Table 2.

BTK and PLCG2 hotspot mutations in relapsed and responsive cohorts, assessed by both HaloPlex NGS and ddPCR analysis

Patient IDCohort% CD19+ in sampleBTK hotspot mutationsPLCG2 hotspot mutations
Coding DNA descriptionProtein descriptionStandard NGS VAF (%)Per base NGS VAF (%)ddPCR VAF (%)Coding DNA descriptionProtein descriptionStandard NGS VAF (%)Per base NGS VAF (%)Time on ibrutinib at sampling (months)
1 Relapsed 99 c.1442G>C p.C481S 79.5 79.5 85.0 c.3418G>A p.D1140N 3.9 3.9 46 
   c.1441T>A p.C481S 2.6 2.6 11      
   c.1442G>A p.C481Y ND 0.5 not tested      
   c.1441T>C p.C481R ND 0.3 not tested c.2977G>T p.D993Y ND 0.9  
        c.3422T>A p.M1141K ND 0.4  
2 Relapsed >90 c.1441T>A p.C481S 53.4 53.7 65 c.2978A>G p.D993G 7.9 7.8 12 
   c.1442G>C p.C481S 12.8 12.8 30.7 c.2977G>T p.D993Y 4.8 4.8  
3 Relapsed 85 c.1442G>C p.C481S 2.7 2.7 2.8 c.3418G>A p.D1140N ND 0.4 36 
   c.1441T>A p.C481S 2.4 2.5 2.2 c.3422T>G p.M1141R ND 0.3  
4 Relapsed unknown c.1441T>C p.C481R 40.3 40.1 not tested None None NA NA 17 
5 Relapsed >90 c.1442G>C p.C481S 32.0 32.0 32.7 None None NA NA 47 
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.9      
6 Relapsed unknown c.1442G>C p.C481S 6.1 6.1 7.1 c.3412_3414del p.1138_1138del 13.0 13.0 11 
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.5 c.2543T>G p.L848R 9.3 9.3  
        c.3422T>A p.M1141K 2.0 2.0  
        c.3418G>A p.D1140N ND 1.0  
        c.3422T>G p.M1141R ND 1.7  
7-BM Relapsed >95 c.1442G>C p.C481S 7.1 7.1 8.0 c.2978A>G p.D993G ND 0.8 9 
7-PBMC  >95 c.1442G>C p.C481S 23.3 23.3 18.2 c.2978A>G p.D993G ND 1.3  
8 Relapsed >95 c.1442G>C p.C481S 31.2 31.2 29.6 c.3422T>G p.M1141R 4.0 4.0 15 
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.3      
9 Relapsed 85 c.1442G>C p.C481S 33.2 33.2 35.6 None None NA NA 43 
10 Relapsed 95 c.1442G>C p.C481S 7.8 7.8 10.0 c.2977G>T p.D993Y 32.7 32.7 40 
   c.1441T>A p.C481S ND ND inconclusive c.2977G>C p.D993H 2.0 2.0  
        c.2978A>G p.D993G ND 1.3  
        c.3418G>A p.D1140N ND 0.6  
11 Relapsed 95 c.1442G>C p.C481S 42.7 42.8 41.6 c.2535A>T p.L845F ND 0.8 43 
   c.1441T>A p.C481S ND 0.8 2.2 c.2977G>C p.D993H ND 0.7  
12 Relapsed 94 c.1442G>C p.C481S 62.5 62.5 62.7 c.2977G>C p.D993H ND 0.2 16 
13 Relapsed 90 c.1442G>C p.C481S 17.9 17.9 18.0 None None NA NA 32 
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.2      
14 Relapsed 85 c.1442G>C p.C481S 5.8 5.8 6.8 None None NA NA 41 
   c.1441T>A p.C481S ND 0.7 1.0      
15-PBMC Relapsed 70 c.1442G>C p.C481S 41.9 41.8 43.8 c.2535A>C p.L845F NA 0.7 37 
   c.1441T>A p.C481S ND 0.5 0.7 c.2535A>T p.L845F NA 0.7  
15-BM  38 c.1442G>C p.C481S 11.5 11.5 13.2 None None NA NA  
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.1      
16 Relapsed 35 c.1442G>C p.C481S 3.0 3.0 not tested None None NA NA 56 
17 Relapsed unknown c.1442G>C p.C481S 61.6 61.5 66.3 None None NA NA 42 
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.3      
   c.1442G>A p.C481Y ND 0.5 not tested      
18 Relapsed 99 c.1442G>C p.C481S 15.7 15.7 17.2 c.2535A>T p.L845F NA 0.3 62 
   c.1441T>A p.C481S ND 0.1 0.2      
   c.1442G>A p.C481Y ND 1.4 not tested      
19 Relapsed unknown c.1441T>A p.C481S 37.9 37.9 50.3 None None NA NA 34 
   c.1442G>C p.C481S 23.4 23.4 39.2      
20-BM Relapsed 66 c.1442G>C p.C481S 2.3 2.3 2.2 c.3412_3414del p.1138_1138del 2.7 2.7 34 
        c.2535A>C p.L845F 3.4 3.4  
        c.2535A>T p.L845F 2.7 2.6  
   c.1442G>A p.C481Y ND 0.2 not tested c.2977G>C p.D993H 1.7 1.7  
        c.1993C>T p.R665W ND 0.8  
        c.2120C>T p.S707F ND 0.3  
        c.3418G>A p.D1140N ND 0.7  
        c.3422T>A p.M1141K ND 0.7  
        c.3422T>G p.M1141R ND 0.2  
20-PBMC  92 c.1442G>C p.C481S ND 1.4 1.8 c.3412_3414del p.1138_1138del 12.7 12.7  
        c.2535A>C p.L845F 2.5 2.5  
        c.2535A>T p.L845F 2.0 2.0  
        c.2977G>C p.D993H 1.8 1.8  
        c.1993C>T p.R665W ND 0.9  
        c.3418G>A p.D1140N ND 0.4  
        c.3422T>A p.M1141K ND 0.6  
        c.3422T>G p.M1141R ND 0.6  
21 Relapsed unknown c.1441T>C p.C481R 51.8 51.7 not tested None None NA NA 42 
   c.1442G>C p.C481S 5.5 5.5 7.2      
   c.1441T>A p.C481S 1.8 1.8 2.7      
   c.1442G>A p.C481Y 2.8 2.8 not tested      
   c.1443C>A p.C481 2.2 2.2 not tested      
22 Relapsed 73 c.1442G>T p.C481F 33.5 33.5 not tested None None NA NA 38 
   c.1442G>C p.C481S 4.8 4.8 8.6      
23 Relapsed 81 c.1442G>C p.C481S 79.3 79.3 79.9 None None NA NA 37 
   c.1441T>A p.C481S ND 0.4 2.4      
24 Relapsed 97 c.1441T>A p.C481S 47.8 47.8 69.2 None None NA NA 37 
   c.1442G>C p.C481S 22 22 57.9      
   c.1442G>A p.C481Y 4.8 4.8 not tested      
   c.1442G>T p.C481F 4.6 4.6 not tested      
   c.1441T>C p.C481R ND 0.8 not tested      
25 Relapsed unknown None None NA NA NA c.2120C>T p.S707F 21.2 21.2 42 
        c.3412_3414del p.1138_1138del ND 0.2  
26 Relapsed 75 None None NA NA NA c.3416A>G p.E1139G 3 3.2 10 
27 Relapsed 74 c.1442G>C p.C481S ND 1.2 0.8 None None NA NA 5 
28 Relapsed 18 c.1442G>C p.C481S ND 0.3 0.1 None None NA NA 43 
29 Relapsed unknown c.1441T>A p.C481S ND 0.9 1.2 None None NA NA 33 
   c.1442G>C p.C481S ND 1.5 ND      
   c.1441T>C p.C481R ND 1.3 not tested      
30 Relapsed 75 c.1442G>C p.C481S ND 0.1 0.1 None None NA NA 45 
31 Relapsed 81 c.1442G>C p.C481S ND ND 0.2 None None NA NA 56 
32 Relapsed 99 c.1442G>C p.C481S ND ND 0.1 None None NA NA 56 
33 Responsive unknown c.1442G>C p.C481S 19.5 19.5 18.7 c.2977G>C p.D993H 2.9 2.9 32 
        c.2535A>C p.L845F ND 1.4  
        c.3419A>G p.D1140G ND 0.4  
34 Responsive unknown c.1442G>C p.C481S 4.4 4.4 5.4 c.3419A>G p.D1140G 5.5 5.5 40 
        c.2535A>T p.L845F 3.4 2.7  
   c.1442G>A p.C481Y ND 0.7 not tested c.2535A>C p.L845F 2.7 2.1  
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.2      
35 Responsive 98 c.1442G>C p.C481S 2.7 2.7 2.7 None None NA NA 28 
36 Responsive 88 c.1442G>C p.C481S ND ND 0.4 None None NA NA 18 
37 Responsive 89 c.1442G>C p.C481S ND ND 1.2 None None NA NA 37 
38 Responsive 89 c.1442G>C p.C481S ND ND 0.7 None None NA NA 20 
Patient IDCohort% CD19+ in sampleBTK hotspot mutationsPLCG2 hotspot mutations
Coding DNA descriptionProtein descriptionStandard NGS VAF (%)Per base NGS VAF (%)ddPCR VAF (%)Coding DNA descriptionProtein descriptionStandard NGS VAF (%)Per base NGS VAF (%)Time on ibrutinib at sampling (months)
1 Relapsed 99 c.1442G>C p.C481S 79.5 79.5 85.0 c.3418G>A p.D1140N 3.9 3.9 46 
   c.1441T>A p.C481S 2.6 2.6 11      
   c.1442G>A p.C481Y ND 0.5 not tested      
   c.1441T>C p.C481R ND 0.3 not tested c.2977G>T p.D993Y ND 0.9  
        c.3422T>A p.M1141K ND 0.4  
2 Relapsed >90 c.1441T>A p.C481S 53.4 53.7 65 c.2978A>G p.D993G 7.9 7.8 12 
   c.1442G>C p.C481S 12.8 12.8 30.7 c.2977G>T p.D993Y 4.8 4.8  
3 Relapsed 85 c.1442G>C p.C481S 2.7 2.7 2.8 c.3418G>A p.D1140N ND 0.4 36 
   c.1441T>A p.C481S 2.4 2.5 2.2 c.3422T>G p.M1141R ND 0.3  
4 Relapsed unknown c.1441T>C p.C481R 40.3 40.1 not tested None None NA NA 17 
5 Relapsed >90 c.1442G>C p.C481S 32.0 32.0 32.7 None None NA NA 47 
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.9      
6 Relapsed unknown c.1442G>C p.C481S 6.1 6.1 7.1 c.3412_3414del p.1138_1138del 13.0 13.0 11 
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.5 c.2543T>G p.L848R 9.3 9.3  
        c.3422T>A p.M1141K 2.0 2.0  
        c.3418G>A p.D1140N ND 1.0  
        c.3422T>G p.M1141R ND 1.7  
7-BM Relapsed >95 c.1442G>C p.C481S 7.1 7.1 8.0 c.2978A>G p.D993G ND 0.8 9 
7-PBMC  >95 c.1442G>C p.C481S 23.3 23.3 18.2 c.2978A>G p.D993G ND 1.3  
8 Relapsed >95 c.1442G>C p.C481S 31.2 31.2 29.6 c.3422T>G p.M1141R 4.0 4.0 15 
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.3      
9 Relapsed 85 c.1442G>C p.C481S 33.2 33.2 35.6 None None NA NA 43 
10 Relapsed 95 c.1442G>C p.C481S 7.8 7.8 10.0 c.2977G>T p.D993Y 32.7 32.7 40 
   c.1441T>A p.C481S ND ND inconclusive c.2977G>C p.D993H 2.0 2.0  
        c.2978A>G p.D993G ND 1.3  
        c.3418G>A p.D1140N ND 0.6  
11 Relapsed 95 c.1442G>C p.C481S 42.7 42.8 41.6 c.2535A>T p.L845F ND 0.8 43 
   c.1441T>A p.C481S ND 0.8 2.2 c.2977G>C p.D993H ND 0.7  
12 Relapsed 94 c.1442G>C p.C481S 62.5 62.5 62.7 c.2977G>C p.D993H ND 0.2 16 
13 Relapsed 90 c.1442G>C p.C481S 17.9 17.9 18.0 None None NA NA 32 
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.2      
14 Relapsed 85 c.1442G>C p.C481S 5.8 5.8 6.8 None None NA NA 41 
   c.1441T>A p.C481S ND 0.7 1.0      
15-PBMC Relapsed 70 c.1442G>C p.C481S 41.9 41.8 43.8 c.2535A>C p.L845F NA 0.7 37 
   c.1441T>A p.C481S ND 0.5 0.7 c.2535A>T p.L845F NA 0.7  
15-BM  38 c.1442G>C p.C481S 11.5 11.5 13.2 None None NA NA  
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.1      
16 Relapsed 35 c.1442G>C p.C481S 3.0 3.0 not tested None None NA NA 56 
17 Relapsed unknown c.1442G>C p.C481S 61.6 61.5 66.3 None None NA NA 42 
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.3      
   c.1442G>A p.C481Y ND 0.5 not tested      
18 Relapsed 99 c.1442G>C p.C481S 15.7 15.7 17.2 c.2535A>T p.L845F NA 0.3 62 
   c.1441T>A p.C481S ND 0.1 0.2      
   c.1442G>A p.C481Y ND 1.4 not tested      
19 Relapsed unknown c.1441T>A p.C481S 37.9 37.9 50.3 None None NA NA 34 
   c.1442G>C p.C481S 23.4 23.4 39.2      
20-BM Relapsed 66 c.1442G>C p.C481S 2.3 2.3 2.2 c.3412_3414del p.1138_1138del 2.7 2.7 34 
        c.2535A>C p.L845F 3.4 3.4  
        c.2535A>T p.L845F 2.7 2.6  
   c.1442G>A p.C481Y ND 0.2 not tested c.2977G>C p.D993H 1.7 1.7  
        c.1993C>T p.R665W ND 0.8  
        c.2120C>T p.S707F ND 0.3  
        c.3418G>A p.D1140N ND 0.7  
        c.3422T>A p.M1141K ND 0.7  
        c.3422T>G p.M1141R ND 0.2  
20-PBMC  92 c.1442G>C p.C481S ND 1.4 1.8 c.3412_3414del p.1138_1138del 12.7 12.7  
        c.2535A>C p.L845F 2.5 2.5  
        c.2535A>T p.L845F 2.0 2.0  
        c.2977G>C p.D993H 1.8 1.8  
        c.1993C>T p.R665W ND 0.9  
        c.3418G>A p.D1140N ND 0.4  
        c.3422T>A p.M1141K ND 0.6  
        c.3422T>G p.M1141R ND 0.6  
21 Relapsed unknown c.1441T>C p.C481R 51.8 51.7 not tested None None NA NA 42 
   c.1442G>C p.C481S 5.5 5.5 7.2      
   c.1441T>A p.C481S 1.8 1.8 2.7      
   c.1442G>A p.C481Y 2.8 2.8 not tested      
   c.1443C>A p.C481 2.2 2.2 not tested      
22 Relapsed 73 c.1442G>T p.C481F 33.5 33.5 not tested None None NA NA 38 
   c.1442G>C p.C481S 4.8 4.8 8.6      
23 Relapsed 81 c.1442G>C p.C481S 79.3 79.3 79.9 None None NA NA 37 
   c.1441T>A p.C481S ND 0.4 2.4      
24 Relapsed 97 c.1441T>A p.C481S 47.8 47.8 69.2 None None NA NA 37 
   c.1442G>C p.C481S 22 22 57.9      
   c.1442G>A p.C481Y 4.8 4.8 not tested      
   c.1442G>T p.C481F 4.6 4.6 not tested      
   c.1441T>C p.C481R ND 0.8 not tested      
25 Relapsed unknown None None NA NA NA c.2120C>T p.S707F 21.2 21.2 42 
        c.3412_3414del p.1138_1138del ND 0.2  
26 Relapsed 75 None None NA NA NA c.3416A>G p.E1139G 3 3.2 10 
27 Relapsed 74 c.1442G>C p.C481S ND 1.2 0.8 None None NA NA 5 
28 Relapsed 18 c.1442G>C p.C481S ND 0.3 0.1 None None NA NA 43 
29 Relapsed unknown c.1441T>A p.C481S ND 0.9 1.2 None None NA NA 33 
   c.1442G>C p.C481S ND 1.5 ND      
   c.1441T>C p.C481R ND 1.3 not tested      
30 Relapsed 75 c.1442G>C p.C481S ND 0.1 0.1 None None NA NA 45 
31 Relapsed 81 c.1442G>C p.C481S ND ND 0.2 None None NA NA 56 
32 Relapsed 99 c.1442G>C p.C481S ND ND 0.1 None None NA NA 56 
33 Responsive unknown c.1442G>C p.C481S 19.5 19.5 18.7 c.2977G>C p.D993H 2.9 2.9 32 
        c.2535A>C p.L845F ND 1.4  
        c.3419A>G p.D1140G ND 0.4  
34 Responsive unknown c.1442G>C p.C481S 4.4 4.4 5.4 c.3419A>G p.D1140G 5.5 5.5 40 
        c.2535A>T p.L845F 3.4 2.7  
   c.1442G>A p.C481Y ND 0.7 not tested c.2535A>C p.L845F 2.7 2.1  
   c.1441T>A p.C481S ND ND 0.2      
35 Responsive 98 c.1442G>C p.C481S 2.7 2.7 2.7 None None NA NA 28 
36 Responsive 88 c.1442G>C p.C481S ND ND 0.4 None None NA NA 18 
37 Responsive 89 c.1442G>C p.C481S ND ND 1.2 None None NA NA 37 
38 Responsive 89 c.1442G>C p.C481S ND ND 0.7 None None NA NA 20 

BTK hotspots VAFs were not sex-normalized.

ND, not detected; NA, not available.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal