Table 2

Selected B-CLL patients and aberrations identified by SNP array analysis

Patient no. (array) and aberrationSNP designation*
Physical location
Size, MbNo. SNPsMean copy no.
% of cells with 0/1/2/3 FISH signals†
StartEndStartEndAberrationControls (SD)
30 (10kV2)          
    Del1q41-44 1510582 1518802 214496483 245119787 30.62 100 1.38 2.19 (0.08)§ ND 
    Del2p21-22.2 1511079 1511830 37510072 47284076 9.77 43 1.24 2.20 (0.17)§ ND 
    Gain 12p12.2-pter 1513561 1513221 93683 23214138 23.12 80 3.20 2.44 (0.18)§ ND 
54 (50k)          
    Del18p 1717177 1663846 149885 16836580 16.69 331 1.58 2.14 (0.06) ND 
    Trisomy 2p 1728897 1656673 100819 88993415 88.89 2202 3.20 2.22 (0.08) ND 
62 (50k)          
    Trisomy 3 1747077 1688876 135814 198551618 198.42 3859 2.94 2.14 (0.20) 0/0.5/22/77.5 
43 (50k)          
    Trisomy 12 1647812 1655491 93683 132110961 132.02 2676 2.64 2.16 (0.06) 0/1.7/71.9/26.4 
78 (50k)          
    Del13q14 1661354 1673120 48743486 50895770 2.15 45 1.73 2.24 (0.15) 0/75/25/0 
    Del1q42.12-42.3 1652460 1725188 222051072 231263786 9.21 189 1.11 2.09 (0.06) ND 
73 (50k)          
    Del17p11.2-p13 1692698 1694049 451209 20874347 20.42 260 1.29 2.25 (0.09) 2/78.5/18.5/0.5 
    Del3p24.33-p25.1 1641781 1665800 14832097 18645164 3.81 86 1.41 2.08 (0.22) 2/70.5/27.5/0 
    Del3p13 1736841 1714571 71791074 72999883 1.21 11 1.30 1.96 (0.14) ND 
    Del4p14-pter 1682642 1711766 398952 36989518 36.59 754 1.24 2.17 (0.06) ND 
    Del15q14-q22.2 1676102 1724818 32876724 57537329 24.66 695 1.31 2.17 (0.05) ND 
    DelXp 1685712 1703017 1911310 57324660 55.41 474 1.25 2.24 (0.03) 1.5/49.4/49.1/0 
25 (10kV2)          
    Trisomy 12 1513561 1513312 93683 130547441 130.45 476 3.44 2.25 (0.12) ND 
    Del14q23.3-q32.32 1512770 1512700 66447808 103463685 37.02 160 1.45 2.20 (0.09) ND 
51 (10kV2)          
    Del11q22 1514299 1512361 105879335 108695668 2.82 5 1.09 1.63 (0.19) 0.2/37.7/60.7/1.4 
    Del13q14 1508987 1512017 37698265 74795836 37.10 173 1.46 2.10 (0.07) 3.7/87.4/8.9/0 
    Trisomy 12 1513561 1513312 93683 130547441 130.45 476 3.66 2.25 (0.12) 1.6/3.3/39.7/55.4 
27‡ (10kV2)          
    Del13q14 biallelic 1519117 1516950 49731408 50230058 0.50 3 0.34 1.61 (0.17) 79.9/13.8/6.5/0 
    LOH13q14-qter 1510520 1512463 45279925 114040116 68.76 314 2.45 2.33 (0.10) ND 
53‡ (10kV2)          
    Del13q14 biallelic 1519117 1516950 49731408 50230058 0.50 3 0.40 1.61 (0.17) 69.8/3.8/26.1/0.3 
    LOH13q14-qter 1518495 1512463 42223418 114040116 71.82 326 2.11 2.28 (0.07) ND 
59 (50k)          
    Del17p13 1692698 1756785 451209 17918080 17.47 248 1.50 2.24 (0.09) 0.6/75/24.4/0 
    Del17q25.1 1725544 1755526 68436446 78181864 9.75 53 1.64 2.24 (0.17) ND 
    Gain7p22.2 1676302 1723380 3690203 7618587 3.93 57 3.08 2.13 (0.11) ND 
83 (50k)          
    Del11q14.1-q23.3 1670510 1671694 82011466 114926827 32.92 1018 1.21 2.07 (0.22) 1.3/93.9/4.8/0 
    Del18q22.3-qter 1644748 1657620 68896098 75946870 7.05 148 1.39 2.33 (0.12) ND 
    Gain8q23.3-qter 1742505 1695955 112782704 143902698 31.12 746 3.12 2.23 (0.05) ND 
41 (50k)          
    Del17p13.1 excl.TP53 1688936 1687242 8829083 17350285 8.52 179 1.58 2.19 (0.06) 0.7/2.4/94.9/2 
    Del17q12 1720241 1665902 29273402 32302701 3.03 65 1.72 2.31 (0.16) ND 
    Del17q21.33 1694735 1744955 46703563 47607396 0.90 22 1.54 2.41 (0.24) ND 
    Del17q22-23.2 1732780 1663708 48824655 51804675 2.98 87 1.62 2.17 (0.11) ND 
    Del17q24.3 1726822 1684140 66940099 67409605 0.47 18 1.56 2.24 (0.14) ND 
    Del17q25.1 1725544 1669863 68436446 68676913 0.24 11 1.60 2.60 (0.33) ND 
    Del13q14 1758191 1734152 49387084 50441141 1.05 30 1.59 2.18 (0.25) 2.1/87.1/10.4/0.4 
    Del4q32.1-q32.3 1672012 1683944 156793322 166908958 10.12 283 1.65 2.17 (0.08) ND 
    Del4q32.3-q33 1732490 1697591 169296438 171554328 2.26 48 1.66 2.18 (0.09) ND 
    Del4q34.3-qter 1700696 1669835 182703092 191091333 8.39 122 1.63 2.19 (0.06) ND 
    Del5q15 1666092 1695255 91924473 92354683 0.43 20 1.46 2.21 (0.09) ND 
    Del5q23.2 1662022 1713460 121788920 126695025 4.91 147 1.61 2.16 (0.11) ND 
    Del5q32 1742317 1714773 147946439 159927389 11.98 344 1.53 2.27 (0.20) ND 
    Del7q22.2-31.2 1746224 1689492 103996660 115494675 11.50 245 1.63 2.22 (0.08) ND 
    Del11q23 1699285 1755270 106182152 112801829 6.62 165 1.54 2.18 (0.07) 1.3/82.9/15.5/0.3 
42 (10kV2)          
    Trisomy 12 1513561 1513312 93683 130547441 130.45 476 3.08 2.25 (0.12) ND 
    Gain17q12-q24.1 1508646 1512196 30770914 61578821 30.81 56 3.09 2.25 (0.13) ND 
3 (10kV2)          
    Del13q14-q22.3 1514285 1517755 47569082 74870689 27.30 114 1.71 2.60 (0.18) 3/68/28/1 
    Gain2p16.1 1507485 1513065 57801887 61350997 3.55 12 3.88 2.50 (0.22) ND 
44 (10kV2)          
    Del13q14 biallelic, allele 1 1518713 1516950 39732027 50230058 10.50 53 1.29 1.97 (0.12) 75.8/1.2/22.3/0.7 
    Del3q14 biallelic, allele 2 1519117 1516950 49731408 50230058 0.50 3 0.56 1.60 (0.17) 75.8/1.2/22.3/0.7 
    Del17q24.1 1519232 1512169 62034036 65388241 3.35 9 0.97 1.43 (0.11) ND 
58 (10k)          
    Del13q14 1514272 1510534 47235256 50618011 3.38 12 1.13 1.77 (0.20) 1.8/68.3/29.9/0 
    Del5q14.2-q15 1515874 1512933 82600572 93782404 11.18 32 1.24 2.33 (0.11) ND 
67 (50k)          
    Del11q21-23.3 1673186 1742849 93031602 117735474 24.70 715 1.46 2.15 (0.05) 22.9/73.1/3.8/0.2 
    Del6q14.3-q22.1 1698681 1699793 84936205 118396212 33.46 843 1.79 2.15 (0.07) 1.2/30.5/66.6/1.7 
55 (10k)          
    Del11q22-23 1515056 1508081 98558840 113957360 15.40 89 1.31 2.20 (0.10) 0.4/88.9/8.1/2.6 
    Del11q24.3-qter 1516553 1511933 128904021 134402514 5.50 31 1.79 2.65 (0.16) ND 
Patient no. (array) and aberrationSNP designation*
Physical location
Size, MbNo. SNPsMean copy no.
% of cells with 0/1/2/3 FISH signals†
StartEndStartEndAberrationControls (SD)
30 (10kV2)          
    Del1q41-44 1510582 1518802 214496483 245119787 30.62 100 1.38 2.19 (0.08)§ ND 
    Del2p21-22.2 1511079 1511830 37510072 47284076 9.77 43 1.24 2.20 (0.17)§ ND 
    Gain 12p12.2-pter 1513561 1513221 93683 23214138 23.12 80 3.20 2.44 (0.18)§ ND 
54 (50k)          
    Del18p 1717177 1663846 149885 16836580 16.69 331 1.58 2.14 (0.06) ND 
    Trisomy 2p 1728897 1656673 100819 88993415 88.89 2202 3.20 2.22 (0.08) ND 
62 (50k)          
    Trisomy 3 1747077 1688876 135814 198551618 198.42 3859 2.94 2.14 (0.20) 0/0.5/22/77.5 
43 (50k)          
    Trisomy 12 1647812 1655491 93683 132110961 132.02 2676 2.64 2.16 (0.06) 0/1.7/71.9/26.4 
78 (50k)          
    Del13q14 1661354 1673120 48743486 50895770 2.15 45 1.73 2.24 (0.15) 0/75/25/0 
    Del1q42.12-42.3 1652460 1725188 222051072 231263786 9.21 189 1.11 2.09 (0.06) ND 
73 (50k)          
    Del17p11.2-p13 1692698 1694049 451209 20874347 20.42 260 1.29 2.25 (0.09) 2/78.5/18.5/0.5 
    Del3p24.33-p25.1 1641781 1665800 14832097 18645164 3.81 86 1.41 2.08 (0.22) 2/70.5/27.5/0 
    Del3p13 1736841 1714571 71791074 72999883 1.21 11 1.30 1.96 (0.14) ND 
    Del4p14-pter 1682642 1711766 398952 36989518 36.59 754 1.24 2.17 (0.06) ND 
    Del15q14-q22.2 1676102 1724818 32876724 57537329 24.66 695 1.31 2.17 (0.05) ND 
    DelXp 1685712 1703017 1911310 57324660 55.41 474 1.25 2.24 (0.03) 1.5/49.4/49.1/0 
25 (10kV2)          
    Trisomy 12 1513561 1513312 93683 130547441 130.45 476 3.44 2.25 (0.12) ND 
    Del14q23.3-q32.32 1512770 1512700 66447808 103463685 37.02 160 1.45 2.20 (0.09) ND 
51 (10kV2)          
    Del11q22 1514299 1512361 105879335 108695668 2.82 5 1.09 1.63 (0.19) 0.2/37.7/60.7/1.4 
    Del13q14 1508987 1512017 37698265 74795836 37.10 173 1.46 2.10 (0.07) 3.7/87.4/8.9/0 
    Trisomy 12 1513561 1513312 93683 130547441 130.45 476 3.66 2.25 (0.12) 1.6/3.3/39.7/55.4 
27‡ (10kV2)          
    Del13q14 biallelic 1519117 1516950 49731408 50230058 0.50 3 0.34 1.61 (0.17) 79.9/13.8/6.5/0 
    LOH13q14-qter 1510520 1512463 45279925 114040116 68.76 314 2.45 2.33 (0.10) ND 
53‡ (10kV2)          
    Del13q14 biallelic 1519117 1516950 49731408 50230058 0.50 3 0.40 1.61 (0.17) 69.8/3.8/26.1/0.3 
    LOH13q14-qter 1518495 1512463 42223418 114040116 71.82 326 2.11 2.28 (0.07) ND 
59 (50k)          
    Del17p13 1692698 1756785 451209 17918080 17.47 248 1.50 2.24 (0.09) 0.6/75/24.4/0 
    Del17q25.1 1725544 1755526 68436446 78181864 9.75 53 1.64 2.24 (0.17) ND 
    Gain7p22.2 1676302 1723380 3690203 7618587 3.93 57 3.08 2.13 (0.11) ND 
83 (50k)          
    Del11q14.1-q23.3 1670510 1671694 82011466 114926827 32.92 1018 1.21 2.07 (0.22) 1.3/93.9/4.8/0 
    Del18q22.3-qter 1644748 1657620 68896098 75946870 7.05 148 1.39 2.33 (0.12) ND 
    Gain8q23.3-qter 1742505 1695955 112782704 143902698 31.12 746 3.12 2.23 (0.05) ND 
41 (50k)          
    Del17p13.1 excl.TP53 1688936 1687242 8829083 17350285 8.52 179 1.58 2.19 (0.06) 0.7/2.4/94.9/2 
    Del17q12 1720241 1665902 29273402 32302701 3.03 65 1.72 2.31 (0.16) ND 
    Del17q21.33 1694735 1744955 46703563 47607396 0.90 22 1.54 2.41 (0.24) ND 
    Del17q22-23.2 1732780 1663708 48824655 51804675 2.98 87 1.62 2.17 (0.11) ND 
    Del17q24.3 1726822 1684140 66940099 67409605 0.47 18 1.56 2.24 (0.14) ND 
    Del17q25.1 1725544 1669863 68436446 68676913 0.24 11 1.60 2.60 (0.33) ND 
    Del13q14 1758191 1734152 49387084 50441141 1.05 30 1.59 2.18 (0.25) 2.1/87.1/10.4/0.4 
    Del4q32.1-q32.3 1672012 1683944 156793322 166908958 10.12 283 1.65 2.17 (0.08) ND 
    Del4q32.3-q33 1732490 1697591 169296438 171554328 2.26 48 1.66 2.18 (0.09) ND 
    Del4q34.3-qter 1700696 1669835 182703092 191091333 8.39 122 1.63 2.19 (0.06) ND 
    Del5q15 1666092 1695255 91924473 92354683 0.43 20 1.46 2.21 (0.09) ND 
    Del5q23.2 1662022 1713460 121788920 126695025 4.91 147 1.61 2.16 (0.11) ND 
    Del5q32 1742317 1714773 147946439 159927389 11.98 344 1.53 2.27 (0.20) ND 
    Del7q22.2-31.2 1746224 1689492 103996660 115494675 11.50 245 1.63 2.22 (0.08) ND 
    Del11q23 1699285 1755270 106182152 112801829 6.62 165 1.54 2.18 (0.07) 1.3/82.9/15.5/0.3 
42 (10kV2)          
    Trisomy 12 1513561 1513312 93683 130547441 130.45 476 3.08 2.25 (0.12) ND 
    Gain17q12-q24.1 1508646 1512196 30770914 61578821 30.81 56 3.09 2.25 (0.13) ND 
3 (10kV2)          
    Del13q14-q22.3 1514285 1517755 47569082 74870689 27.30 114 1.71 2.60 (0.18) 3/68/28/1 
    Gain2p16.1 1507485 1513065 57801887 61350997 3.55 12 3.88 2.50 (0.22) ND 
44 (10kV2)          
    Del13q14 biallelic, allele 1 1518713 1516950 39732027 50230058 10.50 53 1.29 1.97 (0.12) 75.8/1.2/22.3/0.7 
    Del3q14 biallelic, allele 2 1519117 1516950 49731408 50230058 0.50 3 0.56 1.60 (0.17) 75.8/1.2/22.3/0.7 
    Del17q24.1 1519232 1512169 62034036 65388241 3.35 9 0.97 1.43 (0.11) ND 
58 (10k)          
    Del13q14 1514272 1510534 47235256 50618011 3.38 12 1.13 1.77 (0.20) 1.8/68.3/29.9/0 
    Del5q14.2-q15 1515874 1512933 82600572 93782404 11.18 32 1.24 2.33 (0.11) ND 
67 (50k)          
    Del11q21-23.3 1673186 1742849 93031602 117735474 24.70 715 1.46 2.15 (0.05) 22.9/73.1/3.8/0.2 
    Del6q14.3-q22.1 1698681 1699793 84936205 118396212 33.46 843 1.79 2.15 (0.07) 1.2/30.5/66.6/1.7 
55 (10k)          
    Del11q22-23 1515056 1508081 98558840 113957360 15.40 89 1.31 2.20 (0.10) 0.4/88.9/8.1/2.6 
    Del11q24.3-qter 1516553 1511933 128904021 134402514 5.50 31 1.79 2.65 (0.16) ND 

ND indicates not done.

*

The full ID contains the prefix SNP_A-, eg, SNP_A-1510582.

†

400 nuclei analyzed.

‡

Somatic recombination.

§

Copy numbers in matched-pair buccal cells were 2.20, 2.17, and 2.39 for Del1q41-44, Del2p21-22.2, and Gain 12p12.2-pter, respectively.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal