Table 1

CIS list

ChromosomeCIS positionCIS range, kbMll-AF9 mice with insertWT mice with insertRTCGDCancer Gene CensusCOSMICAll genes in/near CIS
1 4485458-4486321 1 2 1   YES Sox17* 
1 36823950-37002868 179 3 1   YES Tmem131,*Zap70, AC123854.2 
1 135756752-135974231 217 2 2    AC157924.6,*Prelp, Fmod, Btg2, Optc 
1 173849175-174012079 163 4 1 YES  YES Slamf6,*Copa, Vangl2, Nhlh1, AC158930.1, Ncstn 
2 11547443-11577841 30 3 0 YES  YES Il2ra* 
2 26315310-26525572 210 0 11 YES YES YES Notch1,*mmu-mir-126, Egfl7, Agpat2, Fam69b, AL732311 
2 90344091-90491625 148 3 1   YES Ptprj* 
2 90919486-90925879 6 3 1   YES Slc39a13,*Sfpi1 
2 101463219-101464091 1 4 0    B230118H07Rik,*Rag2 
2 103601727-103784302 183 1 3 YES YES YES Lmo2,*Nat10, Caprin1, BX537331.1, AL928544.7 (miRNA), AL928544.5 (miRNA) 
2 103601727-103784302 183 0 3   YES Nat10,*†Lmo2, Caprin1, BX537331.1, AL928544.7 (miRNA), AL928544.5 (miRNA) 
2 117168903-117367506 199 3 10 YES  YES Rasgrp1* 
2 152601718-152828604 227 2 2 YES  YES Bcl2l1,*Tpx2, Mylk2, Ttll9, Foxs1, Dusp15 
2 165712889-165837434 125 4 0    Prkcbp1,*Zmynd8, Ncoa3 
2 165781678-165837434 56 3 0    RP23-108D12.5*‡ 
2 167625651-167785437 160 4 1    A530013C23Rik,*Ptpn1 
2 167750534-167785437 35 3 0   YES Ptpn1*‡ 
2 169958430-170046828 88 2 2 YES  YES Zfp217* 
3 94945270-95035953 91 3 0   YES Tnfaip8l2,*‡Cdc42se1, Sema6c, Gabpb2, Mlt11, Gm128, Bnipl, Lysmd1, Scnm1 
4 32341351-32513306 172 3 3 YES  YES Bach2* 
4 133220770-133371434 151 2 2   YES Pigv,*Aridla 
4 133652224-133867470 215 1 2 YES  YES Cd52,*Ubxn11, Aim1, Sh3bgrl3, Ccdc21, Gm7534, Catsper4, Cnksr1, Zfp593, Grrp1, Pdik1 
4 149076009-149079348 3 2 1   YES Pik3cd* 
5 34038901-34279652 241 1 3 YES YES YES Fgfr3,*Tacc3 
5 108078270-108186428 108 5 19 YES  YES Gfi1,*Evi5, Rpap2 
5 111845647-112004142 158 10 3 YES YES YES Mn1,*C130026L21Rik 
6 48598556-48720382 122 6 0   YES Gimap8,*Gimap cluster 
6 48630644-48720382 90 5 0   YES Gimap4,*‡Gimap cluster 
6 127104034-127281434 177 2 5 YES YES YES Ccnd2,*AC161597.1 
7 19858212-20077994 220 6 0   YES Fosb,*mmu-mir-343, Ercc1, Ercc2, Ppplrl3, Rtn2, Ckm, Exoc3l2, C79127, Vasp, Cd3eap, Klc3, Mark4 
7 29165895-29228553 63 4 0   YES Gmfg,*Paf1, Samd4b, Med29 
7 121285480-121354575 69 5 11 YES  YES Rras2,*Copb1 
7 136903269-136957718 54 2 2 YES   Brwd2* 
7 152126941-152233702 107 3 2 YES YES YES Ccnd1,*Oraov1 
8 10856578-11099413 243 3 3    AC116499.9,*3930402G23Rik, Irs2 
8 10910498-11099413 189 0 3 YES   3930402G23Rik,*†Irs2 
8 86266601-86296089 29 2 1   YES Cd97* 
8 131049443-131116479 67 3 0   YES Nrp1*‡ 
9 32416427-32624588 208 3 5 YES  YES Ets1* 
9 44135577-44376194 241 2 1   YES Dpagt1,*Bcl9l, H2afx, Hyou1, Rps25, Slc37a4, AC122428.3, C030014l23Rik, C2cd2l, Hmbs, Vps11, Trappc4, Ccdc84, Foxr1, Upk2, AC122428.2, Cxcr5 
9 110800877-110812241 11 2 1   YES Als2cl* 
9 123758644-123985636 227 3 1   YES Fyco1,*Xcrl, CAAA01140679.1.6228.1, Ccr1, Ccr1l1, Ccr3 
10 20763054-20972634 210 8 9 YES YES YES Myb,*Ahi1, AC153556.5 (miRNA) 
10 20811983-20972634 161 0 9    AC153556.5,*†Myb 
10 41658107-41790233 132 1 3   YES Armc2* 
10 59615644-59634420 19 2 1   YES Chst3,*Spock2 
10 76990210-77085753 96 3 0   YES Itgb2,*‡181008A18Rik, Pttglip, Sumo3, Ube2g2 
10 79452089-79621648 170 4 0   YES Cnn2,*Abca7, Hmha1, Gpx4, Stk11, Atp5d, Midn, ORF61, Polr2e, Sbno2, Dos 
10 79895567-80140544 245 2 2   YES Mknk2,*Tcf3, Onecut3, Atp8b3, Rexo1, Klf16, Fam108a, Scamp4, Adat3, Csnk1g2, Btbd2 
10 92532859-92627678 95 3 0    4930485B16Rik,*‡Cdk17 
11 11465042-11679166 214 2 8 YES YES YES Ikzf1,*4930512M02Rik, AL596450.1, RP23-373H2 
11 23642090-23679371 37 2 1 YES YES YES Rel* 
11 24098976-24156602 58 6 2 YES YES YES Bcl11a* 
11 51713117-51817285 104 4 0   YES Phf15,*Cdkn2aipn1, Ube2b, Cdkl3 
11 52118189-52155248 37 2 2   YES Tcf7,*Vdac1 
11 68174513-68271352 97 1 4 YES  YES Pik3r5,*Ntn1, AL606831.2 miRNA 
11 77601654-77615704 14 2 1   YES Myo18a,*AL591065.2 
11 79467420-79566569 99 3 0   YES Rab11fip4,*‡mmu-mir-193 (miRNA), mmu-mir-365-2 (miRNA), AL731726.1 
11 86407328-86438598 31 3 0    Tmem49* 
11 87565872-87567954 2 2 1 YES   mmu-mir-142* 
11 100752419-100753004 1 2 1   YES Stat3* 
11 106548821-106782459 234 2 3    Gm885,*Pecam1, Polg2, AL593847.1, Smurf2, Ddx5, Ccdc45 
11 115872987-116120321 247 2 3   YES Galk1,*Trim65, Srp68, Itgb4, H3f3b, Unk, Uncl3d, Trim47, Mrpl38, Wbp2, Fbf1, Acox1, Evpl, Cdk3, 2310004N24Rik 
11 117205625-117212544 7 2 1 YES  YES Sept9* 
11 120491729-120493009 1 3 0   YES Mafg* 
12 86976896-87168328 191 2 2   YES Jdp2,*Ttll5, 0610007P14Rik, Batf, Mfsd7c 
12 108362175-108363890 2 1 2    AC163345.1* 
13 28644507-28873369 229 3 2    RP23-45H23.1,*Sox4, RP23-371K8 
14 70133928-70229580 96 3 0   YES Chmp7,*‡Tnfrsf10b, Rhobtb2, Pebp4 
15 61815622-62044652 229 6 9 YES YES YES Myc,*Pvt1 
15 62000405-62022073 22 3 0    Pvt1*‡ 
15 66633426-66693812 60 3 1   YES Sla,*Tg 
15 66646986-66693812 47 3 0   YES Tg,*‡Sla 
15 80346987-80525653 179 4 2   YES Enthd1,*Grap2, Fam83f 
15 96373651-96486074 112 3 0    AC123606.11,*‡Slc38a1, Slc38a2 
15 96373651-96540760 167 3 2 YES  YES Slc38a1,*Slc38a2, AC123606.1 
15 97443447-97669490 226 4 0   YES Rpap3,*Pp11r, Hdac7, Rapgef3, AC104225.2, Slc48a1, Vdr 
16 32433625-32549358 116 3 1    Pcyt1a,*Zdhhc19, Osta, Tctex1d2 
16 32517604-32549358 32 3 0   YES Zdhhc19*‡ 
16 49771352-49938369 167 4 0   YES Ift57,*Cd47G, m5486, AC107830.1, AC107830.2 
16 49839166-49938369 99 3 0   YES Cd47*‡ 
17 29534871-29639166 104 6 7 YES YES YES Pim1,*Fgd2 
17 47649930-47875555 226 1 4   YES Taf8,*Tcfeb, Med20, Frs3, Pgc, Usp49, Ccnd3, Bysl, Tomm6, Prickle4 
17 52420984-52490384 69 3 0    AC121600.2,*‡AC121600.1 (miRNA) 
18 35900301-36089864 190 2 3   YES Tmem173,*Cxxc5 
18 60962858-60989942 27 2 1  YES YES Cd74,*Tcof1 
19 37514331-37569767 55 4 6   YES Exoc6,*Hhex 
19 37514331-37569373 55 0 6 YES  YES Hhex,*†Exoc6 
ChromosomeCIS positionCIS range, kbMll-AF9 mice with insertWT mice with insertRTCGDCancer Gene CensusCOSMICAll genes in/near CIS
1 4485458-4486321 1 2 1   YES Sox17* 
1 36823950-37002868 179 3 1   YES Tmem131,*Zap70, AC123854.2 
1 135756752-135974231 217 2 2    AC157924.6,*Prelp, Fmod, Btg2, Optc 
1 173849175-174012079 163 4 1 YES  YES Slamf6,*Copa, Vangl2, Nhlh1, AC158930.1, Ncstn 
2 11547443-11577841 30 3 0 YES  YES Il2ra* 
2 26315310-26525572 210 0 11 YES YES YES Notch1,*mmu-mir-126, Egfl7, Agpat2, Fam69b, AL732311 
2 90344091-90491625 148 3 1   YES Ptprj* 
2 90919486-90925879 6 3 1   YES Slc39a13,*Sfpi1 
2 101463219-101464091 1 4 0    B230118H07Rik,*Rag2 
2 103601727-103784302 183 1 3 YES YES YES Lmo2,*Nat10, Caprin1, BX537331.1, AL928544.7 (miRNA), AL928544.5 (miRNA) 
2 103601727-103784302 183 0 3   YES Nat10,*†Lmo2, Caprin1, BX537331.1, AL928544.7 (miRNA), AL928544.5 (miRNA) 
2 117168903-117367506 199 3 10 YES  YES Rasgrp1* 
2 152601718-152828604 227 2 2 YES  YES Bcl2l1,*Tpx2, Mylk2, Ttll9, Foxs1, Dusp15 
2 165712889-165837434 125 4 0    Prkcbp1,*Zmynd8, Ncoa3 
2 165781678-165837434 56 3 0    RP23-108D12.5*‡ 
2 167625651-167785437 160 4 1    A530013C23Rik,*Ptpn1 
2 167750534-167785437 35 3 0   YES Ptpn1*‡ 
2 169958430-170046828 88 2 2 YES  YES Zfp217* 
3 94945270-95035953 91 3 0   YES Tnfaip8l2,*‡Cdc42se1, Sema6c, Gabpb2, Mlt11, Gm128, Bnipl, Lysmd1, Scnm1 
4 32341351-32513306 172 3 3 YES  YES Bach2* 
4 133220770-133371434 151 2 2   YES Pigv,*Aridla 
4 133652224-133867470 215 1 2 YES  YES Cd52,*Ubxn11, Aim1, Sh3bgrl3, Ccdc21, Gm7534, Catsper4, Cnksr1, Zfp593, Grrp1, Pdik1 
4 149076009-149079348 3 2 1   YES Pik3cd* 
5 34038901-34279652 241 1 3 YES YES YES Fgfr3,*Tacc3 
5 108078270-108186428 108 5 19 YES  YES Gfi1,*Evi5, Rpap2 
5 111845647-112004142 158 10 3 YES YES YES Mn1,*C130026L21Rik 
6 48598556-48720382 122 6 0   YES Gimap8,*Gimap cluster 
6 48630644-48720382 90 5 0   YES Gimap4,*‡Gimap cluster 
6 127104034-127281434 177 2 5 YES YES YES Ccnd2,*AC161597.1 
7 19858212-20077994 220 6 0   YES Fosb,*mmu-mir-343, Ercc1, Ercc2, Ppplrl3, Rtn2, Ckm, Exoc3l2, C79127, Vasp, Cd3eap, Klc3, Mark4 
7 29165895-29228553 63 4 0   YES Gmfg,*Paf1, Samd4b, Med29 
7 121285480-121354575 69 5 11 YES  YES Rras2,*Copb1 
7 136903269-136957718 54 2 2 YES   Brwd2* 
7 152126941-152233702 107 3 2 YES YES YES Ccnd1,*Oraov1 
8 10856578-11099413 243 3 3    AC116499.9,*3930402G23Rik, Irs2 
8 10910498-11099413 189 0 3 YES   3930402G23Rik,*†Irs2 
8 86266601-86296089 29 2 1   YES Cd97* 
8 131049443-131116479 67 3 0   YES Nrp1*‡ 
9 32416427-32624588 208 3 5 YES  YES Ets1* 
9 44135577-44376194 241 2 1   YES Dpagt1,*Bcl9l, H2afx, Hyou1, Rps25, Slc37a4, AC122428.3, C030014l23Rik, C2cd2l, Hmbs, Vps11, Trappc4, Ccdc84, Foxr1, Upk2, AC122428.2, Cxcr5 
9 110800877-110812241 11 2 1   YES Als2cl* 
9 123758644-123985636 227 3 1   YES Fyco1,*Xcrl, CAAA01140679.1.6228.1, Ccr1, Ccr1l1, Ccr3 
10 20763054-20972634 210 8 9 YES YES YES Myb,*Ahi1, AC153556.5 (miRNA) 
10 20811983-20972634 161 0 9    AC153556.5,*†Myb 
10 41658107-41790233 132 1 3   YES Armc2* 
10 59615644-59634420 19 2 1   YES Chst3,*Spock2 
10 76990210-77085753 96 3 0   YES Itgb2,*‡181008A18Rik, Pttglip, Sumo3, Ube2g2 
10 79452089-79621648 170 4 0   YES Cnn2,*Abca7, Hmha1, Gpx4, Stk11, Atp5d, Midn, ORF61, Polr2e, Sbno2, Dos 
10 79895567-80140544 245 2 2   YES Mknk2,*Tcf3, Onecut3, Atp8b3, Rexo1, Klf16, Fam108a, Scamp4, Adat3, Csnk1g2, Btbd2 
10 92532859-92627678 95 3 0    4930485B16Rik,*‡Cdk17 
11 11465042-11679166 214 2 8 YES YES YES Ikzf1,*4930512M02Rik, AL596450.1, RP23-373H2 
11 23642090-23679371 37 2 1 YES YES YES Rel* 
11 24098976-24156602 58 6 2 YES YES YES Bcl11a* 
11 51713117-51817285 104 4 0   YES Phf15,*Cdkn2aipn1, Ube2b, Cdkl3 
11 52118189-52155248 37 2 2   YES Tcf7,*Vdac1 
11 68174513-68271352 97 1 4 YES  YES Pik3r5,*Ntn1, AL606831.2 miRNA 
11 77601654-77615704 14 2 1   YES Myo18a,*AL591065.2 
11 79467420-79566569 99 3 0   YES Rab11fip4,*‡mmu-mir-193 (miRNA), mmu-mir-365-2 (miRNA), AL731726.1 
11 86407328-86438598 31 3 0    Tmem49* 
11 87565872-87567954 2 2 1 YES   mmu-mir-142* 
11 100752419-100753004 1 2 1   YES Stat3* 
11 106548821-106782459 234 2 3    Gm885,*Pecam1, Polg2, AL593847.1, Smurf2, Ddx5, Ccdc45 
11 115872987-116120321 247 2 3   YES Galk1,*Trim65, Srp68, Itgb4, H3f3b, Unk, Uncl3d, Trim47, Mrpl38, Wbp2, Fbf1, Acox1, Evpl, Cdk3, 2310004N24Rik 
11 117205625-117212544 7 2 1 YES  YES Sept9* 
11 120491729-120493009 1 3 0   YES Mafg* 
12 86976896-87168328 191 2 2   YES Jdp2,*Ttll5, 0610007P14Rik, Batf, Mfsd7c 
12 108362175-108363890 2 1 2    AC163345.1* 
13 28644507-28873369 229 3 2    RP23-45H23.1,*Sox4, RP23-371K8 
14 70133928-70229580 96 3 0   YES Chmp7,*‡Tnfrsf10b, Rhobtb2, Pebp4 
15 61815622-62044652 229 6 9 YES YES YES Myc,*Pvt1 
15 62000405-62022073 22 3 0    Pvt1*‡ 
15 66633426-66693812 60 3 1   YES Sla,*Tg 
15 66646986-66693812 47 3 0   YES Tg,*‡Sla 
15 80346987-80525653 179 4 2   YES Enthd1,*Grap2, Fam83f 
15 96373651-96486074 112 3 0    AC123606.11,*‡Slc38a1, Slc38a2 
15 96373651-96540760 167 3 2 YES  YES Slc38a1,*Slc38a2, AC123606.1 
15 97443447-97669490 226 4 0   YES Rpap3,*Pp11r, Hdac7, Rapgef3, AC104225.2, Slc48a1, Vdr 
16 32433625-32549358 116 3 1    Pcyt1a,*Zdhhc19, Osta, Tctex1d2 
16 32517604-32549358 32 3 0   YES Zdhhc19*‡ 
16 49771352-49938369 167 4 0   YES Ift57,*Cd47G, m5486, AC107830.1, AC107830.2 
16 49839166-49938369 99 3 0   YES Cd47*‡ 
17 29534871-29639166 104 6 7 YES YES YES Pim1,*Fgd2 
17 47649930-47875555 226 1 4   YES Taf8,*Tcfeb, Med20, Frs3, Pgc, Usp49, Ccnd3, Bysl, Tomm6, Prickle4 
17 52420984-52490384 69 3 0    AC121600.2,*‡AC121600.1 (miRNA) 
18 35900301-36089864 190 2 3   YES Tmem173,*Cxxc5 
18 60962858-60989942 27 2 1  YES YES Cd74,*Tcof1 
19 37514331-37569767 55 4 6   YES Exoc6,*Hhex 
19 37514331-37569373 55 0 6 YES  YES Hhex,*†Exoc6 

List of all CISs from insertion site analysis. Columns 1 and 2 are the chromosome and position of each CIS according to NCBI build 37. Column 3 shows the range of the CIS in kilobases. Columns 4 and 5 are the number of each genotype with contributing insertions to each CIS. Columns 6 to 8 refer to the gene shown with an asterisk in column 9. Column 6 indicates whether the gene has previously been identified in the RTCGD,23  column 7 indicates whether the human homolog of the gene has been identified as a cancer gene in the Cancer Gene Census,25  and column 8 indicates whether a mutation in the human homolog of the gene has been identified as a recurring somatic mutation in cancer (COSMIC).24  Column 9 shows all the genes in or near the CIS region that may be affected by proviral insertions.

CIS indicates common insertion site; RTCGD, Retroviral Tagged Cancer Gene Database; COSMIC, Catalog of Somatic Mutations In Cancer; and WT, wild type.

*

The gene whose transcriptional start site is closest to the median of the CIS region, which was called the CIS-associated candidate gene, annotated using Ensembl release 55.

†

Genes are only found in the infected WT CIS analysis.

‡

Genes are found only when analyzing CIS from infected Mll-AF9 mice.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal