Table 1

PTEN and PTENP1 genomic status and promoter methylation analysis

Copy number status ofPTEN (10q23) andPTENP1 (9p13.3)
IDDiagnosisMapping arrayPTEN locusPTEN LOH statusUPDPTEN promoter methylationGenomic qRT-PCRPTENP1 locusPTENP1 LOH statusPTENP1 UPD
02 T SS 10K ML 1 0 ND ND WT 0 0 
05 T SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
08 T1 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
08 T2 SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
11 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
15 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
22 T SS 10K/aCGH ML 1 0 ND ND ML 1 0 
23 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U ND WT 0 0 
23 T2 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND ND WT 0 0 
23 T3 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND ND WT 0 0 
25 T SS 10K/aCGH ML 0 0 ND ND WT 0 0 
27 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
28 T SS 10K/aCGH WT 1 1 U 0.61 WT 0 0 
30 T1 SS 10K WT 0 0 U 1.13 WT 0 0 
30 T2 SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
32 T1 SS 10K/aCGH ML 1 0 U ND WT 0 0 
32 T2 SS SNP 6.0 ML 1 0 ND 0.67 WT 0 0 
33 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
34 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
35 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
36 T SS 10K/aCGH ML 0 0 U 0.69 WT 0 0 
37 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
38 T1 SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
38 T2 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
38 T3 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND 1,01 WT 0 0 
39 T1 SS 10K/aCGH ML 1 0 U 0.43 WT 0 0 
39 T2 SS SNP 6.0 ML 0 0 ND ND WT 0 0 
40 T1 SS 10K WT 0 0 U 0.86 WT 0 0 
40 T2 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
40 T3f SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
41 T1 SS 10K WT 0 0 U 1.19 WT 0 0 
41 T2 SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
41 T3 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND ND WT 0 0 
42 T1 SS 10K/aCGH ML 0 0 ND ND WT 0 0 
43 T1 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
43 T2 SS 10K/aCGH WT 0 0 U 0.85 WT 0 0 
43 T3 SS SNP 6.0 WT 0 0 U 1.09 WT 0 0 
44 T1 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
45 T1 SS 10K/aCGH WT 0 0 U 1.07 WT 0 0 
45 T2 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND 0.72 WT 0 0 
46 T1 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
48 T1 SS 10K/aCGH ML 1 0 ND 0.45 ML 1 0 
49 T1 SS 10K/aCGH ML 0 0 ND ND WT 0 0 
50 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U ND WT 0 0 
50 T2 SS 10K WT 0 0 ND 1.06 WT 0 0 
51 T1 SS 10K/aCGH WT 0 0 U 1.20 WT 0 0 
53 T1 SS SNP 6.0 ML 0 0 U ND ML 0 0 
53 T2 SS SNP 6.0 ML 0 0 ND 0.49 ML 0 0 
55 T1 SS 10K ML 1 0 U 0.50 WT 0 0 
57 T1 SS SNP 6.0 ML 1 0 ND 0.30 WT 0 0 
58 T1 SS 10K ML 0 0 U 0.44 WT 0 0 
60 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U ND WT 0 0 
60 T2 SS SNP 6.0 WT 0 0 U 1.20 WT 0 0 
61 T1 SS 10K ML 0 0 ND ND WT 0 0 
61 T2 SS 10K BL 0 0 PCR failed 0.09 WT 0 0 
62 T1 SS 10K WT 0 0 U 1.17 WT 0 0 
63 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U 1.06 WT 0 0 
63 T2 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND ND WT 0 0 
64 T1 SS SNP 6.0 ML 0 0 U 0.51 WT 0 0 
64 T2 SS SNP 6.0 BL 0 0 ND 0.26 WT 0 0 
65 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U 1.20 WT 0 0 
66 T1 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
67 T1 SS SNP 6.0 ML 0 0 U 0.47 WT 0 0 
69 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND ND WT 0 0 
70 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U ND WT 0 0 
Hut78 Cell line SNP 6.0 ML 1 0 U ND ML 1 0 
H9 Cell line SNP 6.0 ML 1 0 U ND ML 1 0 
HH Cell line SNP 6.0 BL 0 0 U ND WT 0 0 
Copy number status ofPTEN (10q23) andPTENP1 (9p13.3)
IDDiagnosisMapping arrayPTEN locusPTEN LOH statusUPDPTEN promoter methylationGenomic qRT-PCRPTENP1 locusPTENP1 LOH statusPTENP1 UPD
02 T SS 10K ML 1 0 ND ND WT 0 0 
05 T SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
08 T1 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
08 T2 SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
11 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
15 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
22 T SS 10K/aCGH ML 1 0 ND ND ML 1 0 
23 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U ND WT 0 0 
23 T2 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND ND WT 0 0 
23 T3 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND ND WT 0 0 
25 T SS 10K/aCGH ML 0 0 ND ND WT 0 0 
27 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
28 T SS 10K/aCGH WT 1 1 U 0.61 WT 0 0 
30 T1 SS 10K WT 0 0 U 1.13 WT 0 0 
30 T2 SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
32 T1 SS 10K/aCGH ML 1 0 U ND WT 0 0 
32 T2 SS SNP 6.0 ML 1 0 ND 0.67 WT 0 0 
33 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
34 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
35 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
36 T SS 10K/aCGH ML 0 0 U 0.69 WT 0 0 
37 T SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
38 T1 SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
38 T2 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
38 T3 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND 1,01 WT 0 0 
39 T1 SS 10K/aCGH ML 1 0 U 0.43 WT 0 0 
39 T2 SS SNP 6.0 ML 0 0 ND ND WT 0 0 
40 T1 SS 10K WT 0 0 U 0.86 WT 0 0 
40 T2 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
40 T3f SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
41 T1 SS 10K WT 0 0 U 1.19 WT 0 0 
41 T2 SS 10K/aCGH WT 0 0 ND ND WT 0 0 
41 T3 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND ND WT 0 0 
42 T1 SS 10K/aCGH ML 0 0 ND ND WT 0 0 
43 T1 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
43 T2 SS 10K/aCGH WT 0 0 U 0.85 WT 0 0 
43 T3 SS SNP 6.0 WT 0 0 U 1.09 WT 0 0 
44 T1 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
45 T1 SS 10K/aCGH WT 0 0 U 1.07 WT 0 0 
45 T2 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND 0.72 WT 0 0 
46 T1 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
48 T1 SS 10K/aCGH ML 1 0 ND 0.45 ML 1 0 
49 T1 SS 10K/aCGH ML 0 0 ND ND WT 0 0 
50 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U ND WT 0 0 
50 T2 SS 10K WT 0 0 ND 1.06 WT 0 0 
51 T1 SS 10K/aCGH WT 0 0 U 1.20 WT 0 0 
53 T1 SS SNP 6.0 ML 0 0 U ND ML 0 0 
53 T2 SS SNP 6.0 ML 0 0 ND 0.49 ML 0 0 
55 T1 SS 10K ML 1 0 U 0.50 WT 0 0 
57 T1 SS SNP 6.0 ML 1 0 ND 0.30 WT 0 0 
58 T1 SS 10K ML 0 0 U 0.44 WT 0 0 
60 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U ND WT 0 0 
60 T2 SS SNP 6.0 WT 0 0 U 1.20 WT 0 0 
61 T1 SS 10K ML 0 0 ND ND WT 0 0 
61 T2 SS 10K BL 0 0 PCR failed 0.09 WT 0 0 
62 T1 SS 10K WT 0 0 U 1.17 WT 0 0 
63 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U 1.06 WT 0 0 
63 T2 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND ND WT 0 0 
64 T1 SS SNP 6.0 ML 0 0 U 0.51 WT 0 0 
64 T2 SS SNP 6.0 BL 0 0 ND 0.26 WT 0 0 
65 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U 1.20 WT 0 0 
66 T1 SS 10K WT 0 0 ND ND WT 0 0 
67 T1 SS SNP 6.0 ML 0 0 U 0.47 WT 0 0 
69 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 ND ND WT 0 0 
70 T1 SS SNP 6.0 WT 0 0 U ND WT 0 0 
Hut78 Cell line SNP 6.0 ML 1 0 U ND ML 1 0 
H9 Cell line SNP 6.0 ML 1 0 U ND ML 1 0 
HH Cell line SNP 6.0 BL 0 0 U ND WT 0 0 

0, absent; 1, present; BL, biallelic loss; M, methylated; ML, monoallelic loss; ND, not determined; U, unmethylated; WT, diploid.

Bold denotes SS patients derived from the data set already published in Caprini et al.5 

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal