Oligonucleotide Primers and Probes Used in RT-PCR and Nested PCR Analysis
| Transcript . | Primer or Probe Designation . | Genome Coordinates . | Oligonucleotide Sequence . |
|---|---|---|---|
| BZLF1 (Zta) RNA | 5′ RT-PCR primer | 103194-103180 | 5′ ATTGCACCTTGCCGCCACCTTTG 3′ |
| 3′ RT-PCR primer | 102486-102463 | 5′ CGGCATTTTCTGGAAGCCACCCGA 3′ | |
| 5′ nested PCR primer | 103077-103057 | 5′ GACCAAGCTACCAGAGTCTAT 3′ | |
| 3′ nested PCR primer | 102530-102512/102657-102655 | 3′ CAGAATCGCATTCCTCCAGCGA 3′ | |
| Probe | 102772-102795 | 5′ CACTGCTGCTGCTGTTTGAACAGT 3′ | |
| BRLF1 (Rta) RNA | 5′ RT-PCR primer | 106161-106137 | 5′ ACAGGACACAACACCTCACTACAC 3′ |
| 3′ RT-PCR primer | 104399-104422 | 5′ ACTGCCTTGGACTTGGTTGACAGC 3′ | |
| 5′ nested PCR primer | 106136-106126/105183-105177 | 5′ CAAACAGACGCAGATGAGGC 3′ | |
| 3′ nested PCR primer | 104766-104787 | 5′ GCGGTGCCTATGGTGGCAGG 3′ | |
| Probe | 104868-104850 | 5′ AGTGATGCGCTACGTGTTA 3′ | |
| BALF2 (EA) RNA | 5′ RT-PCR primer | 163094-163072 | 5′ GTCAAGATGTTCAAGGACGTGG 3′ |
| 3′ RT-PCR primer | 162856-162878 | 5′ CTCATAGCACATACAGATGGGC 3′ | |
| 5′ nested PCR primer | 162998-162978 | 5′ GGTCAAGAGCTGCTACCACG 3′ | |
| 3′ nested PCR primer | 162881-162901 | 5′ GGAGATGTCCTGCAGGATGG 3′ | |
| Probe | 162911-162930 | 5′ GCGGTAAAACAGCTGGGTGA 3′ | |
| BcLF1 (VCA) RNA | 5′ RT-PCR primer | 136231-136210 | 5′ TATGCCCAATCCCAAGTACACG 3′ |
| 3′ RT-PCR primer | 135867-135888 | 3′ TGGACGGGTGGAGGAAGTCTTC 3′ | |
| 5′ nested PCR primer | 136137-136176 | 5′ ACACAGCAGCTACCGGTGGA 3′ | |
| 3′ nested PCR primer | 135995-136014 | 5′ TGTTGCAGGGAGTAGGTCTC 3′ | |
| Probe | 136119-136138 | 5′ ACGCGAGGAGAAGGTTATTC 3′ | |
| Histone 3.3* | 5′ RT-PCR primer | — | 5′ CCACTGAACTTCTGATTCGC 3′ |
| 3′ RT-PCR primer | 3′ GCGTGCTAGCTGGATGTCTT 3′ |
| Transcript . | Primer or Probe Designation . | Genome Coordinates . | Oligonucleotide Sequence . |
|---|---|---|---|
| BZLF1 (Zta) RNA | 5′ RT-PCR primer | 103194-103180 | 5′ ATTGCACCTTGCCGCCACCTTTG 3′ |
| 3′ RT-PCR primer | 102486-102463 | 5′ CGGCATTTTCTGGAAGCCACCCGA 3′ | |
| 5′ nested PCR primer | 103077-103057 | 5′ GACCAAGCTACCAGAGTCTAT 3′ | |
| 3′ nested PCR primer | 102530-102512/102657-102655 | 3′ CAGAATCGCATTCCTCCAGCGA 3′ | |
| Probe | 102772-102795 | 5′ CACTGCTGCTGCTGTTTGAACAGT 3′ | |
| BRLF1 (Rta) RNA | 5′ RT-PCR primer | 106161-106137 | 5′ ACAGGACACAACACCTCACTACAC 3′ |
| 3′ RT-PCR primer | 104399-104422 | 5′ ACTGCCTTGGACTTGGTTGACAGC 3′ | |
| 5′ nested PCR primer | 106136-106126/105183-105177 | 5′ CAAACAGACGCAGATGAGGC 3′ | |
| 3′ nested PCR primer | 104766-104787 | 5′ GCGGTGCCTATGGTGGCAGG 3′ | |
| Probe | 104868-104850 | 5′ AGTGATGCGCTACGTGTTA 3′ | |
| BALF2 (EA) RNA | 5′ RT-PCR primer | 163094-163072 | 5′ GTCAAGATGTTCAAGGACGTGG 3′ |
| 3′ RT-PCR primer | 162856-162878 | 5′ CTCATAGCACATACAGATGGGC 3′ | |
| 5′ nested PCR primer | 162998-162978 | 5′ GGTCAAGAGCTGCTACCACG 3′ | |
| 3′ nested PCR primer | 162881-162901 | 5′ GGAGATGTCCTGCAGGATGG 3′ | |
| Probe | 162911-162930 | 5′ GCGGTAAAACAGCTGGGTGA 3′ | |
| BcLF1 (VCA) RNA | 5′ RT-PCR primer | 136231-136210 | 5′ TATGCCCAATCCCAAGTACACG 3′ |
| 3′ RT-PCR primer | 135867-135888 | 3′ TGGACGGGTGGAGGAAGTCTTC 3′ | |
| 5′ nested PCR primer | 136137-136176 | 5′ ACACAGCAGCTACCGGTGGA 3′ | |
| 3′ nested PCR primer | 135995-136014 | 5′ TGTTGCAGGGAGTAGGTCTC 3′ | |
| Probe | 136119-136138 | 5′ ACGCGAGGAGAAGGTTATTC 3′ | |
| Histone 3.3* | 5′ RT-PCR primer | — | 5′ CCACTGAACTTCTGATTCGC 3′ |
| 3′ RT-PCR primer | 3′ GCGTGCTAGCTGGATGTCTT 3′ |
According to Futscher et al.41