Table 1

Deletions found in the TKI-resistant CML samples

IDChromosomeStarting positionEnding positionLength, MbCandidate genesTreatmentDisease status
2 1p36 8206962 9061724 0.85 RERE, ENO-1 Imatinib, DA, nilotinib, dasatinib Myeloid blast crisis 
40-R* 2p14 67344057 67586748 0.24 ETAA1 Imatinib Myeloid blast crisis 
40-R* 2p14 67726052 67862441 0.13 No gene Imatinib Myeloid blast crisis 
40-R* 3q26 182773194 183414855 0.64 SOX2 Imatinib Myeloid blast crisis 
45-R* 3q13 107395968 113108377 5.71  Imatinib Unknown 
34 6p22 21716958 22106421 0.39 FLJ22536 HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
45-R* 6p12 47456409 54815576 7.35  Imatinib Unknown 
40-R* 8p 180568 28696690 28.51 INTS9 Imatinib Myeloid blast crisis 
45-R 8q12 56513192 56568360 0.05 SBF1B1, homo del Imatinib Unknown 
34 9p 30910 130700428 130.70 Del der Chromosome 9 HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
12 9q34 128779763 130659964 1.88 ABL1-PHYHD1 Imatinib Unknown 
32-R 9q34 128779763 130643119 1.86 ABL1-PHYHD1 Imatinib CML in hematologic remission 
41-R 9q34 128779763 130760738 1.98 ABL1-PHYHD1 Imatinib Unknown 
44-R 9q34 129888844 130775671 0.88 ABL1-GPR107 Imatinib CML in hematologic remission 
43-R 9q34 130889873 131275779 0.38 LAMC3, AIF1L, NUP214 and more Imatinib Unknown 
40-R8 9q33 117671985 119985986 2.31 DBC1 Imatinib Myeloid blast crisis 
33-R 10q21 67879503 67935343 0.06 CTNNA3 DA, imatinib Myeloid blast crisis 
45-R* 11q 89538451 92629460 3.09  Imatinib Unknown 
34 12p12 14971302 17224159 2.25 ERP27, RERG, PTPRO + other genes HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
34 12p12 25334604 25429100 0.09 No gene HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
40-R* 12p11 28549306 28659885 0.11 CCDC91 Imatinib Myeloid blast crisis 
35 14q31 85977359 86198515 0.22 No gene HU + IFN, imatinib CML 
34 15q15 38796960 41889601 3.09 RAD51-MFAP1 HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
40-R* 16q 45065445 88690776 43.62  Imatinib Myeloid blast crisis 
27 17p 18901 22029237 22.01 p53 Imatinib Unknown 
40-R* 17p 18901 21346948 21.32 p53 Imatinib Myeloid blast crisis 
46-R* 17p 18901 18857962 18.83 p53 Unknown CML 
34 17q12 32663038 33785091 1.12 ACACA-SOCS7 HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
2 22q11 20724157 20832986 0.11 IGLC1 Imatinib, DA, nilotinib, dasatinib Myeloid blast crisis 
22-R* 22q11 20724157 20832986 0.11 IGLC1 Imatinib Lymphoid blast crisis 
34 22q11 20685204 20859240 0.17 IGLC1 HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
12 22q11 21970272 23413582 1.44 BCR-GGT1 Imatinib Unknown 
41-R 22q11 21947838 23157101 1.20 BCR, ADORA2A Imatinib Unknown 
44-R 22q11 21939318 27992558 6.05 BCR, CHEK2 Imatinib CML in hematologic remission 
32-R 22q11 22353181 23209777 0.79 VPREB3 Imatinib CML in hematologic remission 
43-R 22q11 22860184 23556124 0.69 CABIN1-PIWIL3 Imatinib Unknown 
IDChromosomeStarting positionEnding positionLength, MbCandidate genesTreatmentDisease status
2 1p36 8206962 9061724 0.85 RERE, ENO-1 Imatinib, DA, nilotinib, dasatinib Myeloid blast crisis 
40-R* 2p14 67344057 67586748 0.24 ETAA1 Imatinib Myeloid blast crisis 
40-R* 2p14 67726052 67862441 0.13 No gene Imatinib Myeloid blast crisis 
40-R* 3q26 182773194 183414855 0.64 SOX2 Imatinib Myeloid blast crisis 
45-R* 3q13 107395968 113108377 5.71  Imatinib Unknown 
34 6p22 21716958 22106421 0.39 FLJ22536 HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
45-R* 6p12 47456409 54815576 7.35  Imatinib Unknown 
40-R* 8p 180568 28696690 28.51 INTS9 Imatinib Myeloid blast crisis 
45-R 8q12 56513192 56568360 0.05 SBF1B1, homo del Imatinib Unknown 
34 9p 30910 130700428 130.70 Del der Chromosome 9 HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
12 9q34 128779763 130659964 1.88 ABL1-PHYHD1 Imatinib Unknown 
32-R 9q34 128779763 130643119 1.86 ABL1-PHYHD1 Imatinib CML in hematologic remission 
41-R 9q34 128779763 130760738 1.98 ABL1-PHYHD1 Imatinib Unknown 
44-R 9q34 129888844 130775671 0.88 ABL1-GPR107 Imatinib CML in hematologic remission 
43-R 9q34 130889873 131275779 0.38 LAMC3, AIF1L, NUP214 and more Imatinib Unknown 
40-R8 9q33 117671985 119985986 2.31 DBC1 Imatinib Myeloid blast crisis 
33-R 10q21 67879503 67935343 0.06 CTNNA3 DA, imatinib Myeloid blast crisis 
45-R* 11q 89538451 92629460 3.09  Imatinib Unknown 
34 12p12 14971302 17224159 2.25 ERP27, RERG, PTPRO + other genes HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
34 12p12 25334604 25429100 0.09 No gene HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
40-R* 12p11 28549306 28659885 0.11 CCDC91 Imatinib Myeloid blast crisis 
35 14q31 85977359 86198515 0.22 No gene HU + IFN, imatinib CML 
34 15q15 38796960 41889601 3.09 RAD51-MFAP1 HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
40-R* 16q 45065445 88690776 43.62  Imatinib Myeloid blast crisis 
27 17p 18901 22029237 22.01 p53 Imatinib Unknown 
40-R* 17p 18901 21346948 21.32 p53 Imatinib Myeloid blast crisis 
46-R* 17p 18901 18857962 18.83 p53 Unknown CML 
34 17q12 32663038 33785091 1.12 ACACA-SOCS7 HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
2 22q11 20724157 20832986 0.11 IGLC1 Imatinib, DA, nilotinib, dasatinib Myeloid blast crisis 
22-R* 22q11 20724157 20832986 0.11 IGLC1 Imatinib Lymphoid blast crisis 
34 22q11 20685204 20859240 0.17 IGLC1 HU, ICT, imatinib, dasatinib Lymphoid blast crisis 
12 22q11 21970272 23413582 1.44 BCR-GGT1 Imatinib Unknown 
41-R 22q11 21947838 23157101 1.20 BCR, ADORA2A Imatinib Unknown 
44-R 22q11 21939318 27992558 6.05 BCR, CHEK2 Imatinib CML in hematologic remission 
32-R 22q11 22353181 23209777 0.79 VPREB3 Imatinib CML in hematologic remission 
43-R 22q11 22860184 23556124 0.69 CABIN1-PIWIL3 Imatinib Unknown 

Copy number alterations (CNAs) in TKI-resistant samples without a matched diagnostic sample are shown with plain numbers in the column “ID.” CNAs in TKI-resistant samples with a matched diagnostic sample with the CNAs being present in both the diagnostic sample and the resistant sample are shown with numbers + “R” in the column “ID.” CNAs which were newly acquired in matched resistant samples compared to the diagnostic samples are shown with numbers + “R*” in the column “ID.”

ID indicates patient ID; Starting position, start position of genomic lesion; Ending position, end position of genomic lesion; HU, hydroxyurea; DA, daunorubicin plus cytarabine; ICT, induction chemotherapy; and IFN, interferon-α.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal