Table 2.

WES analysis of 15 patients with PPBL and of UPN3 DLBCL

Unique patient No.HUGO symbolChromosomic localizationNMMutationType of single nucleotide variantVAF (%)COSMIC% VAF in UPN3 PPBL sampleNo. of variant- supporting reads/depth
UPN2 No mutation — — — — — —   
UPN3 OR4C11 11q11 NM_001004700 c.G503T:p.G168V Nonsynonymous 2.7 No   
UPN5 No mutation — — — — — —   
UPN6 RNF40 16p11.2 NM_001207034 c.C1510T:p.R504X Stopgain 4.6 No   
MYD88 3p22.2 NM_001172568 c.G514T:p.V172F Nonsynonymous 2.2 3 occurrences   
UPN7 No mutation — — — — — —   
UPN8 No mutation — — — — — —   
UPN9 TET2 4q24 NM_001127208 c.3410-2A>C Splice site 5.1 1 occurrence   
UPN11 No mutation — — — — — —   
UPN12 No mutation — — — — — —   
UPN13 No mutation — — — — — —   
UPN14 No mutation — — — — — —   
UPN15 No mutation — — — — — —   
UPN17 No mutation — — — — — —   
UPN18 No mutation — — — — — —   
UPN20 No mutation — — — — — —   
UPN3 DLBCL CPSF3L 1p36.33 NM_017871 c.G128A:p.R43Q Nonsynonymous 23.4 — 0/144 
 KIF14 1q32.1 NM_001305792 c.C462A:p.N154K Nonsynonymous 24.4 — 0/175 
 IFIT2 10q23.31 NM_001547 c.1247dupA:p.Q416fs Frameshift insertion 29.4 — 0/352 
 ATE1 10q26.13 NM_007041 c.G975T:p.Q325H Nonsynonymous 26.3 — 0/185 
 C10orf88 10q26.13 NM_024942 c.401dupA:p.N134fs Frameshift insertion 27.7 1 occurrence 0/75 
 KMT2D 12q13.12 NM_003482 c.G14080T:p.E4694X Stopgain 29.8 — 0.2 1/561 
 AJUBA 14q11.2 NM_001289097 c.C1097A:p.S366X Stopgain 25.2 — 0/162 
 MYBL2 20q13.12 NM_001278610 c.A353G:p.E118G Nonsynonymous 22 — 0/186 
 LNX1 4q12 NM_032622 c.C907T:p.R303C Nonsynonymous 7.7 1 occurrence 0.7 2/284 
 LAMA2 6q22.33 NM_000426 c.C5404T:p.R1802C Nonsynonymous 27 1 occurrence 0.3 1/360 
 FLNC 7q32.1 NM_001127487 :c.G6859A:p.G2287R Nonsynonymous 29 — 0/202 
Unique patient No.HUGO symbolChromosomic localizationNMMutationType of single nucleotide variantVAF (%)COSMIC% VAF in UPN3 PPBL sampleNo. of variant- supporting reads/depth
UPN2 No mutation — — — — — —   
UPN3 OR4C11 11q11 NM_001004700 c.G503T:p.G168V Nonsynonymous 2.7 No   
UPN5 No mutation — — — — — —   
UPN6 RNF40 16p11.2 NM_001207034 c.C1510T:p.R504X Stopgain 4.6 No   
MYD88 3p22.2 NM_001172568 c.G514T:p.V172F Nonsynonymous 2.2 3 occurrences   
UPN7 No mutation — — — — — —   
UPN8 No mutation — — — — — —   
UPN9 TET2 4q24 NM_001127208 c.3410-2A>C Splice site 5.1 1 occurrence   
UPN11 No mutation — — — — — —   
UPN12 No mutation — — — — — —   
UPN13 No mutation — — — — — —   
UPN14 No mutation — — — — — —   
UPN15 No mutation — — — — — —   
UPN17 No mutation — — — — — —   
UPN18 No mutation — — — — — —   
UPN20 No mutation — — — — — —   
UPN3 DLBCL CPSF3L 1p36.33 NM_017871 c.G128A:p.R43Q Nonsynonymous 23.4 — 0/144 
 KIF14 1q32.1 NM_001305792 c.C462A:p.N154K Nonsynonymous 24.4 — 0/175 
 IFIT2 10q23.31 NM_001547 c.1247dupA:p.Q416fs Frameshift insertion 29.4 — 0/352 
 ATE1 10q26.13 NM_007041 c.G975T:p.Q325H Nonsynonymous 26.3 — 0/185 
 C10orf88 10q26.13 NM_024942 c.401dupA:p.N134fs Frameshift insertion 27.7 1 occurrence 0/75 
 KMT2D 12q13.12 NM_003482 c.G14080T:p.E4694X Stopgain 29.8 — 0.2 1/561 
 AJUBA 14q11.2 NM_001289097 c.C1097A:p.S366X Stopgain 25.2 — 0/162 
 MYBL2 20q13.12 NM_001278610 c.A353G:p.E118G Nonsynonymous 22 — 0/186 
 LNX1 4q12 NM_032622 c.C907T:p.R303C Nonsynonymous 7.7 1 occurrence 0.7 2/284 
 LAMA2 6q22.33 NM_000426 c.C5404T:p.R1802C Nonsynonymous 27 1 occurrence 0.3 1/360 
 FLNC 7q32.1 NM_001127487 :c.G6859A:p.G2287R Nonsynonymous 29 — 0/202 

COSMIC, Catalogue of Somatic Mutations in Cancer; HUGO, Human Genome Organisation; NM, messenger RNA transcript.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal