Table 1

Positive SNPs from pooled DNA analysis

CTL-2A12, Exp 1
CTL-2A12, Exp 2
CTL-1B9, Exp 1
CTL-1B9, Exp 2
rsIDChrPositionΔRAΔRBrsIDChrPositionΔRAΔRBrsIDChrPositionΔRAΔRBrsIDChrPositionΔRAΔRB
50K X bal 
    rs10513933 18 59699669 0.366* rs10513933 18 59699669 0.511† rs1363258 5 103297593 0.239 rs10499174 6 131209689 0.352* 
rs9320028 18 59668150 0.255‡ rs9320028 18 59668150 0.360* rs726083 3 67093729 0.203 rs30058 5 122325602 0.240 
    rs6102 18 59721450 0.221 rs10485873 7 3503743 0.157 rs639243 5 31392931 0.198 rs150724 16 61960443 0.213 
rs724533 23 116440574 0.137 rs219323 14 59510440 0.150 rs1936461 10 56519024 0.186 rs1993129 8 63618836 0.208 
    rs1341112 6 104919391 0.136 rs10506892 12 82478539 0.147 rs763876 12 94922502 0.186 rs356946 13 69066751 0.201 
rs470490 18 61182216 0.136 rs10492269 12 97786333 0.144 rs958404 7 133054441 0.179 rs2869268 4 86421898 0.184 
    rs2826718 21 21471423 0.134 rs10483466 14 35986827 0.139 rs10486727 7 41672315 0.178 rs287002 12 40312537 0.183 
rs10506697 12 73241741 0.128 rs5910124 23 116408616 0.137 rs2833488 21 32010112 0.176 rs1146808 13 67688608 0.182 
    rs10506891 12 82393029 0.127 rs10512545 17 66337079 0.134 rs379212 5 60977687 0.172 rs10501287 11 42446011 0.180 
rs308995 14 59657919 0.125 rs295678 5 58186928 0.131 rs1954004 14 58627872 0.170 rs564993 5 31393476 0.177 
50KHindIII 
    rs9320032 18 59712191 0.486† rs9320032 18 59712191 0.506† rs1842353 8 63617543 0.244* rs9300692 13 101216476 0.225‡ 
rs8090046 18 59773066 0.207‡ rs8090046 18 59773066 0.245* rs10521202 17 12755289 0.201‡ rs1842353 8 63617543 0.210‡ 
    rs1474220 2 108525317 0.193‡ rs10498752 6 41876488 0.210‡ rs7899961 10 59696431 0.198‡ rs10520983 5 31314700 0.195‡ 
rs10498752 6 41876488 0.178 rs1941538 18 37994337 0.176 rs9320974 6 124421441 0.197‡ rs1334375 13 80897038 0.173 
    rs2298578 21 21632551 0.167 rs7682770 4 152748018 0.174 rs10520983 5 31314700 0.179 rs10519164 15 75412758 0.163 
rs7516032 1 91618962 0.165 rs1445862 5 3675257 0.169 rs1862446 5 147460749 0.170 rs9322063 6 146852196 0.152 
    rs5030938 10 70645922 0.164 rs4696976 4 21058616 0.167 rs1358778 20 13266796 0.169 rs8067384 17 37926265 0.150 
rs1883041 21 44921845 0.158 rs5030938 10 70645922 0.165 rs1873790 4 83422480 0.166 rs10521202 17 12755289 0.147 
    rs3902916 4 189045176 0.155 rs3902916 4 189045176 0.165 rs1220724 4 70888705 0.162 rs7914904 10 62749969 0.141 
rs1000551 20 58709208 0.154 rs1883041 21 44921845 0.164 rs9300692 13 101216476 0.157 rs1220724 4 70888705 0.141 
250K NspI 
    rs9950903 18 59781783 0.534† rs9950903 18 59781783 1.036† rs1879894 15 78055874 0.846† rs1879894 15 78055874 1.072† 
rs1463835 3 23539615 0.532† rs8090586 18 59781864 0.518† rs9646294 16 6110019 0.484† rs6771859 3 190642054 0.387† 
    rs16975459 18 37802275 0.383* rs6473170 8 80664840 0.338* rs17734332 5 134945240 0.365† rs10512261 9 98804394 0.299* 
rs8090586 18 59781864 0.367* rs4510128 18 59782312 0.310‡ rs566619 7 41381538 0.345* rs12122772 1 60384564 0.287* 
    rs16872621 4 22081055 0.312‡ rs1006755 18 59782026 0.300‡ rs17737566 6 50345280 0.310* rs2153155 4 26034162 0.248‡ 
rs870582 6 125097114 0.301‡ rs7039378 9 118735938 0.258 rs3849955 9 28350374 0.285* rs17126896 14 53320494 0.246‡ 
    rs1015416 18 59720363 0.270‡ rs1860563 16 6418899 0.258 rs4616156 13 86581518 0.273* rs1328652 13 35607527 0.240 
rs2155907 11 97599883 0.227 rs4699126 4 105709109 0.212 rs2484698 1 217474460 0.263* rs7021551 9 27446645 0.237 
    rs2112948 5 50994294 0.222 rs10275055 7 156212079 0.204 rs17139603 11 79638632 0.262* rs252817 5 106752487 0.237 
rs2919747 2 129681506 0.217 rs1526411 7 124658309 0.201 rs2156737 4 100642529 0.246‡ rs10772587 12 12681356 0.235 
250K StyI 
    rs6102 18 59721450 0.597† rs6102 18 59721450 0.495† rs9383925 6 151975774 0.819† rs201204 6 104842863 0.688† 
rs9951512 18 59690885 0.374* rs9945924 18 59771746 0.407* rs6497397 16 19646258 0.311‡ rs12556155 23 108836419 0.442† 
    rs6496897 15 90493249 0.320‡ rs9951512 18 59690885 0.317‡ rs917252 7 22219990 0.289‡ rs4791422 17 10605304 0.435† 
rs9945924 18 59771746 0.315‡ rs1983205 3 157782892 0.314‡ rs1019403 3 7823997 0.260‡ rs7749012 6 106459559 0.336* 
    rs12707805 8 107404746 0.303‡ rs950865 5 2720684 0.307‡ rs17053134 5 155373544 0.259‡ rs509951 5 31385483 0.308‡ 
rs10971778 9 33893184 0.296‡ rs2278179 18 59715512 0.292‡ rs11710880 3 72214965 0.246 rs16879024 8 32225711 0.256‡ 
    rs6565076 16 81487818 0.294‡ rs10427722 22 36417752 0.289‡ rs17167866 7 13919264 0.237 rs2100054 15 75293482 0.252 
rs2278179 18 59715512 0.291‡ rs17156659 7 82046820 0.271 rs10867062 9 137935241 0.237 rs11811023 1 143805934 0.240 
    rs7806238 7 29906442 0.290‡ rs4502324 18 4811261 0.262 rs5925800 23 23278707 0.235 rs17382798 15 75256074 0.231 
rs965888 18 38062658 0.283‡ rs1348428 2 225927288 0.260 rs2255831 4 146614313 0.234 rs2030302 17 12526591 0.231 
CTL-2A12, Exp 1
CTL-2A12, Exp 2
CTL-1B9, Exp 1
CTL-1B9, Exp 2
rsIDChrPositionΔRAΔRBrsIDChrPositionΔRAΔRBrsIDChrPositionΔRAΔRBrsIDChrPositionΔRAΔRB
50K X bal 
    rs10513933 18 59699669 0.366* rs10513933 18 59699669 0.511† rs1363258 5 103297593 0.239 rs10499174 6 131209689 0.352* 
rs9320028 18 59668150 0.255‡ rs9320028 18 59668150 0.360* rs726083 3 67093729 0.203 rs30058 5 122325602 0.240 
    rs6102 18 59721450 0.221 rs10485873 7 3503743 0.157 rs639243 5 31392931 0.198 rs150724 16 61960443 0.213 
rs724533 23 116440574 0.137 rs219323 14 59510440 0.150 rs1936461 10 56519024 0.186 rs1993129 8 63618836 0.208 
    rs1341112 6 104919391 0.136 rs10506892 12 82478539 0.147 rs763876 12 94922502 0.186 rs356946 13 69066751 0.201 
rs470490 18 61182216 0.136 rs10492269 12 97786333 0.144 rs958404 7 133054441 0.179 rs2869268 4 86421898 0.184 
    rs2826718 21 21471423 0.134 rs10483466 14 35986827 0.139 rs10486727 7 41672315 0.178 rs287002 12 40312537 0.183 
rs10506697 12 73241741 0.128 rs5910124 23 116408616 0.137 rs2833488 21 32010112 0.176 rs1146808 13 67688608 0.182 
    rs10506891 12 82393029 0.127 rs10512545 17 66337079 0.134 rs379212 5 60977687 0.172 rs10501287 11 42446011 0.180 
rs308995 14 59657919 0.125 rs295678 5 58186928 0.131 rs1954004 14 58627872 0.170 rs564993 5 31393476 0.177 
50KHindIII 
    rs9320032 18 59712191 0.486† rs9320032 18 59712191 0.506† rs1842353 8 63617543 0.244* rs9300692 13 101216476 0.225‡ 
rs8090046 18 59773066 0.207‡ rs8090046 18 59773066 0.245* rs10521202 17 12755289 0.201‡ rs1842353 8 63617543 0.210‡ 
    rs1474220 2 108525317 0.193‡ rs10498752 6 41876488 0.210‡ rs7899961 10 59696431 0.198‡ rs10520983 5 31314700 0.195‡ 
rs10498752 6 41876488 0.178 rs1941538 18 37994337 0.176 rs9320974 6 124421441 0.197‡ rs1334375 13 80897038 0.173 
    rs2298578 21 21632551 0.167 rs7682770 4 152748018 0.174 rs10520983 5 31314700 0.179 rs10519164 15 75412758 0.163 
rs7516032 1 91618962 0.165 rs1445862 5 3675257 0.169 rs1862446 5 147460749 0.170 rs9322063 6 146852196 0.152 
    rs5030938 10 70645922 0.164 rs4696976 4 21058616 0.167 rs1358778 20 13266796 0.169 rs8067384 17 37926265 0.150 
rs1883041 21 44921845 0.158 rs5030938 10 70645922 0.165 rs1873790 4 83422480 0.166 rs10521202 17 12755289 0.147 
    rs3902916 4 189045176 0.155 rs3902916 4 189045176 0.165 rs1220724 4 70888705 0.162 rs7914904 10 62749969 0.141 
rs1000551 20 58709208 0.154 rs1883041 21 44921845 0.164 rs9300692 13 101216476 0.157 rs1220724 4 70888705 0.141 
250K NspI 
    rs9950903 18 59781783 0.534† rs9950903 18 59781783 1.036† rs1879894 15 78055874 0.846† rs1879894 15 78055874 1.072† 
rs1463835 3 23539615 0.532† rs8090586 18 59781864 0.518† rs9646294 16 6110019 0.484† rs6771859 3 190642054 0.387† 
    rs16975459 18 37802275 0.383* rs6473170 8 80664840 0.338* rs17734332 5 134945240 0.365† rs10512261 9 98804394 0.299* 
rs8090586 18 59781864 0.367* rs4510128 18 59782312 0.310‡ rs566619 7 41381538 0.345* rs12122772 1 60384564 0.287* 
    rs16872621 4 22081055 0.312‡ rs1006755 18 59782026 0.300‡ rs17737566 6 50345280 0.310* rs2153155 4 26034162 0.248‡ 
rs870582 6 125097114 0.301‡ rs7039378 9 118735938 0.258 rs3849955 9 28350374 0.285* rs17126896 14 53320494 0.246‡ 
    rs1015416 18 59720363 0.270‡ rs1860563 16 6418899 0.258 rs4616156 13 86581518 0.273* rs1328652 13 35607527 0.240 
rs2155907 11 97599883 0.227 rs4699126 4 105709109 0.212 rs2484698 1 217474460 0.263* rs7021551 9 27446645 0.237 
    rs2112948 5 50994294 0.222 rs10275055 7 156212079 0.204 rs17139603 11 79638632 0.262* rs252817 5 106752487 0.237 
rs2919747 2 129681506 0.217 rs1526411 7 124658309 0.201 rs2156737 4 100642529 0.246‡ rs10772587 12 12681356 0.235 
250K StyI 
    rs6102 18 59721450 0.597† rs6102 18 59721450 0.495† rs9383925 6 151975774 0.819† rs201204 6 104842863 0.688† 
rs9951512 18 59690885 0.374* rs9945924 18 59771746 0.407* rs6497397 16 19646258 0.311‡ rs12556155 23 108836419 0.442† 
    rs6496897 15 90493249 0.320‡ rs9951512 18 59690885 0.317‡ rs917252 7 22219990 0.289‡ rs4791422 17 10605304 0.435† 
rs9945924 18 59771746 0.315‡ rs1983205 3 157782892 0.314‡ rs1019403 3 7823997 0.260‡ rs7749012 6 106459559 0.336* 
    rs12707805 8 107404746 0.303‡ rs950865 5 2720684 0.307‡ rs17053134 5 155373544 0.259‡ rs509951 5 31385483 0.308‡ 
rs10971778 9 33893184 0.296‡ rs2278179 18 59715512 0.292‡ rs11710880 3 72214965 0.246 rs16879024 8 32225711 0.256‡ 
    rs6565076 16 81487818 0.294‡ rs10427722 22 36417752 0.289‡ rs17167866 7 13919264 0.237 rs2100054 15 75293482 0.252 
rs2278179 18 59715512 0.291‡ rs17156659 7 82046820 0.271 rs10867062 9 137935241 0.237 rs11811023 1 143805934 0.240 
    rs7806238 7 29906442 0.290‡ rs4502324 18 4811261 0.262 rs5925800 23 23278707 0.235 rs17382798 15 75256074 0.231 
rs965888 18 38062658 0.283‡ rs1348428 2 225927288 0.260 rs2255831 4 146614313 0.234 rs2030302 17 12526591 0.231 

Significant SNPs that appeared on both experiments are underlined.

*

Genomewide P < .01.

†

Genomewide P < .001.

‡

Genomewide P < .05.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal