Table 3.

Replication testing of candidate SNPs for association with the risk of chronic GVHD in the FHCRC cohort*

Unadjusted analysisAdjusted analysis
GeneGenomeGraftSNPAllelesMAFModelN†HR95% CIPHR95% CIP
FAS R MRD rs1800682 A/G 0.46 Dominant 1640 0.99 0.85-1.16 .94 0.99 0.84-1.16 .85 
IL10 R MRD rs1800871 G/A 0.24 Dominant 1622 1.07 0.92-1.24 .39 1.07 0.93-1.25 .34 
IL10 R MRD rs1800871 G/A 0.24 Recessive 1622 0.96 0.69-1.34 .80 0.97 0.69-1.36 .86 
IL10 R MRD rs1800896 T/C 0.48 Recessive 1196 1.01 0.83-1.24 .90 1.00 0.81-1.22 .97 
IL10RB R MRD rs2834167 A/G 0.26 Dominant‡ 674 1.13 0.90-1.42 .30 1.10 0.88-1.39 .40 
IL6 R MRD rs1800795 G/C 0.40 Recessive 1663 0.94 0.76-1.15 .52 0.93 0.76-1.15 .50 
CCR6 D MRD rs3093023 G/A 0.44 Dominant 1758 1.19 1.02-1.38 .02 1.15 0.99-1.34 .08 
FGFR1OP D MRD rs2301436 C/T 0.47 Dominant 1772 1.23 1.06-1.44 .008 1.18 1.01-1.38 .04 
CTLA4 D MRD rs231775 A/G 0.38 Recessive 1761 0.92 0.76-1.12 .39 0.92 0.76-1.13 .43 
CTLA4 D URD rs3087243 G/A 0.45 Recessive 2011 0.84 0.72-0.99 .04 0.84 0.72-0.99 .04 
GSTP1 D MRD rs1695 A/G 0.35 Dominant 1291 1.01 0.86-1.19 .89 0.99 0.84-1.17 .91 
CD14 R URD rs2569190 G/A 0.48 Recessive 1958 0.97 0.84-1.13 .69 0.96 0.83-1.11 .58 
MADCAM1 R ALL rs2302217 A/G 0.47 Dominant 671 1.10 0.85-1.43 .47 1.16 0.89-1.51 .28 
HPSE R ALL rs4693608 A/G 0.48 Dominant 2574 1.12 0.98-1.28 .09 1.15 1.01-1.31 .04 
PARP1 R ALL rs1805410 T/C 0.15 Allelic 3637 1.06 0.97-1.17 .20 1.05 0.96-1.16 .28 
TNFSF13B R ALL rs16972217 C/T 0.23 Allelic 2589 0.93 0.84-1.02 .13 0.93 0.84-1.02 .13 
IL1R1 D ALL rs3917225 A/G 0.44 Dominant 3737 1.06 0.96-1.18 .24 1.07 0.96-1.18 .22 
TNF R MRD rs361525 G/A 0.05 Dominant 1662 0.97 0.76-1.24 .82 0.94 0.73-1.20 .62 
FCRL3 R MRD rs7528684 A/G 0.45 Recessive 1652 1.02 0.86-1.21 .81 1.01 0.85-1.20 .93 
IL2 R URD rs2069762 A/C 0.29 Dominant 1966 1.08 0.96-1.23 .21 1.06 0.94-1.21 .35 
CCL5 R ALL rs1800825 A/G 0.02 Dominant 3582 0.89 0.69-1.16 .39 0.89 0.68-1.15 .37 
GZMB D URD rs8192917 T/C 0.23 Dominant§ 927 1.04 0.85-1.26 .72 0.99 0.82-1.21 .95 
Unadjusted analysisAdjusted analysis
GeneGenomeGraftSNPAllelesMAFModelN†HR95% CIPHR95% CIP
FAS R MRD rs1800682 A/G 0.46 Dominant 1640 0.99 0.85-1.16 .94 0.99 0.84-1.16 .85 
IL10 R MRD rs1800871 G/A 0.24 Dominant 1622 1.07 0.92-1.24 .39 1.07 0.93-1.25 .34 
IL10 R MRD rs1800871 G/A 0.24 Recessive 1622 0.96 0.69-1.34 .80 0.97 0.69-1.36 .86 
IL10 R MRD rs1800896 T/C 0.48 Recessive 1196 1.01 0.83-1.24 .90 1.00 0.81-1.22 .97 
IL10RB R MRD rs2834167 A/G 0.26 Dominant‡ 674 1.13 0.90-1.42 .30 1.10 0.88-1.39 .40 
IL6 R MRD rs1800795 G/C 0.40 Recessive 1663 0.94 0.76-1.15 .52 0.93 0.76-1.15 .50 
CCR6 D MRD rs3093023 G/A 0.44 Dominant 1758 1.19 1.02-1.38 .02 1.15 0.99-1.34 .08 
FGFR1OP D MRD rs2301436 C/T 0.47 Dominant 1772 1.23 1.06-1.44 .008 1.18 1.01-1.38 .04 
CTLA4 D MRD rs231775 A/G 0.38 Recessive 1761 0.92 0.76-1.12 .39 0.92 0.76-1.13 .43 
CTLA4 D URD rs3087243 G/A 0.45 Recessive 2011 0.84 0.72-0.99 .04 0.84 0.72-0.99 .04 
GSTP1 D MRD rs1695 A/G 0.35 Dominant 1291 1.01 0.86-1.19 .89 0.99 0.84-1.17 .91 
CD14 R URD rs2569190 G/A 0.48 Recessive 1958 0.97 0.84-1.13 .69 0.96 0.83-1.11 .58 
MADCAM1 R ALL rs2302217 A/G 0.47 Dominant 671 1.10 0.85-1.43 .47 1.16 0.89-1.51 .28 
HPSE R ALL rs4693608 A/G 0.48 Dominant 2574 1.12 0.98-1.28 .09 1.15 1.01-1.31 .04 
PARP1 R ALL rs1805410 T/C 0.15 Allelic 3637 1.06 0.97-1.17 .20 1.05 0.96-1.16 .28 
TNFSF13B R ALL rs16972217 C/T 0.23 Allelic 2589 0.93 0.84-1.02 .13 0.93 0.84-1.02 .13 
IL1R1 D ALL rs3917225 A/G 0.44 Dominant 3737 1.06 0.96-1.18 .24 1.07 0.96-1.18 .22 
TNF R MRD rs361525 G/A 0.05 Dominant 1662 0.97 0.76-1.24 .82 0.94 0.73-1.20 .62 
FCRL3 R MRD rs7528684 A/G 0.45 Recessive 1652 1.02 0.86-1.21 .81 1.01 0.85-1.20 .93 
IL2 R URD rs2069762 A/C 0.29 Dominant 1966 1.08 0.96-1.23 .21 1.06 0.94-1.21 .35 
CCL5 R ALL rs1800825 A/G 0.02 Dominant 3582 0.89 0.69-1.16 .39 0.89 0.68-1.15 .37 
GZMB D URD rs8192917 T/C 0.23 Dominant§ 927 1.04 0.85-1.26 .72 0.99 0.82-1.21 .95 
*

Alleles are shown as major/minor. Results for rs16972217 were similar for 3 other TNFSF13B SNPs in near perfect linkage disequilibrium. Statistically significant HRs are highlighted in bold.

†

Numbers reflect samples that passed quality control.

‡

Comparisons were limited to patients with the same interleukin-10 production level.

§

Testing was limited to patients with acute myeloid leukemia or myelodysplastic syndromes.

View Large