Table 1

Predicted NFATc2-interracting miRNAs

Transcript variant (NCBI accession no.), microRNA IDScoreEnergyBase PStartEnd
NM_012340      
    hsa-miR-184 19.7351 −25.74 6.81 × 10−4 329 350 
    hsa-miR-135a 18.3064 −14.69 7.16 × 10−3 89 111 
    hsa-miR-494 18.2857 −14.34 8.75 × 10−3 285 306 
    hsa-miR-765 18.1568 −25.71 2.32 × 10−2 159 179 
    hsa-miR-23a 17.8397 −26.38 2.06 × 10−2 129 150 
    hsa-miR-30b 17.7282 −23.31 3.38 × 10−2 173 194 
    hsa-miR-29c 17.6167 −17.7 1.05 × 10−2 324 344 
    hsa-miR-29a 17.6167 −17.64 1.01 × 10−2 324 344 
    hsa-miR-342-5p 17.5964 −20.89 1.27 × 10−2 305 325 
    hsa-miR-135b 17.4188 −13.41 1.57 × 10−2 89 111 
    hsa-miR-30c-1 17.2822 −18.77 3.15 × 10−2 173 194 
    hsa-miR-30c-2 17.2822 −17.22 2.72 × 10−2 173 194 
    hsa-miR-302b 17.1707 −9.66 1.71 × 10−2 24 45 
    hsa-miR-302d 17.1707 −13.13 1.34 × 10−2 24 45 
    hsa-miR-29b 17.086 −16.53 1.85 × 10−2 323 344 
    hsa-miR-29a 17.0592 −16.65 3.67 × 10−2 74 95 
    hsa-miR-21 17.036 −14.3 1.45 × 10−2 323 344 
    hsa-miR-801 17.0057 −26.53 1.09 × 10−2 196 219 
NM_173091      
    hsa-miR-184 20.1255 −25.74 4.53 × 10−4 229 250 
    hsa-miR-494 18.6473 −14.34 6.44 × 10−3 185 206 
    hsa-miR-765 18.5179 −25.71 1.69 × 10−2 59 79 
    hsa-miR-23a 18.1925 −26.38 1.51 × 10−2 29 50 
    hsa-miR-30b 18.0788 −23.31 2.43 × 10−2 73 94 
    hsa-miR-29c 17.9651 −17.7 7.70 × 10−3 224 244 
    hsa-miR-29a 17.9651 −17.64 7.41 × 10−3 224 244 
    hsa-miR-342-5p 17.9463 −20.89 8.91 × 10−3 205 225 
    hsa-miR-30c-2 17.624 −17.22 1.91 × 10−2 73 94 
    hsa-miR-30c-1 17.624 −18.77 2.22 × 10−2 73 94 
    hsa-miR-29b 17.4222 −16.53 1.37 × 10−2 223 244 
    hsa-miR-21 17.3748 −14.3 1.06 × 10−2 223 244 
    hsa-miR-801 17.3388 −26.53 7.57 × 10−3 96 119 
    hsa-miR-452 17.2829 −13.26 1.75 × 10−2 236 257 
    hsa-miR-369-5p 17.2829 −17.61 2.56 × 10−3 212 233 
    hsa-miR-135a 17.196 −11.51 2.24 × 10−2 1 11 
    hsa-miR-330-5p 17.1692 −19.06 4.48 × 10−2 195 217 
Transcript variant (NCBI accession no.), microRNA IDScoreEnergyBase PStartEnd
NM_012340      
    hsa-miR-184 19.7351 −25.74 6.81 × 10−4 329 350 
    hsa-miR-135a 18.3064 −14.69 7.16 × 10−3 89 111 
    hsa-miR-494 18.2857 −14.34 8.75 × 10−3 285 306 
    hsa-miR-765 18.1568 −25.71 2.32 × 10−2 159 179 
    hsa-miR-23a 17.8397 −26.38 2.06 × 10−2 129 150 
    hsa-miR-30b 17.7282 −23.31 3.38 × 10−2 173 194 
    hsa-miR-29c 17.6167 −17.7 1.05 × 10−2 324 344 
    hsa-miR-29a 17.6167 −17.64 1.01 × 10−2 324 344 
    hsa-miR-342-5p 17.5964 −20.89 1.27 × 10−2 305 325 
    hsa-miR-135b 17.4188 −13.41 1.57 × 10−2 89 111 
    hsa-miR-30c-1 17.2822 −18.77 3.15 × 10−2 173 194 
    hsa-miR-30c-2 17.2822 −17.22 2.72 × 10−2 173 194 
    hsa-miR-302b 17.1707 −9.66 1.71 × 10−2 24 45 
    hsa-miR-302d 17.1707 −13.13 1.34 × 10−2 24 45 
    hsa-miR-29b 17.086 −16.53 1.85 × 10−2 323 344 
    hsa-miR-29a 17.0592 −16.65 3.67 × 10−2 74 95 
    hsa-miR-21 17.036 −14.3 1.45 × 10−2 323 344 
    hsa-miR-801 17.0057 −26.53 1.09 × 10−2 196 219 
NM_173091      
    hsa-miR-184 20.1255 −25.74 4.53 × 10−4 229 250 
    hsa-miR-494 18.6473 −14.34 6.44 × 10−3 185 206 
    hsa-miR-765 18.5179 −25.71 1.69 × 10−2 59 79 
    hsa-miR-23a 18.1925 −26.38 1.51 × 10−2 29 50 
    hsa-miR-30b 18.0788 −23.31 2.43 × 10−2 73 94 
    hsa-miR-29c 17.9651 −17.7 7.70 × 10−3 224 244 
    hsa-miR-29a 17.9651 −17.64 7.41 × 10−3 224 244 
    hsa-miR-342-5p 17.9463 −20.89 8.91 × 10−3 205 225 
    hsa-miR-30c-2 17.624 −17.22 1.91 × 10−2 73 94 
    hsa-miR-30c-1 17.624 −18.77 2.22 × 10−2 73 94 
    hsa-miR-29b 17.4222 −16.53 1.37 × 10−2 223 244 
    hsa-miR-21 17.3748 −14.3 1.06 × 10−2 223 244 
    hsa-miR-801 17.3388 −26.53 7.57 × 10−3 96 119 
    hsa-miR-452 17.2829 −13.26 1.75 × 10−2 236 257 
    hsa-miR-369-5p 17.2829 −17.61 2.56 × 10−3 212 233 
    hsa-miR-135a 17.196 −11.51 2.24 × 10−2 1 11 
    hsa-miR-330-5p 17.1692 −19.06 4.48 × 10−2 195 217 

microRNAs predicted to interact with the 3′ UTR of each NFATc2 transcript. The Sanger microRNA database was queried for the NFATc2 transcript as described. (Last accessed July 15, 2008.) Table reflects all miRNAs scoring higher than 17.0.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal