Table 3.

Location of the top 10 CIS detected by TES and LAM-PCR

RankEventsChrMean integration locusDimension (bp)GeneEntropy
TES 1∗  740 28 14066254 30 324 KCNIP2 0.90 
 2∗  521 X 123771584 25 052 CLIC2 0.94 
 3∗  373 14 16288512 37 578 ABCB1 0.94 
 4∗  361 X 122970340 146 353 F8 0.90 
 5 69 5 75600480 17 415 LOC479649 0.88 
 6 30 13 62161330 16 400 ALB 0.90 
 7 26 4 14746173 72 601 MIR1296 0.93 
 8 25 1 121363006 948 MIR578 0.97 
 9 18 13 32788006 754 MIR30D 0.99 
 10 15 6 43486296 3 975 MIR8880 0.67 
LAM-PCR 1∗  45 28 14062005 11 015 KCNIP2 0.87 
 2∗  29 X 123771226 16 893 CLIC2 0.93 
 3∗  11 14 16281704 7 201 ABCB1 0.99 
 4∗  10 X 122948039 80 519 F8 0.88 
RankEventsChrMean integration locusDimension (bp)GeneEntropy
TES 1∗  740 28 14066254 30 324 KCNIP2 0.90 
 2∗  521 X 123771584 25 052 CLIC2 0.94 
 3∗  373 14 16288512 37 578 ABCB1 0.94 
 4∗  361 X 122970340 146 353 F8 0.90 
 5 69 5 75600480 17 415 LOC479649 0.88 
 6 30 13 62161330 16 400 ALB 0.90 
 7 26 4 14746173 72 601 MIR1296 0.93 
 8 25 1 121363006 948 MIR578 0.97 
 9 18 13 32788006 754 MIR30D 0.99 
 10 15 6 43486296 3 975 MIR8880 0.67 
LAM-PCR 1∗  45 28 14062005 11 015 KCNIP2 0.87 
 2∗  29 X 123771226 16 893 CLIC2 0.93 
 3∗  11 14 16281704 7 201 ABCB1 0.99 
 4∗  10 X 122948039 80 519 F8 0.88 

Chr, chromosome; entropy, contribution of CIS within individual or different samples, this ranges from 0 to 1, reflecting homogeneous (ie, low values found in a single sample) to heterogeneous (ie, high values found in several samples) CIS. High entropy values within this study signify the heterogeneous nature of the CIS.

∗

CIS seen in both sequencing methodologies.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal