Table 4.

Epitope homology with other human coronaviruses

SARS-CoV-2 epitope identifiedOther human coronavirusProtein nameAmino acid sequence alignment
Membrane    
 LRGHLRIAGHHLGRC   LRGHLRIAGHHLGRC 
SARS coronavirus M protein RGHLRMAGHPLGRC 
HKU1 Membrane glycoprotein RGHLYIQGVKLG 
MERS M protein GHLKIAGMHFGAC 
 LRIAGHHLGRCDIKD   LRIAGHHLGRCDIKD 
SARS coronavirus Membrane protein LRMAGHPLGRCDIKD 
 SRTLSYYKLGASQRV   SRTLSYYKLGASQRV 
SARS coronavirus Membrane protein SRTLSYYKLGASQRV 
 SYYKLGASQRVAGDS   SYYKLGASQRVAGDS 
SARS coronavirus Membrane protein SYYKLGASQRVGTDS 
 LGASQRVAGDSGFAA   LGASQRVAGDSGFAA 
SARS Coronavirus Membrane glycoprotein LGASQRVGTDSGFAA 
NL63 Orf1a protein LGASVTEDVKFAA 
Nucleocapsid    
 KPRQKRTATKAYNVT   KPRQKRTATKAYNVT 
SARS coronavirus Nucleocapsid protein KPRQKRTATKQYNVT 
OC43 Nucleocapsid protein KPRQKRSPNK 
NL63 Chain A, nucleocapsid KPRWKRVPTREENV 
MERS Nucleocapsid protein RHKRVATKSFNV 
 AFFGMSRIGMEVTPS   AFFGMSRIGMEVTPS 
SARS coronavirus Nucleocapsid protein N AFFGMSRIGMEVTPS 
 MSRIGMEVTPSGTWL   MSRIGMEVTPSGTWL 
SARS coronavirus Nucleocapsid protein MSRIGMEVTPSGTWL 
 GMEVTPSGTWLTYTG   GMEVTPSGTWLTYTG 
SARS coronavirus Nucleocapsid protein GMEVTPSGTWLTY 
Spike    
 PFFSNVTWFHAIHVS — — — 
 NVTWFHAIHVSGTNG — — — 
 SKHTPINLVRDLPQG   SKHTPINLVRDLPQG 
OC43 Replicase polyprotein 1ab PANIVLPQG 
SARS coronavirus S1 protein PIDVVRDLPSG 
 PINLVRDLPQGFSAL   PINLVRDLPQGFSAL 
SARS coronavirus Chain A, spike PIDVVRDLPSGFNTL 
OC43 Replicase polyprotein 1ab PANIVLPQG 
 YNYLYRLFRKSNLKP   YNYLYRLFRKSNLKP 
SARS coronavirus Chain E, spike glycoprotein YNYKYRYLRHGKLRP 
SARS-CoV-2 epitope identifiedOther human coronavirusProtein nameAmino acid sequence alignment
Membrane    
 LRGHLRIAGHHLGRC   LRGHLRIAGHHLGRC 
SARS coronavirus M protein RGHLRMAGHPLGRC 
HKU1 Membrane glycoprotein RGHLYIQGVKLG 
MERS M protein GHLKIAGMHFGAC 
 LRIAGHHLGRCDIKD   LRIAGHHLGRCDIKD 
SARS coronavirus Membrane protein LRMAGHPLGRCDIKD 
 SRTLSYYKLGASQRV   SRTLSYYKLGASQRV 
SARS coronavirus Membrane protein SRTLSYYKLGASQRV 
 SYYKLGASQRVAGDS   SYYKLGASQRVAGDS 
SARS coronavirus Membrane protein SYYKLGASQRVGTDS 
 LGASQRVAGDSGFAA   LGASQRVAGDSGFAA 
SARS Coronavirus Membrane glycoprotein LGASQRVGTDSGFAA 
NL63 Orf1a protein LGASVTEDVKFAA 
Nucleocapsid    
 KPRQKRTATKAYNVT   KPRQKRTATKAYNVT 
SARS coronavirus Nucleocapsid protein KPRQKRTATKQYNVT 
OC43 Nucleocapsid protein KPRQKRSPNK 
NL63 Chain A, nucleocapsid KPRWKRVPTREENV 
MERS Nucleocapsid protein RHKRVATKSFNV 
 AFFGMSRIGMEVTPS   AFFGMSRIGMEVTPS 
SARS coronavirus Nucleocapsid protein N AFFGMSRIGMEVTPS 
 MSRIGMEVTPSGTWL   MSRIGMEVTPSGTWL 
SARS coronavirus Nucleocapsid protein MSRIGMEVTPSGTWL 
 GMEVTPSGTWLTYTG   GMEVTPSGTWLTYTG 
SARS coronavirus Nucleocapsid protein GMEVTPSGTWLTY 
Spike    
 PFFSNVTWFHAIHVS — — — 
 NVTWFHAIHVSGTNG — — — 
 SKHTPINLVRDLPQG   SKHTPINLVRDLPQG 
OC43 Replicase polyprotein 1ab PANIVLPQG 
SARS coronavirus S1 protein PIDVVRDLPSG 
 PINLVRDLPQGFSAL   PINLVRDLPQGFSAL 
SARS coronavirus Chain A, spike PIDVVRDLPSGFNTL 
OC43 Replicase polyprotein 1ab PANIVLPQG 
 YNYLYRLFRKSNLKP   YNYLYRLFRKSNLKP 
SARS coronavirus Chain E, spike glycoprotein YNYKYRYLRHGKLRP 

Boldface type indicates a strong binder (< 2).

MERS, Middle East respiratory syndrome.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal