Table 3

Gene expression probe sets associated with outcome (EFS) in patients with MLL-AFF1

RankProbe setGene symbolElevated in*SAM analysis
Cox regression
P (adjusted for age)‡
ScoreFDR (%)HRP†
1 229461_x_at NEGR1 Low risk −2.35 12.25 0.54 .005 .015 
2 226415_at VAT1L Low risk −2.19 12.25 0.59 .007 .014 
1 228462_at IRX2 High risk 2.08 10.93 1.53 .010 .010 
2 230472_at IRX1 High risk 1.99 10.93 1.51 .023 .060 
3 202609_at EPS8 High risk 1.99 10.93 1.52 .006 .036 
4 201688_s_at TPD52 High risk 1.97 10.93 1.63 .008 .012 
5 214156_at MYRIP High risk 1.92 10.93 1.64 .005 .055 
6 209480_at HLA-DQB1 High risk 1.89 10.93 1.49 .023 .006 
7 205403_at IL1R2 High risk 1.84 10.93 1.54 .015 .153 
8 212192_at KCTD12 High risk 1.83 10.93 1.56 .021 .059 
9 201743_at CD14 High risk 1.73 10.93 1.50 .017 .121 
10 1555745_a_at LYZ High risk 1.73 10.93 1.53 .031 .059 
11 203535_at S100A9 High risk 1.70 10.93 1.51 .030 .091 
12 238900_at HLA-DRB1… High risk 1.70 10.93 1.48 .018 .031 
13 201689_s_at TPD52 High risk 1.67 10.93 1.49 .029 .027 
14 204959_at MNDA High risk 1.65 10.93 1.51 .032 .202 
15 211372_s_at IL1R2 High risk 1.64 10.93 1.65 .008 .156 
16 218454_at PLBD1 High risk 1.61 10.93 1.55 .015 .159 
17 211571_s_at VCAN High risk 1.59 10.93 1.44 .046 .192 
18 202289_s_at TACC2 High risk 1.56 10.93 1.45 .039 .055 
19 228434_at BTNL9 High risk 1.56 10.93 1.58 .021 .064 
20 202917_s_at S100A8 High risk 1.55 10.93 1.48 .054 .098 
21 204620_s_at VCAN High risk 1.54 10.93 1.43 .058 .210 
22 205863_at S100A12 High risk 1.52 10.93 1.43 .043 .145 
23 201690_s_at TPD52 High risk 1.50 10.93 1.49 .047 .039 
24 204619_s_at VCAN High risk 1.48 10.93 1.40 .058 .194 
25 215646_s_at VCAN High risk 1.45 10.93 1.39 .070 .217 
26 221731_x_at VCAN High risk 1.45 10.93 1.41 .076 .238 
27 204971_at CSTA High risk 1.40 12.25 1.44 .071 .260 
RankProbe setGene symbolElevated in*SAM analysis
Cox regression
P (adjusted for age)‡
ScoreFDR (%)HRP†
1 229461_x_at NEGR1 Low risk −2.35 12.25 0.54 .005 .015 
2 226415_at VAT1L Low risk −2.19 12.25 0.59 .007 .014 
1 228462_at IRX2 High risk 2.08 10.93 1.53 .010 .010 
2 230472_at IRX1 High risk 1.99 10.93 1.51 .023 .060 
3 202609_at EPS8 High risk 1.99 10.93 1.52 .006 .036 
4 201688_s_at TPD52 High risk 1.97 10.93 1.63 .008 .012 
5 214156_at MYRIP High risk 1.92 10.93 1.64 .005 .055 
6 209480_at HLA-DQB1 High risk 1.89 10.93 1.49 .023 .006 
7 205403_at IL1R2 High risk 1.84 10.93 1.54 .015 .153 
8 212192_at KCTD12 High risk 1.83 10.93 1.56 .021 .059 
9 201743_at CD14 High risk 1.73 10.93 1.50 .017 .121 
10 1555745_a_at LYZ High risk 1.73 10.93 1.53 .031 .059 
11 203535_at S100A9 High risk 1.70 10.93 1.51 .030 .091 
12 238900_at HLA-DRB1… High risk 1.70 10.93 1.48 .018 .031 
13 201689_s_at TPD52 High risk 1.67 10.93 1.49 .029 .027 
14 204959_at MNDA High risk 1.65 10.93 1.51 .032 .202 
15 211372_s_at IL1R2 High risk 1.64 10.93 1.65 .008 .156 
16 218454_at PLBD1 High risk 1.61 10.93 1.55 .015 .159 
17 211571_s_at VCAN High risk 1.59 10.93 1.44 .046 .192 
18 202289_s_at TACC2 High risk 1.56 10.93 1.45 .039 .055 
19 228434_at BTNL9 High risk 1.56 10.93 1.58 .021 .064 
20 202917_s_at S100A8 High risk 1.55 10.93 1.48 .054 .098 
21 204620_s_at VCAN High risk 1.54 10.93 1.43 .058 .210 
22 205863_at S100A12 High risk 1.52 10.93 1.43 .043 .145 
23 201690_s_at TPD52 High risk 1.50 10.93 1.49 .047 .039 
24 204619_s_at VCAN High risk 1.48 10.93 1.40 .058 .194 
25 215646_s_at VCAN High risk 1.45 10.93 1.39 .070 .217 
26 221731_x_at VCAN High risk 1.45 10.93 1.41 .076 .238 
27 204971_at CSTA High risk 1.40 12.25 1.44 .071 .260 

Bold denotes probe sets that are used for building the 7-gene (9-probe set) SPCA model.

*

Indicates risk group with which elevated expression is correlated.

†

P value of Wald test for the HR indicating significance of the association between the expression of each individual gene and treatment outcome.

‡

P value indicating significance of the association between the expression of each gene and treatment outcome adjusting for age effect.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal