Table 2.

Analysis of DC-associated gene expressions among the DC subsets using microarray

Gene no.NameBMT intensityRatio of DCs and BMTs (DCs/BMTs)
CD34+cellsMoDCsCD1a+DCsCD11c− DCsCD14+DCs
Day 9Day 18Day 0Day 18
1 α-tubulin 13 617 0.2 2.9 2.9 0.2 1.7 
2 S100B 3 416 0.7 0.9 〈28.6〉 0.7 〈5.6〉 
3 MMP12 1 420 0.9 0.7 〈4.9〉 0.5 0.3 
4 TARC 4 113 0.5 〈20.0〉 〈24.0〉 0.6 0.8 
5 MYPT1 3 805 0.4 1.0 2.0 0.4 〈4.9〉 
6 CD1B 3 107 0.4 2.4 〈17.6〉 0.8 1.5 
7 CD20-like 3 171 0.4 0.8 〈18.0〉 1.7 〈20.7〉 
8 Ig superfamily Z39Ig 2 016 0.4 0.9 2.9 0.6 〈16.4〉 
9 HLA-DQα 11 817 0.2 3.2 〈9.6〉 0.5 2.0 
10 GPNMB 3 290 0.5 1.7 1.2 0.8 〈5.0〉 
11 Eta-1 2 409 0.3 3.2 〈6.3〉 0.5 〈11.8〉 
12 FLAP 8 060 0.3 0.9 〈8.1〉 3.0 〈5.4〉 
13 MRC1 2 097 0.5 1.6 3.8 0.7 〈6.1〉 
15 MCP4 3 454 0.3 2.9 〈4.5〉 0.4 〈5.6〉 
16 HLA-DRα 22 066 0.7 2.2 3.8 2.4 1.3 
17 HLA-DRβ 20 288 0.2 0.7 2.7 1.2 1.4 
18 RNase1 3 684 0.2 1.6 1.1 0.4 〈11.5〉 
19 DRP-2 1 981 〈6.1〉 〈8.9〉 2.4 〈5.9〉 1.1 
22 Lysosomal acid lipase 2 801 0.3 〈4.2〉 〈8.1〉 0.3 〈6.1〉 
23 Cystatin A 3 317 0.2 0.8 〈17.4〉 0.3 〈4.3〉 
24 CD36 1 651 0.4 0.8 2.9 0.8 1.2 
25 ITF2 4 145 0.4 1.1 0.8 1.2 1.3 
26 MCP1 10 899 0.1 0.7 0.5 0.2 〈9.6〉 
28 TGFBI 3 179 0.4 1.8 3.4 1.5 〈9.2〉 
30 Calmodulin 6 950 0.9 〈5.1〉 1.8 0.4 1.6 
31 MDL-1 3 245 0.3 1.0 1.3 0.6 1.9 
33 β-tubulin 12 754 0.3 2.8 2.8 0.3 2.7 
34 BLNK 6 112 0.2 0.5 0.8 0.4 0.5 
35 PC4 9 653 0.2 0.4 0.9 0.2 0.4 
37 Enolase 1 14 759 0.1 3.8 1.4 0.1 1.5 
38 HSP90 8 933 0.2 0.6 1.1 0.3 0.8 
39 IL-2Rγ 5 573 0.3 0.5 0.7 0.2 0.2 
40 Thymosin β4 19 186 0.3 1.9 3.4 0.1 1.6 
41 Ferritin 31 033 0.1 3.7 1.9 0.0 〈5.1〉 
43 BAP31/BAP29 9 919 0.6 1.0 1.1 0.4 1.3 
44 Annexin A2 12 178 0.1 3.1 〈4.8〉 0.1 2.2 
45 IDH3A 2 298 0.4 0.6 0.6 0.9 0.5 
46 MGST2 3 060 0.3 1.0 3.5 0.5 3.5 
49 Factor XIIIa 2 110 0.3 1.0 0.7 0.5 3.0 
50 GABARAP 9 150 0.1 1.4 1.3 0.2 2.0 
51 Serine/threonine kinase-15 2 595 0.4 1.3 1.6 0.7 1.4 
52 VAMP8 9 344 0.1 2.8 〈5.1〉 0.3 〈4.2〉 
53 Nicastrin 3 652 0.3 0.9 0.7 0.6 0.7 
54 Purinergic receptor 1 901 0.4 1.0 3.1 0.6 1.9 
55 ARHGDIB 23 059 0.1 0.2 1.0 0.1 2.0 
56 MAD homolog 2 2 167 0.5 0.9 0.8 0.6 0.7 
58 MHC-DMα 8 207 0.4 1.9 〈4.1〉 0.6 2.8 
59 FcERI 2 989 0.3 0.7 1.9 0.3 0.7 
60 MLN51 15 001 2.2 1.4 0.9 1.9 1.4 
61 DORA 5 405 0.3 0.9 〈4.0〉 0.4 1.8 
62 GTP-binding protein 3 838 0.2 1.0 1.1 0.6 0.7 
63 IRF4 2 005 0.5 〈7.9〉 2.2 〈9.3〉 0.4 
64 Crea2 2 318 0.4 0.8 1.3 0.6 0.5 
65 Crea8 1 985 0.8 1.1 1.3 1.6 2.1 
66 Crea11 1 805 0.3 3.3 12.9 0.6 0.7 
67 Crea12 1 199 0.7 1.4 0.7 1.9 0.5 
68 Crea13 3 469 0.4 5.0 17.1 0.5 0.8 
69 Crea14 2 892 3.4 3.0 5.0 2.1 2.5 
S1 CCR1 2 883 0.2 0.8 0.8 0.3 1.6 
S2 CCR7 9 952 0.1 3.1 1.5 0.1 0.1 
S3 DC-Lamp 3 440 0.3 〈7.4〉 〈6.3〉 0.4 0.4 
S4 E-cadherin 3 589 0.4 1.0 1.0 0.9 0.9 
S5 DEC205 (CD205) 2 831 0.2 2.9 1.6 0.8 0.7  
S6 Mannose receptor (CD206) 2 319 0.5 1.8 〈6.6〉 0.4 〈8.6〉 
S7 Langerin (CD207) 3 482 0.3 1.2 〈5.9〉 0.8 1.0 
S8 DC-sign (CD209) 2 305 0.3 1.0 0.8 0.4 0.9 
Gene no.NameBMT intensityRatio of DCs and BMTs (DCs/BMTs)
CD34+cellsMoDCsCD1a+DCsCD11c− DCsCD14+DCs
Day 9Day 18Day 0Day 18
1 α-tubulin 13 617 0.2 2.9 2.9 0.2 1.7 
2 S100B 3 416 0.7 0.9 〈28.6〉 0.7 〈5.6〉 
3 MMP12 1 420 0.9 0.7 〈4.9〉 0.5 0.3 
4 TARC 4 113 0.5 〈20.0〉 〈24.0〉 0.6 0.8 
5 MYPT1 3 805 0.4 1.0 2.0 0.4 〈4.9〉 
6 CD1B 3 107 0.4 2.4 〈17.6〉 0.8 1.5 
7 CD20-like 3 171 0.4 0.8 〈18.0〉 1.7 〈20.7〉 
8 Ig superfamily Z39Ig 2 016 0.4 0.9 2.9 0.6 〈16.4〉 
9 HLA-DQα 11 817 0.2 3.2 〈9.6〉 0.5 2.0 
10 GPNMB 3 290 0.5 1.7 1.2 0.8 〈5.0〉 
11 Eta-1 2 409 0.3 3.2 〈6.3〉 0.5 〈11.8〉 
12 FLAP 8 060 0.3 0.9 〈8.1〉 3.0 〈5.4〉 
13 MRC1 2 097 0.5 1.6 3.8 0.7 〈6.1〉 
15 MCP4 3 454 0.3 2.9 〈4.5〉 0.4 〈5.6〉 
16 HLA-DRα 22 066 0.7 2.2 3.8 2.4 1.3 
17 HLA-DRβ 20 288 0.2 0.7 2.7 1.2 1.4 
18 RNase1 3 684 0.2 1.6 1.1 0.4 〈11.5〉 
19 DRP-2 1 981 〈6.1〉 〈8.9〉 2.4 〈5.9〉 1.1 
22 Lysosomal acid lipase 2 801 0.3 〈4.2〉 〈8.1〉 0.3 〈6.1〉 
23 Cystatin A 3 317 0.2 0.8 〈17.4〉 0.3 〈4.3〉 
24 CD36 1 651 0.4 0.8 2.9 0.8 1.2 
25 ITF2 4 145 0.4 1.1 0.8 1.2 1.3 
26 MCP1 10 899 0.1 0.7 0.5 0.2 〈9.6〉 
28 TGFBI 3 179 0.4 1.8 3.4 1.5 〈9.2〉 
30 Calmodulin 6 950 0.9 〈5.1〉 1.8 0.4 1.6 
31 MDL-1 3 245 0.3 1.0 1.3 0.6 1.9 
33 β-tubulin 12 754 0.3 2.8 2.8 0.3 2.7 
34 BLNK 6 112 0.2 0.5 0.8 0.4 0.5 
35 PC4 9 653 0.2 0.4 0.9 0.2 0.4 
37 Enolase 1 14 759 0.1 3.8 1.4 0.1 1.5 
38 HSP90 8 933 0.2 0.6 1.1 0.3 0.8 
39 IL-2Rγ 5 573 0.3 0.5 0.7 0.2 0.2 
40 Thymosin β4 19 186 0.3 1.9 3.4 0.1 1.6 
41 Ferritin 31 033 0.1 3.7 1.9 0.0 〈5.1〉 
43 BAP31/BAP29 9 919 0.6 1.0 1.1 0.4 1.3 
44 Annexin A2 12 178 0.1 3.1 〈4.8〉 0.1 2.2 
45 IDH3A 2 298 0.4 0.6 0.6 0.9 0.5 
46 MGST2 3 060 0.3 1.0 3.5 0.5 3.5 
49 Factor XIIIa 2 110 0.3 1.0 0.7 0.5 3.0 
50 GABARAP 9 150 0.1 1.4 1.3 0.2 2.0 
51 Serine/threonine kinase-15 2 595 0.4 1.3 1.6 0.7 1.4 
52 VAMP8 9 344 0.1 2.8 〈5.1〉 0.3 〈4.2〉 
53 Nicastrin 3 652 0.3 0.9 0.7 0.6 0.7 
54 Purinergic receptor 1 901 0.4 1.0 3.1 0.6 1.9 
55 ARHGDIB 23 059 0.1 0.2 1.0 0.1 2.0 
56 MAD homolog 2 2 167 0.5 0.9 0.8 0.6 0.7 
58 MHC-DMα 8 207 0.4 1.9 〈4.1〉 0.6 2.8 
59 FcERI 2 989 0.3 0.7 1.9 0.3 0.7 
60 MLN51 15 001 2.2 1.4 0.9 1.9 1.4 
61 DORA 5 405 0.3 0.9 〈4.0〉 0.4 1.8 
62 GTP-binding protein 3 838 0.2 1.0 1.1 0.6 0.7 
63 IRF4 2 005 0.5 〈7.9〉 2.2 〈9.3〉 0.4 
64 Crea2 2 318 0.4 0.8 1.3 0.6 0.5 
65 Crea8 1 985 0.8 1.1 1.3 1.6 2.1 
66 Crea11 1 805 0.3 3.3 12.9 0.6 0.7 
67 Crea12 1 199 0.7 1.4 0.7 1.9 0.5 
68 Crea13 3 469 0.4 5.0 17.1 0.5 0.8 
69 Crea14 2 892 3.4 3.0 5.0 2.1 2.5 
S1 CCR1 2 883 0.2 0.8 0.8 0.3 1.6 
S2 CCR7 9 952 0.1 3.1 1.5 0.1 0.1 
S3 DC-Lamp 3 440 0.3 〈7.4〉 〈6.3〉 0.4 0.4 
S4 E-cadherin 3 589 0.4 1.0 1.0 0.9 0.9 
S5 DEC205 (CD205) 2 831 0.2 2.9 1.6 0.8 0.7  
S6 Mannose receptor (CD206) 2 319 0.5 1.8 〈6.6〉 0.4 〈8.6〉 
S7 Langerin (CD207) 3 482 0.3 1.2 〈5.9〉 0.8 1.0 
S8 DC-sign (CD209) 2 305 0.3 1.0 0.8 0.4 0.9 

DC-associated genes listed in Table 1 were further analyzed among the different DC subsets using HI380 microarray (Creagene). Genes are listed in abbreviated form according to the number used in Table 1, and some other genes of interest were added and numbered from S1 to S8. BMT intensity means the average signal intensity of B, monocyte, and T cells in 5 different experimental sets. The microarray was screened with probes prepared from each DC subset (purity more than 98%) and from BMTs without subtraction. The ratio of DC to BMT for each gene was determined from 2 different sets of experiments after background subtraction and normalization. For better contrast, values over 4 are shown between carats.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal