Table 2.

Novel regions associated with fibrinogen in single-variant test

SNPCHRPOS (b38)EANEAEAFβ∗SEP valueQ P valueNo. (samples)DirectionGene regionTop variant consequencede Vries et al 2015
β∗P valueR2
rs149290349 2 43 224 818 A G 0.068 0.036 0.005 9.62E-12 .102 163 060 +−−+ ZFP36L2; THADA; PLEKHH2 Missense (ZFP36L2) 0.008 9.70E-06 0.87 
rs60064064 2 233 460 824 A G 0.089 −0.028 0.005 3.90E-09 .018 150 506 −−+− SAG; DGKD; USP40 Intronic (DGKD) −0.004 8.26E-03 0.90 
rs35053471 3 47 083 271 A T 0.365 0.018 0.003 1.55E-10 .873 163 912 ++++ CCDC12; NBEAL2; SETD2 Intronic (SETD2) 0.005 5.61E-07 0.86 
rs10936662 3 170 860 674 A T 0.169 0.022 0.004 6.81E-10 .408 163 912 ++−+ RPL22L1; EIF5A2; SLC2A2 Intergenic 0.005 2.18E-04 0.91 
rs4565087 4 38 761 482 C T 0.369 0.017 0.003 1.97E-09 .782 157 981 ++−+ KLF3; TLR10; TLR1; TLR6 Intergenic 0.005 2.75E-07 0.92 
rs157512 5 56 513 300 C T 0.238 0.022 0.003 2.13E-12 .140 163 912 ++++ LINC01948; C5orf67 Intronic (C5orf67) 0.004 4.66E-04 0.97 
rs9376090 6 135 090 090 C T 0.235 −0.019 0.003 1.63E-09 .622 147 776 −−−− HBS1L Intergenic −0.005 4.97E-06 0.98 
rs6470350 8 125 315 303 G A 0.511 0.019 0.003 1.91E-11 .281 148 283 ++−+ NSMCE2 Intronic 0.004 6.15E-05 0.99 
rs1543725 10 30 409 944 A G 0.408 0.018 0.003 1.35E-10 .713 161 181 ++++ CCND3P1; MAP3K8 Intergenic 0.004 3.50E-05 0.94 
rs7298698 12 103 127 106 C T 0.481 0.019 0.003 1.99E-12 .463 161 688 +−++ AC068643; C12orf42 Intronic (C12orf42) 0.005 1.29E-07 0.99 
rs2239222 14 72 545 177 G A 0.376 −0.018 0.003 1.53E-10 .002 147 776 −−−− RGS6 Intronic (RGS6) −0.005 4.79E-07 0.95 
rs17580 14 94 380 925 A T 0.039 0.045 0.007 3.70E-10 .291 163 770 ++−+ SERPINA6; SERPINA1 Missense (SERPINA1) 0.011 6.56E-07 0.70 
rs4334315 16 79 722 300 T A 0.303 0.020 0.003 2.21E-11 .723 163 912 ++++ LINC01229; MAFTRR Intronic (LINC01229 and MAFTRR) 0.005 2.84E-06 0.83 
rs11077357 17 78 347 520 C G 0.767 0.023 0.004 1.35E-10 .706 147 384 ++−+ SOCS3 Intergenic 0.006 7.41E-04 0.49 
rs7507218 19 18 525 110 A G 0.220 0.020 0.003 1.04E-09 .568 163 909 ++++ SSBP4; ISYNA1; ELL; FKBP8 Intergenic 0.004 6.68E-04 0.92 
rs1672981 19 35 056 147 C T 0.916 0.034 0.005 4.07E-10 .136 148 280 +−++ HPN; HPN-AS1 Intronic (HPN) 0.007 2.48E-04 0.95 
rs34934360 19 45 895 731 G A 0.112 −0.027 0.004 2.79E-10 .996 150 507 −−−− FOXA3; IRF2BP1; MYPOP; NANOS2 Intronic (MYPOP) −0.007 4.37E-07 0.90 
rs1415771 20 35 146 690 A G 0.471 −0.017 0.003 1.20E-09 .441 147 776 −−−− EDEM2; PROCR Intronic (EDEM2) −0.002 3.38E-02 1.00 
SNPCHRPOS (b38)EANEAEAFβ∗SEP valueQ P valueNo. (samples)DirectionGene regionTop variant consequencede Vries et al 2015
β∗P valueR2
rs149290349 2 43 224 818 A G 0.068 0.036 0.005 9.62E-12 .102 163 060 +−−+ ZFP36L2; THADA; PLEKHH2 Missense (ZFP36L2) 0.008 9.70E-06 0.87 
rs60064064 2 233 460 824 A G 0.089 −0.028 0.005 3.90E-09 .018 150 506 −−+− SAG; DGKD; USP40 Intronic (DGKD) −0.004 8.26E-03 0.90 
rs35053471 3 47 083 271 A T 0.365 0.018 0.003 1.55E-10 .873 163 912 ++++ CCDC12; NBEAL2; SETD2 Intronic (SETD2) 0.005 5.61E-07 0.86 
rs10936662 3 170 860 674 A T 0.169 0.022 0.004 6.81E-10 .408 163 912 ++−+ RPL22L1; EIF5A2; SLC2A2 Intergenic 0.005 2.18E-04 0.91 
rs4565087 4 38 761 482 C T 0.369 0.017 0.003 1.97E-09 .782 157 981 ++−+ KLF3; TLR10; TLR1; TLR6 Intergenic 0.005 2.75E-07 0.92 
rs157512 5 56 513 300 C T 0.238 0.022 0.003 2.13E-12 .140 163 912 ++++ LINC01948; C5orf67 Intronic (C5orf67) 0.004 4.66E-04 0.97 
rs9376090 6 135 090 090 C T 0.235 −0.019 0.003 1.63E-09 .622 147 776 −−−− HBS1L Intergenic −0.005 4.97E-06 0.98 
rs6470350 8 125 315 303 G A 0.511 0.019 0.003 1.91E-11 .281 148 283 ++−+ NSMCE2 Intronic 0.004 6.15E-05 0.99 
rs1543725 10 30 409 944 A G 0.408 0.018 0.003 1.35E-10 .713 161 181 ++++ CCND3P1; MAP3K8 Intergenic 0.004 3.50E-05 0.94 
rs7298698 12 103 127 106 C T 0.481 0.019 0.003 1.99E-12 .463 161 688 +−++ AC068643; C12orf42 Intronic (C12orf42) 0.005 1.29E-07 0.99 
rs2239222 14 72 545 177 G A 0.376 −0.018 0.003 1.53E-10 .002 147 776 −−−− RGS6 Intronic (RGS6) −0.005 4.79E-07 0.95 
rs17580 14 94 380 925 A T 0.039 0.045 0.007 3.70E-10 .291 163 770 ++−+ SERPINA6; SERPINA1 Missense (SERPINA1) 0.011 6.56E-07 0.70 
rs4334315 16 79 722 300 T A 0.303 0.020 0.003 2.21E-11 .723 163 912 ++++ LINC01229; MAFTRR Intronic (LINC01229 and MAFTRR) 0.005 2.84E-06 0.83 
rs11077357 17 78 347 520 C G 0.767 0.023 0.004 1.35E-10 .706 147 384 ++−+ SOCS3 Intergenic 0.006 7.41E-04 0.49 
rs7507218 19 18 525 110 A G 0.220 0.020 0.003 1.04E-09 .568 163 909 ++++ SSBP4; ISYNA1; ELL; FKBP8 Intergenic 0.004 6.68E-04 0.92 
rs1672981 19 35 056 147 C T 0.916 0.034 0.005 4.07E-10 .136 148 280 +−++ HPN; HPN-AS1 Intronic (HPN) 0.007 2.48E-04 0.95 
rs34934360 19 45 895 731 G A 0.112 −0.027 0.004 2.79E-10 .996 150 507 −−−− FOXA3; IRF2BP1; MYPOP; NANOS2 Intronic (MYPOP) −0.007 4.37E-07 0.90 
rs1415771 20 35 146 690 A G 0.471 −0.017 0.003 1.20E-09 .441 147 776 −−−− EDEM2; PROCR Intronic (EDEM2) −0.002 3.38E-02 1.00 

CHR, chromosome; direction, effect direction from CHARGE EUR only, CHARGE AFR only, CHARGE HIS only, and TOPMed; EA, effect allele; EAF, effect allele frequency; NEA, noneffect allele; POS (b38), position in build 38; R2, imputation quality.

∗Absolute value of effect sizes (β) is not comparable between this study and de Vries et al due to differences in trait transformations before GWAS; deVries et al sample size = 120 246 (mean = 118 670, minimum = 102 767).

[ViewLarge]
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal