Table 2.

SNPs previously associated with risk of chronic GVHD

GeneReferencePopulationGenomeGraftNSNPAllelesMAF*ModelStatistic95% CI
FAS 11 EUR R MRD 107 rs1800682 A/G 0.48 Dominant OR 3.6 1.1-11 
IL10 11 EUR R MRD 106 rs1800871 C/T 0.19 Dominant OR 3.9 1.5-10 
IL10 11 EUR R MRD 106 rs1800896 G/A 0.48 Dominant OR 2.3 1.1-5.3 
IL10 12 EUR R MRD 95 rs1800896 A/G 0.45 Recessive HR 2.8 1.1-7.0 
IL10 8 Korean R MRD 53 rs1800871 T/C 0.34 Dominant OR 0.07 0.01-0.61 
IL10 8 Korean R MRD 53 rs1800871 T/C 0.34 Recessive OR 0.16 0.03-0.84 
IL10RB 15 EUR R MRD 184 rs2834167 A/G 0.31 Dominant† OR 2.3 1.0-5.0 
IL6 16 EUR R MRD 99 rs1800795 G/C 0.40 Recessive HR 0.24 0.07-0.77 
CCR6 4 EUR D MRD 153 rs3093023 G/A 0.42 Dominant OR 4.2 1.5-11 
FGFR1OP 4 EUR D MRD 156 rs2301436 G/A 0.45 Dominant OR 6.3 2.0-20 
CTLA4 3 EUR D MRD 225 rs231775 A/G 0.43 Recessive HR 1.8 1.0-3.0 
CTLA4 18 EUR D URD 147 rs3087243 G/A 0.37 Recessive HR 1.8 1.1-3.2 
GSTP1 12 EUR D MRD 95 rs1695 A/G 0.28 Dominant HR 2.3 1.3-3.8 
CD14 18 EUR R URD 147 rs2569190 G/A 0.47 Recessive HR 1.9 1.3-2.9 
MADCAM1 1 EUR R MRD+URD 70 rs2302217 A/G 0.50 Dominant OR 3.6 1.1-11 
HPSE 17 EUR R MRD+URD 225 rs4693608 A/G 0.45 Dominant HR 0.38 0.15-0.91 
PARP1 2 EUR R MRD+URD 352 rs1805410 A/G 0.15 Allelic HR 1.8 1.3-2.5 
TNFSF13B 5 EUR R MRD+URD 156 rs16972217 C/T 0.26 Allelic OR 2.7 1.4-5.4 
IL1R1 10 EUR D MRD+URD 302 rs3917225 A/G 0.44 Dominant HR 1.3 1.1-1.6 
TNFA 19 EUR-AF R MRD 82 rs361525 G/A 0.10 Dominant HR 2.6 1.3-5.2 
FCRL3 14 Japanese R MRD 112 rs7528684 T/C 0.43 Recessive OR 0.21 0.06-0.60 
IL2 6 Japanese R URD 326 rs2069762 T/G 0.33 Dominant OR 2.3‡ 1.4-3.6 
CCL5 9 Korean R MRD+URD 50 rs1800825 C/G 0.15 Dominant HR 2.9 1.2-7.0 
GZMB 7 Japanese D URD 353 rs8192917 A/G 0.20 Dominant§ HR 0.61 0.37-0.99 
GeneReferencePopulationGenomeGraftNSNPAllelesMAF*ModelStatistic95% CI
FAS 11 EUR R MRD 107 rs1800682 A/G 0.48 Dominant OR 3.6 1.1-11 
IL10 11 EUR R MRD 106 rs1800871 C/T 0.19 Dominant OR 3.9 1.5-10 
IL10 11 EUR R MRD 106 rs1800896 G/A 0.48 Dominant OR 2.3 1.1-5.3 
IL10 12 EUR R MRD 95 rs1800896 A/G 0.45 Recessive HR 2.8 1.1-7.0 
IL10 8 Korean R MRD 53 rs1800871 T/C 0.34 Dominant OR 0.07 0.01-0.61 
IL10 8 Korean R MRD 53 rs1800871 T/C 0.34 Recessive OR 0.16 0.03-0.84 
IL10RB 15 EUR R MRD 184 rs2834167 A/G 0.31 Dominant† OR 2.3 1.0-5.0 
IL6 16 EUR R MRD 99 rs1800795 G/C 0.40 Recessive HR 0.24 0.07-0.77 
CCR6 4 EUR D MRD 153 rs3093023 G/A 0.42 Dominant OR 4.2 1.5-11 
FGFR1OP 4 EUR D MRD 156 rs2301436 G/A 0.45 Dominant OR 6.3 2.0-20 
CTLA4 3 EUR D MRD 225 rs231775 A/G 0.43 Recessive HR 1.8 1.0-3.0 
CTLA4 18 EUR D URD 147 rs3087243 G/A 0.37 Recessive HR 1.8 1.1-3.2 
GSTP1 12 EUR D MRD 95 rs1695 A/G 0.28 Dominant HR 2.3 1.3-3.8 
CD14 18 EUR R URD 147 rs2569190 G/A 0.47 Recessive HR 1.9 1.3-2.9 
MADCAM1 1 EUR R MRD+URD 70 rs2302217 A/G 0.50 Dominant OR 3.6 1.1-11 
HPSE 17 EUR R MRD+URD 225 rs4693608 A/G 0.45 Dominant HR 0.38 0.15-0.91 
PARP1 2 EUR R MRD+URD 352 rs1805410 A/G 0.15 Allelic HR 1.8 1.3-2.5 
TNFSF13B 5 EUR R MRD+URD 156 rs16972217 C/T 0.26 Allelic OR 2.7 1.4-5.4 
IL1R1 10 EUR D MRD+URD 302 rs3917225 A/G 0.44 Dominant HR 1.3 1.1-1.6 
TNFA 19 EUR-AF R MRD 82 rs361525 G/A 0.10 Dominant HR 2.6 1.3-5.2 
FCRL3 14 Japanese R MRD 112 rs7528684 T/C 0.43 Recessive OR 0.21 0.06-0.60 
IL2 6 Japanese R URD 326 rs2069762 T/G 0.33 Dominant OR 2.3‡ 1.4-3.6 
CCL5 9 Korean R MRD+URD 50 rs1800825 C/G 0.15 Dominant HR 2.9 1.2-7.0 
GZMB 7 Japanese D URD 353 rs8192917 A/G 0.20 Dominant§ HR 0.61 0.37-0.99 

AF, African; D, donor; EUR, European; MAF, minor allele frequency; R, recipient.

*

In some cases, minor allele frequencies reflect 1000 genomes results because data were not reported by the authors. Alleles are shown as major/minor, and, in some cases, strand designations were adjusted for consistency with the current analysis. Results were identical for rs1800872 and rs1800871 because these SNPs are in perfect linkage disequilibrium with each other. Results for rs16972217 were similar for 3 other TNFSF13B SNPs in strong linkage disequilibrium.

†

Results reflect cases where patients and donors had the same interleukin-10 production levels based on IL10 genotypes.

‡

Results for GT vs others; GG noted to have highest risk.

§

Only in patients with acute myeloid leukemia or myelodysplastic syndrome in the multivariate model; not statistically significant in the univariate model.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal