Table 5

IgH gene segment usages, nucleotide insertions, and CDR3 sequences in IgM+κ+CD27+ B cells

Subject no./status*/subsetVHDHJHVD (P,N)DJ (P,N)IgH CDR3 sequence
LDU 077/HCV Ab− (CD21low) 
    Clones, no 
        1/8 3-74*01 3-16*02 4*02 0,13 1,2 CVRASWYYDRWGQG 
        1/8 1-46*01 3-16*02 4*02 1,6 1,3 CAREHGGGYDYWGQG 
        1/8 3-15*07 IR1*01R 2*01 0,30 1,0 CATGGRHSDYLLRGYFDLWGRG 
        1/8 3-30*03 6-06*01 6*02 0,0 0,11 CAKYSSTSNYYYGMDVWGQG 
        1/8 3-07*01 3-16*01 4*02 0,3 0,2 CASGLRYFDYWGQG 
        1/8 3-74*01 7-27*01 3*02 0,24 0,18 CARARGWAVETGSSEMIWAFDIWGQG 
        1/8 3-74*01 1-20*01 4*02 0,14 1,4 CVKDYNWNAGDYWGQG 
        1/8 4-04*02 4-17*01 4*02 0,3 0,0 CARGNGDYYFDYWGQG 
LDU 095/HCV Ab− (CD21low) 
    Clones, no.  
        1/2 5-a 3-10*01 4*02 1,4 0,10 CARHGYGSGSYYDYWGQG 
        1/2 4-34*01 2-08*01R 6*02 0,34 0,0 CARVITRASPGTDGRTNMDVWGQG 
389/HCV+MC+ (CD21low) 
    Clones, no. 
        1/13 1-46*01 3-22*01 4*02 1,4 0,2 CARTSYYYDSSGYYPFDYWGQG 
        1/13 5-51*01 6-13*01 3*01 0,9 3,4 CARGQRAAAFDVWGQG 
        1/13 4-59*01 6-13*01 6*02 3,1 0,8 CARAPGIAAGNLPYYYYGMDVWGQG 
        1/13 3-21*01 3-22*01 4*02 1,5 0,1 CARYYYDSSGSYYFDYWGQG 
        1/13 4-34*01 3-22*01 2*01 1,10 1,8 CARGCGMHYDSSAGRYFDLWGRG 
        1/13 3-15*01 1-26*01 4*02 1,1 1,6 CTTAIVGAIHGDYWGQG 
        1/13 3-48*02 6-25*01 4*02 0,4 0,3 CARELGYSRPDYWGQG 
        1/13 3-49*03 4-23*01 4*02 0,6 0,2 CTSGRRWYLDYWGQG 
        1/13 3-21*01 4-17*01 6*02 1,8 0,5 CARDNQGTTGGYYYYGMDVWGQG 
        1/13 1-69*01 1-26*01 3*02 1,26 1,1 CAMAATREGSRKWELRAFDIWGQG 
        1/13 3-53*02 3-22*01 6*02 0,3 0,6 CARGITMNLHYYYGMDVWGQG 
        1/13 1-03*01 2-02*01 4*02 0,4 0,11 CARGYCSSTSCQYYSDYWGQG 
        1/13 3-23*01 1-07*01 6*02 1,24 0,15 CAKEGVPAAPRAYNWNSFFWSCMDVWGQG 
773/HCV+MC+ (CD21low) 
    Clones, no. 
        7/12† 1-69*01 6-13*01 4*02 0,0 0,8 CAREGIAAAVNPFDYWGQG 
        4/12† 1-69*06 2-15*01 4*02 1,4 1,14 CAREGRSGNVNPYDYWGQG 
        1/12 1-69*06 3-16*01 2*02 2,8 0,13 CAREGEAGGVGRNWAFDIWGQG 
960/HCV+MC− (CD5−) 
    Clones, no. 
        1/7 1-69*01 3-22*01 4*02 1,5 1,16 CARDMGSSAYFFFYWGQG 
        1/7 3-66*01 IR*01R 4*02 0,0 1,25 CARGGPSKEPFDCWGQG 
        1/7 3-11*01 6-19*01 4*02 2,4 2,0 CARDQLWLAYWGQG 
        1/7 3-23*01 6-13*01 6*02 0,12 2,2 CAAPRLAAAGPYYYYYYGMDVWGQG 
        1/7 3-23*01 6-06*01 4*02 0,12 0,13 CAKEGGAGAARLGSFSYWGQG 
        1/7 3-21*01 1-01*01R 3*02 0,0 2,10 CARSFSGAGAFDIWGQG 
        1/7 3-23*01 3-22*01 4*02 3,6 0,0 CAKDRGRYDSFDYWGQG 
1073/HCV+MC+ (All) 
    Clones, no. 
        1/10 3-74*01 IR1*01R 4*02 3,1 2,7 CTRGLWDHDYWGQG 
        1/10 3-72*01 6-19*01 6*03 1,15 0,23 CAIGPGFNSGRYYYYYMAVWGKG 
        1/10 3-74*01 3-09*01 4*02 0,29 0,0 CARDRYTFGTTPLDWGPG 
        1/10 3-30*04 5-12*01 3*02 1,8 1,6 CARDRAGVATIIGADAFDIWGQG 
        1/10 4-39*02 6-19*01 4*02 2,14 1,0 CTRRARGSGWYYWGQG 
        1/10 3-23*01 4-17*01 6*02 0,9 0,10 CAKGPSSVTRIKSYYYYGMDVWGQG 
        1/10 4-39*06 5-12*01 5*02 2,4 0,30 CARSEVATVVFVVLASQLFDWGQG 
        1/10 5-51*03 6-13*01 5*02 0,10 0,6 CARLGRSAAGTDLFDPWGQG 
        1/10 7-04-1*02 3-16*01 6*03 0,3 0,9 CARRDYEGHLDVWGKG 
        1/10 5-51*01 5-05*01 1*01 0,23 0,8 CARGFGRGLGASYWGSEYFQHWGQG 
1308/HCV+MC+ (CD21low) 
    Clones, no. 
        15/15† 3-7*01 1-26*02 3*02 0,0 0,12 CARDGDLGSGSRSMGAFDIWGQG 
1403/HCV+MC+ (CD21low) 
    Clones, no. 
        9/18† 1-69*01 3-22*01R 4*02 1,5 0,19 CARAYGNNPTEVYWVYWGQG 
        5/18† 1-18*01 2-15*01 6*02 0,9 0,34 CARDGAVCSGSSCRGNYYYYGLDVWGQG 
        1/18 1-69*01 4-17*01 4*02 1,2 2,9 CAREGYGDYGRPYDYWGQG 
        1/18 3-20*01 1-26*01 6*02 2,1 0,0 CARAGGSYYYYYGMDVWGQG 
        1/18 3-21*01 3-22*01 4*02 3,11 1,6 CTRDGPYYDSSGFEYWGQG 
        1/18 3-23*01 2-15*01 6*02 1,13 1,8 CAKTLRSNVVVVATTHYYGMDVWGQG 
1403/HCV+MC+ (CD5−) 
    Clones, no. 
        2/6† 1-69*01 3-22*01R 4*02 1,5 0,19 CARAYGNNPTEVYWVYWGQG 
        1/6 3-23*01 3-10*01 4*02 0,12 0,4 CAKGGPRFTMVRGVKIYFDYWGQG 
        1/6 3-07*01 6-13*01 6*03 3,7 0,1 CARAQSFSWSMDVWGQG 
        1/6 1-18*01 2-15*01 6*02 0,9 0,34 CARDGAVCSGSSCRGNYYYYGLDVWGQG 
        1/6 3-23*01 3-10*01 2*01 0,3 1,23 CAGGSGSYSLLGPHWHIDLWGQG 
1432/HCV+MC+ (CD21low) 
    Clones, no. 
        22/22† 1-69*01 3-03*01 4*02 0,16 0,2 CARDYGERESGYYFYWGQG 
1446/HCV+MC+ (CD5+) 
    Clones, no. 
        1/10 1-03*01 2-21*02 4*02 2,7 2,1 CARGVIYCGGDCYSGDYWGQG 
        1/10 3-23*01 2-15*01 6*02 0,2 0,11 CAKGGYAEGAYYYYGMDVWGQG 
        1/10 3-15*01 1-07*01 4*02 4,5 2,2 CTTDLFLLELRCDYWGQG 
        1/10 3-30*03 3-22*01 4*02 0,30 0,1 CAKGGDTAMVLSNYYDSSGVDYWGQG 
        1/10 5-51*01 3-10*01 4*02 0,10 0,21 CARRKSDYYGSGRAGFSDYWGQG 
        1/10 4-34*01 3-10*01 4*02 1,5 0,5 CARAPSITMVRGVINEFDYWGQG 
        1/10 3-21*01 4-17*01 4*02 0,5 0,3 CARDRPTVTTVFDYWGQG 
        1/10 3-15*01 3-10*01 6*03 2,2 0,0 CTTDRYYGSGSYYYGMDVWGQG 
        1/10 1-03*01 6-25*01 6*03 3,1 0,2 CARASGHYYYYMDVWGKG 
        1/10 3-15*01 6-19*01 4*02 0,7 0,13 CTTVGVIAVAGGFRGDYWGQG 
1446/HCV+MC+ (CD5−) 
    Clones, no. 
        3/13† 1-69*01 4-17*01 4*02 1,7 2,5 CAREGRATVTNPFDYWGQG 
        3/13† 3-11*03 IR1*01 4*02 0,14 2,0 CARGARLEGPVDYWGQG 
        2/13 3-15*01 IR1*01 5*02 0,2 0,14 CATGRDFYRFDPWGQG 
        1/13 1-18*01 4-17*01 4*02 0,14 1,6 CATRGRDTGDYEGDWGQG 
        1/13 3-23*01 4-17*01 4*02 1,11 0,13 CAKGRTSITVQYDSWGQG 
        1/13 3-15*01 3-22*01 4*02 2,5 1,7 CTTDPGITMIVVVPQGFDYWGQG 
        1/13 3-48*02 6-19*01 4*02 0,10 1,16 CAREARRSSGWYFHEIDYWGQG 
        1/13 4-34*01 2-15*01 4*02 1,7 1,29 CARTPRYCSGATCNKIMGLDHWGQG 
Subject no./status*/subsetVHDHJHVD (P,N)DJ (P,N)IgH CDR3 sequence
LDU 077/HCV Ab− (CD21low) 
    Clones, no 
        1/8 3-74*01 3-16*02 4*02 0,13 1,2 CVRASWYYDRWGQG 
        1/8 1-46*01 3-16*02 4*02 1,6 1,3 CAREHGGGYDYWGQG 
        1/8 3-15*07 IR1*01R 2*01 0,30 1,0 CATGGRHSDYLLRGYFDLWGRG 
        1/8 3-30*03 6-06*01 6*02 0,0 0,11 CAKYSSTSNYYYGMDVWGQG 
        1/8 3-07*01 3-16*01 4*02 0,3 0,2 CASGLRYFDYWGQG 
        1/8 3-74*01 7-27*01 3*02 0,24 0,18 CARARGWAVETGSSEMIWAFDIWGQG 
        1/8 3-74*01 1-20*01 4*02 0,14 1,4 CVKDYNWNAGDYWGQG 
        1/8 4-04*02 4-17*01 4*02 0,3 0,0 CARGNGDYYFDYWGQG 
LDU 095/HCV Ab− (CD21low) 
    Clones, no.  
        1/2 5-a 3-10*01 4*02 1,4 0,10 CARHGYGSGSYYDYWGQG 
        1/2 4-34*01 2-08*01R 6*02 0,34 0,0 CARVITRASPGTDGRTNMDVWGQG 
389/HCV+MC+ (CD21low) 
    Clones, no. 
        1/13 1-46*01 3-22*01 4*02 1,4 0,2 CARTSYYYDSSGYYPFDYWGQG 
        1/13 5-51*01 6-13*01 3*01 0,9 3,4 CARGQRAAAFDVWGQG 
        1/13 4-59*01 6-13*01 6*02 3,1 0,8 CARAPGIAAGNLPYYYYGMDVWGQG 
        1/13 3-21*01 3-22*01 4*02 1,5 0,1 CARYYYDSSGSYYFDYWGQG 
        1/13 4-34*01 3-22*01 2*01 1,10 1,8 CARGCGMHYDSSAGRYFDLWGRG 
        1/13 3-15*01 1-26*01 4*02 1,1 1,6 CTTAIVGAIHGDYWGQG 
        1/13 3-48*02 6-25*01 4*02 0,4 0,3 CARELGYSRPDYWGQG 
        1/13 3-49*03 4-23*01 4*02 0,6 0,2 CTSGRRWYLDYWGQG 
        1/13 3-21*01 4-17*01 6*02 1,8 0,5 CARDNQGTTGGYYYYGMDVWGQG 
        1/13 1-69*01 1-26*01 3*02 1,26 1,1 CAMAATREGSRKWELRAFDIWGQG 
        1/13 3-53*02 3-22*01 6*02 0,3 0,6 CARGITMNLHYYYGMDVWGQG 
        1/13 1-03*01 2-02*01 4*02 0,4 0,11 CARGYCSSTSCQYYSDYWGQG 
        1/13 3-23*01 1-07*01 6*02 1,24 0,15 CAKEGVPAAPRAYNWNSFFWSCMDVWGQG 
773/HCV+MC+ (CD21low) 
    Clones, no. 
        7/12† 1-69*01 6-13*01 4*02 0,0 0,8 CAREGIAAAVNPFDYWGQG 
        4/12† 1-69*06 2-15*01 4*02 1,4 1,14 CAREGRSGNVNPYDYWGQG 
        1/12 1-69*06 3-16*01 2*02 2,8 0,13 CAREGEAGGVGRNWAFDIWGQG 
960/HCV+MC− (CD5−) 
    Clones, no. 
        1/7 1-69*01 3-22*01 4*02 1,5 1,16 CARDMGSSAYFFFYWGQG 
        1/7 3-66*01 IR*01R 4*02 0,0 1,25 CARGGPSKEPFDCWGQG 
        1/7 3-11*01 6-19*01 4*02 2,4 2,0 CARDQLWLAYWGQG 
        1/7 3-23*01 6-13*01 6*02 0,12 2,2 CAAPRLAAAGPYYYYYYGMDVWGQG 
        1/7 3-23*01 6-06*01 4*02 0,12 0,13 CAKEGGAGAARLGSFSYWGQG 
        1/7 3-21*01 1-01*01R 3*02 0,0 2,10 CARSFSGAGAFDIWGQG 
        1/7 3-23*01 3-22*01 4*02 3,6 0,0 CAKDRGRYDSFDYWGQG 
1073/HCV+MC+ (All) 
    Clones, no. 
        1/10 3-74*01 IR1*01R 4*02 3,1 2,7 CTRGLWDHDYWGQG 
        1/10 3-72*01 6-19*01 6*03 1,15 0,23 CAIGPGFNSGRYYYYYMAVWGKG 
        1/10 3-74*01 3-09*01 4*02 0,29 0,0 CARDRYTFGTTPLDWGPG 
        1/10 3-30*04 5-12*01 3*02 1,8 1,6 CARDRAGVATIIGADAFDIWGQG 
        1/10 4-39*02 6-19*01 4*02 2,14 1,0 CTRRARGSGWYYWGQG 
        1/10 3-23*01 4-17*01 6*02 0,9 0,10 CAKGPSSVTRIKSYYYYGMDVWGQG 
        1/10 4-39*06 5-12*01 5*02 2,4 0,30 CARSEVATVVFVVLASQLFDWGQG 
        1/10 5-51*03 6-13*01 5*02 0,10 0,6 CARLGRSAAGTDLFDPWGQG 
        1/10 7-04-1*02 3-16*01 6*03 0,3 0,9 CARRDYEGHLDVWGKG 
        1/10 5-51*01 5-05*01 1*01 0,23 0,8 CARGFGRGLGASYWGSEYFQHWGQG 
1308/HCV+MC+ (CD21low) 
    Clones, no. 
        15/15† 3-7*01 1-26*02 3*02 0,0 0,12 CARDGDLGSGSRSMGAFDIWGQG 
1403/HCV+MC+ (CD21low) 
    Clones, no. 
        9/18† 1-69*01 3-22*01R 4*02 1,5 0,19 CARAYGNNPTEVYWVYWGQG 
        5/18† 1-18*01 2-15*01 6*02 0,9 0,34 CARDGAVCSGSSCRGNYYYYGLDVWGQG 
        1/18 1-69*01 4-17*01 4*02 1,2 2,9 CAREGYGDYGRPYDYWGQG 
        1/18 3-20*01 1-26*01 6*02 2,1 0,0 CARAGGSYYYYYGMDVWGQG 
        1/18 3-21*01 3-22*01 4*02 3,11 1,6 CTRDGPYYDSSGFEYWGQG 
        1/18 3-23*01 2-15*01 6*02 1,13 1,8 CAKTLRSNVVVVATTHYYGMDVWGQG 
1403/HCV+MC+ (CD5−) 
    Clones, no. 
        2/6† 1-69*01 3-22*01R 4*02 1,5 0,19 CARAYGNNPTEVYWVYWGQG 
        1/6 3-23*01 3-10*01 4*02 0,12 0,4 CAKGGPRFTMVRGVKIYFDYWGQG 
        1/6 3-07*01 6-13*01 6*03 3,7 0,1 CARAQSFSWSMDVWGQG 
        1/6 1-18*01 2-15*01 6*02 0,9 0,34 CARDGAVCSGSSCRGNYYYYGLDVWGQG 
        1/6 3-23*01 3-10*01 2*01 0,3 1,23 CAGGSGSYSLLGPHWHIDLWGQG 
1432/HCV+MC+ (CD21low) 
    Clones, no. 
        22/22† 1-69*01 3-03*01 4*02 0,16 0,2 CARDYGERESGYYFYWGQG 
1446/HCV+MC+ (CD5+) 
    Clones, no. 
        1/10 1-03*01 2-21*02 4*02 2,7 2,1 CARGVIYCGGDCYSGDYWGQG 
        1/10 3-23*01 2-15*01 6*02 0,2 0,11 CAKGGYAEGAYYYYGMDVWGQG 
        1/10 3-15*01 1-07*01 4*02 4,5 2,2 CTTDLFLLELRCDYWGQG 
        1/10 3-30*03 3-22*01 4*02 0,30 0,1 CAKGGDTAMVLSNYYDSSGVDYWGQG 
        1/10 5-51*01 3-10*01 4*02 0,10 0,21 CARRKSDYYGSGRAGFSDYWGQG 
        1/10 4-34*01 3-10*01 4*02 1,5 0,5 CARAPSITMVRGVINEFDYWGQG 
        1/10 3-21*01 4-17*01 4*02 0,5 0,3 CARDRPTVTTVFDYWGQG 
        1/10 3-15*01 3-10*01 6*03 2,2 0,0 CTTDRYYGSGSYYYGMDVWGQG 
        1/10 1-03*01 6-25*01 6*03 3,1 0,2 CARASGHYYYYMDVWGKG 
        1/10 3-15*01 6-19*01 4*02 0,7 0,13 CTTVGVIAVAGGFRGDYWGQG 
1446/HCV+MC+ (CD5−) 
    Clones, no. 
        3/13† 1-69*01 4-17*01 4*02 1,7 2,5 CAREGRATVTNPFDYWGQG 
        3/13† 3-11*03 IR1*01 4*02 0,14 2,0 CARGARLEGPVDYWGQG 
        2/13 3-15*01 IR1*01 5*02 0,2 0,14 CATGRDFYRFDPWGQG 
        1/13 1-18*01 4-17*01 4*02 0,14 1,6 CATRGRDTGDYEGDWGQG 
        1/13 3-23*01 4-17*01 4*02 1,11 0,13 CAKGRTSITVQYDSWGQG 
        1/13 3-15*01 3-22*01 4*02 2,5 1,7 CTTDPGITMIVVVPQGFDYWGQG 
        1/13 3-48*02 6-19*01 4*02 0,10 1,16 CAREARRSSGWYFHEIDYWGQG 
        1/13 4-34*01 2-15*01 4*02 1,7 1,29 CARTPRYCSGATCNKIMGLDHWGQG 

VD (P,N) and DJ (P,N) indicate the number of palindromic (P) and nontemplated (N) nucleotides inserted at the VD and DJ joins, respectively. The bold type in the IgH CDR3 sequence indicates aa residues between position 106 and the conserved tryptophan in all JH segments.

*

IgM+κ + CD27+ B-cell subset.

†

in column 1 indicates clonal populations.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal