Table 2.

Overview of CDR3 sequences of CMV-specific CD4+ T cells from patient 2


Specific Vβ family and CDR3*



IFNγ+, wk 9

IFNγ+, wk 52

CD28-, wk 52
8     
    CASSLRGGPAEAFF   1.101   3/32   —   —  
    CASSRGRIGTEASF   1.101   —   —   11/26  
    CASSRGRINTEAFF   1.101   —   —   1/26  
    CASKRDAEAFF   1.101   —   —   2/26  
    CASSRGPFYGYTF   1.201   —   —   2/26  
    CASSRSVGTGIYGYTF   1.201   1/32   —   —  
    CASSSEPLREKLFF   1.401   1/32   —   —  
    CASGLVTGFSSPLHF   1.601   12/32   —   —  
    CASSLARQEEFF   2.101   3/32   —   —  
    CASSFFLNTGELFF   2.201   4/32   —   —  
    CASSLRTGTTDTQYF   2.301   —   —   1/26  
    CASSPRGRTFQYF   2.401   8/32   —   —  
    CASTRIDTSGANVLTF   2.601   —   —   9/26  
9     
    CASSQVGGQPQHF   1.501   3/23   —   —  
    CASSPGGPVGNEQFF   2.101   5/23   —   —  
    CASSKLAGGRTGELFF   2.201   —   —   1/8  
    CASSLLDANTQYF   2.301   —   —   7/8  
    CASSQEAGQYEQYF   2.701   15/23   —   —  
12     
    CAITPGQGGGDTQYF   2.301   14/16   —   —  
    CAISPGGTGAEQYF §  2.701   2/16   —   5/8  
    CAIMAGGSCYEQYF   2.701   —   —   1/8  
    CAIMGGGSSYEQYF   2.701   —   —   1/8  
    CAISPGGTSAEQYF   2.701   —   —   1/8  
14     
    CASSLGDTNQPQHF   1.501   —   —   1/9  
    CASSLGDSNQPQHF   1.501   —   —   6/9  
    CASSAGQERKPQHF §  1.501   15/20   —   2/9  
    CASSSAGAQGQPQHF   1.501   2/20   —   —  
    CASSPQGADSPLHF   1.601   3/20   —   —  
22     
    CASSEDISGNTIYF   1.301   —   —   6/27  
    CASNTYQGINEKLFF §  1.401   4/26   8/17   8/27  
    CASNTVGGDQPQHF   1.501   1/26   —   
    CASRKGQRSNSPLHF   1.601   —   —   2/27  
    CASSTLAGGGNEQFF   2.101   4/26   —   —  
    CASSEEGSGYQGEQFF   2.101   6/26   —   —  
    CASSKDYYNEQFF   2.101   4/26   —   3/27  
    CASSVRPGPGAEQFF   2.101   —   —   1/27  
    CASREDLSGTEQFF   2.101   —   —   1/27  
    CASNRDHTDTQYF   2.301   4/26   —   —  
    CAGILDYATDTQYF   2.301   —   1/17   —  
    CASGREPGIQYF §  2.401   2/26   5/17   —  
    CASGFNQETQYF §  2.501   —   3/17   6/27  
    CASSRDYHNEQYF
 
2.701
 
1/26
 

 

 

Specific Vβ family and CDR3*



IFNγ+, wk 9

IFNγ+, wk 52

CD28-, wk 52
8     
    CASSLRGGPAEAFF   1.101   3/32   —   —  
    CASSRGRIGTEASF   1.101   —   —   11/26  
    CASSRGRINTEAFF   1.101   —   —   1/26  
    CASKRDAEAFF   1.101   —   —   2/26  
    CASSRGPFYGYTF   1.201   —   —   2/26  
    CASSRSVGTGIYGYTF   1.201   1/32   —   —  
    CASSSEPLREKLFF   1.401   1/32   —   —  
    CASGLVTGFSSPLHF   1.601   12/32   —   —  
    CASSLARQEEFF   2.101   3/32   —   —  
    CASSFFLNTGELFF   2.201   4/32   —   —  
    CASSLRTGTTDTQYF   2.301   —   —   1/26  
    CASSPRGRTFQYF   2.401   8/32   —   —  
    CASTRIDTSGANVLTF   2.601   —   —   9/26  
9     
    CASSQVGGQPQHF   1.501   3/23   —   —  
    CASSPGGPVGNEQFF   2.101   5/23   —   —  
    CASSKLAGGRTGELFF   2.201   —   —   1/8  
    CASSLLDANTQYF   2.301   —   —   7/8  
    CASSQEAGQYEQYF   2.701   15/23   —   —  
12     
    CAITPGQGGGDTQYF   2.301   14/16   —   —  
    CAISPGGTGAEQYF §  2.701   2/16   —   5/8  
    CAIMAGGSCYEQYF   2.701   —   —   1/8  
    CAIMGGGSSYEQYF   2.701   —   —   1/8  
    CAISPGGTSAEQYF   2.701   —   —   1/8  
14     
    CASSLGDTNQPQHF   1.501   —   —   1/9  
    CASSLGDSNQPQHF   1.501   —   —   6/9  
    CASSAGQERKPQHF §  1.501   15/20   —   2/9  
    CASSSAGAQGQPQHF   1.501   2/20   —   —  
    CASSPQGADSPLHF   1.601   3/20   —   —  
22     
    CASSEDISGNTIYF   1.301   —   —   6/27  
    CASNTYQGINEKLFF §  1.401   4/26   8/17   8/27  
    CASNTVGGDQPQHF   1.501   1/26   —   
    CASRKGQRSNSPLHF   1.601   —   —   2/27  
    CASSTLAGGGNEQFF   2.101   4/26   —   —  
    CASSEEGSGYQGEQFF   2.101   6/26   —   —  
    CASSKDYYNEQFF   2.101   4/26   —   3/27  
    CASSVRPGPGAEQFF   2.101   —   —   1/27  
    CASREDLSGTEQFF   2.101   —   —   1/27  
    CASNRDHTDTQYF   2.301   4/26   —   —  
    CAGILDYATDTQYF   2.301   —   1/17   —  
    CASGREPGIQYF §  2.401   2/26   5/17   —  
    CASGFNQETQYF §  2.501   —   3/17   6/27  
    CASSRDYHNEQYF
 
2.701
 
1/26
 

 

 

— indicates not detected.

*

Amino acid sequence of the retrieved CDR3 sequence.

Corresponding Jβ.

Frequency in which the specific sequence was found in proportion to the total number of clones analyzed for that specific cell population.

§

Sequences similar in different cell populations.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal