Table 3

SNPs from genes with a P value of .001 or less from the logistic regression or haplotype analyses

Gene*, SNPSNP results
AllelesMAF patientsMAF controlsPOR† (95% CI)SNPs in LR‡
CREB1       
    rs2551640 A/G 0.37 0.31 .009 1.30 (1.07, 1.59) — 
    rs2709359 G/A 0.021 0.037 .03 0.54 (0.30, 0.95) — 
    rs2709360 T/C 0.022 0.037 .05 0.57 (0.32, 1.00) × 
    rs2709402 C/A 0.17 0.22 .004 0.70 (0.56, 0.89) × 
    rs10932201 G/A 0.47 0.46 1.0 1.00 (0.83, 1.20) × 
    rs2551919 C/T 0.17 0.22 .002 0.69 (0.55, 0.88) — 
    rs3770704 T/C 0.016 0.009 .2 1.70 (0.73, 3.94) × 
FGG       
    rs1800792 A/G 0.51 0.42 .0002 1.44 (1.19, 1.73) × 
MAP3K5       
    rs2327742 A/G 0.19 0.14 .004 1.44 (1.12, 1.84) — 
    rs13203080 G/A 0.13 0.14 .2 0.85 (0.64, 1.11) — 
    rs7755097 T/C 0.18 0.14 .02 1.35 (1.05, 1.74) × 
    rs2327743 T/C 0.20 0.14 .002 1.48 (1.16, 1.89) — 
    rs2076262 T/C 0.02 0.00 .01 4.06 (1.34, 12.3) × 
    rs12164028 A/G 0.02 0.01 .02 3.08 (1.23, 7.71) × 
    rs2064205 C/T 0.38 0.38 .9 1.01 (0.84, 1.22) — 
    rs6906871 A/C 0.38 0.37 .7 1.03 (0.86, 1.24) — 
    rs2237269 G/C 0.16 0.17 .4 0.91 (0.71, 1.16) × 
    rs6904753 C/T 0.19 0.19 1.0 0.99 (0.79, 1.24) — 
    rs3765259 C/T 0.53 0.48 .08 1.17 (0.98, 1.39) × 
    rs9402839 G/A 0.10 0.11 .5 0.89 (0.65, 1.22) — 
    rs4363056 T/C 0.42 0.38 .09 1.18 (0.98, 1.42) — 
    rs7753357 T/A 0.07 0.09 .05 0.71 (0.51, 1.00) — 
    rs7748892 A/G 0.04 0.04 1.0 1.01 (0.63, 1.62) × 
    rs6570087 C/A 0.03 0.04 .3 0.74 (0.42, 1.27) × 
    rs10484491 A/G 0.49 0.46 .3 1.10 (0.91, 1.32) × 
    rs4896219 A/C 0.48 0.48 .9 1.02 (0.85, 1.22) × 
    rs932589 G/A 0.40 0.41 .6 0.95 (0.78, 1.15) × 
    rs9402845 G/A 0.38 0.39 .9 0.98 (0.82, 1.18) × 
    rs1570054 C/T 0.36 0.38 .4 0.91 (0.75, 1.11) × 
RIPK3       
    rs3212254 C/A 0.04 0.07 .004 0.55 (0.37, 0.82) × 
    rs724165 A/G 0.40 0.44 0.1 0.87 (0.72, 1.05) × 
    rs3212247 T/C 0.06 0.08 0.1 0.75 (0.52, 1.07) — 
    rs3212243 A/G 0.28 0.24 0.07 1.22 (0.99, 1.50) × 
LSP1       
    rs2089910 C/T 0.26 0.19 .0005 1.49 (1.19, 1.86) × 
    rs3817197 G/A 0.50 0.47 0.2 1.13 (0.93, 1.36) × 
TRAF1       
    rs4836834 A/T 0.45 0.41 .03 1.22 (1.02, 1.47) × 
    rs2269059 T/A 0.11 0.065 .0007 1.78 (1.28, 2.48) × 
    rs1930781 A/G 0.34 0.34 .8 1.02 (0.84, 1.24) — 
    rs3761846 T/C 0.45 0.40 .02 1.24 (1.03, 1.50) — 
    rs2416806 C/G 0.34 0.33 .8 1.03 (0.85, 1.25) — 
DUSP2       
    rs1724120 G/A 0.37 0.44 .001 0.74 (0.61, 0.89) × 
ITGB3       
    rs2317385 C/T 0.16 0.18 .6 0.93 (0.73, 1.19) — 
    rs2056131 C/T 0.34 0.30 .1 1.17 (0.96, 1.42) × 
    rs4525555 C/T 0.31 0.34 .1 0.87 (0.72, 1.05) — 
    rs10514919 G/T 0.23 0.29 .001 0.71 (0.58, 0.87) — 
    rs8073827 G/T 0.28 0.33 .03 0.80 (0.66, 0.97) — 
    rs3851806 G/C 0.17 0.18 .4 0.90 (0.70, 1.15) — 
    rs5918 T/C 0.13 0.18 .001 0.66 (0.52, 0.85) — 
    rs5919 T/C 0.08 0.05 .004 1.77 (1.20, 2.60) × 
    rs951351 C/T 0.04 0.04 .8 1.07 (0.67, 1.71) — 
    rs2292863 G/C 0.27 0.33 .002 0.73 (0.60, 0.90) — 
    rs3785872 G/A 0.10 0.11 .5 0.89 (0.66, 1.22) × 
    rs3809863 C/T 0.48 0.47 .5 1.06 (0.89, 1.27) × 
Gene*, SNPSNP results
AllelesMAF patientsMAF controlsPOR† (95% CI)SNPs in LR‡
CREB1       
    rs2551640 A/G 0.37 0.31 .009 1.30 (1.07, 1.59) — 
    rs2709359 G/A 0.021 0.037 .03 0.54 (0.30, 0.95) — 
    rs2709360 T/C 0.022 0.037 .05 0.57 (0.32, 1.00) × 
    rs2709402 C/A 0.17 0.22 .004 0.70 (0.56, 0.89) × 
    rs10932201 G/A 0.47 0.46 1.0 1.00 (0.83, 1.20) × 
    rs2551919 C/T 0.17 0.22 .002 0.69 (0.55, 0.88) — 
    rs3770704 T/C 0.016 0.009 .2 1.70 (0.73, 3.94) × 
FGG       
    rs1800792 A/G 0.51 0.42 .0002 1.44 (1.19, 1.73) × 
MAP3K5       
    rs2327742 A/G 0.19 0.14 .004 1.44 (1.12, 1.84) — 
    rs13203080 G/A 0.13 0.14 .2 0.85 (0.64, 1.11) — 
    rs7755097 T/C 0.18 0.14 .02 1.35 (1.05, 1.74) × 
    rs2327743 T/C 0.20 0.14 .002 1.48 (1.16, 1.89) — 
    rs2076262 T/C 0.02 0.00 .01 4.06 (1.34, 12.3) × 
    rs12164028 A/G 0.02 0.01 .02 3.08 (1.23, 7.71) × 
    rs2064205 C/T 0.38 0.38 .9 1.01 (0.84, 1.22) — 
    rs6906871 A/C 0.38 0.37 .7 1.03 (0.86, 1.24) — 
    rs2237269 G/C 0.16 0.17 .4 0.91 (0.71, 1.16) × 
    rs6904753 C/T 0.19 0.19 1.0 0.99 (0.79, 1.24) — 
    rs3765259 C/T 0.53 0.48 .08 1.17 (0.98, 1.39) × 
    rs9402839 G/A 0.10 0.11 .5 0.89 (0.65, 1.22) — 
    rs4363056 T/C 0.42 0.38 .09 1.18 (0.98, 1.42) — 
    rs7753357 T/A 0.07 0.09 .05 0.71 (0.51, 1.00) — 
    rs7748892 A/G 0.04 0.04 1.0 1.01 (0.63, 1.62) × 
    rs6570087 C/A 0.03 0.04 .3 0.74 (0.42, 1.27) × 
    rs10484491 A/G 0.49 0.46 .3 1.10 (0.91, 1.32) × 
    rs4896219 A/C 0.48 0.48 .9 1.02 (0.85, 1.22) × 
    rs932589 G/A 0.40 0.41 .6 0.95 (0.78, 1.15) × 
    rs9402845 G/A 0.38 0.39 .9 0.98 (0.82, 1.18) × 
    rs1570054 C/T 0.36 0.38 .4 0.91 (0.75, 1.11) × 
RIPK3       
    rs3212254 C/A 0.04 0.07 .004 0.55 (0.37, 0.82) × 
    rs724165 A/G 0.40 0.44 0.1 0.87 (0.72, 1.05) × 
    rs3212247 T/C 0.06 0.08 0.1 0.75 (0.52, 1.07) — 
    rs3212243 A/G 0.28 0.24 0.07 1.22 (0.99, 1.50) × 
LSP1       
    rs2089910 C/T 0.26 0.19 .0005 1.49 (1.19, 1.86) × 
    rs3817197 G/A 0.50 0.47 0.2 1.13 (0.93, 1.36) × 
TRAF1       
    rs4836834 A/T 0.45 0.41 .03 1.22 (1.02, 1.47) × 
    rs2269059 T/A 0.11 0.065 .0007 1.78 (1.28, 2.48) × 
    rs1930781 A/G 0.34 0.34 .8 1.02 (0.84, 1.24) — 
    rs3761846 T/C 0.45 0.40 .02 1.24 (1.03, 1.50) — 
    rs2416806 C/G 0.34 0.33 .8 1.03 (0.85, 1.25) — 
DUSP2       
    rs1724120 G/A 0.37 0.44 .001 0.74 (0.61, 0.89) × 
ITGB3       
    rs2317385 C/T 0.16 0.18 .6 0.93 (0.73, 1.19) — 
    rs2056131 C/T 0.34 0.30 .1 1.17 (0.96, 1.42) × 
    rs4525555 C/T 0.31 0.34 .1 0.87 (0.72, 1.05) — 
    rs10514919 G/T 0.23 0.29 .001 0.71 (0.58, 0.87) — 
    rs8073827 G/T 0.28 0.33 .03 0.80 (0.66, 0.97) — 
    rs3851806 G/C 0.17 0.18 .4 0.90 (0.70, 1.15) — 
    rs5918 T/C 0.13 0.18 .001 0.66 (0.52, 0.85) — 
    rs5919 T/C 0.08 0.05 .004 1.77 (1.20, 2.60) × 
    rs951351 C/T 0.04 0.04 .8 1.07 (0.67, 1.71) — 
    rs2292863 G/C 0.27 0.33 .002 0.73 (0.60, 0.90) — 
    rs3785872 G/A 0.10 0.11 .5 0.89 (0.66, 1.22) × 
    rs3809863 C/T 0.48 0.47 .5 1.06 (0.89, 1.27) × 

LR indicates logistic regression; and —, not applicable.

*

Gene name as defined in Entrez Gene.

†

Ordinal OR, adjusted for age and sex.

‡

SNPs (×) included in the logistic regression model.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal