Table 3

The frequency of DHFR genotypes and alleles in children with ALL with and without event

DHFR genotypes and allelesEvent, no. (%)Nonevent, no. (%)Total, no. (%)P*
C−1610G/T 
    CC 25 (46.3) 73 (33.0) 98 (35.6) .04 
    CG 19 (35.2) 78 (35.3) 97 (35.3) — 
    CT 4 (7.4) 30 (13.6) 34 (12.04) — 
    GG 6 (11.1) 18 (8.1) 24 (8.7) — 
    GT 0 (0) 20 (9.0) 20 (7.3) — 
    TT 0 (0) 2 (0.9) 2 (0.7) — 
    C 73 (67.6) 254 (57.5) 327 (59.5) — 
    G 31 (28.7) 134 (30.3) 165 (30.0) .02 
    T 4 (3.7) 54 (12.2) 58 (10.5) — 
    Total 54 (100.0) 221 (100.0) 275 (100.0) — 
C−680A 
    CC 25 (46.3) 96 (43.4) 121 (44.0) .2 
    CA 20 (37.0) 106 (48.0) 126 (45.8) — 
    AA 9 (16.7) 19 (8.6) 28 (10.2) — 
    C 70 (64.8) 298 (67.4) 368 (66.9) .6 
    A 38 (35.2) 144 (32.6) 182 (33.1) — 
    Total 54 (100.0) 221 (100.0) 275 (100.0) — 
A−317G 
    GG 12 (21.8) 44 (19.8) 56 (20.2) .05 
    AG 19 (34.5) 115 (51.8) 134 (48.4) — 
    AA 24 (43.6) 63 (28.4) 87 (31.4) — 
    A 67 (60.9) 241 (54.3) 308 (55.6) .2 
    G 43 (39.1) 203 (45.7) 246 (44.4) — 
    Total 55 (100.0) 222 (100.0) 277 (100.0) — 
19-bp indel 
    Del/del 13 (24.1) 47 (21.3) 60 (21.8) .3 
    Ins/del 28 (51.9) 140 (63.3) 168 (61.1) — 
    Ins/ins 13 (24.1) 34 (15.4) 47 (17.1) — 
    Ins 54 (0.5) 208 (47.0) 262 (47.6) .6 
    Del 54 (0.5) 234 (52.9) 288 (52.4) — 
    Total 54 (100.0) 221 (100.0) 275 (100.0) — 
DHFR genotypes and allelesEvent, no. (%)Nonevent, no. (%)Total, no. (%)P*
C−1610G/T 
    CC 25 (46.3) 73 (33.0) 98 (35.6) .04 
    CG 19 (35.2) 78 (35.3) 97 (35.3) — 
    CT 4 (7.4) 30 (13.6) 34 (12.04) — 
    GG 6 (11.1) 18 (8.1) 24 (8.7) — 
    GT 0 (0) 20 (9.0) 20 (7.3) — 
    TT 0 (0) 2 (0.9) 2 (0.7) — 
    C 73 (67.6) 254 (57.5) 327 (59.5) — 
    G 31 (28.7) 134 (30.3) 165 (30.0) .02 
    T 4 (3.7) 54 (12.2) 58 (10.5) — 
    Total 54 (100.0) 221 (100.0) 275 (100.0) — 
C−680A 
    CC 25 (46.3) 96 (43.4) 121 (44.0) .2 
    CA 20 (37.0) 106 (48.0) 126 (45.8) — 
    AA 9 (16.7) 19 (8.6) 28 (10.2) — 
    C 70 (64.8) 298 (67.4) 368 (66.9) .6 
    A 38 (35.2) 144 (32.6) 182 (33.1) — 
    Total 54 (100.0) 221 (100.0) 275 (100.0) — 
A−317G 
    GG 12 (21.8) 44 (19.8) 56 (20.2) .05 
    AG 19 (34.5) 115 (51.8) 134 (48.4) — 
    AA 24 (43.6) 63 (28.4) 87 (31.4) — 
    A 67 (60.9) 241 (54.3) 308 (55.6) .2 
    G 43 (39.1) 203 (45.7) 246 (44.4) — 
    Total 55 (100.0) 222 (100.0) 277 (100.0) — 
19-bp indel 
    Del/del 13 (24.1) 47 (21.3) 60 (21.8) .3 
    Ins/del 28 (51.9) 140 (63.3) 168 (61.1) — 
    Ins/ins 13 (24.1) 34 (15.4) 47 (17.1) — 
    Ins 54 (0.5) 208 (47.0) 262 (47.6) .6 
    Del 54 (0.5) 234 (52.9) 288 (52.4) — 
    Total 54 (100.0) 221 (100.0) 275 (100.0) — 

Respective EFS curves for −317 locus (individuals with and without AA genotype) and for −1610 locus (CC individuals, the carriers of T alleles and individuals with none of these genotypes) are given in Figure 2A and B, respectively.

*

P value is calculated by log-rank test for the event-related difference across all genotypes of a locus and by chi squared test for event-related allele differences.

T carriers are combined in one category due to 0 individuals with GT and TT genotypes in the group with the event.

Total reflects the number of individuals. Allele frequency is calculated with respect to the total chromosome number.