Table 3.

Validation of previous candidate gene-association studies reported at least twice

Validation of previous literatureDISCOVeRY-BMT
Ref.*GeneSNPDiseaseOutcomeGenomeGraftN, initial/replicationEffect size†95% CIP, initial/replicationNHR95% CIP
29 ABCB1 rs1045642 Mixed TRM R RD-URD 82/— 2.4 1.1-5.3 .031 2887 1.03 0.9-1.2 .71 
32 ABCB1 rs1128503 Mixed OS M RD 156/— 0.4 0.2-0.8 .003 2790 1.01 0.9-1.1 .90 
29 ABCB1 rs2032582 Mixed OS R RD-URD 82/— 2.7 1.4-5.1 .003 2887 0.96 0.9-1.0 .39 
46 CTLA4 rs231775 ALL OS D RD 83/— 0.3 0.1-0.8 .022 558 0.99 0.8-1.2 .88 
44 CTLA4 rs231775 Mixed OS D RD 536/— 1.5 1.0.1-2 .019 2793 0.99 0.9-1.1 .76 
40 CTLA4 rs231775 Mixed OS R RD 94/— 2.5 1.2-5.5 .01 2887 0.94 0.9-1.0 .14 
45 CTLA4 rs231775 Mixed OS R RD 133/— 0.7 0.4-1.1 .014 2887 0.94 0.9-1.0 .14 
45 CTLA4 rs231775 Mixed PFS R RD 133/— 0.5 0.3-1.0 .025 2886 0.97 0.9-1.0 .40 
40 CTLA4 rs231775 Mixed TRM R RD 94/— 2.2 1.1-4.5 .03 2887 0.96 0.9-1.1 .54 
43 CTLA4 rs3087243 Mixed OS D RD 536/— 3.8 1.8-8.2 .001 2793 0.98 0.9-1.1 .65 
43 CTLA4 rs3087243 Mixed PFS D RD 536/— 1.7 1.0-2.9 .049 2792 0.98 0.9-1.1 .51 
44 CTLA4 rs3087243 AML OS R RD-URD 138/— 2.8 1.4-5.6 .004 1770 0.98 0.9-1.1 .69 
44 CTLA4 rs3087243 AML PFS R RD-URD 138/— NP NP .004 1769 1.02 0.9-1.1 .67 
28 CTLA4 rs4553808 Mixed OS D RD-URD 164/— 1.8 1.1-3.0 .014 2793 0.98 0.9-1.1 .73 
28 CTLA4 rs4553808 Mixed PFS D RD-URD 164/— 1.7 1.1-2.7 .016 2792 0.98 0.9-1.1 .65 
51 CTLA4 rs5742909 Mixed DRM D RD 120/— 5.9 1.2-2.9 .031 2793 1.01 0.8-1.2 .93 
20 IL23R rs11209026 Mixed OS R RD 201/— 0.5 0.3-0.9 .028 2887 0.97 0.8-1.1 .70 
22 IL23R rs11209026 Mixed TRM D RD-URD 407/— NP NP .028 2793 1.11 0.9-1.4 .39 
22 IL23R rs11209026 Mixed TRM R RD-URD 407/— NP NP .043 2887 0.87 0.7-1.1 .22 
17 IL6 rs1800795 Mixed OS D RD-URD 743/— 1.3 1.1-1.6 .007 2793 1.11 1.0-1.2 .02 
15 IL6 rs1800795 Mixed PFS D RD-URD 56/— NP NP <.001 2792 1.06 1.0-1.1 .15 
15 IL6 rs1800795 Mixed OS R RD-URD 56/— NP NP .01 2887 1.01 0.9-1.1 .88 
16 IL6 rs1800795 Mixed OS R RD-URD 121 (RD)/ 45 (URD) NP/NS NP/NS .04/NS 2887 1.01 0.9-1.1 .88 
16 IL6 rs1800795 Mixed TRM R RD-URD 121 (RD)/ 45 (URD) NP/NS NP/NS .02/NS 2887 1.01 0.9-1.1 .91 
16 IL6 rs1800797 Mixed TRM R RD-URD 121 (RD)/ 45 (URD) NP/NS NP/NS .01/NS 2887 1.01 0.9-1.2 .82 
35 MTHFR rs1801133 Mixed OS D RD-URD 1058/— 1.5 1.1-1.9 .009 2793 0.96 0.9-1.1 .44 
41 MTHFR rs1801131 Mixed OS D RD 140/— 4.7 1.3-16.5 .02 2793 1.02 0.9-1.1 .73 
41 MTHFR rs1801131 Mixed PFS D RD 140/— 4.4 1.6-12.8 .04 2792 1 0.9-1.1 .97 
31 MTHFR rs1801133 Mixed TRM R RD 72/— 6.4 1.9-21.2 .04 2887 0.94 0.8-1.1 .399 
27 NOD2/CARD15 3 SNPs‡ Mixed TRM D RD-URD 168/— 2.5 1.2-5.4 .02 2245 1.07 0.8-1.4 .62 
27 NOD2/CARD15 3 SNPs‡ Mixed TRM R RD-URD 168/— 2.4 1.1-5.0 .02 2245 1.22 0.9-1.6 .149 
27 NOD2/CARD15 3 SNPs‡ Mixed TRM M RD-URD 168/— 6 2.6-14.1 .001 2245 1.12 0.9-1.4 .317 
25 NOD2/CARD15 3 SNPs‡ Mixed PFS R RD 71/— 2.3 1.0-5.4 .04 2244 1.14 1.0-1.3 .141 
50 NOD2/CARD15 3 SNPs‡ Mixed TRM M RD 85/— 3.3 1.2-9.1 .02 2245 1.12 0.9-1.4 .317 
30 NOD2/CARD15 rs2066842 Mixed PFS D RD-URD 307/87 1.7/NP 1.1-2.7/NP .015/NP 2792 1.02 0.9-1.1 .734 
33 NOD2/CARD15 rs2066847 Mixed TRM R RD-URD 567/— 2.0 1.0-4.0 .049 2245 0.82 0.5-1.3 .426 
47 VDR rs731236 Mixed OS R RD 107/— 4.6 1.1-19.1 .04 2887 1.02 0.9-1.1 .682 
47 VDR rs731236 Mixed TRM R RD 107/— 3.1 1.4-7.1 .006 2887 0.98 0.9-1.1 .737 
21 VDR rs731236 Mixed OS R RD 147/— 2.4 1.1-5.2 .027 2887 1.02 0.9-1.1 .682 
21 VDR rs731236 Mixed PFS R RD 147/— 5.2 1.3-21.8 .023 2886 1.02 0.9-1.1 .697 
39 VDR rs7975232 Mixed OS D RD 80/— 2.03 NP .023 2793 0.96 0.9-1.0 .333 
18 VDR rs7975232 Mixed OS R RD-URD 114/— NP NP .038 2887 1.01 0.9-1.1 .789 
Validation of previous literatureDISCOVeRY-BMT
Ref.*GeneSNPDiseaseOutcomeGenomeGraftN, initial/replicationEffect size†95% CIP, initial/replicationNHR95% CIP
29 ABCB1 rs1045642 Mixed TRM R RD-URD 82/— 2.4 1.1-5.3 .031 2887 1.03 0.9-1.2 .71 
32 ABCB1 rs1128503 Mixed OS M RD 156/— 0.4 0.2-0.8 .003 2790 1.01 0.9-1.1 .90 
29 ABCB1 rs2032582 Mixed OS R RD-URD 82/— 2.7 1.4-5.1 .003 2887 0.96 0.9-1.0 .39 
46 CTLA4 rs231775 ALL OS D RD 83/— 0.3 0.1-0.8 .022 558 0.99 0.8-1.2 .88 
44 CTLA4 rs231775 Mixed OS D RD 536/— 1.5 1.0.1-2 .019 2793 0.99 0.9-1.1 .76 
40 CTLA4 rs231775 Mixed OS R RD 94/— 2.5 1.2-5.5 .01 2887 0.94 0.9-1.0 .14 
45 CTLA4 rs231775 Mixed OS R RD 133/— 0.7 0.4-1.1 .014 2887 0.94 0.9-1.0 .14 
45 CTLA4 rs231775 Mixed PFS R RD 133/— 0.5 0.3-1.0 .025 2886 0.97 0.9-1.0 .40 
40 CTLA4 rs231775 Mixed TRM R RD 94/— 2.2 1.1-4.5 .03 2887 0.96 0.9-1.1 .54 
43 CTLA4 rs3087243 Mixed OS D RD 536/— 3.8 1.8-8.2 .001 2793 0.98 0.9-1.1 .65 
43 CTLA4 rs3087243 Mixed PFS D RD 536/— 1.7 1.0-2.9 .049 2792 0.98 0.9-1.1 .51 
44 CTLA4 rs3087243 AML OS R RD-URD 138/— 2.8 1.4-5.6 .004 1770 0.98 0.9-1.1 .69 
44 CTLA4 rs3087243 AML PFS R RD-URD 138/— NP NP .004 1769 1.02 0.9-1.1 .67 
28 CTLA4 rs4553808 Mixed OS D RD-URD 164/— 1.8 1.1-3.0 .014 2793 0.98 0.9-1.1 .73 
28 CTLA4 rs4553808 Mixed PFS D RD-URD 164/— 1.7 1.1-2.7 .016 2792 0.98 0.9-1.1 .65 
51 CTLA4 rs5742909 Mixed DRM D RD 120/— 5.9 1.2-2.9 .031 2793 1.01 0.8-1.2 .93 
20 IL23R rs11209026 Mixed OS R RD 201/— 0.5 0.3-0.9 .028 2887 0.97 0.8-1.1 .70 
22 IL23R rs11209026 Mixed TRM D RD-URD 407/— NP NP .028 2793 1.11 0.9-1.4 .39 
22 IL23R rs11209026 Mixed TRM R RD-URD 407/— NP NP .043 2887 0.87 0.7-1.1 .22 
17 IL6 rs1800795 Mixed OS D RD-URD 743/— 1.3 1.1-1.6 .007 2793 1.11 1.0-1.2 .02 
15 IL6 rs1800795 Mixed PFS D RD-URD 56/— NP NP <.001 2792 1.06 1.0-1.1 .15 
15 IL6 rs1800795 Mixed OS R RD-URD 56/— NP NP .01 2887 1.01 0.9-1.1 .88 
16 IL6 rs1800795 Mixed OS R RD-URD 121 (RD)/ 45 (URD) NP/NS NP/NS .04/NS 2887 1.01 0.9-1.1 .88 
16 IL6 rs1800795 Mixed TRM R RD-URD 121 (RD)/ 45 (URD) NP/NS NP/NS .02/NS 2887 1.01 0.9-1.1 .91 
16 IL6 rs1800797 Mixed TRM R RD-URD 121 (RD)/ 45 (URD) NP/NS NP/NS .01/NS 2887 1.01 0.9-1.2 .82 
35 MTHFR rs1801133 Mixed OS D RD-URD 1058/— 1.5 1.1-1.9 .009 2793 0.96 0.9-1.1 .44 
41 MTHFR rs1801131 Mixed OS D RD 140/— 4.7 1.3-16.5 .02 2793 1.02 0.9-1.1 .73 
41 MTHFR rs1801131 Mixed PFS D RD 140/— 4.4 1.6-12.8 .04 2792 1 0.9-1.1 .97 
31 MTHFR rs1801133 Mixed TRM R RD 72/— 6.4 1.9-21.2 .04 2887 0.94 0.8-1.1 .399 
27 NOD2/CARD15 3 SNPs‡ Mixed TRM D RD-URD 168/— 2.5 1.2-5.4 .02 2245 1.07 0.8-1.4 .62 
27 NOD2/CARD15 3 SNPs‡ Mixed TRM R RD-URD 168/— 2.4 1.1-5.0 .02 2245 1.22 0.9-1.6 .149 
27 NOD2/CARD15 3 SNPs‡ Mixed TRM M RD-URD 168/— 6 2.6-14.1 .001 2245 1.12 0.9-1.4 .317 
25 NOD2/CARD15 3 SNPs‡ Mixed PFS R RD 71/— 2.3 1.0-5.4 .04 2244 1.14 1.0-1.3 .141 
50 NOD2/CARD15 3 SNPs‡ Mixed TRM M RD 85/— 3.3 1.2-9.1 .02 2245 1.12 0.9-1.4 .317 
30 NOD2/CARD15 rs2066842 Mixed PFS D RD-URD 307/87 1.7/NP 1.1-2.7/NP .015/NP 2792 1.02 0.9-1.1 .734 
33 NOD2/CARD15 rs2066847 Mixed TRM R RD-URD 567/— 2.0 1.0-4.0 .049 2245 0.82 0.5-1.3 .426 
47 VDR rs731236 Mixed OS R RD 107/— 4.6 1.1-19.1 .04 2887 1.02 0.9-1.1 .682 
47 VDR rs731236 Mixed TRM R RD 107/— 3.1 1.4-7.1 .006 2887 0.98 0.9-1.1 .737 
21 VDR rs731236 Mixed OS R RD 147/— 2.4 1.1-5.2 .027 2887 1.02 0.9-1.1 .682 
21 VDR rs731236 Mixed PFS R RD 147/— 5.2 1.3-21.8 .023 2886 1.02 0.9-1.1 .697 
39 VDR rs7975232 Mixed OS D RD 80/— 2.03 NP .023 2793 0.96 0.9-1.0 .333 
18 VDR rs7975232 Mixed OS R RD-URD 114/— NP NP .038 2887 1.01 0.9-1.1 .789 

NP, effect-size estimates were not presented in the original publication or supplemental materials (in some cases,15,45  percentage differences in survival out between genotypes were presented; NS, the results were stated as not significant in the publication but no further information regarding effect size or P values were available; RD-URD, related donors and unrelated donors in same study. Other abbreviations are explained in Table 1.

*

References 21, 31, 47, 48, and 51: patients are of Asian continental ancestry. Reference 40: patients are Egyptian. Reference 35: patients are of multiple continental races and ethnicities. Reference 44: patients were enrolled from multiple institutes in Spain.

†

The effect sizes for most studies were HRs, but some studies reported odds ratio or RR.

‡

NOD2/CARD15 3 SNP multiallelic model defined as presence of at least 1 copy of minor allele in rs2066844 (SNP8), rs2066845 (SNP12), or rs2066847 (SNP13); rs2066847 (SNP13) in NOD2/CARD15 was the only variant selected from the Illumina HumanExome chip for replication and validation analyses as it was not available on the OmniExpress chip following imputation. Only R-D pairs 10 of 10 HLA matched were genotyped with the Illumina HumanExome chip (1768 and 480 AML, ALL, and MDS R-D pairs in cohorts 1 and 2, respectively).

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal