Table 2.

Patient BPI haplotypes in the discovery and validation cohorts and their associated risk of significant airflow decline after transplantation

tagSNPs
Haplotype frequencies
Haplotype
2738
7258
9083
10214
17016
23356
33065
36045
Controls
Cases
Odds ratio (95% CI)
P values
Discovery cohort: all patients             
1   C   G   G   A   A   T   G   G   0.251   0.183   Referent   —  
2   G   A   G   A   G   C   A   A   0.137   0.123   1.22 (0.68-2.21)   .506  
3   C   A   G   A   G   C   A   A   0.095   0.105   1.55 (0.84-2.84)   .157  
4   C   A   G   A   G   C   G   G   0.081   0.083   1.27 (0.64-2.5)   .491  
5   C   G   C   A   A   C   G   G   0.06   0.06   1.48 (0.67-3.28)   .333  
6 C G G A A T A A 0.054 0.102 3.1 (1.44-6.68) .004 
7   C   G   C   A   A   T   G   G   0.041   0.025   1.03 (0.35-3.02)   .956  
8   C   G   G   G   G   C   A   G   0.041   0.042   1.22 (0.54-2.77)   .636  
9   C   G   G   G   G   C   A   A   0.035   0.041   1.66 (0.64-4.19)   .281  
10   C   G   G   G   G   C   G   G   0.026   0.031   2.31 (0.86-6.18)   .095  
11   C   A   G   A   G   C   A   G   0.024   0.035   2.68 (0.9-8.0)   .077  
12   C   G   G   A   A   C   A   G   0.019   0.006   0.27 (0.02-3.99)   .343  
13 C G G A A C A A 0.018 0.041 3.28 (1.07-10.07) .038 
14   G   A   G   A   G   C   G   G   0.016   0.034   3.0 (0.94-9.54)   .063  
Discovery cohort: white patients only             
1   C   G   G   A   A   T   G   G   0.247   0.183   Referent   —  
2   G   A   G   A   G   C   A   A   0.143   0.128   1.2 (0.65-2.2)   .568  
3   C   A   G   A   G   C   A   A   0.098   0.108   1.67 (0.9-3.1)   .102  
4   C   A   G   A   G   C   G   G   0.079   0.083   1.25 (0.61-2.55)   .536  
5   C   G   C   A   A   C   G   G   0.066   0.071   1.61 (0.75-3.47)   .225  
6 C G G A A T A A 0.058 0.099 2.77 (1.27-6.07) .011 
7   C   G   G   G   G   C   A   G   0.047   0.044   1.15 (0.5-2.68)   .741  
8   C   G   C   A   A   T   G   G   0.041   0.023   0.9 (0.29-2.82)   .861  
9   C   A   G   A   G   C   A   G   0.029   0.036   1.72 (0.58-5.15)   .329  
10   C   G   G   G   G   C   A   A   0.029   0.034   1.51 (0.5-4.54)   .462  
11   C   G   G   G   G   C   G   G   0.026   0.028   2.14 (0.77-5.93)   .144  
12   C   G   G   A   A   C   A   G   0.022   0.006   0.31 (0.02-4.24)   .382  
13 G A G A G C G G 0.021 0.047 3.07 (0.99-9.5) .051 
14   C   G   G   A   A   C   A   A   0.017   0.04   2.95 (0.89-9.85)   .078  
Validation cohort: all patients             
1   C   G   G   A   A   T   G   G   0.238   0.133   Referent   —  
2 G A G A G C A A 0.12 0.191 2.83 (1.25-6.38) .013 
3   C   A   G   A   G   C   G   G   0.098   0.103   1.71 (0.57-5.14)   .343  
4   C   A   G   A   G   C   A   A   0.088   0.037   1.0 (0.36-2.78)   .994  
5   C   G   G   A   A   T   A   A   0.074   0.043   1.24 (0.34-4.5)   .742  
6   C   G   G   A   A   C   A   G   0.046   0.041   1.41 (0.35-5.72)   .629  
7 C G G G G C A A 0.043 0.08 3.28 (1.14-9.44) .027 
8   C   G   C   A   A   C   G   G   0.036   0.064   1.82 (0.52-6.35)   .345  
9 C G C A A T G G 0.031 0.04 4.57 (1.16-17.95) .03 
10   G   A   G   A   G   C   G   G   0.025   0.036   2.29 (0.51-10.33)   .282  
11
 		C
 		G
 		G
 		G
 		G
 		C
 		A
 		G
 		0.018
 		0.043
 		5.5 (1.24-24.38)
 		.025
 
tagSNPs
Haplotype frequencies
Haplotype
2738
7258
9083
10214
17016
23356
33065
36045
Controls
Cases
Odds ratio (95% CI)
P values
Discovery cohort: all patients             
1   C   G   G   A   A   T   G   G   0.251   0.183   Referent   —  
2   G   A   G   A   G   C   A   A   0.137   0.123   1.22 (0.68-2.21)   .506  
3   C   A   G   A   G   C   A   A   0.095   0.105   1.55 (0.84-2.84)   .157  
4   C   A   G   A   G   C   G   G   0.081   0.083   1.27 (0.64-2.5)   .491  
5   C   G   C   A   A   C   G   G   0.06   0.06   1.48 (0.67-3.28)   .333  
6 C G G A A T A A 0.054 0.102 3.1 (1.44-6.68) .004 
7   C   G   C   A   A   T   G   G   0.041   0.025   1.03 (0.35-3.02)   .956  
8   C   G   G   G   G   C   A   G   0.041   0.042   1.22 (0.54-2.77)   .636  
9   C   G   G   G   G   C   A   A   0.035   0.041   1.66 (0.64-4.19)   .281  
10   C   G   G   G   G   C   G   G   0.026   0.031   2.31 (0.86-6.18)   .095  
11   C   A   G   A   G   C   A   G   0.024   0.035   2.68 (0.9-8.0)   .077  
12   C   G   G   A   A   C   A   G   0.019   0.006   0.27 (0.02-3.99)   .343  
13 C G G A A C A A 0.018 0.041 3.28 (1.07-10.07) .038 
14   G   A   G   A   G   C   G   G   0.016   0.034   3.0 (0.94-9.54)   .063  
Discovery cohort: white patients only             
1   C   G   G   A   A   T   G   G   0.247   0.183   Referent   —  
2   G   A   G   A   G   C   A   A   0.143   0.128   1.2 (0.65-2.2)   .568  
3   C   A   G   A   G   C   A   A   0.098   0.108   1.67 (0.9-3.1)   .102  
4   C   A   G   A   G   C   G   G   0.079   0.083   1.25 (0.61-2.55)   .536  
5   C   G   C   A   A   C   G   G   0.066   0.071   1.61 (0.75-3.47)   .225  
6 C G G A A T A A 0.058 0.099 2.77 (1.27-6.07) .011 
7   C   G   G   G   G   C   A   G   0.047   0.044   1.15 (0.5-2.68)   .741  
8   C   G   C   A   A   T   G   G   0.041   0.023   0.9 (0.29-2.82)   .861  
9   C   A   G   A   G   C   A   G   0.029   0.036   1.72 (0.58-5.15)   .329  
10   C   G   G   G   G   C   A   A   0.029   0.034   1.51 (0.5-4.54)   .462  
11   C   G   G   G   G   C   G   G   0.026   0.028   2.14 (0.77-5.93)   .144  
12   C   G   G   A   A   C   A   G   0.022   0.006   0.31 (0.02-4.24)   .382  
13 G A G A G C G G 0.021 0.047 3.07 (0.99-9.5) .051 
14   C   G   G   A   A   C   A   A   0.017   0.04   2.95 (0.89-9.85)   .078  
Validation cohort: all patients             
1   C   G   G   A   A   T   G   G   0.238   0.133   Referent   —  
2 G A G A G C A A 0.12 0.191 2.83 (1.25-6.38) .013 
3   C   A   G   A   G   C   G   G   0.098   0.103   1.71 (0.57-5.14)   .343  
4   C   A   G   A   G   C   A   A   0.088   0.037   1.0 (0.36-2.78)   .994  
5   C   G   G   A   A   T   A   A   0.074   0.043   1.24 (0.34-4.5)   .742  
6   C   G   G   A   A   C   A   G   0.046   0.041   1.41 (0.35-5.72)   .629  
7 C G G G G C A A 0.043 0.08 3.28 (1.14-9.44) .027 
8   C   G   C   A   A   C   G   G   0.036   0.064   1.82 (0.52-6.35)   .345  
9 C G C A A T G G 0.031 0.04 4.57 (1.16-17.95) .03 
10   G   A   G   A   G   C   G   G   0.025   0.036   2.29 (0.51-10.33)   .282  
11
 		C
 		G
 		G
 		G
 		G
 		C
 		A
 		G
 		0.018
 		0.043
 		5.5 (1.24-24.38)
 		.025
 

For discovery cohort, n = 363; for white patients, n = 320; for validation cohort, n = 209. Haplotypes with a P ≤ .05 are shown in italics. All haplotypes were analyzed in multivariate models that included age at transplantation, pretransplantation FEV1, extent of GVHD and duration of follow-up as covariates.

CI indicates confidence interval; —, no P value for the group.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal