Table 4

Regions of LOH with normal copy number in CLL patients

Patient no.ArrayLOHlog10PKnown gains or losses, including literature citations
This seriesSNP
Physical location
Size, Mb
Gains, no.Losses, no.Other, no. (type)StartEndStartEnd
8 10kV2 1p35.1-p36.13 9 517,18  — — — 1516979 1511025 18305794 33955677 15.65 
58 10k_131 1q21.3-q23.3 8 13  117  — Loss, patient no. 4 1516848 1509763 150148457 160522605 10.37 
62 50k 1q23.3-24.1 78 119  — — — 1682016 1684936 161812399 178117842 16.31 
12 50k 2p11.2-p13 45 13  — — — 1705003 1707239 74127632 84980290 10.85 
58 10k_131 2p14-p16 18 219  — — Gain, patients no. 3, 54 1507700 1510948 48710134 64758687 16.05 
21 10kV2 2q14.3-q22.3 9 13  119  — — 1516036 1514208 124714759 145072714 20.36 
24 10kV2 3p12.2-q13.31 16 — — 117  (monosomy) Trisomy, patient no. 62 1518974 1508541 81456507 115340891 33.88 
46 10kV2 3q21.2-q22.3 6 119  — — — 1508269 1510442 127658099 139139296 11.48 
83 50k 3q24-26.2 105 119  — — — 1702895 1648022 144845920 169335241 24.49 
58 10k_131 4q25-q28.1 11 — 118  — — 1507620 1507347 109289155 126141904 16.85 
66 50k 4q28.1-q31.1 65 — 118  — — 1752885 1724100 126356901 141155853 14.80 
83 50k 5q21.1-q23.1 109 — 217,18  — — 1659604 1652358 100132867 121006779 20.87 
83 50k 6q13-q14.1 44 — 117  — — 1676736 1674617 71431281 82904927 11.47 
47 10kV2 6q23.2-q25.1 8 — 517,18,20  — — 1510064 1513840 133397238 149635613 16.24 
46 10kV2 7p12.1-q11.22 5 — — 517,20  (trisomy) — 1519516 1517482 52263517 69214020 16.95 
66 50k 8q12.1-q13.3 52 — — 117  (monosomy) — 1645154 1718475 60076228 74308998 14.23 
58 10k_131 11p13-q11 15 — — 121  (trisomy) — 1507926 1514572 36163436 56007810 19.84 
62 50k 11p11.2-p15.1 47 — 119   — 1719121 1665098 20657351 46793777 26.14 
83 50k 13q13.3-q14.3 81 — — Recurrent deletion spanning MIRN genes — 1752501 1734152 35574589 50441141 14.87 
27 10kV2 13q14-qter 56 — 819,20  — Loss, patient no. 80 1510520 1512463 45279925 114040116 68.76 
83 50k 13q22.1-q32.3 74 — 417,19,20  — — 1727192 1677964 73483588 100190749 26.71 
25 10kV2 13q31.1-q32.3 13 — — — — 1518942 1517348 80722428 99923832 19.20 
62 50k 14q22.1-q24.2 85 — 218,19  — Loss, patient no. 25 1708270 1705411 50441151 70124231 19.68 
83 50k 14q24.3-q32.11 41 — 318,19  — — 1714825 1732532 78268558 89260317 10.99 
52 50k 18q21.1-22.2 98 13  218,19  — — 1730879 1714332 44239189 63226095 18.99 
17 10kV2 19p13.1-q13.11 7 — — 53  (trisomy); 117  (monosomy) — 1519533 1514072 19380568 37741783 18.36 
Patient no.ArrayLOHlog10PKnown gains or losses, including literature citations
This seriesSNP
Physical location
Size, Mb
Gains, no.Losses, no.Other, no. (type)StartEndStartEnd
8 10kV2 1p35.1-p36.13 9 517,18  — — — 1516979 1511025 18305794 33955677 15.65 
58 10k_131 1q21.3-q23.3 8 13  117  — Loss, patient no. 4 1516848 1509763 150148457 160522605 10.37 
62 50k 1q23.3-24.1 78 119  — — — 1682016 1684936 161812399 178117842 16.31 
12 50k 2p11.2-p13 45 13  — — — 1705003 1707239 74127632 84980290 10.85 
58 10k_131 2p14-p16 18 219  — — Gain, patients no. 3, 54 1507700 1510948 48710134 64758687 16.05 
21 10kV2 2q14.3-q22.3 9 13  119  — — 1516036 1514208 124714759 145072714 20.36 
24 10kV2 3p12.2-q13.31 16 — — 117  (monosomy) Trisomy, patient no. 62 1518974 1508541 81456507 115340891 33.88 
46 10kV2 3q21.2-q22.3 6 119  — — — 1508269 1510442 127658099 139139296 11.48 
83 50k 3q24-26.2 105 119  — — — 1702895 1648022 144845920 169335241 24.49 
58 10k_131 4q25-q28.1 11 — 118  — — 1507620 1507347 109289155 126141904 16.85 
66 50k 4q28.1-q31.1 65 — 118  — — 1752885 1724100 126356901 141155853 14.80 
83 50k 5q21.1-q23.1 109 — 217,18  — — 1659604 1652358 100132867 121006779 20.87 
83 50k 6q13-q14.1 44 — 117  — — 1676736 1674617 71431281 82904927 11.47 
47 10kV2 6q23.2-q25.1 8 — 517,18,20  — — 1510064 1513840 133397238 149635613 16.24 
46 10kV2 7p12.1-q11.22 5 — — 517,20  (trisomy) — 1519516 1517482 52263517 69214020 16.95 
66 50k 8q12.1-q13.3 52 — — 117  (monosomy) — 1645154 1718475 60076228 74308998 14.23 
58 10k_131 11p13-q11 15 — — 121  (trisomy) — 1507926 1514572 36163436 56007810 19.84 
62 50k 11p11.2-p15.1 47 — 119   — 1719121 1665098 20657351 46793777 26.14 
83 50k 13q13.3-q14.3 81 — — Recurrent deletion spanning MIRN genes — 1752501 1734152 35574589 50441141 14.87 
27 10kV2 13q14-qter 56 — 819,20  — Loss, patient no. 80 1510520 1512463 45279925 114040116 68.76 
83 50k 13q22.1-q32.3 74 — 417,19,20  — — 1727192 1677964 73483588 100190749 26.71 
25 10kV2 13q31.1-q32.3 13 — — — — 1518942 1517348 80722428 99923832 19.20 
62 50k 14q22.1-q24.2 85 — 218,19  — Loss, patient no. 25 1708270 1705411 50441151 70124231 19.68 
83 50k 14q24.3-q32.11 41 — 318,19  — — 1714825 1732532 78268558 89260317 10.99 
52 50k 18q21.1-22.2 98 13  218,19  — — 1730879 1714332 44239189 63226095 18.99 
17 10kV2 19p13.1-q13.11 7 — — 53  (trisomy); 117  (monosomy) — 1519533 1514072 19380568 37741783 18.36 

— indicates no data.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal