Table 6.

Expansion of immunodominant clonotypes in bone marrow failure patients

Patient no.
Diagnosis
VB
CDR3
JB
% clonal expansion
1   MDS/LGL   14   ASSLLTKTGSYEQE   2.5   100  
2   MDS/LGL   9   ASSLPGTPTE   1.1   100  
3   MDS   4   AALMPPQPRETP   2.5   Direct  
4   MDS   11   ASSGTGSYE   2.7   63  
5   MDS   7   APAAKMERLT   2.1   Direct  
5   MDS   1   ASSSELTFRGDT   2.3   Direct  
6   MDS   23   ATSAGSE   2.7   Direct  
7   MDS   23   ASSLTDT   2.2   100  
8   MDS   8   ASSFAPMTSGGALDT   2.3   60  
8   MDS   21   ASSPRLAGALETPWET   2.3   50  
9   MDS   3   ASSLGDVNQPQH   1.5   100  
10   MDS   3   ASSKPGSPYQEQ   2.5   50  
10   MDS   13   ASSSLEGGQGN   2.3   36  
11   MDS   21   ASSPGWDRGLE   2.5   100  
12   MDS   21   ASSFRLAGANNE   2.1   67  
13   MDS   4   AALGPPTMSS   2.5   Direct  
13   MDS   1   ASSLGQGSSYEE   2.5   Direct  
13   MDS   8   ASSLPSVAN   2.2   Direct  
14   MDS   18   ASSTGENTG   2.2   75  
30   AA   7   ASSPPGGARMGE   2.5   100  
30   AA   16   ASSQDLAGGPRRET   2.3   56  
30   AA   16   ASSRGRHTDT   2.3   33  
30   AA   1   ASSVGHGVNE   1.4   100  
31   AA   18   ASSPTSAAYG   1.2   70  
31   AA   5   ASSSANYRTDT   1.1   90  
32   AA   23   ASSSHITDT   2.3   80  
33   AA   5   ASSLDRASTPE   1.1   100  
33   AA   9   ASSPANGLADAYE   2.7   50  
35   AA   12   ASSEITEPG   2.2   50  
36   AA   15   ATSDYDREVGDT   2.3   40  
36   AA   3   ASAGTGGNE   1.4   33  
37   AA   13   ASSSIGRTSTDT   2.3   36  
38   AA   13   ASSYYG   1.2   25  
39   AA   6   ASSSPPVDT   2.3   77  
39   AA   15   ATSDLASFNTG   2.2   46  
40   AA   22   ASKWEQGVGNTE   1.1   93  
40   AA   23   ASSFPGQGINE   2.1   100  
41   AA   15   ATGTGDTDT   2.3   33  
41   AA   24   ATSRVGGE   2.5   50  
42   AA   7   ASSTGAYPYNE   2.1   70  
43   AA   3   ASSFRDREETNQPQH   1.5   27  
44   AA   2   CSASFRVE   2.5   57  
20   PNH   20   ASSWKPPPIPYE   2.7   33  
20   PNH   8   ASSLAVAQE   2.5   67  
21   PNH   8   PLTGLTLSE   2.5   36  
22   PNH   13   ASSRRANTG   2.2   30  
22   PNH   1   ASSAAGVKE   2.5   100  
23   PNH   13   ASSSSGSYNE   2.1   60  
24   PNH   3   ASGQRGGA   2.4   61  
25   PNH   3   ASSWTGYE   2.7   76  
25   PNH   13   ASSYGGGQPQFH   1.5   55  
16   MDS   4   ASSPRGTF   1.5   67  
29   AA   12   AISLGGELFF   2.2   50  
29
 		 AA
 		 17
 		 ASSRGLADTDTQYF
 		 2.3
 		 67
 
Patient no.
Diagnosis
VB
CDR3
JB
% clonal expansion
1   MDS/LGL   14   ASSLLTKTGSYEQE   2.5   100  
2   MDS/LGL   9   ASSLPGTPTE   1.1   100  
3   MDS   4   AALMPPQPRETP   2.5   Direct  
4   MDS   11   ASSGTGSYE   2.7   63  
5   MDS   7   APAAKMERLT   2.1   Direct  
5   MDS   1   ASSSELTFRGDT   2.3   Direct  
6   MDS   23   ATSAGSE   2.7   Direct  
7   MDS   23   ASSLTDT   2.2   100  
8   MDS   8   ASSFAPMTSGGALDT   2.3   60  
8   MDS   21   ASSPRLAGALETPWET   2.3   50  
9   MDS   3   ASSLGDVNQPQH   1.5   100  
10   MDS   3   ASSKPGSPYQEQ   2.5   50  
10   MDS   13   ASSSLEGGQGN   2.3   36  
11   MDS   21   ASSPGWDRGLE   2.5   100  
12   MDS   21   ASSFRLAGANNE   2.1   67  
13   MDS   4   AALGPPTMSS   2.5   Direct  
13   MDS   1   ASSLGQGSSYEE   2.5   Direct  
13   MDS   8   ASSLPSVAN   2.2   Direct  
14   MDS   18   ASSTGENTG   2.2   75  
30   AA   7   ASSPPGGARMGE   2.5   100  
30   AA   16   ASSQDLAGGPRRET   2.3   56  
30   AA   16   ASSRGRHTDT   2.3   33  
30   AA   1   ASSVGHGVNE   1.4   100  
31   AA   18   ASSPTSAAYG   1.2   70  
31   AA   5   ASSSANYRTDT   1.1   90  
32   AA   23   ASSSHITDT   2.3   80  
33   AA   5   ASSLDRASTPE   1.1   100  
33   AA   9   ASSPANGLADAYE   2.7   50  
35   AA   12   ASSEITEPG   2.2   50  
36   AA   15   ATSDYDREVGDT   2.3   40  
36   AA   3   ASAGTGGNE   1.4   33  
37   AA   13   ASSSIGRTSTDT   2.3   36  
38   AA   13   ASSYYG   1.2   25  
39   AA   6   ASSSPPVDT   2.3   77  
39   AA   15   ATSDLASFNTG   2.2   46  
40   AA   22   ASKWEQGVGNTE   1.1   93  
40   AA   23   ASSFPGQGINE   2.1   100  
41   AA   15   ATGTGDTDT   2.3   33  
41   AA   24   ATSRVGGE   2.5   50  
42   AA   7   ASSTGAYPYNE   2.1   70  
43   AA   3   ASSFRDREETNQPQH   1.5   27  
44   AA   2   CSASFRVE   2.5   57  
20   PNH   20   ASSWKPPPIPYE   2.7   33  
20   PNH   8   ASSLAVAQE   2.5   67  
21   PNH   8   PLTGLTLSE   2.5   36  
22   PNH   13   ASSRRANTG   2.2   30  
22   PNH   1   ASSAAGVKE   2.5   100  
23   PNH   13   ASSSSGSYNE   2.1   60  
24   PNH   3   ASGQRGGA   2.4   61  
25   PNH   3   ASSWTGYE   2.7   76  
25   PNH   13   ASSYGGGQPQFH   1.5   55  
16   MDS   4   ASSPRGTF   1.5   67  
29   AA   12   AISLGGELFF   2.2   50  
29
 		 AA
 		 17
 		 ASSRGLADTDTQYF
 		 2.3
 		 67
 

VB indicates variable region of the T-cell receptor beta chain (TCR); CDR3, complementarity determining region 3 of the TCR beta chain; JB, joining region of the TCR; AA, aplastic anemia; and direct, direct sequencing of the amplification product

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