Table 3

Abundantly expressed and overrepresented isomiRNAs

Cell linemiRNA namemiRBase countsmiRBase sequence*isomiR sequence*isomiR countsRatio (isomR:miRbase)
HL60 miR-107 1136 AGCAGCATTGTACAGGGCTATCA AGCAGCATTGTACAGGGCTAT 3915 3.4 
 miR-181a 840 AACATTCAACGCTGTCGGTGAGT AACATTCAACGCTGTCGGTGAGTTT 3481 4.1 
 miR-199a-3p 0 ACAGTAGTCTGCACATTGGTTA ACAGTAGTCTGCACATTGGTT 2896 2896 
 miR-181b 296 AACATTCATTGCTGTCGGTGGGT AACATTCATTGCTGTCGGTGGGTT 2455 8.3 
 miR-140-3p 3 TACCACAGGGTAGAACCACGG ACCACAGGGTAGAACCACGGAC 913 304.3 
 miR-101 74 TACAGTACTGTGATAACTGAA GTACAGTACTGTGATAACTGAA 624 8.4 
 miR-222 24 AGCTACATCTGGCTACTGGGT AGCTACATCTGGCTACTGGGTCTC 391 16.3 
 miR-23a 79 ATCACATTGCCAGGGATTTCC ATCACATTGCCAGGGATTTCCA 295 3.7 
 miR-30d 7 TGTAAACATCCCCGACTGGAAG TGTAAACATCCCCGACTGGAAGCT 193 27.6 
THP1 miR-101 1859 TACAGTACTGTGATAACTGAA GTACAGTACTGTGATAACTGAA 7710 4.1 
 miR-140-3p 249 TACCACAGGGTAGAACCACGG ACCACAGGGTAGAACCACGGAC 6943 27.9 
UT-7 miR-140-3p 15 TACCACAGGGTAGAACCACGG ACCACAGGGTAGAACCACGGAC 642 42.8 
 miR-101 10 TACAGTACTGTGATAACTGAA GTACAGTACTGTGATAACTGAA 72 7.2 
 miR-142-5p 23 CATAAAGTAGAAAGCACTACT ATAAAGTAGAAAGCACTACTAA 68 3.0 
MDSL miR-183 133 TATGGCACTGGTAGAATTCACT ATGGCACTGGTAGAATTCACTG 367 2.8 
 miR-140-3p 0 TACCACAGGGTAGAACCACGG ACCACAGGGTAGAACCACGGAC 148 148 
KG-1 miR-101 877 TACAGTACTGTGATAACTGAA GTACAGTACTGTGATAACTGAA 2001 2.3 
KG-1a miR-101 671 TACAGTACTGTGATAACTGAA GTACAGTACTGTGATAACTGAA 1573 2.3 
Cell linemiRNA namemiRBase countsmiRBase sequence*isomiR sequence*isomiR countsRatio (isomR:miRbase)
HL60 miR-107 1136 AGCAGCATTGTACAGGGCTATCA AGCAGCATTGTACAGGGCTAT 3915 3.4 
 miR-181a 840 AACATTCAACGCTGTCGGTGAGT AACATTCAACGCTGTCGGTGAGTTT 3481 4.1 
 miR-199a-3p 0 ACAGTAGTCTGCACATTGGTTA ACAGTAGTCTGCACATTGGTT 2896 2896 
 miR-181b 296 AACATTCATTGCTGTCGGTGGGT AACATTCATTGCTGTCGGTGGGTT 2455 8.3 
 miR-140-3p 3 TACCACAGGGTAGAACCACGG ACCACAGGGTAGAACCACGGAC 913 304.3 
 miR-101 74 TACAGTACTGTGATAACTGAA GTACAGTACTGTGATAACTGAA 624 8.4 
 miR-222 24 AGCTACATCTGGCTACTGGGT AGCTACATCTGGCTACTGGGTCTC 391 16.3 
 miR-23a 79 ATCACATTGCCAGGGATTTCC ATCACATTGCCAGGGATTTCCA 295 3.7 
 miR-30d 7 TGTAAACATCCCCGACTGGAAG TGTAAACATCCCCGACTGGAAGCT 193 27.6 
THP1 miR-101 1859 TACAGTACTGTGATAACTGAA GTACAGTACTGTGATAACTGAA 7710 4.1 
 miR-140-3p 249 TACCACAGGGTAGAACCACGG ACCACAGGGTAGAACCACGGAC 6943 27.9 
UT-7 miR-140-3p 15 TACCACAGGGTAGAACCACGG ACCACAGGGTAGAACCACGGAC 642 42.8 
 miR-101 10 TACAGTACTGTGATAACTGAA GTACAGTACTGTGATAACTGAA 72 7.2 
 miR-142-5p 23 CATAAAGTAGAAAGCACTACT ATAAAGTAGAAAGCACTACTAA 68 3.0 
MDSL miR-183 133 TATGGCACTGGTAGAATTCACT ATGGCACTGGTAGAATTCACTG 367 2.8 
 miR-140-3p 0 TACCACAGGGTAGAACCACGG ACCACAGGGTAGAACCACGGAC 148 148 
KG-1 miR-101 877 TACAGTACTGTGATAACTGAA GTACAGTACTGTGATAACTGAA 2001 2.3 
KG-1a miR-101 671 TACAGTACTGTGATAACTGAA GTACAGTACTGTGATAACTGAA 1573 2.3 
*

Bold letters in sequences indicate nucleotides that differ between the miRBase and isomiR sequence.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal