Table 4.

Patient LBP haplotypes in the discovery cohort and their associated risk of significant airflow decline after transplantation

tagSNPs
Haplotype frequencies
Haplotype
541
1598
1756
5584
7400
13506
17002
25276
28559
33158
Controls
Cases
Odds ratio (95% CI)
P values
All patients               
1   C   A   A   G   T   G   G   C   T   T   0.325   0.265   Referent   —  
2   T   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.224   0.259   1.44 (0.94-2.19)   .091  
3   C   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.061   0.06   1.42 (0.72-2.79)   .312  
4   C   A   A   G   T   G   G   C   T   C   0.051   0.05   1.27 (0.54-2.95)   .586  
5   C   T   G   G   C   G   A   C   T   C   0.051   0.05   1.14 (0.55-2.37)   .724  
6   C   A   A   G   T   G   G   C   A   T   0.037   0.04   1.38 (0.61-3.13)   .445  
7   C   A   A   G   T   G   A   C   T   C   0.037   0.01   0.55 (0.19-1.54)   .254  
8 T A A G T T A T T C 0.035 0.077 2.8 (1.24-6.34) .014 
9   C   T   A   G   T   G   A   C   T   C   0.019   0.015   1.19 (0.27-5.3)   .824  
10   C   T   G   G   C   G   A   C   T   T   0.008   0.028   4.8 (0.88-26.11)   .069  
White patients only               
1   C   A   A   G   T   G   G   C   T   T   0.337   0.274   Referent   —  
2   T   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.225   0.263   1.38 (0.89-2.13)   .149  
3   C   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.063   0.067   1.52 (0.77-3.02)   .23  
4   C   T   G   G   C   G   A   C   T   C   0.05   0.051   1.08 (0.52-2.24)   .838  
5   C   A   A   G   T   G   G   C   T   C   0.05   0.047   1.14 (0.46-2.88)   .775  
6 T A A G T T A T T C 0.04 0.083 2.62 (1.15-5.94) .022 
7   C   A   A   G   T   G   A   C   T   C   0.037   0.011   0.71 (0.26-1.95)   .509  
8   C   A   A   G   T   G   G   C   A   T   0.036   0.038   1.24 (0.52-2.95)   .624  
Donors               
1   C   A   A   G   T   G   G   C   T   T   0.299   0.264   Referent   —  
2   T   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.231   0.273   1.32 (0.87-1.99)   .194  
3   C   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.07   0.047   0.76 (0.36-1.58)   .458  
4   C   A   A   G   T   G   G   C   T   C   0.057   0.06   1.22 (0.61-2.46)   .571  
5   C   A   A   G   T   G   G   C   A   T   0.046   0.042   1.05 (0.43-2.6)   .913  
6   C   A   A   G   T   G   A   C   T   C   0.036   0   0.28 (0.06-1.33)   .11  
7   T   A   A   G   T   T   A   T   T   C   0.035   0.065   2.2 (0.98-4.91)   .055  
8   C   T   G   G   C   G   A   C   T   C   0.035   0.053   1.94 (0.82-4.59)   .129  
9   C   T   A   G   T   G   A   C   T   C   0.024   0.018   0.94 (0.26-3.38)   .921  
10
 		 T
 		 A
 		 G
 		 A
 		 C
 		 G
 		 G
 		 C
 		 T
 		 C
 		 0.02
 		 0.014
 		 0.71 (0.18-2.88)
 		 .635
 
tagSNPs
Haplotype frequencies
Haplotype
541
1598
1756
5584
7400
13506
17002
25276
28559
33158
Controls
Cases
Odds ratio (95% CI)
P values
All patients               
1   C   A   A   G   T   G   G   C   T   T   0.325   0.265   Referent   —  
2   T   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.224   0.259   1.44 (0.94-2.19)   .091  
3   C   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.061   0.06   1.42 (0.72-2.79)   .312  
4   C   A   A   G   T   G   G   C   T   C   0.051   0.05   1.27 (0.54-2.95)   .586  
5   C   T   G   G   C   G   A   C   T   C   0.051   0.05   1.14 (0.55-2.37)   .724  
6   C   A   A   G   T   G   G   C   A   T   0.037   0.04   1.38 (0.61-3.13)   .445  
7   C   A   A   G   T   G   A   C   T   C   0.037   0.01   0.55 (0.19-1.54)   .254  
8 T A A G T T A T T C 0.035 0.077 2.8 (1.24-6.34) .014 
9   C   T   A   G   T   G   A   C   T   C   0.019   0.015   1.19 (0.27-5.3)   .824  
10   C   T   G   G   C   G   A   C   T   T   0.008   0.028   4.8 (0.88-26.11)   .069  
White patients only               
1   C   A   A   G   T   G   G   C   T   T   0.337   0.274   Referent   —  
2   T   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.225   0.263   1.38 (0.89-2.13)   .149  
3   C   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.063   0.067   1.52 (0.77-3.02)   .23  
4   C   T   G   G   C   G   A   C   T   C   0.05   0.051   1.08 (0.52-2.24)   .838  
5   C   A   A   G   T   G   G   C   T   C   0.05   0.047   1.14 (0.46-2.88)   .775  
6 T A A G T T A T T C 0.04 0.083 2.62 (1.15-5.94) .022 
7   C   A   A   G   T   G   A   C   T   C   0.037   0.011   0.71 (0.26-1.95)   .509  
8   C   A   A   G   T   G   G   C   A   T   0.036   0.038   1.24 (0.52-2.95)   .624  
Donors               
1   C   A   A   G   T   G   G   C   T   T   0.299   0.264   Referent   —  
2   T   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.231   0.273   1.32 (0.87-1.99)   .194  
3   C   A   A   G   C   G   A   C   T   C   0.07   0.047   0.76 (0.36-1.58)   .458  
4   C   A   A   G   T   G   G   C   T   C   0.057   0.06   1.22 (0.61-2.46)   .571  
5   C   A   A   G   T   G   G   C   A   T   0.046   0.042   1.05 (0.43-2.6)   .913  
6   C   A   A   G   T   G   A   C   T   C   0.036   0   0.28 (0.06-1.33)   .11  
7   T   A   A   G   T   T   A   T   T   C   0.035   0.065   2.2 (0.98-4.91)   .055  
8   C   T   G   G   C   G   A   C   T   C   0.035   0.053   1.94 (0.82-4.59)   .129  
9   C   T   A   G   T   G   A   C   T   C   0.024   0.018   0.94 (0.26-3.38)   .921  
10
 		 T
 		 A
 		 G
 		 A
 		 C
 		 G
 		 G
 		 C
 		 T
 		 C
 		 0.02
 		 0.014
 		 0.71 (0.18-2.88)
 		 .635
 

For all patients, n = 363; for white patients, n = 320; for donors, n = 363. Haplotypes with a P ≤ .05 are shown in italics. All haplotypes were analyzed in multivariate models that included age at transplantation, pretransplantation; FEV1, extent of GVHD, and duration of follow-up as covariates.

— indicates no P value for the group.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal