.33-3.59)  
30 rs35000 5q14.1 80312992 0.375 0.257 0.401 2.35E−03 1.94 (1.28-2.94) RASGRF2‡ 
31 rs1326251 10q11.23 52918572 0.133 0.068 0.162 2.52E−03 2.67 (1.43-4.99) PRKG1‡ 
32 rs723147 4p13 44241768 NA 0.098 0.021 2.59E−03 0.19 (0.06-0.65)  
33 rs1017002 7p21.3 8717957 0.397 0.372 0.519 2.72E−03 1.83 (1.23-2.71) NXPH1‡ 
34 rs1351865 3p26.3 653347 0.475 0.500 0.351 2.73E−03 0.54 (0.36-0.81) AK126307‡ 
35 rs1116180 5p12 44478700 0.133 0.153 0.056 2.93E−03 0.33 (0.15-0.72)  
36 rs728676 5q23.1 118087433 0.483 0.429 0.577 3.01E−03 1.82 (1.23-2.69)  
37 rs951848 4q31.22 145544797 0.442 0.459 0.314 3.43E−03 0.54 (0.36-0.81)  
38 rs1878275 4p16.1 9386499 NA 0.051 0.000 3.56E−03 NA DRD5† 
39 rs34999 5q14.1 80312801 0.375 0.260 0.397 3.70E−03 1.88 (1.24-2.83) RASGRF2‡ 
40 rs1390669 5p14.3 21667361 0.050 0.038 0.112 3.77E−03 3.17 (1.45-6.96) BC038535‡ 
41 rs564367 1p32.1 60891519 0.408 0.503 0.359 3.92E−03 0.55 (0.37-0.82) AK097193† 
42 rs1980888 9q22.2 91090376 0.100 0.080 0.173 4.35E−03 2.41 (1.33-4.37)  
43 rs1961495 13q34 109679374 0.142 0.153 0.061 4.77E−03 0.36 (0.17-0.76) COL4A1‡ 
44 rs1343700 3q21.1 125054444 0.308 0.309 0.449 4.81E−03 1.82 (1.21-2.73) MYLK‡ 
45 rs959100 2q36.1 224162196 0.242 0.284 0.160 4.82E−03 0.48 (0.29-0.80) SCG2† 
46 rs1603681 8q11.1 47400858 0.367 0.346 0.218 4.99E−03 0.53 (0.34-0.83)  

SNPs are listed by decreasing significance of association, along with their chromosomal location (Chrom) and physical position along the chromosome. Genes tagged by SNPs are indicated. Data are from release 22 (HapMap Phase II), based on dbSNP build 36 (http://www.hapmap.org).

MAF indicates minor allele frequency; NA, not applicable. CEU (Centre d'Etude du Polymorphisme Humain (CEPH) European) MAFs are from the 60 unrelated Utah residents with ancestry in northern and western Europe genotyped as part of the HapMap project.

*

A gene is defined as its genomic sequence ± 10 kb.

†

SNP is in linkage disequilibrium (LD) with the gene.

‡

SNP is intronic to the gene.

§

SNP is in the coding region of the gene, resulting in a synonymous amino acid substitution.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal