Table 2.

Detailed information on the 71 regional aberrations affecting at least 10% of FL cases in intersection analysis (data based on NCBI build 36.1)

ABCDEFGHIJMNOPQ
ChrID no.Start (bp)End (bp)Chr bandUpper flanking cloneLower flanking cloneNo. clonesSize (bp)Frequency of aberrationUnivariate survival (P value)Cox survival with IPI (P value)Univariate transformation (P value)Cox transformation with IPI (P value)Genes of interest
1p− 1 1 120 588 12 511 370 p36.22-p36.33 RP11-158F02 RP11-333P22 95 11 390 782 0.25 .012 .023 .004 .006  
1q+ 2 144 203 231 149 149 179 q21.1-q25.1 RP11-026E04 RP11-724H12 46 4 945 948 0.13 NS  NS   
 3 149 346 998 171 525 137 q21.13-q25.1 RP11-068I18 RP11-723L18 206 22 178 139 0.16 NS  NS   
 4 173 318 349 186 631 007 q25.1-q31.1 RP11-288P06 RP11-076I10 111 13 312 658 0.14 .039 NS NS   
 5 192 104 220 215 373 858 q31.2-q41 RP11-167B22 RP11-260A12 239 23 269 638 0.17 NS  NS   
 6 216 564 705 223 861 673 q41-q42.12 RP11-680C18 RP11-797E11 61 7 296 968 0.12 .049 .041 NS   
 7 225 671 030 233 337 746 q42.13-q42.3 CTD-2063G05 RP13-539L11 60 7 666 716 0.12 .049 .041 NS   
 8 236 546 601 244 497 402 q43-q44 RP11-102F13 RP11-744G19 86 7 950 801 0.11 .014 .018 NS   
 9 246 412 897 246 741 718 q44 RP11-462C05 RP11-059M10 2 328 821 0.10 NS  NS   
5p+ 10 568 397 2 059 719 p15.33 RP11-773M18 RP11-369A06 13 1 491 322 0.10 .003 .002 NS   
6p+ 11 101 435 8 166 300 p24.3-p25.3 RP11-812K10 CTD-2145K22 73 8 064 865 0.12 NS  .010 .023  
 12 9 910 293 15 045 693 p23-p24.3 RP11-240G16 RP11-698I24 52 5 135 400 0.11 NS  .002 .009  
 13 15 322 212 17 396 937 p22.3-p23 RP11-277N23 RP11-772A24 22 2 074 725 0.11 NS  .002 .009  
 14 18 182 851 19 088 319 p22.3 CTD-2300B02 RP11-641M20 10 905 468 0.10 NS  .000 .001  
 15 19 741 746 23 462 851 p22.3 RP11-702J22 CTD-2325C20 36 3 721 105 0.10 NS  .000 .001  
 16 23 588 018 37 906 515 p21.2-p22.2 RP11-063M15 RP11-644C02 151 14 318 497 0.14 NS  .006 .009  
 17 39 096 919 42 527 171 p21.1-p21.2 RP11-685F06 CTD-2125F20 38 3 430 252 0.11 NS  .028 .046  
 18 42 763 847 44 815 780 p21.1 RP11-711C14 RP11-079F13 18 2 051 933 0.10 .035 NS .008 .007  
6q− 19 67 856 203 102 485 267 q12-q16.3 RP11-616K23 RP11-543M18 329 34 629 064 0.17 .003 .007 NS   
 20 104 959 688 145 932 243 q21-q24.3 RP11-639C21 RP11-724O10 406 40 972 555 0.17 .016 .038 .002 .001  
 21 146 006 611 158 842 383 q24.3-q25.3 RP11-272E07 CTD-2245D13 132 12 835 772 0.12 NS  NS   
7p+ 22 76 475 9 330 205 p21.3-p22.3 RP11-379K15 RP11-646H18 79 9 253 730 0.16 .007 NS NS   
 23 11 733 679 12 411 228 p21.3 RP11-720O24 CTD-2028D24 12 677 549 0.11 .021 NS NS   
 24 13 834 918 57 826 849 p11.1-p21.2 RP11-708O01 RP11-415F22 408 43 991 931 0.15 .049 NS NS   
7q+ 25 65 183 346 75 792 082 q11.21-q11.23 RP11-763P10 RP11-818A14 91 10 608 736 0.11 NS  NS   
 26 77 519 343 79 287 368 q21.11 RP11-157F12 RP11-327P19 17 1 768 025 0.11 NS  NS   
 27 79 508 881 81 760 593 q21.11 RP11-176M05 RP11-459E23 17 2 251 712 0.11 NS  NS   
 28 82 203 999 82 396 484 q21.11 RP11-056M07 RP11-562O03 2 192 485 0.11 NS  NS   
 29 84 076 954 88 755 109 q21.11-q21.13 RP11-750F10 RP11-693A17 44 4 678 155 0.11 NS  NS   
 30 89 067 084 95 807 510 q21.13-q21.3 RP11-734C11 RP11-814L20 57 6 740 426 0.11 NS  NS  CYP51 
 31 97 314 220 99 254 745 q21.3-q22.1 RP11-380G21 RP11-757A13 15 1 940 525 0.10 NS  NS   
 32 101 780 109 102 036 700 q22.1 RP11-342G18 RP11-676J21 2 256 591 0.10 NS  NS   
 33 107 062 787 108 434 145 q22.3-q31.1 RP11-467F09 RP11-372G06 12 1 371 358 0.10 NS  NS   
 34 114 602 302 115 391 679 q31.2 RP11-103A01 RP11-022K23 6 789 377 0.10 NS  NS   
 35 115 770 526 117 527 587 q31.2-q31.31 RP11-691L23 RP11-099N14 15 1 757 061 0.10 NS  NS   
 36 119 932 154 124 328 532 q31.31-q31.33 RP11-367A17 RP11-661D08 39 4 396 378 0.10 NS  NS   
 37 124 779 872 128 206 833 q31.33-q32.1 RP11-818I12 RP11-526K05 30 3 426 961 0.11 NS  NS   
 38 131 217 474 135 972 389 q32.3-q33 RP11-193I17 RP11-811K22 50 4 754 915 0.11 NS  .034 NS  
 39 136 860 444 140 073 345 q33-q34 RP11-019L13 RP11-788O06 27 3 212 901 0.11 NS  NS   
 40 140 508 716 144 516 051 q34-q35 CTD-2253O07 RP11-409M07 41 4 007 335 0.12 NS  NS   
 41 147 152 251 151 714 055 q35-q36.1 RP11-564O04 RP11-208G20 43 4 561 804 0.12 NS  NS   
 42 151 938 143 158 777 885 q36.1-q36.3 RP11-452J20 RP11-083D03 57 6 839 742 0.12 NS  NS   
 42 151 938 143 158 777 885 q36.1-q36.3 RP11-452J20 RP11-083D03 57 6 839 742 0.12 NS  NS   
8q+ 43 86 699 540 86 900 037 q21.2 RP11-198E24 RP11-048I22 5 207 338 0.12 .046 .020 NS   
 44 127 567 638 144 615 332 q24.13-q24.3 RP11-435M05 RP13-618I02 140 17 047 694 0.16 NS  NS  KCNK9, NIBP, PTK2/FAK, PTP4A3 
10q− 45 83 519 320 109 743 759 q23.1-q25.1 RP11-535H04 RP11-799H24 238 26 224 439 0.20 NS  NS  PTEN 
12q+ 46 39 241 592 40 479 848 q12 RP11-425I22 RP11-810RP11-4 13 1 238 256 0.10 NS  NS   
 47 41 164 595 41 849 783 q12 RP11-702F02 RP11-118A03 6 685 188 0.10 NS  NS   
 48 42 875 295 43 431 071 q12 RP11-462E15 RP11-374RP11-9 4 555 776 0.10 NS  NS   
 49 45 222 971 47 260 459 q13.11 RP11-755G20 RP11-810G14 21 2 037 488 0.12 NS  NS   
 50 47 315 713 48 862 941 q13.11-q13.13 RP11-270J09 RP11-411RP11-4 15 1 547 228 0.11 NS  NS   
 51 49 766 128 53 769 742 q13.13-q13.2 RP11-573G09 RP11-321D04 39 4 003 614 0.21 NS  .0380 NS  
 52 54 124 295 71 253 094 q13.2-q21.1 RP11-222A15 RP11-349G03 170 17 128 799 0.17 NS  NS  MDM2 
17p− 53 433 730 5 025 418 p13.2-p13.3 RP11-411G07 CTD-2103L01 42 4 591 688 0.13 NS  NS   
 54 5 418 209 6 976 115 p13.1-p13.2 RP11-328G09 RP11-417F20 9 1 557 906 0.11 .021 .021 NS   
 55 7 297 479 7 963 869 p13.1 RP13-626G05 CTD-2205J22 6 666 390 0.10 .019 .010 NS  p53 
 56 7 873 762 8 172 436 p13.1 RP11-613J07 RP11-452D01 2 298 674 0.11 NS  NS   
 57 8 633 350 9 331 199 p13.1 RP11-476A23 RP11-165P17 7 697 849 0.11 NS  NS   
17q+ 58 28 335 370 34 341 092 q11.2-q12 RP11-626C08 RP11-154N09 49 6 005 722 0.12 .003 .017 NS   
 59 35 115 643 37 009 923 q12-q21.2 RP11-610O22 RP11-619I14 16 1 894 280 0.12 .003 .017 NS   
 60 40 291 911 49 011 357 q21.31-q22 RP11-419E16 RP11-577I13 89 8 719 446 0.13 .012 .037 NS   
 61 50 468 106 53 853 636 q22 RP11-767L04 RP11-620A23 33 3 385 530 0.12 NS  NS  ZNF161 
 62 58 325 527 62 428 590 q23.2-q24.2 RP11-579J02 RP11-622E22 48 4 103 063 0.13 .031 .019 NS   
 63 64 191 239 69 931 286 q24.2-q25.1 RP11-618E04 RP11-478P05 50 5 740 047 0.12 .007 .007 NS   
 64 73 418 360 77 524 868 q25.3 RP11-102I17 RP11-712H22 34 4 106 508 0.11 .021 .017 NS   
18p+ 65 35 421 15 060 997 p11.21-p11.32 RP11-683L23 RP11-692N17 112 15 025 576 0.23 NS  NS   
18q+ 66 16 793 577 59 123 838 q11.1-q21.33 RP11-063P19 RP11-796C21 370 42 330 261 0.25 NS  NS  BCL2 
 67 60 284 518 61 729 287 q22.1 RP11-252H14 RP11-284D06 11 1 444 769 0.10 NS  NS   
 68 63 894 258 64 156 108 q22.1 RP11-255L11 RP11-261M15 2 261 850 0.10 NS  NS   
 69 70 236 233 76 098 439 q22.3-q23 RP11-277E17 RP11-565D23 50 5 862 206 0.12 NS  NS   
19p− 70 8 566 514 8 784 792 p13.2 RP11-092E05 RP11-014H08 6 218 278 0.13 NS  NS   
22q− 71 21 112 875 21 296 725 q11.22 RP11-757F24 RP11-757F24 1 183 850 0.10 NS  NS   
ABCDEFGHIJMNOPQ
ChrID no.Start (bp)End (bp)Chr bandUpper flanking cloneLower flanking cloneNo. clonesSize (bp)Frequency of aberrationUnivariate survival (P value)Cox survival with IPI (P value)Univariate transformation (P value)Cox transformation with IPI (P value)Genes of interest
1p− 1 1 120 588 12 511 370 p36.22-p36.33 RP11-158F02 RP11-333P22 95 11 390 782 0.25 .012 .023 .004 .006  
1q+ 2 144 203 231 149 149 179 q21.1-q25.1 RP11-026E04 RP11-724H12 46 4 945 948 0.13 NS  NS   
 3 149 346 998 171 525 137 q21.13-q25.1 RP11-068I18 RP11-723L18 206 22 178 139 0.16 NS  NS   
 4 173 318 349 186 631 007 q25.1-q31.1 RP11-288P06 RP11-076I10 111 13 312 658 0.14 .039 NS NS   
 5 192 104 220 215 373 858 q31.2-q41 RP11-167B22 RP11-260A12 239 23 269 638 0.17 NS  NS   
 6 216 564 705 223 861 673 q41-q42.12 RP11-680C18 RP11-797E11 61 7 296 968 0.12 .049 .041 NS   
 7 225 671 030 233 337 746 q42.13-q42.3 CTD-2063G05 RP13-539L11 60 7 666 716 0.12 .049 .041 NS   
 8 236 546 601 244 497 402 q43-q44 RP11-102F13 RP11-744G19 86 7 950 801 0.11 .014 .018 NS   
 9 246 412 897 246 741 718 q44 RP11-462C05 RP11-059M10 2 328 821 0.10 NS  NS   
5p+ 10 568 397 2 059 719 p15.33 RP11-773M18 RP11-369A06 13 1 491 322 0.10 .003 .002 NS   
6p+ 11 101 435 8 166 300 p24.3-p25.3 RP11-812K10 CTD-2145K22 73 8 064 865 0.12 NS  .010 .023  
 12 9 910 293 15 045 693 p23-p24.3 RP11-240G16 RP11-698I24 52 5 135 400 0.11 NS  .002 .009  
 13 15 322 212 17 396 937 p22.3-p23 RP11-277N23 RP11-772A24 22 2 074 725 0.11 NS  .002 .009  
 14 18 182 851 19 088 319 p22.3 CTD-2300B02 RP11-641M20 10 905 468 0.10 NS  .000 .001  
 15 19 741 746 23 462 851 p22.3 RP11-702J22 CTD-2325C20 36 3 721 105 0.10 NS  .000 .001  
 16 23 588 018 37 906 515 p21.2-p22.2 RP11-063M15 RP11-644C02 151 14 318 497 0.14 NS  .006 .009  
 17 39 096 919 42 527 171 p21.1-p21.2 RP11-685F06 CTD-2125F20 38 3 430 252 0.11 NS  .028 .046  
 18 42 763 847 44 815 780 p21.1 RP11-711C14 RP11-079F13 18 2 051 933 0.10 .035 NS .008 .007  
6q− 19 67 856 203 102 485 267 q12-q16.3 RP11-616K23 RP11-543M18 329 34 629 064 0.17 .003 .007 NS   
 20 104 959 688 145 932 243 q21-q24.3 RP11-639C21 RP11-724O10 406 40 972 555 0.17 .016 .038 .002 .001  
 21 146 006 611 158 842 383 q24.3-q25.3 RP11-272E07 CTD-2245D13 132 12 835 772 0.12 NS  NS   
7p+ 22 76 475 9 330 205 p21.3-p22.3 RP11-379K15 RP11-646H18 79 9 253 730 0.16 .007 NS NS   
 23 11 733 679 12 411 228 p21.3 RP11-720O24 CTD-2028D24 12 677 549 0.11 .021 NS NS   
 24 13 834 918 57 826 849 p11.1-p21.2 RP11-708O01 RP11-415F22 408 43 991 931 0.15 .049 NS NS   
7q+ 25 65 183 346 75 792 082 q11.21-q11.23 RP11-763P10 RP11-818A14 91 10 608 736 0.11 NS  NS   
 26 77 519 343 79 287 368 q21.11 RP11-157F12 RP11-327P19 17 1 768 025 0.11 NS  NS   
 27 79 508 881 81 760 593 q21.11 RP11-176M05 RP11-459E23 17 2 251 712 0.11 NS  NS   
 28 82 203 999 82 396 484 q21.11 RP11-056M07 RP11-562O03 2 192 485 0.11 NS  NS   
 29 84 076 954 88 755 109 q21.11-q21.13 RP11-750F10 RP11-693A17 44 4 678 155 0.11 NS  NS   
 30 89 067 084 95 807 510 q21.13-q21.3 RP11-734C11 RP11-814L20 57 6 740 426 0.11 NS  NS  CYP51 
 31 97 314 220 99 254 745 q21.3-q22.1 RP11-380G21 RP11-757A13 15 1 940 525 0.10 NS  NS   
 32 101 780 109 102 036 700 q22.1 RP11-342G18 RP11-676J21 2 256 591 0.10 NS  NS   
 33 107 062 787 108 434 145 q22.3-q31.1 RP11-467F09 RP11-372G06 12 1 371 358 0.10 NS  NS   
 34 114 602 302 115 391 679 q31.2 RP11-103A01 RP11-022K23 6 789 377 0.10 NS  NS   
 35 115 770 526 117 527 587 q31.2-q31.31 RP11-691L23 RP11-099N14 15 1 757 061 0.10 NS  NS   
 36 119 932 154 124 328 532 q31.31-q31.33 RP11-367A17 RP11-661D08 39 4 396 378 0.10 NS  NS   
 37 124 779 872 128 206 833 q31.33-q32.1 RP11-818I12 RP11-526K05 30 3 426 961 0.11 NS  NS   
 38 131 217 474 135 972 389 q32.3-q33 RP11-193I17 RP11-811K22 50 4 754 915 0.11 NS  .034 NS  
 39 136 860 444 140 073 345 q33-q34 RP11-019L13 RP11-788O06 27 3 212 901 0.11 NS  NS   
 40 140 508 716 144 516 051 q34-q35 CTD-2253O07 RP11-409M07 41 4 007 335 0.12 NS  NS   
 41 147 152 251 151 714 055 q35-q36.1 RP11-564O04 RP11-208G20 43 4 561 804 0.12 NS  NS   
 42 151 938 143 158 777 885 q36.1-q36.3 RP11-452J20 RP11-083D03 57 6 839 742 0.12 NS  NS   
 42 151 938 143 158 777 885 q36.1-q36.3 RP11-452J20 RP11-083D03 57 6 839 742 0.12 NS  NS   
8q+ 43 86 699 540 86 900 037 q21.2 RP11-198E24 RP11-048I22 5 207 338 0.12 .046 .020 NS   
 44 127 567 638 144 615 332 q24.13-q24.3 RP11-435M05 RP13-618I02 140 17 047 694 0.16 NS  NS  KCNK9, NIBP, PTK2/FAK, PTP4A3 
10q− 45 83 519 320 109 743 759 q23.1-q25.1 RP11-535H04 RP11-799H24 238 26 224 439 0.20 NS  NS  PTEN 
12q+ 46 39 241 592 40 479 848 q12 RP11-425I22 RP11-810RP11-4 13 1 238 256 0.10 NS  NS   
 47 41 164 595 41 849 783 q12 RP11-702F02 RP11-118A03 6 685 188 0.10 NS  NS   
 48 42 875 295 43 431 071 q12 RP11-462E15 RP11-374RP11-9 4 555 776 0.10 NS  NS   
 49 45 222 971 47 260 459 q13.11 RP11-755G20 RP11-810G14 21 2 037 488 0.12 NS  NS   
 50 47 315 713 48 862 941 q13.11-q13.13 RP11-270J09 RP11-411RP11-4 15 1 547 228 0.11 NS  NS   
 51 49 766 128 53 769 742 q13.13-q13.2 RP11-573G09 RP11-321D04 39 4 003 614 0.21 NS  .0380 NS  
 52 54 124 295 71 253 094 q13.2-q21.1 RP11-222A15 RP11-349G03 170 17 128 799 0.17 NS  NS  MDM2 
17p− 53 433 730 5 025 418 p13.2-p13.3 RP11-411G07 CTD-2103L01 42 4 591 688 0.13 NS  NS   
 54 5 418 209 6 976 115 p13.1-p13.2 RP11-328G09 RP11-417F20 9 1 557 906 0.11 .021 .021 NS   
 55 7 297 479 7 963 869 p13.1 RP13-626G05 CTD-2205J22 6 666 390 0.10 .019 .010 NS  p53 
 56 7 873 762 8 172 436 p13.1 RP11-613J07 RP11-452D01 2 298 674 0.11 NS  NS   
 57 8 633 350 9 331 199 p13.1 RP11-476A23 RP11-165P17 7 697 849 0.11 NS  NS   
17q+ 58 28 335 370 34 341 092 q11.2-q12 RP11-626C08 RP11-154N09 49 6 005 722 0.12 .003 .017 NS   
 59 35 115 643 37 009 923 q12-q21.2 RP11-610O22 RP11-619I14 16 1 894 280 0.12 .003 .017 NS   
 60 40 291 911 49 011 357 q21.31-q22 RP11-419E16 RP11-577I13 89 8 719 446 0.13 .012 .037 NS   
 61 50 468 106 53 853 636 q22 RP11-767L04 RP11-620A23 33 3 385 530 0.12 NS  NS  ZNF161 
 62 58 325 527 62 428 590 q23.2-q24.2 RP11-579J02 RP11-622E22 48 4 103 063 0.13 .031 .019 NS   
 63 64 191 239 69 931 286 q24.2-q25.1 RP11-618E04 RP11-478P05 50 5 740 047 0.12 .007 .007 NS   
 64 73 418 360 77 524 868 q25.3 RP11-102I17 RP11-712H22 34 4 106 508 0.11 .021 .017 NS   
18p+ 65 35 421 15 060 997 p11.21-p11.32 RP11-683L23 RP11-692N17 112 15 025 576 0.23 NS  NS   
18q+ 66 16 793 577 59 123 838 q11.1-q21.33 RP11-063P19 RP11-796C21 370 42 330 261 0.25 NS  NS  BCL2 
 67 60 284 518 61 729 287 q22.1 RP11-252H14 RP11-284D06 11 1 444 769 0.10 NS  NS   
 68 63 894 258 64 156 108 q22.1 RP11-255L11 RP11-261M15 2 261 850 0.10 NS  NS   
 69 70 236 233 76 098 439 q22.3-q23 RP11-277E17 RP11-565D23 50 5 862 206 0.12 NS  NS   
19p− 70 8 566 514 8 784 792 p13.2 RP11-092E05 RP11-014H08 6 218 278 0.13 NS  NS   
22q− 71 21 112 875 21 296 725 q11.22 RP11-757F24 RP11-757F24 1 183 850 0.10 NS  NS   

NS indicates not significant.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal