Table 3

CpG sites with largest variation in methylation levels between subgroups of high hyperdiploidy and t(12;21) samples with different prognosis

Gene*CpG site location†Median methylation level
Difference‖M-W
Group 1‡Group 2§P
High hyperdiploidy       
    FAAH 1 46 632 681 0.72 0.09 0.63 < .001 
    ZNF502 3 44 729 363 0.81 0.23 0.58 < .001 
    PCDHGA12 5 140 790 293 0.67 0.14 0.53 < .001 
    TNIK 3 172 661 831 0.59 0.08 0.51 < .001 
    SPATA6 1 48 709 977 0.81 0.31 0.50 < .001 
    PDLIM5 4 95 592 393 0.56 0.06 0.50 < .001 
    DSC3 18 26 876 433 0.70 0.21 0.49 < .001 
    PLXDC2 10 20 144 578 0.66 0.18 0.47 < .001 
    ZNF462 9 108 663 645 0.77 0.29 0.47 < .001 
    EVC 4 5 763 453 0.62 0.16 0.46 < .001 
    FUCA2 6 143 874 555 0.56 0.11 0.44 < .001 
    INADL 1 61 980 382 0.52 0.11 0.41 < .001 
    ROR1 1 64 012 296 0.77 0.36 0.41 < .001 
    COL6A2 21 46 342 715 0.85 0.44 0.41 < .001 
    COL6A2 21 46 343 270 0.82 0.43 0.39 < .001 
    PLXDC2 10 20 144 911 0.43 0.04 0.39 < .001 
    DSC3 18 26 876 092 0.64 0.25 0.39 < .001 
    INADL 1 61 980 822 0.51 0.13 0.38 < .001 
    SLC22A18 11 2 877 055 0.19 0.57 -0.38 < .001 
    FAT1 4 187 881 370 0.79 0.41 0.38 < .001 
    PCLO 7 82 629 511 0.51 0.13 0.37 < .001 
    RYR3 15 31 390 014 0.48 0.10 0.37 < .001 
    SYNM 15 97 462 801 0.41 0.05 0.37 < .001 
    DFNB31 9 116 306 640 0.53 0.17 0.37 < .001 
    DSC3 18 26 876 558 0.69 0.32 0.36 < .001 
    EYA4 6 133 603 412 0.60 0.24 0.36 < .001 
    NKAIN4 20 61 357 043 0.45 0.10 0.35 < .001 
    SEC14L4 22 29 231 446 0.61 0.26 0.35 < .001 
    AGAP1 2 236 066 870 0.45 0.12 0.33 .005 
    FAM24B 10 124 629 293 0.51 0.19 0.32 < .001 
    PON3 7 94 864 117 0.48 0.16 0.32 < .001 
    EYA4 6 133 604 919 0.64 0.32 0.32 < .001 
    CARKD 13 110 066 706 0.48 0.16 0.32 < .001 
    CPVL 7 29 152 529 0.44 0.12 0.32 < .001 
    FAT1 4 187 881 106 0.63 0.32 0.30 < .001 
    MYO3A 10 26 262 977 0.51 0.21 0.30 < .001 
    COBL 7 51351023 0.55 0.25 0.30 < .001 
t(12;21)       
    SYNM 15 97 462 801 0.80 0.15 0.65 < .001 
    FAT1 4 187 881 370 0.64 0.07 0.56 < .001 
    FAT1 4 187 881 106 0.72 0.21 0.51 < .001 
    PON2 7 94 902 405 0.69 0.19 0.50 < .001 
    FUCA2 6 143 874 555 0.62 0.14 0.48 < .001 
    DFNB31 9 116 306 640 0.63 0.17 0.46 < .001 
    ZNF667 19 61 681 253 0.51 0.07 0.45 .006 
    CELSR1 22 45 312 662 0.63 0.18 0.44 < .001 
    SPON2 4 1 155 890 0.56 0.13 0.44 < .001 
    LRP1B 2 142 605 338 0.67 0.23 0.44 < .001 
    COL6A2 21 46 343 270 0.56 0.16 0.40 < .001 
    PAX8 2 113 752 043 0.52 0.13 0.39 < .001 
    TNIK 3 172 661 831 0.69 0.30 0.39 < .001 
    INADL 1 61 980 822 0.66 0.27 0.39 < .001 
    CELSR1 22 45 311 948 0.87 0.47 0.39 < .001 
    ZNF667 19 61 680 438 0.50 0.12 0.38 .014 
    MYO3A 10 26 263 527 0.72 0.35 0.37 < .001 
    ROR1 1 64 012 296 0.69 0.32 0.37 < .001 
    EYA4 6 133 603 412 0.79 0.43 0.36 < .001 
    INADL 1 61 980 382 0.81 0.44 0.36 < .001 
    PON3 7 94 864 117 0.65 0.29 0.36 < .001 
    CPVL 7 29 152 529 0.84 0.50 0.34 < .001 
    ZNF502 3 44 729 363 0.88 0.55 0.33 < .001 
    GEFT 12 56 290 675 0.72 0.39 0.33 < .001 
    FAT1 4 187 882 260 0.74 0.41 0.33 < .001 
    PCDHGA12 5 140 790 293 0.83 0.51 0.32 < .001 
    BMP4 14 53 493 485 0.50 0.18 0.32 < .001 
    CHST13 3 127 725 591 0.66 0.35 0.32 < .001 
    NOTCH3 19 15 172 990 0.62 0.31 0.31 < .001 
    ROR1 1 64 013 028 0.60 0.30 0.31 .001 
    FAT1 4 187 883 295 0.40 0.09 0.30 < .001 
    FAM24B 10 124 629 293 0.40 0.10 0.30 .018 
    COBL 7 51 351 023 0.55 0.25 0.30 < .001 
    VANGL1 1 115 986 543 0.78 0.48 0.30 < .001 
Gene*CpG site location†Median methylation level
Difference‖M-W
Group 1‡Group 2§P
High hyperdiploidy       
    FAAH 1 46 632 681 0.72 0.09 0.63 < .001 
    ZNF502 3 44 729 363 0.81 0.23 0.58 < .001 
    PCDHGA12 5 140 790 293 0.67 0.14 0.53 < .001 
    TNIK 3 172 661 831 0.59 0.08 0.51 < .001 
    SPATA6 1 48 709 977 0.81 0.31 0.50 < .001 
    PDLIM5 4 95 592 393 0.56 0.06 0.50 < .001 
    DSC3 18 26 876 433 0.70 0.21 0.49 < .001 
    PLXDC2 10 20 144 578 0.66 0.18 0.47 < .001 
    ZNF462 9 108 663 645 0.77 0.29 0.47 < .001 
    EVC 4 5 763 453 0.62 0.16 0.46 < .001 
    FUCA2 6 143 874 555 0.56 0.11 0.44 < .001 
    INADL 1 61 980 382 0.52 0.11 0.41 < .001 
    ROR1 1 64 012 296 0.77 0.36 0.41 < .001 
    COL6A2 21 46 342 715 0.85 0.44 0.41 < .001 
    COL6A2 21 46 343 270 0.82 0.43 0.39 < .001 
    PLXDC2 10 20 144 911 0.43 0.04 0.39 < .001 
    DSC3 18 26 876 092 0.64 0.25 0.39 < .001 
    INADL 1 61 980 822 0.51 0.13 0.38 < .001 
    SLC22A18 11 2 877 055 0.19 0.57 -0.38 < .001 
    FAT1 4 187 881 370 0.79 0.41 0.38 < .001 
    PCLO 7 82 629 511 0.51 0.13 0.37 < .001 
    RYR3 15 31 390 014 0.48 0.10 0.37 < .001 
    SYNM 15 97 462 801 0.41 0.05 0.37 < .001 
    DFNB31 9 116 306 640 0.53 0.17 0.37 < .001 
    DSC3 18 26 876 558 0.69 0.32 0.36 < .001 
    EYA4 6 133 603 412 0.60 0.24 0.36 < .001 
    NKAIN4 20 61 357 043 0.45 0.10 0.35 < .001 
    SEC14L4 22 29 231 446 0.61 0.26 0.35 < .001 
    AGAP1 2 236 066 870 0.45 0.12 0.33 .005 
    FAM24B 10 124 629 293 0.51 0.19 0.32 < .001 
    PON3 7 94 864 117 0.48 0.16 0.32 < .001 
    EYA4 6 133 604 919 0.64 0.32 0.32 < .001 
    CARKD 13 110 066 706 0.48 0.16 0.32 < .001 
    CPVL 7 29 152 529 0.44 0.12 0.32 < .001 
    FAT1 4 187 881 106 0.63 0.32 0.30 < .001 
    MYO3A 10 26 262 977 0.51 0.21 0.30 < .001 
    COBL 7 51351023 0.55 0.25 0.30 < .001 
t(12;21)       
    SYNM 15 97 462 801 0.80 0.15 0.65 < .001 
    FAT1 4 187 881 370 0.64 0.07 0.56 < .001 
    FAT1 4 187 881 106 0.72 0.21 0.51 < .001 
    PON2 7 94 902 405 0.69 0.19 0.50 < .001 
    FUCA2 6 143 874 555 0.62 0.14 0.48 < .001 
    DFNB31 9 116 306 640 0.63 0.17 0.46 < .001 
    ZNF667 19 61 681 253 0.51 0.07 0.45 .006 
    CELSR1 22 45 312 662 0.63 0.18 0.44 < .001 
    SPON2 4 1 155 890 0.56 0.13 0.44 < .001 
    LRP1B 2 142 605 338 0.67 0.23 0.44 < .001 
    COL6A2 21 46 343 270 0.56 0.16 0.40 < .001 
    PAX8 2 113 752 043 0.52 0.13 0.39 < .001 
    TNIK 3 172 661 831 0.69 0.30 0.39 < .001 
    INADL 1 61 980 822 0.66 0.27 0.39 < .001 
    CELSR1 22 45 311 948 0.87 0.47 0.39 < .001 
    ZNF667 19 61 680 438 0.50 0.12 0.38 .014 
    MYO3A 10 26 263 527 0.72 0.35 0.37 < .001 
    ROR1 1 64 012 296 0.69 0.32 0.37 < .001 
    EYA4 6 133 603 412 0.79 0.43 0.36 < .001 
    INADL 1 61 980 382 0.81 0.44 0.36 < .001 
    PON3 7 94 864 117 0.65 0.29 0.36 < .001 
    CPVL 7 29 152 529 0.84 0.50 0.34 < .001 
    ZNF502 3 44 729 363 0.88 0.55 0.33 < .001 
    GEFT 12 56 290 675 0.72 0.39 0.33 < .001 
    FAT1 4 187 882 260 0.74 0.41 0.33 < .001 
    PCDHGA12 5 140 790 293 0.83 0.51 0.32 < .001 
    BMP4 14 53 493 485 0.50 0.18 0.32 < .001 
    CHST13 3 127 725 591 0.66 0.35 0.32 < .001 
    NOTCH3 19 15 172 990 0.62 0.31 0.31 < .001 
    ROR1 1 64 013 028 0.60 0.30 0.31 .001 
    FAT1 4 187 883 295 0.40 0.09 0.30 < .001 
    FAM24B 10 124 629 293 0.40 0.10 0.30 .018 
    COBL 7 51 351 023 0.55 0.25 0.30 < .001 
    VANGL1 1 115 986 543 0.78 0.48 0.30 < .001 
*

Gene symbol according to HUGO Gene Nomenclature Committee (http://www.genenames.org/).

†

Chromosome number and genomic coordinate of the C nucleotide in each CpG site (genome build 36).

‡

Median methylation levels for patients in group 1 (Figure 3).

§

Median methylation levels for patients in group 2 (Figure 3).

‖

Difference in median methylation levels between patients in group 1 and patients in group 2.

Unadjusted Mann-Whitney P value for difference in median methylation between patients in group 1 and patients in group 2.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal