Table 2

Driver mutations identified in SB-induced models of T-ALL (> 15% mutation frequency)

GeneTumor model, %
COSMIC and CGCTumorscape*
Vav-SBLck-SBCD4-SBAmplificationDeletion
1 Akt2 33 15 32 Ovarian, pancreatic   
2 Crebbp 17 15 13 Renal cell, AML, ovarian  Ovarian 
3 Ghr 17 22 18   MPS 
4 Foxp1 14 22 13 ALL  Lung, prostate, liver, MPS 
5 Myc 14 30 50 Multiple Multiple Ovarian, breast, ALL, MPS 
6 Stat5b 11 59 47   Breast 
7 Notch1 72 ns ns T-ALL  MPS 
8 Rasgrp1 31 ns ns   Lung, melanoma 
9 Erg 28 ns – Ewing sarcoma, prostate, AML  Prostate 
10 Runx1 22 ns ns AML, pre B-ALL, T-ALL   
11 Ets1 17 ns ns  Hematopoietic Lung, breast, medulloblastoma 
12 Ikzf1 47 19 ns ALL Brain ALL, hematopoietic 
13 Prlr 19 19 ns  Lung  
14 Akt1 14 22 ns Breast, colorectal, ovarian, lung  Lung, brain 
15 Zmiz1 33 ns 13  Breast, prostate  
16 Rasgrf1 17 ns 16    
17 Sos1 14 ns 16    
18 Bach2 ns 26 ns   ALL, prostate, hematopoietic 
19 Pten – 22 ns Multiple  Multiple 
20 Arl15 – 19 ns   Lung 
21 Atxn1 – 19 ns  Breast, ovarian Hematopoietic, ovarian 
22 Blk – 19 ns    
23 Csnk1g1 – 19 ns    
24 Arid1b – 15 ns   Breast, ovarian 
25 Birc6 ns 15 ns  ALL  
26 Cblb – 15 – AML   
27 Chd2 – 15 –  Lung  
28 Dyrk1a ns 15 ns    
29 Fam65b – 15 –    
30 Mllt3 – 15 ns ALL   
31 St6galnac3 – 15 –    
32 Tpk1 – 15 ns    
33 Tsc1 – 15 ns Hamartoma, renal cell   
34 Whsc1 ns 33 26 MM   
35 Jak1 ns 30 26 ALL   
36 Gfi1 ns 26 42   Lung, brain 
37 Brd4 – 19 16 Lethal midline carcinoma   
38 Ncoa2 ns 19 21 AML Breast  
39 Pvt1 – 19 11    
40 Satb1 ns 19 11    
41 Smg6 – 19 11    
42 Ambra1 – 15 21    
43 Elmo1 – 15 13    
44 Irf4 – 15 13 MM  Breast, lung, hematopoietic 
45 Map3k5 – 15 11  Colorectal  
46 Setd2 ns ns 21 Clear cell renal carcinoma  ALL 
47 Ccnd3 – ns 18 MM Colorectal  
48 Cdkn2a ns – 16 Multiple  Multiple 
49 Mbnl1 ns ns 16    
50 Pdpk1 ns ns 16   Ovarian 
51 Wac ns ns 16    
GeneTumor model, %
COSMIC and CGCTumorscape*
Vav-SBLck-SBCD4-SBAmplificationDeletion
1 Akt2 33 15 32 Ovarian, pancreatic   
2 Crebbp 17 15 13 Renal cell, AML, ovarian  Ovarian 
3 Ghr 17 22 18   MPS 
4 Foxp1 14 22 13 ALL  Lung, prostate, liver, MPS 
5 Myc 14 30 50 Multiple Multiple Ovarian, breast, ALL, MPS 
6 Stat5b 11 59 47   Breast 
7 Notch1 72 ns ns T-ALL  MPS 
8 Rasgrp1 31 ns ns   Lung, melanoma 
9 Erg 28 ns – Ewing sarcoma, prostate, AML  Prostate 
10 Runx1 22 ns ns AML, pre B-ALL, T-ALL   
11 Ets1 17 ns ns  Hematopoietic Lung, breast, medulloblastoma 
12 Ikzf1 47 19 ns ALL Brain ALL, hematopoietic 
13 Prlr 19 19 ns  Lung  
14 Akt1 14 22 ns Breast, colorectal, ovarian, lung  Lung, brain 
15 Zmiz1 33 ns 13  Breast, prostate  
16 Rasgrf1 17 ns 16    
17 Sos1 14 ns 16    
18 Bach2 ns 26 ns   ALL, prostate, hematopoietic 
19 Pten – 22 ns Multiple  Multiple 
20 Arl15 – 19 ns   Lung 
21 Atxn1 – 19 ns  Breast, ovarian Hematopoietic, ovarian 
22 Blk – 19 ns    
23 Csnk1g1 – 19 ns    
24 Arid1b – 15 ns   Breast, ovarian 
25 Birc6 ns 15 ns  ALL  
26 Cblb – 15 – AML   
27 Chd2 – 15 –  Lung  
28 Dyrk1a ns 15 ns    
29 Fam65b – 15 –    
30 Mllt3 – 15 ns ALL   
31 St6galnac3 – 15 –    
32 Tpk1 – 15 ns    
33 Tsc1 – 15 ns Hamartoma, renal cell   
34 Whsc1 ns 33 26 MM   
35 Jak1 ns 30 26 ALL   
36 Gfi1 ns 26 42   Lung, brain 
37 Brd4 – 19 16 Lethal midline carcinoma   
38 Ncoa2 ns 19 21 AML Breast  
39 Pvt1 – 19 11    
40 Satb1 ns 19 11    
41 Smg6 – 19 11    
42 Ambra1 – 15 21    
43 Elmo1 – 15 13    
44 Irf4 – 15 13 MM  Breast, lung, hematopoietic 
45 Map3k5 – 15 11  Colorectal  
46 Setd2 ns ns 21 Clear cell renal carcinoma  ALL 
47 Ccnd3 – ns 18 MM Colorectal  
48 Cdkn2a ns – 16 Multiple  Multiple 
49 Mbnl1 ns ns 16    
50 Pdpk1 ns ns 16   Ovarian 
51 Wac ns ns 16    

ns indicates not significant (although insertions within the indicated were present in some tumors); and –, no insertions detected.

*

Tumor types showing amplification and/or deletion at a significant rate (q ≤ 0.25) http://www.broadinstitute.org/tumorscape.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal